公开/公告号CN103789411A
专利类型发明专利
公开/公告日2014-05-14
原文格式PDF
申请/专利权人 中国科学院昆明动物研究所;
申请/专利号CN201310723082.8
申请日2013-12-25
分类号C12Q1/68;C12N15/11;
代理机构昆明今威专利商标代理有限公司;
代理人杨宏珍
地址 650223 云南省昆明市五华区教场东路32号
入库时间 2024-02-19 23:36:50
法律状态公告日
法律状态信息
法律状态
2018-12-11
未缴年费专利权终止 IPC(主分类):C12Q1/68 授权公告日:20151230 终止日期:20171225 申请日:20131225
专利权的终止
2015-12-30
授权
授权
2015-09-02
著录事项变更 IPC(主分类):C12Q1/68 变更前: 变更后: 申请日:20131225
著录事项变更
2014-06-11
实质审查的生效 IPC(主分类):C12Q1/68 申请日:20131225
实质审查的生效
2014-05-14
公开
公开
技术领域:
本发明提供一种中国家猪与西方商品猪资源鉴定位点及其位点扩增引物,属 于生物技术领域。
背景技术:
本发明基于全基因组重测序数据,与传统的单一基因,如MC1R基因以及 AFLP等鉴别技术相比,本发明所给出的分子标记位点更加全面地代表了中国家 猪品种中受到选择的经济性状连锁区域。解决了现如今中国多个家猪品种种质资 源混乱,难以排除西方商品猪血缘的尴尬局面。11个分子标记位点位于7条不 同的染色体上,较单一基因的检测效力更可信。与传统鉴定技术微卫星相比较, 微卫星标记技术虽然得到了较广泛的应用,但其随机分布在遗传图谱上,不能直 接与中国家猪品种所特有分子遗传组分相关联。
发明内容:
本发明的目的是提供一种中国家猪与西方商品猪资源鉴定位点及其其位点 扩增引物,为中国家猪的育种及种质资源保护过程中种质的鉴定提供准确指导。
本发明筛选中国家猪遗传组分中特有的单核苷酸标记位点,通过现代分子生 物学技术检测这11个分子标记位点的基因型,用于有效地鉴定并区分中国家猪 品种与西方商品猪血缘。
本发明的技术方案主要包括:猪DNA的提取,用Illumina二代测序技术进行 全基因组重测序,在全基因组分析的基础上筛选分子标记并进行扩大群体验证。 使用本方法对所要鉴定的个体进行基因分型,在本发明的11个单核苷酸标记位 点上,不同的基因型被认为是家猪、西方商品猪2个群体分别特有的,依此来判 断该个体属于哪一群体。11个分子标记位点的坐标如下(基因组版本:NCBI Build Sscrofa10.2)。chr4_90338649、chr6_46031147、chr3_40173091、chr1_304503930、 chr8_55949794、chr4_51135766、chr14_51320355、chr6_261199、chr1_82559795、 chr15_101338073、chr4_81507260,11个位点中国家猪的优势等位基因分别是 G、T、A、T、A、C、A、C、A、T、G。
用于中国家猪与西方商品猪资源鉴定位点扩增的引物如表1。
表1引物序列表
本发明实现的方法如下:
1、全基因组测序
本发明首先利用群体遗传学统计方法分析了5个中国家猪品种(51个个体) 与1个杜洛克个体全基因组数据,最终在全基因组水平上筛选到11个单核苷酸 分子标记位点。
2、扩大群体验证
选择了12个中国家猪品种(34个个体)与大白、长白、杜洛克猪共22个个体 对11个分子标记进行基因分型。首先在猪的样品中扩增含有11个分子标记位点的 核苷酸多态位点的片段,并对扩增到的DNA片段中的11个核苷酸多态位点进行测 序。基因分型结果,10个分子标记在中国家猪与中国西方商品猪群体间基因型频 率分化极显著(卡方检验)。1个分子标记在中国家猪与西方商品猪群体间基因 型频率分化显著,见表2。卡方检验充分证明利用这11个单核苷酸分子标记位点 能高效、准确的区分中国家猪与西方商品猪的种质资源。
3、分型技术SNaPshot
本发明顺应现代生物技术的发展,利用群体遗传学统计量对全基因组重测序 数据进行了分析。在全基因组的水平上,提出一种新的种质资源鉴定与保护的新 方法。
本发明的有益效果在于:筛选中国家猪遗传组分中特有的单核苷酸标记位 点,通过现代分子生物学技术检测分子标记位点的基因型,用于有效地鉴定并区 分中国家猪品种与西方商品猪血缘。为中国家猪的育种及种质资源保护过程中种 质的鉴定提供准确指导。
具体实施方案:
A、根据Ensembl数据库猪基因组序列,使用Primer premier5软件,设计引物对。 引物由上海捷瑞生物工程有限公司合成。引物序列及扩增产物片段大小见 表1。
B、样本采集
采集了12个中国家猪品种(34个个体)、大白、长白、杜洛克猪共22个个 体的肌肉组织或者血液。
C、样品基因组提取
1)取150μl或200μl全血(或约30mg的组织,用剪刀剪成糊状)。
2)加入450μl或550μl STE缓冲液(30mM Tris-HCL,200mM EDTA,50mM NaCl,pH8.0)和终浓度分别为10%的SDS75μl和200mg/ml的蛋白酶K50μl。
3)充分混匀后置57℃温箱中消化8-12小时至澄清,其间摇匀数次。
4)加入等体积的水饱和酚600ul,缓慢混匀一个晚上,或手动匀速摇30min,9000 转/分离心10分钟,上清液转至另一干净的Eppendorf管中。
5)加入等体积的苯酚(300ul):氯仿:异戊醇(300ul)(25:24:1)混合液缓慢混匀抽提 30分钟,9000转/分离心10分钟,上清液转至另一干净的Eppendorf管中。
6)再加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1)抽提15分钟,9000转/分离心10分钟,上 清液转至另一干净的Eppendorf管中,重复两次。
7)加入等体积600ul的异丙醇(异丙醇使用前放置于-20度预冷)沉淀DNA, -20℃过夜放置,12000转/分离心10分钟后,弃上清。
8)加入1000μl70%乙醇洗涤,13000转/分离心10分钟后,弃上清.重复一次。
去除70%乙醇,于室温将DNA置于敞开的离心管中,或于60度直至见痕量 乙醇挥发殆尽。
9)加入PH=8.0的TE缓冲液50ul,置37度充充溶解,待DNA完全溶解后 置于+4℃冰箱待用或保存于-20。℃
D、SnaPshot反应体系及反应优化:
①扩增
反应体系
注:扩增引物池分别加入引物表格内PCRL与PCRU引物的量依此为0.8,1.5,1.2,1.5, 1.1,1.6,1.4,1.6,1.4,1.4,1.4ul。96孔板每个孔加入8.5ul mix以及1.5ul模板DNA。
扩增反应:
②扩增产物纯化
反应体系
纯化反应:
注:纯化的mix加入扩增后体系中,每孔加入3.5ul。
③单碱基延伸
反应体系
延伸反应:
注:延伸引物池中加入引物表内SNPU引物的量为1ul,单碱基延伸加入以上mix每孔 6ul,再加入4ul PCR产物。
④延伸后纯化
