化学信息学

摘要： 该文回顾了科学研究范式的形成并讨论了化学与分析测试科学的相关发展历程。实验科学向理论科学演进实际是现代科学的形成过程,对化学而言是一个困难的数学化进程,直到第三即计算科学范式形成,化学的现代科学地位才得以确定。分析化学或分析测试科学发展过程中遇到类似的问题,化学计量学/信息学在助推其完善分析化学“数学化”进程的同时,也能够挖掘更多有效信息。随着现代分析仪器的快速发展和数据海啸的到来,化学计量学/信息学作为成熟的化学学科分支和有力“武器”,正在协助并推动化学和分析测试科学步入第四即“数据密集型”的科学新范式。该文以作者实验室的研究工作为基础,论述了化学计量学/信息学助力推动化学与分析测试科学研究范式的转换过程中的相关进展,并对未来的研究动向进行了展望。

摘要： 微生物天然产物一直是药物开发的重要源泉,而且目前仍是新结构天然产物的重要来源。但随着微生物天然产物基数的增加,重复发现已经成为制约其发展的主要因素,而基于生物信息学和化学信息学建立起来的基因组挖掘技术是解决这一问题的关键。近年来天然产物相关信息学研究一直处于加速发展阶段,为了使天然产物研究者能够及时了解并选择性使用这些信息学工具,以提高新化合物的发现效率,本文对近两年来微生物天然产物研究领域相关的信息学工具进行了综述。

摘要： 工具性课程是高等教育中的一类典型课程,在该类课程的教学过程中,探索有别于传统“讲授式”教学法的新型教学方法,实现理论与实践相结合,是达成良好教学效果的重中之重!本文以《化学信息学》课程为例,针对课程中的信息检索、信息分析与处理、信息表达三大教学模块,开展了“挑战式”教学法的应用初探,希望为高等教育中工具性课程的教学改革带来一定的启示和借鉴。

摘要： 本化学信息学开放实验设计了一系列与分子有关的读写、分析、修改任务。学生在编程完成任务的过程中需将程序设计课程里学习到的数据结构与算法同熟悉的化学理论结合,利用计算机去解决与分子有关的具体问题。通过教师的讲解与自身的实践,参与学生能逐步了解计算机分子结构表征的理论与方法,掌握基础的分子信息编程技能。教学经验也表明,普通化学专业的学生能够独立完成主要的实验任务,并在实验过程中对化学信息学本身产生较浓厚的兴趣。

摘要： 本化学信息学开放实验设计了一系列与分子有关的读写、分析、修改任务.学生在编程完成任务的过程中需将程序设计课程里学习到的数据结构与算法同熟悉的化学理论结合,利用计算机去解决与分子有关的具体问题.通过教师的讲解与自身的实践,参与学生能逐步了解计算机分子结构表征的理论与方法,掌握基础的分子信息编程技能.教学经验也表明,普通化学专业的学生能够独立完成主要的实验任务,并在实验过程中对化学信息学本身产生较浓厚的兴趣.

摘要： 通过化学信息学课程教学模式改革,精简课程内容,向学生传授利用网络获取数字资源的方法,改变以往信息检索在时间、地域、硬件资源方面的局限性.改革化学信息学教学方法,改变理论灌输的传统方式,增加上机训练学时.重点培养学生使用化学信息学知识获取数字资源的能力.并结合化学虚拟仿真实验平台,应用于综合实验设计参考,弥补化学实验设计的不足,提高实验结论准确性.最大限度挖掘并发挥化学信息学作为一门工具学科的作用.

摘要： 针对本科生由课程学习到毕业设计、工作或者攻读研究生面临的文献检索、数据处理等需求,同时为了培养学生获取利用信息能力和提高综合素养,井冈山化学化工学院面向二年级学生开设化学信息学专业限选课程.本文从地方高校现实情况出发,介绍教学的现状和存在的问题,对课程的教学内容、教学方法、考核方式进行一定探索和实践,切实培养出适应社会需求和发展的综合型人才.

