一种新的三维氨基酸描述子及其在肽类药物QSAR中的应用

摘要

从20种天然氨基酸197个GETAWAY指数经主成分分析得出一种新3D氨基酸描述子--VSGETAWAY[vector of principal component scores for GETAWAY(geometry,topology and atom-weights assembly)].将其应用于48个苦味活性二肽、31个血管舒缓激肽促进剂和20个促凝血酶原激酶抑制剂结构表征并以偏最小二乘(PLS)对3个体系建立定量构效关系(QSAR)模型,得复相关系数(R2cum)与交互检验复相关系数(Q2cum)分别为0.887和0.753;0.995和0.708;0.999和0.802.研究结果表明,VSGETAWAY描述子操作简便、结构表达能力强,有望成为多肽药物QSAR研究中一种有效的结构表征方法.