基于高通量测序的苹果根腐病病株和健株根际土壤细菌组成与多样性分析

摘要

[目的]揭示苹果感染根腐病后,根际土壤细菌群落结构、多样性变化.[方法]分别对感染根腐病和健康苹果植株根际土壤中细菌的16S rRNA基因V3～ V4区进行扩增,并利用Illumina Hiseq高通量测序技术进行测序,分析苹果根腐病病株和健株根际土壤细菌物种组成及多样性.[结果]健康、患病苹果根际土壤共获得2526个OTU,主要分为31个门、70个纲、284个科、533个属,其中患病土壤特有260个OTU,健康土样特有103个OTU.α多样性分析显示,患病土壤中细菌多样性显著高于健康土壤.健康土样中,Actinobacteria的相对丰度显著高于患病土样,Acidobacteria显著低于患病土样.苹果根际土壤中,存在Pseudomonas、Ba-cillus、Arthrobacter、Erwinia、Flavobacterium、Rhizobium、Serratia和Microbacterium等促生微生物,健康土样中,有益菌Arthrobacter的相对丰度显著高于患病土样.[结论]苹果感染根腐病后,根际土壤细菌的物种多样性、群落多样性显著升高.放线菌门和酸杆菌门的平衡,可能对苹果根际土壤的健康有重要作用.苹果根际土壤中,存在大量的潜在植物促生细菌,是将来筛选土著生防菌的潜在资源.