粪肠、屎肠球菌及相近种部分持家基因的系统发育分析

摘要

[目的]利用16S rRNA、clpX和recA基因分子标记研究Enterococcus faecalis、Enterococcus faecium及相近种间的种系发育关系,并比较这些基因序列对E.faecalis、E.faecium 及相近种的区分能力.[方法]以分离自传统乳制品中的9株E.faecium和1株E.durans分离株为研究对象,以clpX和recA基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,结合已公布的近缘种相应序列构建系统发育树并与16S rRNA基因进行比较.[结果]在基于clpX和recA基因的进化树中,10株试验菌株与E.faecalis始终处于同一分支.与该物种这两个基因的平均相似性为99.6％和98.6％,与另一分支的Faecium-group (E.durans和E.faecium)的平均相似性仅为61.5％和33.5％.相近种E.durans和E.hirae间这两个基因的差异性为20.3％和39.0％;在基于16S rRNA基因的进化树中,试验菌株与Faecium-group (E.lactis、E.faecium、E.durans、E.hirae)处于同一分支.与这些成员间该基因的相似性大于99.6％,与E.faecalis基因的平均相似性可达98.4％.相近种间该基因相似性无明显差异.[结论]按照10株试验菌株clpX和recA基因的分析结果可将由传统生理生化和16S rRNA基因序列鉴定的9株E.faecium和1株E.durans 归类为E.faecalis,clpX和recA基因可用于部分相近种的分类鉴定.