Phylogenetic analysis based on whole-genome SNPs reveals the specificity of Brucella strains isolated from China

摘要

布鲁氏菌是一种兼性胞内寄生菌,能在宿主体内长期生存并引起世界范围内的流行病,严重危害公共卫生安全.有研究表明,与其他分离株相比,布鲁氏菌中国分离株存在一定的特异性.因此,利用比较基因组学分析中国分离株全基因组水平的变异性对菌株溯源、诊断和防控等方面具有重要的意义.本研究分析147株完整基因组序列,并与中国分离株比较,利用比较基因组学和生物信息学分析筛选中国分离株特异性SNPs位点.全基因组SNPs构建的进化树表明,羊种布鲁氏菌中国分离株处于同一进化分支,并存在9个特异性SNPs位点.9个特异性SNPs位点中,3个SNPs能引起错义突变.将特异性SNPs位点与其他分离地点明确的羊种布鲁氏菌比较,结果发现,47株羊种完整基因组布鲁氏菌分离株中,仅有分离地点离中国较近的5株中东地区分离株均存在中国特异性SNPs位点.进化分析表明,尽管羊种布鲁氏菌分离株存在多样性,但是中国分离株具有一定的特异性,且菌株来源相对单一.本研究表明羊种布鲁氏菌中国分离株的特异性和遗传特征,为羊种布鲁氏菌中国分离株的来源提供基础数据,有助于研究中国羊种布鲁氏菌的流行特征.