单链构象多态性

摘要： 为研究北京地区水系中腐霉和疫腐霉种类分布,采用叶饵法从北京水系中诱集菌株,共分离到腐霉、疫腐霉182株,利用Single-strand conformation polymorphism (SSCP)进行分析,筛选出不同基因型的代表菌株,并依据形态学特征及ITS序列对这些菌株进行种类鉴定.结果 共发现6个已知种和3个可能的新种,其中:湖滨疫腐霉Ph ytopythium litorale和果胶裂解腐霉Pythium pectinolyticum为国内新记录种;旋柄疫腐霉Pp.helicoides、异丝腐霉P.diclinum、簇囊腐霉P.torulosum和袋囊腐霉P.marsipium为北京地区新记录种.研究结果可为未来监测北京地区水系中病原菌的分布情况提供基础数据.

摘要： 为揭示传统白酒酿造过程中微生物的群落演替规律及其对部分风味分子形成的影响,本研究首先对不同时期酒醅中酵母菌进行分离,采用单链构象多态性对分离的酵母进行分析,确定不同类型酵母菌之间的差异.在此基础上对130株酵母菌的26S rRNA D1/D2区序列进行分析比对鉴定,它们分属于9个属,15个种,分别为Pichia fermentans、Naumovozyma castellii、Torulaspora delbrueckii、Saccharomyces cerevisiae、P.membranifaciens、Candida humilis、Kazachstania exigua、Saccharomycopsis fibuligera、Millerozyma farinosa、C.cabralensis、P.kudriavzevii、C.ethanolica、P.occidentalis和Zygosaccharomyces bailii和C.rugopelliculosa,并在此基础上讨论其对部分风味分子形成的影响.这些结果为研究传统中国白酒功能微生物提供了一定理论支持.

摘要： 疫霉是一类世界性分布的卵菌,目前广泛承认有120种,其中很多存在于湖泊、溪流等水系中.本研究通过叶饵法从北京水系中诱集疫霉,共分离到疫霉菌株463株,利用Single-strand conformation polymorphism (SSCP)进行分析,筛选出不同基因型的代表菌株.依据形态学特征及β-tubulin基因序列和ITS序列对这些菌株进行种类鉴定,发现3种国内新记录种,分别为节水疫霉Phytophthora gonapodyides、北方疫霉Phytophthora borealis和波斯疫霉Phytophthora parsiana.%Four hundred and sixty-three isolates of Phytophthora were obtained from Beijing water system by using leaf bating method.Different genotypes were screened out using PCR-based single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) analysis.Based on morphological characters and the sequence of β-tubulin gene and rDNA-ITS,P.gonapodyides,P.borealis and P.parsiana were identified as new records in China.

摘要： 为了解脂肪型脂肪酸结合蛋白(adipocyte fatty-acid binding protein,A-FABP)基因在不同鸭品种、世代间的突变情况,以山麻鸭、巢湖鸭、金定鸭(3个世代群体)等9个鸭品种为材料,设计2对引物,用SSCP方法检测A-FABP基因多态性,比较不同鸭品种之间、金定鸭3个世代群体之间基因型、等位基因频率、群体遗传参数.结果显示,9个鸭品种中共形成A、B、C、D4个等位基因,对不同基因型序列进行比较发现,在内含子1中有6个单核苷酸突变.在9个鸭品种中,B等位基因频率均明显高于A、C、D.大部分鸭品种之间基因型频率存在显著性差异,金定鸭3个世代群体之间基因型频率无明显差异.所有鸭品种的群体杂合度都在0.4以上,山麻鸭、攸县麻鸭、广西小麻鸭、金定鸭3个世代群体均为中度多态,其他鸭品种为高度多态.除山麻鸭和临武鸭外,其他鸭品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态.可见,鸭不同品种中A-FABP基因具有丰富的单核苷酸多态性,采用小群保种方式,金定鸭A-FABP基因多态位点形成的基因型频率在世代间无显著性变化.

