Original Article Epidemiologic Investigation of Extra-intestinal pathogenic E.coli (ExPEC) based on PCR phylogenetic group and fimH single nucleotide polymorphisms (SNPs) in Tianjin, China

摘要

目的：使用PCR遗传谱分型和fimH单核苷酸多态性分析相结合的方法探究天津地区肠外致病性大肠埃希菌的流行病学特点.rn 方法：收集116株大肠埃希菌(包括3株参考株),标本分别来自患者的尿液,痰液和其他部位.分别使用两步三重PCR和普通PCR技术对细菌的遗传谱系和fimH基因进行扩增.对fimH基因阳性株中的50株和3株参考菌分别使用DNAMAN6.0.3.93对fimH基因的SNP进行分析,MEGA4对fimH基因进行系统进化分析,CLUSTALW和CLC生物软件对其树状结构进行分析.大肠埃希菌K-12被用来作为参考菌株进行比较.rn 结果：对比大肠埃希菌的遗传谱系,发现25％(28/113)的菌株属于A组,15％(17/113)的菌株属于B1组,14％(16/113)的菌株属于B2组,46％(52/113)的菌株属于D组.在113株菌株中有75％ (85/113)的菌株fimH基因阳性,对其中的50株进行SNP分析,显示在57个多态位点中有60个SNPs被发现.在尿路致病大肠埃希菌中的氨基酸变异和静默SNP比其他肠外致病大肠埃希菌更常见.具有相同氨基酸变异的尿路致病大肠埃希菌其遗传谱系组别大部分也相同.rn 结论：这种结合方法用于肠外致病性大肠埃希菌的流行病学调查具有速度快,价格低廉,并具有高度的可重复性的特点.可以收集更多的大肠埃希菌的数据与其他临床实验室方法进行比较,了解不同地区之间的大肠埃希菌菌株的流行病学特点.