一种基于转录组测序开发山黧豆EST-SSR引物组及方法和应用

摘要

本发明提供基于转录组测序开发山黧豆EST‑SSR引物组及方法和应用。获得两个不同花色山黧豆品种在苗期的根、茎、叶全部转录本集合，形成原始序列数据库；去除带接头和低质量的测序数据，形成高质量的过滤序列数据库；对高质量的过滤序列进行拼接，还原转录本，将转录本与参考蛋白质数据库NR进行BLAST比对，保留最优比对结果并确定最长序列作为Unigene代表序列。用MISA 1.0进行Unigene中SSR位点的扫描；primer 3.0进行SSR引物设计，筛选SSR引物，对43份山黧豆材料进行指纹图谱构建。本发明方便、快速、准确、成本低廉，为山黧豆SSR引物开发和种质资源鉴定提供了新思路。