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Evolutionary Bioinformatics

中文名称：进化的生物信息学

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1.Reliable Phylogenetic Trees Building: A New Web Interface for FIGENIX

机译：可靠的系统树的构建：FIGENIX的新Web界面
- 作者：Julien Paganini;Philippe Gouret
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- phylogenytreephylogeneticbioinformaticsevolution;
2.A Lossy Compression Technique Enabling Duplication-Aware Sequence Alignment

机译：一种有损压缩技术，可实现复制感知序列比对
- 作者：Valerio Freschi;Alessandro Bogliolo
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- duplicationssequence alignmenttandem repeatcompression;
3.Determinants of Exon-Level Evolutionary Rates in Arabidopsis Species

机译：拟南芥物种外显子水平进化率的决定因素
- 作者：Gideon C.-T. Wu;Feng-Chi Chen
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- exonic evolutionary ratesnonsynonymous substitution ratesynonymous substitution rateprincipal component regressionArabidopsis thaliana;
4.Evolutionary Analysis of Sequence Divergence and Diversity of Duplicate Genes in Aspergillus fumigatus

机译：烟曲霉重复基因序列差异和多样性的进化分析
- 作者：Ence Yang;Amanda M. Hulse;James J. Cai
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- duplicate geneAspergillus fumigatuspositive selectionsequence diversity;
5.Interkingdom Gene Transfer May Contribute to the Evolution of Phytopathogenicity in Botrytis Cinerea

机译：Interkingdom基因转移可能有助于灰葡萄孢菌的植物致病性进化。
- 作者：Bo Zhu;Qing Zhou;Guanlin Xie;Guoqing Zhang;Xiaowei Zhang;Yanli Wang;Gunchang Sun;Bin Li;Gulei Jin
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- Botrytis cinereahorizontal gene transferphylogenyphytopathogenicity;
6.MilP: The Monomer Identification and Isolation Program

机译：MilP：单体鉴定和分离程序
- 作者：Christopher Bun1;William Ziccardi;Jeffrey Doering;Catherine Putonti
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- monomer discoveryrepetitive element identificationpericentromeric repeats;
7.Evolution of the RALF Gene Family in Plants: Gene Duplication and Selection Patterns

机译：植物RALF基因家族的进化：基因复制和选择模式。
- 作者：Jun Cao;Feng Shi
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- tandem duplicationevolutionselection;
8.Transposon-Derived and Satellite-Derived Repetitive Sequences Play Distinct Functional Roles in Mammalian Intron Size Expansion

机译：转座子衍生和卫星衍生的重复序列在哺乳动物内含子大小扩展中发挥不同的功能。
- 作者：Dapeng Wang;Yao Su;Xumin Wang;Hongxing Lei;Jun Yu
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- transposable elementssatellite sequencesintron sizemammalian genomes;
9.Phylogenomic and Domain Analysis of Iterative Polyketide Synthases in Aspergillus Species

机译：曲霉属物种中的迭代聚酮化合物合酶的系统学和结构域分析
- 作者：Shu-Hsi Lin;Miwa Yoshimoto;Ping-Chiang Lyu;Chuan-Yi Tang;Masanori Arita
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- secondary metabolitepolyketide synthasefungidatabasephylogeny;
10.AP2/ERF Transcription Factor in Rice: Genome-Wide Canvas and Syntenic Relationships between Monocots and Eudicots

机译：水稻AP2 / ERF转录因子：全基因组画布和单子叶植物与双子叶植物之间的同义关系
- 作者：Muhammad Rashid;He Guangyuan;Yang Guangxiao;Javeed Hussain;Yan Xu
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- AP2/ERFCBF/DREBRAVphylogenetic analysisricewheatArabidopsis;
11.Phylogenetic Analysis and Comparative Genomics of Purine Riboswitch Distribution in Prokaryotes

机译：系统工程学分析和原核生物中嘌呤核糖开关分布的比较基因组学。
- 作者：Payal Singh;Supratim Sengupta
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- riboswitchevolutionphylogeneticscomparative genomicshorizontal transfer;
12.Efficient Feature Selection and Multiclass Classification with Integrated Instance and Model Based Learning

机译：通过集成实例和基于模型的学习进行有效的特征选择和多类分类
- 作者：Zhenqiu Liu;Halima Bensmail;Ming Tan
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- feature selectionmulticlass classificationstatistical learninghigh-dimensional data;
13.RY-Coding and Non-Homogeneous Models Can Ameliorate the Maximum-Likelihood Inferences from Nucleotide Sequence Data with Parallel Compositional Heterogeneity