摘要： 以商丘师范学院化学化工学院化学信息学课程为例,结合自身教学实践,深入思考化学信息学课程在传统教学中存在的教学范式问题,探索以任务为导向的课程教学范式改革新模式,以期增强学生对化学信息学课程的学习兴趣,提高化学信息学课程的教学质量,强化学生创新能力和创新思维的培养.

摘要： 在大思政教育格局下,为了发挥非思政课程的协同育人功能,在化学信息学课程教学中认真梳理课程所蕴含的思政元素和所承载的道德教育功能,优化课程设置,重新组织、构建、丰富和完善教学内容,在理论教学、课内研讨、课堂展示、上机实践等教学环节进行思政教育,切实增强了对学生的思想引领。

摘要： 近年来,因计算机和网络已经广泛应用到各个化学研究领域,许多化学研究学科都与化学信息学密切关联.而化学信息学随着计算机在化学中的广泛应用和化学信息网络化的不断发展而引起化学家的广泛关注和高度重视.本文阐述了化学信息学的简要发展,并分析了在大学本科专业应用化学领域学习化学信息学的意义,最后展望了化学信息学科方法在化学研究中的应用前景.

摘要： 调脾护心方(由生黄芪、三七、茯苓、橘红等药组成)由我国中医大家邓铁涛教授根据多年临床经验创立，该方近年来在广东省中医院心脏中心被广泛用于治疗冠脉搭桥围手术期患者，临床疗效十分显著，值得做进一步深入研究。在过去20多年化学信息学发展很快，本研究组主要应用化学信息学方法，对调脾护心方的组成进行化学信息学方面的探讨，以期发现新的药物先导化合物，并从分子层面阐述调脾护心方的各有效成分之间的协同效应。

摘要： 现今，计算机与网络已渗透化学研究的各个领域，化学信息的收集、处理、归纳和利用必不可少的需要借助信息学的方法和技术，人们逐渐认识到化学信息学对于现代化学研究的重要性，该分支学科开始进入学术教育。本文拟从教学内容及方法上谈谈本学院化学信息学课程的建设情况。

摘要： 上个世纪是信息技术突飞猛进发展的时期,尤其是作为现代信息资源传递的重要载体和传输工具的Internet以及记录知识的物理载体从书本向声、光、电、磁等现代技术的发展导致了信息科学与化学的交叉学科化学信息学(chemoinformatics)的产生,它利用计算机和计算机网络技术对化学信息进行表示、管理、分析、模拟和传播来实现化学信息的提取、转化与共享,极大地促进了化学学科的知识创新.教育部理科化学教学指导委员会已将信息的获取与利用和国际网络与化学文献检索列为理科化学专业和应用化学专业化学教学基本内容,许多高校已将化学文献查阅与计算化学两门课程相结合或在化学文献查阅课程基础上开设了化学信息学.本文也在化学信息学课程建设方面进行了一些有益的实践与探索,获得了比较好的结果.一、课程定位二、教学方式和方法三、实习四、考核.总之,化学信息学课程的学习和掌握是一个循序渐进的过程,教学中要活化课堂,重视素质教育,培养学生查阅化学信息及撰写科学论文的本领,提高学生的综合素质,为今后走上工作岗位打下坚实的基础.作为化学信息学课程的教师必须经常浏览国内外文献资料,及时了解化学各个领域发展现状和动态,才能结合实际上好这门课程,促进教学水平的提高.

