三阴性乳腺癌免疫相关LncRNA筛选及预后预测模型构建

摘要

目的筛选出三阴性乳腺癌(TNBC)免疫相关LncRNA基因,构建TNBC预后预测模型。方法①从癌症基因组图谱(TCGA)项目下载TNBC组织和癌旁组织的转录组RNA表达谱原始数据,结合Immport数据库,筛选TNBC免疫相关的LncRNA。进一步应用单因素及多因素Cox分析筛选TNBC与预后关系密切的免疫相关LncRNA,然后再根据最佳AIC值确定与预后关系密切的免疫相关LncRNA。②根据预后关系密切的免疫相关LncRNA,构建TNBC预后预测模型。③根据TNBC预后风险模型测算的风险评分值的中位值将TNBC患者样本分为高风险组和低风险组,比较高低风险组生存率。④采用ROC、主成分分析(PCA)评估构建的TNBC预后预测模型的预测效能。⑤采用多因素Cox分析TNBC预后预测模型预测效能的独立性。结果共计65例份TNBC组织样本,得到369个免疫相关LncRNA,通过单因素和多因素Cox分析,共得到3个与预后关系密切的免疫相关LncRNA(AC090181.2、LINC01235、LINC01943),并构建TNBC预后预测模型,该模型表达公式如下:风险评分(RS)=(-6.24904×A C090181.2)+(0.240562×LINC01235)+(-2.18153×LINC01943)。高风险组和低风险组患者生率差异有统计学意义(P<0.001)。TNBC预后预测模型对患者预后预测效能好(AUC=0.910;高、低风险组投影点分布有区别,区分度高)。TNBC预后预测模型能独立预测TNBC预后(HR=1.028,P<0.05)。结论成功构建了由3个与预后关系密切的免疫相关LncRNA(AC090181.2、LINC01235、LINC01943)组成的TNBC预后预测模型,其能较好预测TNBC患者的预后。