机译：RY编码和非同质模型可以改善具有平行组成异质性的核苷酸序列数据的最大似然推断
- 作者：Sohta A. Ishikawa;Yuji Inagaki;Tetsuo Hashimoto
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- RY-codingnon-homogeneous modelmodel misspecificationlong-branch attractioncompositional heterogeneity;
14.Evolutionary Genomics of Genes Involved in Olfactory Behavior in the Drosophila melanogaster Species Group

机译：果蝇种组中涉及嗅觉行为的基因的进化基因组学。
- 作者：Nicolás Lavagnino;Fran?ois Serra;Leonardo Arbiza;Hermán Dopazo;Esteban Hasson
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2012年第3期
- olfactory behaviorinsectsevolutionary genomicsadaptationDrosophila melanogaster species group;
15.Conventional Simulation of Biological Sequences Leads to a Biased Assessment of Multi-Loci Phylogenetic Analysis

机译：生物序列的常规模拟导致对多基因位系统发育分析的偏倚评估
- 作者：Barbara O. Aguiar;Carlos G. Schrago
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- sequence simulationgene treespecies treephylogenomics;
16.Top-Down Clustering for Protein Subfamily Identification

机译：自上而下的聚类用于蛋白质亚科鉴定
- 作者：Eduardo P. Costa;Celine Vens;Hendrik Blockeel
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- clustering treestop-down clusteringdecision treesprotein subfamily identificationphylogenomics;
17.SARP: A Novel Algorithm to Assess Compositional Biases in Protein Sequences

机译：SARP：一种新的算法来评估蛋白质序列中的成分偏倚
- 作者：Kirill S. Antonets;Anton A. Nizhnikov
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- algorithmproteinsequence analysisprobabilitycomposition;
18.Evolutionary Modeling of Genotype-Phenotype Associations, and Application to primate coding and Non-coding mtDNA Rate Variation

机译：基因型-表型关联的进化建模及其在灵长类动物编码和非编码mtDNA速率变化中的应用
- 作者：Timothy D. OConnor;Nicholas I. Mundy
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- genotype-phenotypegeneration time hypothesislongevity hypothesismitochondriaprimate;
19.Identification, Nomenclature, and Evolutionary Relationships of Mitogen-Activated Protein Kinase (MAPK) Genes in Soybean

机译：大豆中丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）基因的鉴定，命名和进化关系
- 作者：Achal Neupane;Madhav P. Nepal;Sarbottam Piya;Senthil Subramanian;Jai S. Rohila;R. Neil Reese;Benjamin V. Benson
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- soybean genomicsMAPK familygene evolutionhomologynomenclaturesignal transduction;
20.Analysis of Synonymous Codon Usage Patterns in Seven Different Citrus Species

机译：七个不同柑橘种同义密码子使用方式的分析
- 作者：Chen Xu;Jing Dong;Chunfa Tong;Xindong Gong;Qiang Wen;Qiang Zhuge
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- citruscodon usageevolution;
21.EDGE-pro: Estimated Degree of Gene Expression in Prokaryotic Genomes

机译：EDGE-pro：原核基因组中基因表达的估计程度
- 作者：Tanja Magoc;Derrick Wood;Steven L. Salzberg
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- RNA-seqbacteriaprokaryotesgene expression;
22.Comment on “The Molecular Evolutionary Patterns of the Insulin/FOXO Signaling Pathway”

机译：评论“胰岛素/ FOXO信号通路的分子进化模式”
- 作者：David Alvarez-Ponce;Montserrat Aguadé;Julio Rozas
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- network evolutioninsulin pathwayselective constraintdN/dS;
23.Grouped False-Discovery Rate for Removing the Gene-set-Level Bias of RNA-seq

机译：分组的错误发现率，用于消除RNA-seq的基因组水平偏倚
- 作者：Tae Young Yang;Seongmun Jeong
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- FDRseqgene-level biasgene-set analysisgene-set-level biasgrouped false-discovery rateRNA-seq;
24.Antiviral Stratagems against HIV-1 Using RNA Interference (RNAi) Technology

机译：使用RNA干扰（RNAi）技术对抗HIV-1的抗病毒策略
- 作者：Dimitrios Vlachakis;Georgia Tsiliki;Athanasia Pavlopoulou;Maria G. Roubelakis;Spyridon Champeris Tsaniras;Sophia Kossida
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- HIV-1RNA interference (RNAi)antiviral therapyRNAi screensmiRNA;
25.CMCpy: Genetic Code-Message Coevolution Models in Python

机译：CMCpy：Python中的遗传代码-消息协同进化模型
- 作者：Peter J. Becich;Brian P. Stark;Harish S. Bhat;David H. Ardell
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- quasispeciesCUD Agenetic codehomotopyperturbative method;
26.The Origin of Parasitism Gene in Nematodes: Evolutionary Analysis through the Construction of Domain Trees

