应用生物信息学从铁死亡角度筛选治疗盆腔炎性疾病后遗症天然药物成分

摘要

目的：通过生物信息学从铁死亡角度分析筛选得到治疗盆腔炎性疾病后遗症（SPID）的天然药物成分。方法：在GEO数据库中检索与SPID相关的符合筛选条件的数据集，进行limma差异分析获得SPID的差异表达靶点。在FerrDb平台收集与铁死亡相关靶点。将铁死亡与SPID差异表达的共同靶点构建蛋白互作网络，并对该网络进行拓扑学性质分析。通过WebGestalt数据库及reactome数据库对共同靶点进行KEGG及GO富集分析。利用CMap平台定位药物小分子，并通过TCMSP找到天然药物小分子所来源的天然药物及其所对应靶点后进行分子对接分析。结果：GEO数据库筛选出GSE165004及GSE58794数据集，通过limma差异分析后得到3 093个靶点。通过收集得到与铁死亡相关靶点259个。取铁死亡与SPID差异表达共同靶点构建PPI网络与拓扑学性质分析可到关键靶点30个。GO及KEGG富集分析显示SPID从铁死亡角度或与刺激的反应、蛋白结合、RAS突变体的信号传导等相关。CMap数据库结果显示，Camptothecin、Digitoxigenin、芹菜素等天然药物小分子化合物具有较高的负相关，并能与其对应靶点形成良好的分子对接。结论：通过生物信息学及分子对接结果，来源于虎杖等天然药物的芹菜素、Resveratrol等或可能成为治疗SPID的关键候选药物，为SPID药物研究开辟了新方向，也为新药的研制开发提供了一定借鉴。