摘要： 对柑橘不对称PCR的引物比例浓度进行优化筛选，并以不同柑橘品种的基因组片段为模板验证不对称PCR在柑橘品种基因型分析中的可行性。结果表明，不对称PCR双侧的引物最佳浓度因引物不同而不同，当浓度为10∶1时均能达到理想效果，可见不对称PCR可以用于柑橘基因型分析。

摘要： 试验以促甲状腺激素受体(thyroid stimulating hormone receptor,TSHR)作为影响绵羊季节性繁殖的候选基因开展了多态性分析研究.结果在绵羊TSHR基因CDS区发现了一处c.31A＞G突变位点,该突变为错义突变(T315A).该位点在不同繁殖特性(季节性繁殖和常年发情)绵羊群体的基因型和等位基因频率有着明显不同的分布趋势,GG基因型和G等位基因为常年发情的3个绵羊品种(多浪羊、小尾寒羊、湖羊)的优势基因型和优势等位基因;常年发情的3个绵羊群体和季节性繁殖的3个绵羊群体之间等位基因G/A比值存在显著性差异(P＜0.05).研究结果表明该SNP位点上G等位基因与绵羊常年发情性状具有显著的相关性,该位点碱基突变可能导致TSHR构象改变,与TSH结合能力发生变化,进行影响到绵羊的季节性繁殖活动.

摘要： The relationship between heat stress and polymorphism of HSP70-1 gene was studied by analyzing single nucleotide polymorphism in HSP70-1 coding sequence of Holstein cow by pcr-sscp to provide the theoretical basis for breeding of Holstein cow with resistance to heat stress in Southern China. Results:There is C→A mutation (CC,CA and AA genotypes)on 1112 locus of HSP70-1 gene.T3 ,T4 and rectal temperature of the individuals with CA genotype are lower than other individuals with other genotypes,individuals with AA genotype and individuals with CC genotype significantly.There is T→C mutation (TT,TC and CC genotypes)on 3390 locus of HSP70-1 gene.There is no significant difference in Cor on 1112 locus and different indexes on 3390 locus between different genotypes. The 1112 polymorphism locus can be used as a potential genetic marker to improve resistance to heat stress of Holstein cow because individual with CA genotype has of strong resistance to heat stress.%为我国南方荷斯坦奶牛抗热应激品种的选育提供理论依据，使用 PCR-SSCP 方法，对327头荷斯坦奶牛 HSP 70-1基因编码区进行单核苷酸多态性检测，并分析其与热应激的关联性。结果表明：HSP 70-1基因在1112位点发生 C→A 突变，有 CC、CA 和 AA 基因型，其中 CA 型个体血清三碘甲腺原氨酸（T3）显著低于其他基因型个体（P ＜0．05），甲状腺素（T4）显著低于 AA 型个体（P ＜0．05），直肠温度显著低于 CC 型个体（P ＜0．05）；在3390位点发生 T→C 突变，有 TT、TC 和 CC 基因型。1112位点的皮质醇（Cor）及3390位点各指标基因型间差异均不显著（P ＞0．05）。CA 型个体对抗热应激的能力更强，1112多态位点可以作为提高奶牛抗热应激能力的一个潜在遗传标记。

摘要： Objective To investigate on the rapid diagnosis method of spontaneous bacterial peritonitis ( SBP ). Methods Primers were designed according to the 16S rRNA gene fragment sequence of bacteria. The DNA templates isolated from the standard strains were amplified using one pair and double pairs primers, then the single strand conformation polymorphism of these bacterial was analyzed by PCR-SSCP. Results PCR-SSCP diagram of seven common bacterial species in SBP patients was established successfully. Conclusions PCR-SSCP diagram could detect and identify pathogenic bacteria of SBP rapidly and conveniently.%目的 探讨自发性腹膜炎快速诊断的方法.方法 利用细菌特有16S rRNA基因序列片段设计引物,分别通过单引物和双引物扩增标准菌种样品,通过PCR-SSCP分析常见致病菌的单链构象差异.结果 建立了基于16S rRNA基因序列的自发性腹膜炎7 种常见致病菌的PCR-SSCP图谱.结论 PCR-SSCP技术可快速检测及鉴定自发性腹膜炎常见致病菌.

摘要： 通过对PCR扩增的76例结直肠癌组织及癌旁正常组织DNA基因组共152个样本纯化变性后,采用毛细管电泳-激光诱导荧光检测(CE-LIF)结合单链构象多态性(SSCP)分析方法检测了人结直肠癌组织及癌旁正常组织中K-ras基因第12/13位密码子突变.所检测的76例结直肠癌患者中有30例患者存在基因突变,并对异常片段进行测序验证,测序证实以碱基G→A点突变为主.结果表明所建立的CE-LIF技术结合SSCP分析检测K-ras基因突变的方法高效、快速、灵敏、准确,适合于临床上大样本结直肠癌中K-ras基因突变分析,对选择抗结直肠癌药物有一定的指导作用.