机译：线虫寄生基因的起源：通过域树构建的进化分析
- 作者：Yizi Yang;Damin Luo
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- domainnematodeparasitism geneevolutionPristionchus pacificus;
27.Prediction of Protein Essentiality by the Support Vector Machine with Statistical Tests

机译：支持向量机通过统计检验预测蛋白质的必需性
- 作者：Chiou-Yi Hor;Chang-Biau Yang;Zih-Jie Yang;Chiou-Ting Tseng
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- support vector machinefeature selectionprotein-protein interactionessential proteinstatistical test;
28.rbrothers: R Package for Bayesian Multiple Change-Point Recombination Detection

机译：rbrothers：贝叶斯多变化点重组检测的R包
- 作者：Jan Irvahn;Sujay Chattopadhyay;Evgeni V. Sokurenko;Vladimir N. Minin
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- phylogeneticsevolutionSalmonellafimHfimA;
29.PhyloTreePruner: A Phylogenetic Tree-Based Approach for selection of Orthologous sequences for phylogenomics

机译：PhyloTreePruner：基于系统树的系统进化组学直系同源序列选择方法
- 作者：Kevin M. Kocot;Mathew R. Citarella;Leonid L. Moroz;Kenneth M. Halanych
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- phylogenomicorthologyparalogygene tree;
30.SBEToolbox: A Matlab Toolbox for Biological Network Analysis

机译：SBEToolbox：用于生物网络分析的Matlab工具箱
- 作者：Kranti Konganti;Gang wang;Ence Yang;James J. Cai
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- Matlab toolboxbiological networknode centralitynetwork evolution;
31.A Comprehensive Phylogenetic Analysis of Deadenylases

机译：腺苷酸酶的全面系统发育分析
- 作者：Athanasia Pavlopoulou;Dimitrios Vlachakis;Nikolaos A.A. Balatsos;Sophia Kossida
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- deadenylasesphylogenesismolecular modellingevolution;
32.TIRfinder: A Web Tool for Mining Class II Transposons Carrying Terminal Inverted Repeats

机译：TIRfinder：一种用于挖掘携带末端反向重复序列的II类转座子的网络工具
- 作者：Tomasz Gambin;Micha? Startek;Krzysztof Walczak;Jaros?aw Paszek;Dariusz Grzebelus;Anna Gambin
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- transposonterminal inverted repeatsuffix treecomparative genomics;
33.EASER: Ensembl Easy Sequence Retriever

机译：EASER：集成简易序列检索器
- 作者：Emanuel Maldonado;Imran Khan;Siby Philip;Vítor Vasconcelos;Agostinho Antunes
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- sequence analysisbioinformaticsmolecular evolutiongenomicsdata curationdatabases;
34.A Proximity-Based Method to Identify Genomic Regions Correlated with a Continuously Varying Environmental Variable

机译：基于邻近度的识别与环境变量连续变化相关的基因组区域的方法
- 作者：Cornelia Di Gaetano;Giuseppe Matullo;Alberto Piazza;Moreno Ursino;Mauro Gasparini
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- adaptationsspatial patternslatitudepoint processesoutlier approach;
35.Molecular Evolution and Functional Divergence of Soluble Starch Synthase Genes in Cassava (Manihot Esculenta Crantz)

机译：木薯中可溶性淀粉合成酶基因的分子进化和功能差异（Manihot Esculenta Crantz）
- 作者：Zefeng Yang;Yifan Wang;Shuhui Xu;Chenwu Xu;Changjie Yan
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- SS gene familycassavafunctional divergencepositive selection;
36.A Tool Preference Choice Method for RNA Secondary Structure Prediction by SVM with Statistical Tests

机译：统计支持向量机支持向量机预测RNA二级结构的工具偏好选择方法
- 作者：Chiou-Yi Hor;Chang-Biau Yang;Chia-Hung Chang;Chiou-Ting Tseng;Hung-Hsin Chen
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- RNAsecondary structuresupport vector machinefeature selectionstatistical test;
37.The Molecular Evolutionary Patterns of the Insulin/FOXO Signaling Pathway

机译：胰岛素/ FOXO信号通路的分子进化模式
- 作者：Minghui Wang;Qishan Wang;Zhen Wang;Qingping Wang;Xiangzhe Zhang;Yuchun Pan
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- gradientcodon biasselective constraintdN/dS;
38.Design of Synthetic Genetic Oscillators Using Evolutionary Optimization