摘要： 80年代以来，Internte的飞速发展使其成为各种信息资源的重要载体，包括化学信息网站、网络数据库、虚拟图书馆等内容的化学信息网络化趋势也日趋形成。另一方面，自60年代以来计算机化学在化学领域中得到广泛应用，计算机已成为化学研究的重要工具之一。本文介绍了化学信息学的定义，分析了化学信息学的研究内容及进展，阐述了研究工作的内容。

摘要： 分析化学信息学是分析化学的一个重要分支,它是建立在多学科基础上的交叉学科.人类基因组计划的完成积累了大量关于基因序列和蛋白质序列数据,为化学信息学的发展提供了新的机遇并发出新的挑战.本研究立足于海量的生物序列数据资源,致力于生物序列特征提取新方法的探索.

摘要： 公共安全是指多数人的生命、健康和公私财产的安全.与它密切相关的领域主要包括公安、安保、防化和健康等.化学问题是这些领域必须面对的主要问题之一.随着计算机科学和技术、网络技术的发展,计算机在科研、生产和服务等领域都得到深入广泛的应用.虚拟技术(in silico)是使相关工作在计算机上实现或通过计算机模拟实现的技术.已有的实践证明,虚拟技术的使用可以在一定程度上提高化学研究效率,降低研究过程中产生的污染.rn 化学农药先导设计的起点主要有两大类:基于受体和基于配体。所谓基于受体的先导设计，即根据生物受体的三维结构、相关作用位点和物理化学性质等信息，构建与作用位点相匹配的化学小分子结构。所谓基于配体的先导设计，即根据已知的化合物与特定生物受体结合的信息或化合物的生物活性信息，建立相应的结构一活性对应关系模型(QSAR)，进而用于预测化合物的生物活性。rn 两种先导设计的方法在利用虚拟技术实现先导设计的过程中，都将涉及以下三个方面:数据库、知识库和软件(预测、计算和数据分析)。

摘要： 公共安全是指多数人的生命、健康和公私财产的安全.与它密切相关的领域主要包括公安、安保、防化和健康等.化学问题是这些领域必须面对的主要问题之一.随着计算机科学和技术、网络技术的发展,计算机在科研、生产和服务等领域都得到深入广泛的应用.虚拟技术(in silico)是使相关工作在计算机上实现或通过计算机模拟实现的技术.已有的实践证明,虚拟技术的使用可以在一定程度上提高化学研究效率,降低研究过程中产生的污染.rn 化学农药先导设计的起点主要有两大类:基于受体和基于配体。所谓基于受体的先导设计，即根据生物受体的三维结构、相关作用位点和物理化学性质等信息，构建与作用位点相匹配的化学小分子结构。所谓基于配体的先导设计，即根据已知的化合物与特定生物受体结合的信息或化合物的生物活性信息，建立相应的结构一活性对应关系模型(QSAR)，进而用于预测化合物的生物活性。rn 两种先导设计的方法在利用虚拟技术实现先导设计的过程中，都将涉及以下三个方面:数据库、知识库和软件(预测、计算和数据分析)。

摘要： 公共安全是指多数人的生命、健康和公私财产的安全.与它密切相关的领域主要包括公安、安保、防化和健康等.化学问题是这些领域必须面对的主要问题之一.随着计算机科学和技术、网络技术的发展,计算机在科研、生产和服务等领域都得到深入广泛的应用.虚拟技术(in silico)是使相关工作在计算机上实现或通过计算机模拟实现的技术.已有的实践证明,虚拟技术的使用可以在一定程度上提高化学研究效率,降低研究过程中产生的污染.rn 化学农药先导设计的起点主要有两大类:基于受体和基于配体。所谓基于受体的先导设计，即根据生物受体的三维结构、相关作用位点和物理化学性质等信息，构建与作用位点相匹配的化学小分子结构。所谓基于配体的先导设计，即根据已知的化合物与特定生物受体结合的信息或化合物的生物活性信息，建立相应的结构一活性对应关系模型(QSAR)，进而用于预测化合物的生物活性。rn 两种先导设计的方法在利用虚拟技术实现先导设计的过程中，都将涉及以下三个方面:数据库、知识库和软件(预测、计算和数据分析)。

