南沙海区沉积物中细菌和古细菌16S rDNA多样性的研究

摘要

采用细菌16S rDNA通用引物和PCR扩增等方法,构建了南海南沙海区沉积物16S rDNA文库,并通过RFLP酶切分型对所获得的70个克隆进行测序.从国际分子生物学数据库中调取相关序列,以PAUP4.0分析软件构建序列同源性矩阵和系统发育树图.结果表明,与细菌文库中克隆相似的微生物属于4个细菌类群:变形细菌(Proteobacteria)(60%)、革兰氏阳性细菌(Gram-positive bacteria)(13%)、浮霉菌(Planctomycetes)(10%)和无硫绿细菌(Green nonsulfur bacteria)(6%),其中变形细菌(包括δ-、γ-和α-变形细菌)是明显的优势类群.采用Blast程序对所有序列基因数据库进行搜索,发现只有一个克隆与已知序列完全相似,说明文库具有极高的多样性.但是对古细菌文库中所获得的克隆子进行二级结构和序列特征分析的结果表明,这些克隆子均为海洋未获培养的细菌,因此在作者的文库中并未有古细菌的发现.