一种新的氨基酸描述子及其在抗菌肽QSAR中的应用

摘要

基于氨基酸的531个理化性质(AA531)和地统计学半变异函数,提出了一种新的氨基酸描述子—氨基酸理化性质的地统计学关联特征描述子(GS-AA531).并以其表征101个CAMEL-s抗菌肽,运用基于支持向量回归(SVR)的高雏特征非线性快速筛选方法筛选特征,得到最优特征子集并建立QSAR模型,其拟合精度、留一法交叉测试精度、外部预测精度均优于AA531表征的结果与现有文献报道.