中国HIV-1 vpr基因多态性及其进化树的分析

摘要

目的分析中国各地HIV-1感染者的vpr基因多态性,比较HIV-1 vpr基因变异的基本特征及其与国外以往研究的异同,为进一步探索HIV-1 vpr的致病机理及可能的基因治疗靶位打下基础。方法提取348例中国各地区HIV-1感染者血浆病毒RNA,运用逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）扩增HIV-1 vpr基因,凝胶电泳鉴定后行基因测序。用Blast、ClustalW、Mega4.0等相关生物分析软件进行vpr基因核苷酸和Vpr氨基酸序列分析,并构建进化树,分析中国HIV-1感染者的vpr基因的多态性、变异特征和亚型的分子流行病学特征。结果按vpr基因分型共发现AB、AE、BC、B、C 5种HIV-1亚型,分别占2.60%,55.19%,2.60%,18.18%,21.43%,其中AE亚型比例最大。观察到Vpr氨基酸序列有9个变异率大于20%的位点。结论首次分析中国感染者的HIV-1vpr基因多态性及其基因进化树的特征,发现一些vpr变异率较大的氨基酸位点,这些Vpr氨基酸序列的变异与其致病能力的关系有待进一步研究。