机译：基于进化优化的遗传振荡器设计
- 作者：Yen-Chang Chang;Chun-Liang Lin;Tanagorn Jennawasin
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- synthetic biologybiological oscillatorreal structure genetic algorithm;
39.Computational Identification of MicroRNAs from the Expressed Sequence Tags of Toxic Dinoflagellate Alexandrium Tamarense

机译：从有毒双鞭毛亚历山大藻Tamarense的表达序列标签的microRNA的计算鉴定。
- 作者：Dahai Gao;Limei Qiu;Zhanhui Hou;Qingchun Zhang;Jianmin Wu;Qiang Gao;Linsheng Song
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- microRNAcomputational identificationESTdinoflagellate;
40.Analysis of New Functional Profiles of Protein Isoforms Yielded by Ds Exonization in Rice

机译：水稻Ds外显子产生的蛋白质同工型的新功能谱分析
- 作者：Ting-Ying Chien;Li-yu Daisy Liu;Yuh-Chyang Charng
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- Ac/Ds transposonexonizationPROSITEprotein isoforms;
41.Analysis of Protein Thermostability Enhancing Factors in Industrially Important Thermus Bacteria Species

机译：工业重要热菌细菌种蛋白质热稳定性增强因子的分析
- 作者：Benjamin Kumwenda;Derek Litthauer;?zlem Tastan Bishop;Oleg Reva
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- biotechnologyenzymeevolutionfolding energythermostability3D structures;
42.Conserved Nonsense-Prone CpG Sites in Apoptosis-Regulatory Genes: Conditional Stop Signs on the Road to cell Death

机译：凋亡调控基因中的保守无义克隆CpG位点：细胞死亡之路上的条件性停止信号。
- 作者：Yongzhong Zhao;Richard J. Epstein
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- nonsense mutationsstop codonsmolecular evolutionapoptotic resistanceteratogenesiscarcinogenesis;
43.Identification of New Aquaporin Genes and Single Nucleotide Polymorphism in Bread Wheat

机译：面包小麦新水通道蛋白基因的鉴定和单核苷酸多态性
- 作者：B. Pandey;P. Sharma;D.M. Pandey;I. Sharma;R. Chatrath
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- major intrinsic proteinsaquaporinsgene expressionabiotic stresshomology modeling;
44.A Unifying Mathematical Framework for Genetic Robustness, Environmental Robustness, Network Robustness and their Tradeoff on Phenotype Robustness in Biological Networks Part II: Ecological Networks

机译：生物网络中遗传鲁棒性，环境鲁棒性，网络鲁棒性及其在表型鲁棒性上的权衡的统一数学框架第二部分：生态网络
- 作者：Bor-Sen Chen;Ying-Po Lin
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- phenotype robustnessnetwork robustnessnetwork sensitivityecological networksspatial-temporal domainPDE;
45.Approximate Likelihood Estimation of Divergence Time Range Using a Coalescent-based Model

机译：基于合并模型的发散时间范围的近似似然估计
- 作者：Arindam RoyChoudhury
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- divergence timerangeconfidence intervalmaximum likelihoodcoalescent;
46.Circulation of Human Respiratory Syncytial Virus Strains among Hospitalized Children with Acute Lower Respiratory Infection in Malaysia

机译：在马来西亚急性下呼吸道感染住院儿童中人类呼吸道合胞病毒株的传播
- 作者：Mohammad Reza Etemadi;Zamberi Sekawi;Norlijah Othman;Munn-Sann Lye;Faezeh Yazdani Moghaddam
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- human respiratory syncthial virus (RSV)acute lower respiratory tract infections (ALRTIs)Malaysia;
47.Identification of Differentially Evolved Genes: An Alternative Approach to Detection of Accelerated Molecular Evolution from Genome-Wide Comparative Data

机译：鉴定差异进化基因：从全基因组比较数据中检测加速分子进化的另一种方法
- 作者：Kyu-Won Kim;David W. Burt;Heebal Kim;Seoae Cho
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- devogsdN/dSbranch model;
48.A Unifying Mathematical Framework for Genetic Robustness, Environmental Robustness, Network Robustness and their Trade-off on Phenotype Robustness in Biological Networks Part I: Gene Regulatory Networks in Systems and Evolutionary Biology

机译：遗传稳健性，环境稳健性，网络稳健性及其在生物网络中表型稳健性之间的权衡的统一数学框架第一部分：系统和进化生物学中的基因调控网络
- 作者：Bor-Sen Chen;Ying-Po Lin
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- phenotype robustnessnetwork robustnessnetwork sensitivityevolvabilitysystems biologyevolutionary biology;
49.A Unifying Mathematical Framework for Genetic Robustness, Environmental Robustness, Network Robustness and their Trade-offs on Phenotype Robustness in Biological Networks. Part III: Synthetic Gene Networks in Synthetic Biology

