基于16S rRNA高通量测序评价患病草鱼体表及肝脏细菌多样性

摘要

草鱼是一种重要的淡水养殖鱼类,但因经常暴发细菌性疾病,造成相关养殖产业重大经济损失。利用16S rRNA基因V4区高通量测序,实现快速评价2个不同养殖池内患病草鱼溃烂皮肤组织和肝脏中细菌的群落结构及多样性。试验结果显示,1号池草鱼皮肤和肝脏的运算分类单元数(611个和875个)较2号池(376个和644个)多;α多样性分析结果显示,1号池草鱼肝脏中的菌群丰度和多样性最高;β多样性分析结果显示,1号池草鱼的皮肤、2号池草鱼的皮肤与2号池草鱼的肝脏群落结构相似,但1号池草鱼的肝脏与这3个样品存在差异,分析推测1号池草鱼感染情况较2号池复杂。患病草鱼皮肤和肝脏细菌群落结构以拟杆菌门和变形杆菌门为优势菌门,以黄杆菌属和希瓦氏菌属为优势菌属,推测其是引发本次草鱼病害的优势病原细菌。试验结果可为前期病害防治提供科学依据,也可为后期细菌分离鉴定提供优势菌群的参考。