多发性肌炎差异表达基因的生物信息学分析

摘要

目的 利用生物信息学方法筛选多发性肌炎(PM)的差异表达基因(DEGs).方法 从GEO芯片数据库下载PM基因表达谱GSE128470,利用GEO2R在线分析工具筛选PM的DEGs,利用DAVID在线网站对DEGs进行功能注释(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,应用STRING数据库预测DEGs的蛋白质—蛋白质相互作用网络,并利用Cytoscape3.8.2软件中插件MOCOD和CytoHubba分别筛选出核心模块和关键基因.结果 在PM基因表达谱GSE128470中共获得366个DEGs,其中表达上调基因331个、表达下调基因35个.GO富集分析显示,DEGs主要功能涉及干扰素γ介导的信号通路、免疫反应、内质网膜腔侧的组成部分、细胞外空间、肽抗原结合、MHCⅡ类受体活性等;KEGG信号通路分析显示,DEGs主要参与抗原处理和呈递、吞噬体、同种异体移植排斥、细胞黏附分子、细胞因子与细胞因子受体的相互作用、Toll样受体信号通路.以蛋白质—蛋白质相互作用网络中前十位的DEGs作为关键基因,分别为PTPRC、STAT1、CD44、VCAM1、ICAM1、IRF8、IRF1、ITGB2、TYROBP、HLA-DRB1.结论 本研究从PM患者肌肉组织中共筛选出366个DEGs,这些DEGs主要参与抗原处理和呈递、免疫反应、吞噬体、细胞黏附分子等信号通路.其中,PTPRC、STAT1、CD44、VCAM1、ICAM1、IRF8、IRF1、ITGB2、TYROBP、HLA-DRB1为PM的关键基因.这些关键基因有可能成为PM早期诊断、靶向治疗和预后评估的分子标志物.