摘要： PCR—SSCP(单链构象多态性)技术是20世纪90年代发展起来的用于遗传分析的方法，其基本原理是将PCR技术和SSCP技术结合起来，能灵敏地检测单碱基的差别，从而揭示了基因的多态性。其检测技术成本低、操作过程简单、稳定、灵敏，且具有多态性丰富、覆盖密度大、遗传稳定性好的特点，能在很大程度上丰富棉花的多态性。目前SSCP技术在棉花分子标记方面应用较少，因此，SSCP技术的利用对于棉花遗传图谱的构建和分子标记辅助选择等方面十分重要。

摘要： p53基因点突变在胃癌的发生过程中起重要作用，基因点突变的检测将有助于临床准确诊断胃癌。本实验用PCR扩增包含282位密码子的胃癌及癌旁正常组织p53基因，扩增样品经95°C变性，以CE-SSCP对其突变情况进行检测。

摘要： 脊椎畸形综合症(CVM)是由常染色体上SLC35A3基因单碱基突变(G→T)引起的隐性遗传疾病,纯合时可以造成妊娠奶牛早期流产、死胎或出生犊牛畸形等综合症状,严重影响了奶牛生产性能的表现,给奶牛养殖业带来了很大损失。该研究利用自行设计的特异性PCR引物,通过对PCR、PCR-SSCP条件的筛选和优化,并结合DNA序列测定,建立了PCR-SSCP检测CVM有害基因的新方法,该方法简便快捷、准确率高,使用样品宽泛,适合大样本筛选,为奶牛CVM有害基因的分型和筛选提供了新的方法和思路,为我国奶牛的分子选育提供了可靠的理论依据。

摘要： 以北京市模拟给水管网管壁微生物膜为研究对象，采用HPC(异养菌平板计数)和PCR2SSCP(单链构象多态性)方法，分析模拟给水管网管壁微生物膜异养菌数目和微生物群落结构.结果表明，在相同流速条件下，镀锌钢管的管壁微生物数量约为PVC管的5倍.在相同材质的镀锌钢管内，死水区的HPC计数量约为016m·s-1，是流速区的1P5.计数结果的差异可能与不同材质表面的光滑度及流速造成微生物生长所需的氧气和营养基质不同有关.而不同材质和不同流速区微生物群落的SSCP电泳图谱则显示为一样，均在相同位置出现同样条带.测序结果显示，SSCP电泳图中的3条带与蜡状芽孢杆菌(Bacilluscereus，GenBank登录号为AB190077)、假单胞菌(Peudomonas sp.yged143，GenBank登录号为EF419342)和未分类细菌(BacteriumUASWS0134，GenBank登录号为DQ190347)的同源性分别为100％、99％和94％.测序结果的一致性可能与取样点为同一模拟管网，距离比较接近，不同微生物容易在其中流动和转移有关.而潜在致病菌蜡状芽孢杆菌和假单胞菌的存在则提示应该更加重视饮用水的微生物安全性.

摘要： 采用PCR-SSCP(单链构象多态性)技术,以16S rRNA基因的V4-V5区为靶对象,分析用于饮用水处理的生物陶粒和生物活性炭上的微生物群落结构。对生物陶粒和生物活性炭分别进行超声波清洗,震荡后R2A培养基培养和LB培养基培养,再提取基因组DNA。结果表明,除超声清洗生物活性炭不能提取到DNA外,其他处理均能提取到大小在10Kb以上的基因组DNA,但所提取的量有较大差异,以R2A培养后提取的量最大。以提取的DNA为模板分别进行PCR,均能出现407bp的基因片段。SSCP电泳图谱显示,在提取DNA前的不同处理(超声清洗,R2A培养,LB培养)对试验结果影响不明显。不同处理方式后,生物陶粒的微生物群落SSCP图谱均只在同一位置出现一条带,测序表明为Pseudomonas sp.生物活性炭的微生物群落结构SSCP图谱都是2条带,测序表明为Bacillus sp.和Pseudomonasanguilliseptica。

