鸭疫里默氏菌贵州分离株OmpA基因的克隆及生物信息学分析

摘要

为了解鸭疫里默氏菌(Riemerella anatipestifer,RA)贵州分离株OmpA基因遗传特性和用作基因工程亚单位疫苗开发的可能性,以13株RA贵州分离株(RA-SS-1~12株和RA-AS-1株)为研究对象,用RA OmpA基因特异性引物对13株RA贵州分离株进行PCR扩增,将扩增得到的OmpA基因片段与pMD19-T载体连接,转化大肠埃希氏菌DH5α感受态细胞,经PCR和双酶切鉴定为阳性克隆后进行测序;用生物信息学软件将13株RA贵州分离株与国内外15株参考株OmpA基因序列进行核苷酸同源性分析和遗传进化分析,并对RA OmpA蛋白进行理化性质分析、跨膜结构和信号肽预测、B细胞抗原表位预测、二级和三级结构预测。结果表明,13株RA贵州分离株OmpA基因全长均为1164 bp,可编码387个氨基酸,株间核苷酸同源性为100%,与参考株GZ-RA8、GZ-RA9、GZ060302、SD-RA2018和Yb2株的同源性达100%”;RA OmpA蛋白属亲水性蛋白,无跨膜和信号肽区域,含有较多的优势抗原表位结构,且OmpA基因高度保守并具有良好的抗原特性,其可作为制备RA基因工程亚单位疫苗的候选蛋白。