摘要： 公共安全是指多数人的生命、健康和公私财产的安全.与它密切相关的领域主要包括公安、安保、防化和健康等.化学问题是这些领域必须面对的主要问题之一.随着计算机科学和技术、网络技术的发展,计算机在科研、生产和服务等领域都得到深入广泛的应用.虚拟技术(in silico)是使相关工作在计算机上实现或通过计算机模拟实现的技术.已有的实践证明,虚拟技术的使用可以在一定程度上提高化学研究效率,降低研究过程中产生的污染.rn 化学农药先导设计的起点主要有两大类:基于受体和基于配体。所谓基于受体的先导设计，即根据生物受体的三维结构、相关作用位点和物理化学性质等信息，构建与作用位点相匹配的化学小分子结构。所谓基于配体的先导设计，即根据已知的化合物与特定生物受体结合的信息或化合物的生物活性信息，建立相应的结构一活性对应关系模型(QSAR)，进而用于预测化合物的生物活性。rn 两种先导设计的方法在利用虚拟技术实现先导设计的过程中，都将涉及以下三个方面:数据库、知识库和软件(预测、计算和数据分析)。

摘要： 本发明公开了一种基因组学及生物信息学的微生物组学在线分析平台架构，包括：底层支撑层，包括生物信息分析模块和云平台支撑模块，生物信息分析模块用于利用云平台支撑模块针对16S、ITS、18S以及微生物宏基因组测序进行个性化分析，与数据以及功能层、交互层交互，最后通过交互层以交互界面的形式对用户呈现，云平台支撑模块包含云平台所需的软硬件条件；数据以及功能层，用于向底层支撑层提供用户数据和系统数据；交互层，用于将生物信息分析模块的分析结果以交互界面的形式对用户呈现，本发明可解决传统高通量测序科研服务模式的弊端，使得无生物信息基础的科研工作者也可根据需要自主选择参数、一键生成分析结果、图形完全动态，便于实时解析。

摘要： 本发明公开了一种基于基因组学及生物信息学的在线交互云平台，包括：云分析平台，用于获取生物信息数据，并提供对生物信息数据的自动分析，输出分析结果；在线教育平台，用于提供用户生物信息分析相关的教育视频课程以及远程教学服务；知识分享论坛，用于通过多个分区以提供用户对生物信息分析相关知识的分享，本发明可提供用户对生物信息数据的自动分析，并通过在线教育以及知识分享，方便用户获得前沿知识技能，极大提高生物科学研究领域对基因组学技术的应用能力。

摘要： 一种供个人确定其共享、隐私和数据访问首选项以及生物信息学数据披露条件的系统、方法和设备，包括网络上的全基因组序列数据。通过与隐私首选项存储库和策略存储库的结合，用于表达关于访问此类信息的法律和制度准则，私有访问局可以令这种隐私要求得到处理，同时通过适当授权的当事人或应用程序，广泛共享这些数据。通过使用与这种数据元素同时发生的各种形式的元数据、加密和全局唯一ID，可以查询到所述数据的离散段；在允许的情况下，根据与直观用户界面相关联并通过直观用户界面进行动态控制的相关隐私法律、制度策略和个人的首选项，发现、访问、分析、查看、与其他健康数据和联系资料相关和/或导出。

摘要： 基因组或蛋白质组数据被编码为包括生物信息学字符集(20)的字符的基因组或蛋白质组字符串。基因组或蛋白质组数据的每一个碱基或肽通过生物信息学字符集的单个字符来表示，以及生物信息学字符集的每个字符编码(I)碱基或肽以及(II)与该碱基或肽相关联的至少一个注释的数据值。该基因组或蛋白质组数据通过使用映射到生物信息学字符集的生物信息学字体(40)显示基因组或蛋白质组字符串来被显示。至少一个字符串函数可在基因组或蛋白质组字符串上执行以生成更新的基因组或蛋白质组字符串，其中至少一个碱基或肽由编码了至少一个附加的或修改的注释的数据的单个字符表示，该字符由执行的字符串操作生成。