机译：遗传稳健性，环境稳健性，网络稳健性及其在生物网络中表型稳健性之间的权衡取舍的统一数学框架。第三部分：合成生物学中的合成基因网络
- 作者：Bor-Sen Chen;Ying-Po Lin
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- phenotype robustnessnetwork robustnessnetwork sensitivitygene networksynthetic biology;
50.POPBAM: Tools for Evolutionary Analysis of Short Read Sequence Alignments

机译：POPBAM：用于短读序列比对的进化分析工具
- 作者：Daniel Garrigan
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2013年第3期
- divergencelinkage disequilibriumpolymorphismnatural selectionnext-generation sequencing;
51.Estimation of Genetic Effects and Genotype-Phenotype Maps

机译：遗传效应和基因型-表型图谱的估计
- 作者：Arnaud Le Rouzic;José M. álvarez-Castro
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
52.Intraspecific ITS Variability in the Kingdom Fungi as Expressed in the International Sequence Databases and Its Implications for Molecular Species Identification

机译：国际序列数据库中表达的王国菌种内ITS变异性及其对分子物种鉴定的意义
- 作者：R. Henrik Nilsson;Erik Kristiansson;Martin Ryberg;Nils Hallenberg;Karl-Henrik Larsson
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- fungimolecular species delimitationintraspecific variation;
53.Why Should We Care about Molecular Coevolution?

机译：我们为什么要关心分子进化？
- 作者：Francisco M. Codo?er;Mario A. Fares
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- Molecular coevolutionMutual Information Contentparametric methodsnon-parametric methodsprotein-protein interactions;
54.Evidence for a Complex Mosaic Genome Pattern in a Full-length Hepatitis C Virus Sequence

机译：全长丙型肝炎病毒序列中复杂的马赛克基因组模式的证据。
- 作者：R.S. Ross;J. Verbeeck;S. Viazov;P. Lemey;M. Van Ranst;M. Roggendorf
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- flaviviruseshepatitis C virussequence AY651061recombinationrecombination analysis softwarephylogeny programs;
55.Electrostatic and Functional Analysis of the Seven-Bladed WD β-Propellers

机译：七叶WD螺旋桨的静电和功能分析
- 作者：Najl V Valeyev;A. Kristina Downing;John Sondek;Charlotte Deane
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- β-propellerelectrostaticsevolutionary traceprotein clusteringWD protein;
56.Exploring the Evolutionary History of the Differentially Expressed Genes between Human Populations: Action of Recent Positive Selection

机译：探索人类之间差异表达基因的进化史：近期积极选择的作用
- 作者：Wei Zhang;M. Eileen Dolan
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- gene expressionrecent positive selectionpopulation differencehuman evolution;
57.How to Summarize Estimates of Ancestral Divergence Times

机译：如何汇总祖先发散时间的估计值
- 作者：David A. Morrison
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- lognormal distributiongeometric meandivergence time;
58.Bayesian, Maximum Parsimony and UPGMA Models for Inferring the Phylogenies of Antelopes Using Mitochondrial Markers

机译：贝叶斯，最大简约和UPGMA模型用于使用线粒体标记推断羚羊的系统发育
- 作者：Haseeb A. Khan;Ibrahim A. Arif;Ali H. Bahkali;Ahmad H. Al Farhan;Ali A. Al Homaidan
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- antelopesmitochondrial DNAphylogenetic treesbioinformaticsBayesianmaximum parsimonyUPGMA;
59.The Austronesian Basic Vocabulary Database: From Bioinformatics to Lexomics

机译：南方人基本词汇数据库：从生物信息学到词法学
- 作者：Simon J. Greenhill;Robert Blust;Russell D. Gray
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- austronesianlinguisticslexicondatabaseABVD;
60.Minimum Contradiction Matrices in Whole Genome Phylogenies

机译：全基因组系统发育中的最小矛盾矩阵
- 作者：Marc Thuillard
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- phylogenetic treeswhole genome phylogenyminimum contradictionsplit network;
61.The ABCs of MGR with DCJ

机译：使用DCJ进行MGR的ABC
- 作者：Zaky Adam;David Sankoff
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
62.Inconsistent Distances in Substitution Matrices can be Avoided by Properly Handling Hydrophobic Residues

机译：正确处理疏水残基可以避免取代基距离不一致
- 作者：J. Baussand;A. Carbone
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- substitution matricestriangle inequalityamino acids spacehydrophobic block;
63.Expected Anomalies in the Fossil Record

