脑瘫差异表达基因生物信息学分析及脑瘫核心驱动基因筛选

摘要

目的 对文献报道的脑瘫差异表达基因进行生物信息学分析,并筛选脑瘫核心驱动基因.方法 通过检索Pubmed、中国知网数据库相关文献,获取脑瘫差异表达基因,并进行GO功能富集分析、KEGG信号通路分析和通路串话分析,应用STRING和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI),并筛选排名前10的差异表达基因,即为脑瘫核心驱动基因.结果 得到298个脑瘫差异表达基因.GO功能富集分析结果显示,脑瘫差异表达基因在生物学过程方面主要与免疫应答、防御反应、对含氧化合物的反应等有关,在细胞组分方面主要与轴突、突触后膜、突触等有关,在分子功能方面主要与蛋白聚糖结合、胶原结合、抗原结合等有关.KEGG信号通路分析结果显示,脑瘫差异表达基因主要参与Th17细胞分化、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等.脑瘫差异表达基因的通路串话关系网络中,T细胞受体信号通路、IL-17信号通路、细胞因子和细胞因子受体相互作用等通路与其他的通路之间存在较多的串话关系.PPI网络中的10个关键基因是IL-6、TNF、IFNG、CXCL8、TLR4、ICAM1、IL-4、IL-1β、CCL5、PTGS2.结论 脑瘫差异表达基因可能通过免疫应答等生物学过程发挥作用,Th17细胞分化、T细胞受体信号通路等信号通路参与了脑瘫的发生发展;IL-6、TNF、IFNG等可能是脑瘫发生发展的核心驱动基因.