基于16S rDNA高通量测序分析水牛初乳与常乳中细菌多样性

摘要

目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性.方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对.结果:初乳组样本共得到19个门,292个属和437个种.而常乳两组样本共得到7个门,203个细菌属和330个细菌种,初乳组的细菌多样性高于常乳组.初乳组中的优势菌属为金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseusomonas),而常乳组中的优势菌则为金黄杆菌属(Chryseobacterium)、乳球菌属(Lactococcus)、肠球菌属(Enterococcus).样本层级聚类显示:初乳组与常乳组组间群落差异不显著.PCA与PLS-DA分析表明:两组样本组间菌群结构差异显著.结论:三品杂水牛初乳与常乳均呈现较丰富的多样性,常乳组中细菌多样性显著高于初乳组.