机译：化石记录中的预期异常
- 作者：Mareike Fischer;Mike Steel
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- fossil recordnull modelsphylogenetic trees;
64.Strategies for Reliable Exploitation of Evolutionary Concepts in High Throughput Biology

机译：高通量生物学中进化概念的可靠开发策略
- 作者：Anthony Levasseur;Pierre Pontarotti;Olivier Poch;Julie D. Thompson
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- phylogenetic inferencesystems biologyevolutionary informaticsinformation networkfunctional annotation;
65.Identifying Coevolving Partners from Paralogous Gene Families

机译：从旁系同源基因家族中找到共同进化的伙伴
- 作者：Chen-Hsiang Yeang
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
66.SPR Distance Computation for Unrooted Trees

机译：无根树的SPR距离计算
- 作者：Glenn Hickey;Frank Dehne;Andrew Rau-Chaplin;Christian Blouin
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- unrooted treesSPR distancelateral gene transferphylogenetic tree metrics;
67.Testing the Accuracy of Eukaryotic Phylogenetic Profiles for Prediction of Biological Function

机译：测试用于预测生物功能的真核系统发育谱的准确性
- 作者：Saurav Singh;Dennis P. Wall
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- comparative genomicsphylogenetic profilesfunctional prediction;
68.Detecting Microsatellites in Genome Data: Variance in Definitions and Bioinformatic Approaches Cause Systematic Bias

机译：检测基因组数据中的微卫星：定义和生物信息学方法的差异导致系统偏见
- 作者：Angelika Merkel;Neil J. Gemmell;Angelika Merkel;Neil J. Gemmell
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- microsatellitesshort tandem repeatsdefinitiongenomearray lengthstudy bias;
69.Assessing the Evolution of Gene Expression Using Microarray Data

机译：使用微阵列数据评估基因表达的演变
- 作者：Owen Z. Woody;Andrew C. Doxey;Brendan J. McConkey
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- functional evolutiongene expressionmicroarraysgene duplication;
70.Reverse Conservation Analysis Reveals the Specificity Determining Residues of Cytochrome P450 Family 2 (CYP 2)

机译：反向保守分析揭示了确定细胞色素P450家族2（CYP 2）残留的特异性。
- 作者：Tai-Sung Lee
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- reverse conservation analysisP450CYP 2SDR;
71.Dissection of Functional Residues in Receptor Activity-Modifying Proteins through Phylogenetic and Statistical Analyses

机译：通过系统发育和统计分析解剖受体活性蛋白中的功能残基
- 作者：Alfonso Benítez-Páez;Sonia Cárdenas-Brito
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- receptor activity-modifying proteinsfunctional divergenceevolutionary history;
72.Comparative Evolutionary Histories of the Fungal Chitinase Gene Family Reveal Non-Random Size Expansions and Contractions due to Adaptive Natural Selection

机译：真菌几丁质酶基因家族的比较进化史揭示了由于适应性自然选择而引起的非随机大小的扩张和收缩。
- 作者：Magnus Karlsson;Jan Stenlid
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- chitinasesgene familyfungievolutionphylogeny;
73.Maximum Gene-Support Tree

机译：最大基因支持树
- 作者：Yunfeng Shan;Xiu-Qing Li
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- genomegene evolutionmolecular phylogenytrue tree;
74.A Simple Derivation of the Distribution of Pairwise Local Protein Sequence Alignment Scores

机译：成对局部蛋白质序列比对分数分布的简单推导
- 作者：Olivier Bastien
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- conservation functionreliability theoryKarlin-Altshul theorem;
75.Examining Ancient Inter-domain Horizontal Gene Transfer

机译：检查古代域间水平基因转移
- 作者：Francisca C. Almeida;Magdalena Leszczyniecka;Paul B. Fisher;Rob DeSalle
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2008年第4期
- horizontal gene transfernode height testeschericia coliblast;
76.REFGEN and TREENAMER: Automated Sequence Data Handling for Phylogenetic Analysis in the Genomic Era

机译：REFGEN和TREENAMER：基因组时代系统发育分析的自动序列数据处理
- 作者：Guy Leonard;Jamie R. Stevens;Thomas A. Richards
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- phylogenybranch labelssequence alignmenttext management;
77.A Model for Protein Sequence Evolution Based on Selective Pressure for Protein Stability: Application to Hemoglobins

机译：基于选择性压力的蛋白质稳定性的蛋白质序列进化模型：在血红蛋白中的应用
- 作者：Lorraine Marsh
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- protein stabilitynegative selectionprotein structureevolutionary model;
78.Initial Implementation of a Comparative Data Analysis Ontology