摘要： 单链构象多态性(SSCP)技术是一种分析环境微生物遗传多态性的有效方法，具有快速、简便、灵敏等特点。但是，该技术用于分析复杂环境微生物群落结构时需要有针对性地优化操作条件。本研究针对聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)胶浓度、上样缓冲液中去离子甲酰胺浓度、电泳温度、电泳时间等确定了PCR-SSCP技术的优化条件，并以自养脱硫反硝化反应器启动期的活性污泥样品对此优化条件进行了检验，证明了16S rDNA V1~V3区为靶对象时，丙烯酰胺与甲叉的质量比49∶1，质量分数12％的聚丙烯酰胺凝胶，上样缓冲液中去离子甲酰胺的体积分数1/3，在4°C，300 V。电泳18 h是最优的操作条件，可以获较理想的SSCP图谱。

摘要： APC基因杂合缺失在胃癌的早期发生过程中起重要作用，检测基因突变的方法学研究将有助于临床准确诊断胃癌。本实验采用PCR扩增胃癌及癌旁正常组织中APC基因易发生杂合缺失的第十一外显子的部分碱基序列，扩增样品分别经96°C变性和Rsa Ⅰ酶切处理，以CE-SSCP、CE-RFLP、PAGE-SSCP对其杂合缺失情况进行检测。PAGE凝胶浓度为15％;CE筛分介质PEO浓度3.0％，pH 8.2，电压15 KV温度15°C，λcx=488nm，λem=520nm荧光检测。检出率由高到低为:CE-SSCP(10/35)＞PAGE-SSCP(8/35)＞CE-RFLP(6/35)。rn CE-SSCP可作为大规模胃癌早期诊断的简便可靠的方法。

摘要： APC基因杂合缺失在胃癌的早期发生过程中起重要作用，检测基因突变的方法学研究将有助于临床准确诊断胃癌。本实验采用PCR扩增胃癌及癌旁正常组织中APC基因易发生杂合缺失的第十一外显子的部分碱基序列，扩增样品分别经96°C变性和Rsa Ⅰ酶切处理，以CE-SSCP、CE-RFLP、PAGE-SSCP对其杂合缺失情况进行检测。PAGE凝胶浓度为15％;CE筛分介质PEO浓度3.0％，pH 8.2，电压15 KV温度15°C，λcx=488nm，λem=520nm荧光检测。检出率由高到低为:CE-SSCP(10/35)＞PAGE-SSCP(8/35)＞CE-RFLP(6/35)。rn CE-SSCP可作为大规模胃癌早期诊断的简便可靠的方法。

摘要： APC基因杂合缺失在胃癌的早期发生过程中起重要作用，检测基因突变的方法学研究将有助于临床准确诊断胃癌。本实验采用PCR扩增胃癌及癌旁正常组织中APC基因易发生杂合缺失的第十一外显子的部分碱基序列，扩增样品分别经96°C变性和Rsa Ⅰ酶切处理，以CE-SSCP、CE-RFLP、PAGE-SSCP对其杂合缺失情况进行检测。PAGE凝胶浓度为15％;CE筛分介质PEO浓度3.0％，pH 8.2，电压15 KV温度15°C，λcx=488nm，λem=520nm荧光检测。检出率由高到低为:CE-SSCP(10/35)＞PAGE-SSCP(8/35)＞CE-RFLP(6/35)。rn CE-SSCP可作为大规模胃癌早期诊断的简便可靠的方法。

摘要： APC基因杂合缺失在胃癌的早期发生过程中起重要作用，检测基因突变的方法学研究将有助于临床准确诊断胃癌。本实验采用PCR扩增胃癌及癌旁正常组织中APC基因易发生杂合缺失的第十一外显子的部分碱基序列，扩增样品分别经96°C变性和Rsa Ⅰ酶切处理，以CE-SSCP、CE-RFLP、PAGE-SSCP对其杂合缺失情况进行检测。PAGE凝胶浓度为15％;CE筛分介质PEO浓度3.0％，pH 8.2，电压15 KV温度15°C，λcx=488nm，λem=520nm荧光检测。检出率由高到低为:CE-SSCP(10/35)＞PAGE-SSCP(8/35)＞CE-RFLP(6/35)。rn CE-SSCP可作为大规模胃癌早期诊断的简便可靠的方法。

摘要： 本发明提供多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法、疾病预测方法以及多态性检测用试剂盒。ABCG2基因的多态性检测用探针通过包含下述的寡核苷酸等而构成：其为与含有序列编号1所示的碱基序列中的第301位～第311位碱基的碱基长为11～50的碱基序列互补且具有至少80％以上的同一性，并且与第311位碱基对应的碱基用荧光染料标记。