摘要： 本发明公开了一种基因组学及生物信息学的微生物组学在线分析平台架构，包括：底层支撑层，包括生物信息分析模块和云平台支撑模块，生物信息分析模块用于利用云平台支撑模块针对16S、ITS、18S以及微生物宏基因组测序进行个性化分析，与数据以及功能层、交互层交互，最后通过交互层以交互界面的形式对用户呈现，云平台支撑模块包含云平台所需的软硬件条件；数据以及功能层，用于向底层支撑层提供用户数据和系统数据；交互层，用于将生物信息分析模块的分析结果以交互界面的形式对用户呈现，本发明可解决传统高通量测序科研服务模式的弊端，使得无生物信息基础的科研工作者也可根据需要自主选择参数、一键生成分析结果、图形完全动态，便于实时解析。

摘要： 本发明公开了一种基于基因组学及生物信息学的在线交互云平台，包括：云分析平台，用于获取生物信息数据，并提供对生物信息数据的自动分析，输出分析结果；在线教育平台，用于提供用户生物信息分析相关的教育视频课程以及远程教学服务；知识分享论坛，用于通过多个分区以提供用户对生物信息分析相关知识的分享，本发明可提供用户对生物信息数据的自动分析，并通过在线教育以及知识分享，方便用户获得前沿知识技能，极大提高生物科学研究领域对基因组学技术的应用能力。

摘要： 本发明公开了一种高效率生物信息学信息化管理系统及数据处理方法，包括权限管理模块，所述权限管理模块连接端连接有实验管理模块，所述实验管理模块连接端连接有生物信息采集模块，所述生物信息采集模块连接端连接有生物信息处理模块，所述生物信息处理模块连接端设有数据存储模块，所述权限管理模块用于进行人机交互，分配用户实验资源和授予用户调取数据的权限，所述实验管理模块用户管理实验流程以及管控实验用品。本发明通过补给单元可以根据实验器材管理单元的消耗对实验器材管理单元存储的实验器材和实验消耗品进行补充，可以快速补充消耗，避免实验器材缺失。

摘要： 用于表示以结构化文件格式所组织的基因组序列数据的方法和设备。数据结构包含核苷酸序列的表示：以压缩形式，比对并且参考一个或多个参考序列，并且根据不同的匹配准确度进行分类。分类并且比对的读段以语法元素层的形式被编码，包括标头信息的语法元素层被划分为独立或从属访问单元。

摘要： 本实用新型涉及生物信息技术领域，且公开了一种生物信息学基因信息分析装置，包括生物基因分析装主体，所述生物基因分析装主体的内部设置有移动机构，所述移动机构与生物基因分析装主体为电性连接，所述移动机构与生物基因分析装主体为滑动连接，所述生物基因分析装主体的内部设置有夹紧模块，所述夹紧模块与生物基因分析装主体电性连接，所述生物基因分析装主体的内部设置有分析机构，所述分析机构与生物基因分析装主体为电性连接。该生物信息学基因信息分析装置，启动电机三，电机三带动齿轮转动，通过齿轮与齿槽的啮合连接带动分析仪向下移动，从而带动吸管向下移动插入试管，吸取试管内的样品，从而实现了对试管样品的自动获取处理。

摘要： 本实用新型公开了一种生物信息学基因信息分析装置，涉及分析装置技术领域，包括分析装置本体和设置在分析装置本体内部的推出组件，推出组件的上端设置有分析组件，分析装置本体包括冷冻腔箱和铰接在冷冻腔箱一侧的推门，分析装置本体内腔固定连接有限位长块，且限位长块设置有两组，推出组件包括与两组所述的限位长块滑动连接的滑动腔室，这种设置使得样品试管取放过程效率高，且避免样品试管发生晃动，而造成样品试管中液体清洒或者发生碰撞而破碎的情况发生，提升装置的实用性。