机译：初步实施比较数据分析本体
- 作者：Francisco Prosdocimi;Brandon Chisham;Enrico Pontelli;Julie D. Thompson;Arlin Stoltzfus
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- evolutionphylogenyontologycharacter datacomparative method;
79.Evolution and Functional Diversification of the GLI Family of Transcription Factors in Vertebrates

机译：脊椎动物转录因子GLI家族的进化和功能多样化。
- 作者：Amir Ali Abbasi;Debbie K. Goode;Saneela Amir;Karl-Heinz Grzeschik
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
80.A Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct phylogenies

机译：同时检测重组断裂点和重建系统发育的混合模型和隐马尔可夫模型
- 作者：Bastien Boussau;Laurent Guéguen;Manolo Gouy
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- molecular phylogenyrecombinationmaximum likelihoodPhyML;
81.Phylogenetic Applications of the Minimum Contradiction Approach on Continuous Characters

机译：连续字符最小矛盾方法在系统发育上的应用
- 作者：Marc Thuillard;Didier Fraix-Burnet
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- phylogenycontinuous charactersminimum contradictiongalaxieshominids;
82.Genome-Wide Identification and Evolutionary Analysis of the Animal Specific ETS Transcription Factor Family

机译：动物特异性ETS转录因子家族的全基因组鉴定和进化分析
- 作者：Zhipeng Wang;Qin Zhang
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- ETS transcription factorsmetazoan animalgenome-widephylogenetic analysis;
83.On the Use of Bootstrapped Topologies in Coalescent-Based Bayesian MCMC Inference: A Comparison of Estimation and Computational Efficiencies

机译：自举拓扑在基于聚结的贝叶斯MCMC推断中的使用：估计效率和计算效率的比较
- 作者：Allen G. Rodrigo;Peter Tsai;Helen Shearman
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- coalescentBayesian inferenceMCMCbootstrapeffective population size;
84.PhyLIS: A Simple GNU/Linux Distribution for Phylogenetics and Phyloinformatics

机译：PhyLIS：系统发育和系统信息学的简单GNU / Linux发行版
- 作者：Robert C. Thomson
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- linuxphylogeneticsphyloinformaticsoperating system;
85.A Comprehensive Analysis of Gene Expression Evolution between Humans and Mice

机译：人与小鼠基因表达进化的综合分析
- 作者：Yupeng Wang;Romdhane Rekaya
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- gene expressionevolutionorthologneutral modelpromoter;
86.Phylogenetic Analyses Reveal Monophyletic Origin of the Ergot Alkaloid Gene dmaW in Fungi

机译：系统发生分析揭示真菌麦角生物碱基因dmaW的单系起源。
- 作者：Miao Liu;Daniel G. Panaccione;Christopher L. Schardl
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2009年第4期
- mycotoxins4-γγ-dimethylallyltryptophan synthase geneClavicipitaceaeTrichocomaceaeamino acid sequenceGBlocksgene phylogeny;
87.An Application of Supertree Methods to Mammalian Mitogenomic Sequences

机译：Supertree方法在哺乳动物线粒体序列中的应用
- 作者：Véronique Campbell;Fran?ois-Joseph Lapointe
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- combined analysisconsensusDNA sequencesphylogenomicsseparate analysissupermatrix;
88.Where Does the Alignment Score Distribution Shape Come from?

机译：对齐分数分布形状从何而来？
- 作者：Philippe Ortet;Olivier Bastien
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- sequence alignment scoresKarlin-Altchul theoremmutual informationsequence space;
89.PlutoF—a Web Based Workbench for Ecological and Taxonomic Research, with an Online Implementation for Fungal ITS Sequences

机译：PlutoF-用于生态学和分类学研究的基于Web的工作台，带有真菌ITS序列的在线实现
- 作者：Kessy Abarenkov;Leho Tedersoo;R. Henrik Nilsson;Kai Vellak;Irja Saar;Vilmar Veldre;Erast Parmasto;Marko Prous;Anne Aan;Margus Ots;Olavi Kurina;Ivika Ostonen;Janno J?geva;Siim Halapuu;Kadri P?ldmaa;M?rt Toots;Jaak Truu;Karl-Henrik Larsson;Urmas K?ljalg
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- sequence management environmentdata miningmetadatathin clientssequence identification;
90.Maximum Likelihood Analyses of 3,490 rbcL Sequences: Scalability of Comprehensive Inference versus Group-Specific Taxon Sampling

机译：3,490 rbcL序列的最大似然分析：综合推断与组特定分类群采样的可伸缩性
- 作者：Alexandros Stamatakis;Markus G?ker;Guido W. Grimm
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- RAxMLphylogenetic inferencemany taxon analysestaxon jackknifing;
91.A Clustering Optimization Strategy for Molecular Taxonomy Applied to Planktonic Foraminifera SSU rDNA