摘要： 本发明提供能够高灵敏度且简便地检测ABCC2基因的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。用于检测ABCC2基因的多态性检测用探针是：(P1)荧光标记寡核苷酸，其为含有序列编号1所示的序列中第207位～第217位的碱基的碱基长11～60的序列，除了与序列编号1中的第217位的碱基对应的碱基为C之外相对于具有与序列编号1相同碱基的碱基序列具有至少80％以上的同一性，并且与序列编号1所示的序列的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记；或者(P1’)荧光标记寡核苷酸，其与具有与序列编号1相同碱基的碱基序列的互补链在严谨条件下杂交，并且与序列编号1所示的序列中的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记。

摘要： 本发明提供了CYP3A基因的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法以及多态性检测用试剂盒。本发明的多态性检测用探针能高灵敏度且简便地检测CYP3A基因多态性。

摘要： 双链构象多态性分析是通过将一个包括交联剂和任选的标记在内的探针和具有靶序列的样品结合,而该靶序列对探针序列完全互补或有一至几个错配。在温和或较低严格的条件下杂交足够的时间,辐照处理杂交产物以诱导通过交联剂的交联的发生,然后用变性胶电泳分析样品,其迁移率与探针和靶序列的互补程度有关。为进一步确证,在第二个实验中,将探针和样品在(严格)的条件下结合,可见到探针/靶序列间发生错配时形成的交联数量明显少于完全互补时的交联数量。交联后,可用凝胶电泳分离样品,并确定交联的核酸数量。

摘要： 本发明涉及多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。具体地，本发明提供能够以高灵敏度、简便地检测PIK3CA基因的多态性的多态性检测用探针。所述多态性检测用探针为作为选自P1～P11’的至少一种荧光标记寡核苷酸的、用于检测PIK3CA基因的多态性的多态性检测用探针。

摘要： 本发明提供了多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。所述多态性检测用探针能够以高灵敏度、简便地检测出MDR1基因的外显子12中的C1236T突变型。解决手段是：用于检测MDR1基因的多态性的多态性检测用探针，其是选自由P1和P1’组成的组的一种荧光标记寡核苷酸。

摘要： 本发明涉及用于迅速并且简便的单核苷酸多态性的检测方法的单核苷酸多态性检测用的试样核酸、单核苷酸多态性检测试样制备用的PCR引物以及用于离子交换色谱分析的单核苷酸多态性检测用试样的制备方法。本发明为一种单核苷酸多态性检测用的试样核酸，其具有下述(a)～(c)的特性，(a)总链长为200bp以下；(b)在5’末端、3’末端中的任意一个末端具有与模板DNA不完全互补的序列(标识序列)；(c)与用于比较单核苷酸多态性的有无的试样核酸的链长差为10bp以下。

摘要： 本发明涉及多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法及多态性检测用试剂盒。具体地，本发明提供了MRD1基因的多态性检测用探针，所述探针包含选自包括下述P1寡核苷酸及P2寡核苷酸的组中的至少一种荧光标记寡核苷酸，(P1)寡核苷酸，其具有与序列号2所示的碱基序列中包含第288～300位的碱基的碱基长为13～68的第一碱基序列互补的序列或与该互补序列同源的序列，所述寡核苷酸中与第288位的碱基互补的碱基用第一荧光染料标记，(P2)寡核苷酸，其具有与序列号2所示的碱基序列中包含第300～305位的碱基的碱基长为6～93的第二碱基序列互补的序列或与该互补序列同源的序列，所述寡核苷酸中与第305位的碱基互补的碱基用第二荧光染料标记。

摘要： 一种采用单链构象多态性技术分析微生物群落结构组成的方法，它涉及一种分析微生物群落结构组成的方法。它解决了目前现有的生物检测和分析方法难以分析微生物群落的生物组成结构的问题。方法：一、提取微生物群落DNA；二、PCR扩增；三、酶切去除反意义链；四、凝胶电泳；五、纯化DNA；六、微生物群落的组成结构分析。本发明可以对工程系统内复杂的微生物群落进行群落结构分析，具有快速、准确的优点，可以解析群落演替，同步掌握工艺系统内微生物菌群变化情况，指导工艺、提高工程系统的运行效率。

摘要： 本发明公开了一种非同位素聚合酶链式反应－单链构象多态性检测基因突变的方法,是将传统方法中采用的经高温或加碱进行变性处理改为采用离子键极性很强的SDS变性剂与上样缓冲液在90～100°C进行变性处理3～5分钟,实现无论片段大或小,均能获得区带清晰、灵敏度更高、重现性好的实验结果。