反应体系
纯化反应:
注:mix加入延伸后反应体系中,每孔3.3ul。
E、将处理后的样品分别上样到ABI PRISM3730或者其他型号全自动测序仪 (Applied Biosystems)进行扫描检测。
F、使用Genemarker V2.20(SoftGenetics LLC,State.College,PA)或者是 Genemapper(Applied Biosystems)软件判读基因型。
G、运用R语言对11个分子标记位点扩增的92个个体的基因型进行了显著性检 验见表2。
表2-a11个分子标记位点卡方检验结果
表2-b11个分子标记位点卡方检验结果2
SEQUENCE LISTING
<110> 中国科学院昆明动物研究所
<120> 中国家猪与西方商品猪资源鉴定位点及其位点扩增引物
<130> 1
<160> 33
<170> PatentIn version 3.5
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<213> Sus domesticus
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 3
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<211> 20
<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 4
agtgggatga acatggatcc 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 5
cgagatggaa aaccttcacc 20
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 6
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
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<212> DNA
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tgtgcaaaga aaactatgca aa 22
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 14
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 21
ctgactgact gactgactga ctgactgact agaccatcgt ttagccttat gaaca 55
<210> 22
<211> 22
<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 22
aaattgtttc ctgcttctca gt 22
<210> 23
<211> 23
<212> DNA
<213> Sus domesticus
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ttggcattgt taaaaaggat aaa 23
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
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gactgactga ctgactgact gactgactga ctgactgact ggcccttgag tttgctcatg acttt 65
<210> 25
<211> 24
<212> DNA
<213> Sus domesticus
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ttatttgtat acttggtgcc tagc 24
<210> 26
<211> 25
<212> DNA
<213> Sus domesticus
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taacttcatg ggtgttctat tttct 25
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 28
tgtgacaatg ttttcacttt atg 23
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
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<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 30
tgactgactg actgactgac tgactgactg actgactgac tgactgactt tctctcacaa gtcctttcat ataa 74
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<211> 21
<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 31
atcctctggt ggaaagaaga t 21
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 32
ttggctttgg agtcagactt 20
<210> 33
<211> 78
<212> DNA
<213> Sus domesticus
<400> 33
tgactgactg actgactgac tgactgactg actgactgac tgactgactg acttgcatct gacatttatt gaaactca 78
机译: 鉴定已知序列的DNA片段的插入位点的方法,插入一段DNA gen的序列中的方法忽略了身体的位置。确定一段未知的DNA gen的序列的方法一种已知序列的制备方法,用于鉴定序列已知的DNA片段的插入位点的制剂,插入到生物体基因组DNA的未知位置。试剂盒用于鉴定其DNA片段的插入位点该序列是已知的,插入人体的DNA基因的未知位置,并使用所述制剂。
机译: 筛选测试个体的方法以鉴定那些可能具有生长,发育,繁殖和骨骼的最佳特征的动物,例如增重率。骨骼的长度或凋落物的大小,并鉴定生长的遗传标记猪的比率,骨骼的长度,猫砂的大小或公猪的感染。用于评估su u00ecno DNA样本的试剂盒,用于测试su u00eccmero基因sph1 pol u00ecmero基因CYP11A1如何存在的启动子su u00ecno基因CYP11A1的5'非翻译区的DNA序列,用于扩增su u00ecno限制性sph1多态性基因CYP11A1的位点的启动子和猪的筛选方法。
机译: 利用位点切割系统对猪的H11位点进行位点插入的方法