机译：应用于浮游有孔虫SSU rDNA的分子分类学聚类优化策略
- 作者：Markus G?ker;Guido W. Grimm;Alexander F. Auch;Ralf Aurahs;Michal Ku?era
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- automated taxonomylinkage clusteringparameter optimizationplanktonic foraminiferaSSU rDNA;
92.Identifying the Combinatorial Effects of Histone Modifications by Association Rule Mining in Yeast

机译：通过酵母中的关联规则挖掘识别组蛋白修饰的组合效应
- 作者：Jiang Wang;Xianhua Dai;Qian Xiang;Yangyang Deng;Jihua Feng;Zhiming Dai;Caisheng He
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- histone codeassociation ruleyeast;
93.Comparative Molecular Evolution of Trichoderma Chitinases in Response to Mycoparasitic Interactions

机译：木霉几丁质酶对霉菌寄生相互作用的比较分子进化。
- 作者：Katarina Ihrmark;Nashwan Asmail;Wimal Ubhayasekera;Petter Melin;Jan Stenlid;Magnus Karlsson
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- protein evolutionTrichodermamycoparasitismchitinase;
94.Computational identification of anthocyanin-specific transcription factors using a rice microarray and maximum boundary range algorithm

机译：利用水稻微阵列和最大边界范围算法计算鉴定花色苷特异性转录因子
- 作者：Chang Kug Kim;Shoshi Kikuchi;Jang Ho Hahn;Soo Chul Park;Yong Hwan Kim;Byun Woo Lee
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- black riceanthocyanin-specific transcription factorrice microarraymaximum boundary range algorithm;
95.DNA Barcodes of Arabian Partridge and Philby's Rock Partridge: Implications for Phylogeny and Species Identification

机译：DNA条形码的阿拉伯by和菲比的岩石Part：对系统发育和物种鉴定的影响。
- 作者：Haseeb Ahmad Khan;Ibrahim Abdulwahid Arif;Mohammad Shobrak
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- barcodingarabian partridgephilby's rock partridgechukar partridgecytochrome oxidasecontrol regiongene sequencingphylogenetics;
96.Clustering Protein Sequences Using Affinity Propagation Based on an Improved Similarity Measure

机译：基于改进的相似性度量，使用亲和力传播对蛋白质序列进行聚类
- 作者：Fan Yang;Qing-Xin Zhu;Dong-Ming Tang;Ming-Yuan Zhao
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- clusteringsimilarity measureaffinity propagationbiological function;
97.EvoPipes.net: Bioinformatic Tools for Ecological and Evolutionary Genomics

机译：EvoPipes.net：用于生态和进化基因组学的生物信息学工具
- 作者：Michael S. Barker;Katrina M. Dlugosch;Louie Dinh;R. Sashikiran Challa;Nolan C. Kane;Matthew G. King;Loren H. Rieseberg
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- bioinformaticsnext-generation sequencinggenomic analysesevolutionary genomicsecological genomics;
98.Relative Codon Adaptation Index, a Sensitive Measure of Codon Usage Bias

机译：相对密码子适应指数，一种敏感的密码子使用偏倚度量
- 作者：Soohyun Lee;Seyeon Weon;Sooncheol Lee;Changwon Kang
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- codon usage biascodon adaptation indextranslation efficiencyoverlapping genes;
99.Molecular Phylogeny of Edge Hill Virus Supports its Position in the Yellow Fever Virus Group and Identifies a New Genetic Variant

机译：Edge Hill病毒的分子系统发育支持其在黄热病病毒群中的地位并鉴定出新的遗传变异
- 作者：Joanne Macdonald;Michael Poidinger;John S. Mackenzie;Richard C. Russell;Stephen Doggett;Annette K. Broom;Debra Phillips;Joseph Potamski;Geoff Gard;Peter Whelan;Richard Weir;Paul R. Young;Debra Gendle;Sheryl Maher;Ross T. Barnard;Roy A. Hall
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- Edge Hill virusEHVyellow fever virusflavivirus;
100.A Comparative Taxonomy of Parallel Algorithms for RNA Secondary Structure Prediction

机译：RNA二级结构预测的并行算法的比较分类法
- 作者：Raed M. Al-Khatib;Rosni Abdullah;NurAini Abdul Rashid
- 期刊名称：《Evolutionary Bioinformatics》 | 2010年第4期
- RNA secondary structuredynamic programming (DP)pseudoknotfree energy minimizationFPGAGPU;

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