2000—2019年广西狂犬病病毒流行株的基因组遗传稳定性分析

摘要

cqvip:【目的】揭示广西狂犬病病毒(RABV)的流行变异规律及进化特征,为广西狂犬病防控提供科学依据。【方法】对2018年从患狂犬病家犬脑组织分离获得的2株RABV野毒株(GXYZ2018和GXSL2018)进行全基因组扩增与测序,测序结果采用Seq Man进行拼接以获得全基因组序列,并与近20年来的RABV广西流行株进行系统地遗传变异分析。【结果】GXSL2018株和GXYZ2018株的全基因组序列长度均为11923 bp,不同RABV广西流行株间的核苷酸序列同源性在87.1%~99.4%,而2株毒株间的同源性为99.1%;与其他RABV广西流行株相比,GXSL2018株和GXYZ2018株的3’-UTR为69 bp,且在第20位缺失一个核苷酸。基于N基因和G基因核苷酸序列同源性构建的遗传进化树均显示GXSL2018株和GXYZ2018株同属于Group Ⅱ型毒株,且2株毒株N蛋白上的B细胞表面抗原表位(第358~367位氨基酸残基)、Th细胞表位(第404~418位氨基酸残基)和RNA结合域(第298~352位氨基酸残基),以及G蛋白上与病毒毒力密切关联的第333、336、339和357位氨基酸残基及中和抗体相关表位和受体结合位点均高度保守。【结论】GXYZ2018株和GXSL2018株同属于Group Ⅱ型毒株,与近20年来的RABV广西流行株高度相似,病毒蛋白主要功能区的氨基酸序列高度保守,尚未发生变异,全基因组遗传特性稳定。