基于TCGA数据库分析肝细胞肝癌组织中HMMR表达与患者临床特征及预后的相关性

摘要

目的:研究透明质酸介导的运动受体(hyaluronan-mediated motility receptor,HMMR)的表达与肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的发生发展以及预后的关系.方法:在本研究中,我们通过从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载HCC有关的数据进行生物信息学分析,探讨HMMR表达在HCC发生、发展和预后中的价值.根据HMMR mRNA表达的中位值将患者分为两组(HMMR高表达组和HMMR低表达组),应用Kruskal-Wallis检验和Logistic回归分析HMMR表达与患者临床特征之间的关系,利用Kaplan-Meier和Cox分析观察HMMR表达对HCC患者生存的影响,并进行PPI蛋白互作网络、GO富集和KEGG通路分析.最后通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证HMMR mRNA在HCC组织样本中的表达.结果:HCC组织中HMMR的高表达与组织学分级(G3 vs G1,OR=2.675)、癌组织阶段(ⅢvsⅠ,OR=2.509)、T分期(T4 vs T1,OR=3.568)相关(P均<0.05).Kaplan-Meier生存分析显示,HMMR高表达的HCC预后比HMMR低表达的患者差(P=6.858E-05).Cox分析显示HMMR高表达是总体生存(overall survival,OS)的危险因素(HR:1.166,95％CI:1.027～1.324,P=0.018).PPI蛋白互作、GO富集和KEGG通路分析鉴定了与HMMR存在相互作用的10个基因,分别为:FAM83D、CD44、TPX2、PLK4、AURKA、PLK1、NEK2、CDK1、BUB1及DLGAP5,它们主要富集在有丝分裂细胞周期相变的调控、细胞周期过程、ECM-受体相互作用、FoxO信号通路、EB病毒感染等.qRT-PCR结果显示,HMMR mRNA在HCC癌组织中高表达(P<0.05).结论:HMMR mRNA的高表达与HCC的发生发展密切相关,是HCC预后不良的独立危险因素.