功能基因组

摘要： 科学家揭示玉米抗倒伏性状新机制日前,中国农业科学院生物技术研究所玉米功能基因组创新团队和华南农业大学合作,研究发现“类绿色革命”基因Zm SPL12通过调控D1基因转录增强玉米抗倒伏性的新机制,为玉米耐密株型改良提供了新的思路和基因源。

摘要： 以万建民院士领衔的中国农业科学院作物科学研究所作物功能基因组研究创新团队克隆了水稻株型调控新基因DHT1,并对其调控水稻分菜的分子机制进行了深入解析,揭示了其通过调控独脚金内酯受体基因D14的转录和剪接来调控水稻分菜的新通路。

摘要： 近日,中国农业科学院植物保护研究所作物有害生物功能基因组研究创新团队在植物学知名期刊《分子植物》上发表了研究文章。该研究发现高等植物特有的维管植物单锌指转录因子是先天免疫的关键因子,揭示了转录因子(VOZ)作为桥梁连通泛素连接酶对抗病蛋白调控的分子机制。

摘要： 中国农业科学院植物保护研究所作物有害生物功能基因组研究创新团队与俄亥俄州立大学、孟加拉国谢赫穆吉布拉赫曼农业大学、巴西圣卡洛斯联邦大学和美国农业部合作开发出一种检测田间麦瘟病发生的新方法,该方法不依赖实验室PCR仪等专业设备,实现了麦瘟病的田间快速核酸检测。通过与巴西、孟加拉国等合作单位对早期侵染材料进行检测发现,该方法比传统的PCR检测灵敏度更高。相关研究成果在线发表在《工程院院刊》上。

摘要： 从中国农科院获悉,近日,该院植物保护研究所作物有害生物功能基因组研究创新团队升级了现有植物腺嘌呤碱基编辑器,成功对水稻主栽品种的4个除草剂靶标基因实现了一次性同时改造。这项研究成果,在线发表在《分子植物学(Molecular Plant)》上。据介绍,近年来,由CRISPR系统(CRISPR1.0)与核苷酸脱氨酶为基本架构的植物碱基编辑器(CRISPR2.0),作为一种重要技术手段在植物学基础研究和作物品种改良中得到了广泛应用。相对于胞嘧啶碱基编辑器的深度优化,目前已有的腺嘌呤碱基编辑器基本采用腺嘌呤脱氨酶突变体TadA7.10,编辑效果差强人意,不少基因组靶位点的编辑效率都较低,甚至为零,严重限制了该技术在植物学和作物品种改良中的应用。

摘要： 近日,中国农业科学院植物保护研究所作物有害生物功能基因组研究创新团队在植物学知名期刊《植物生物技术杂志(Plant Biotechnology Journal)》上发表了研究论文。该论文首次报道了植物核糖核酸酶RNaseP蛋白亚基OsRpp30编码水稻对细菌病害和真菌病害的抗性功能,揭示了一种新的植物广谱抗病分子机制。

摘要： 近日,中国农科院植保所作物有害生物功能基因组研究创新团队周雪平联合南京农业大学徐毅等在国际植物病理学顶级期刊《Annual Review of Phytopathology》上在线发表了综述论文,系统总结了水稻条纹病毒(RSA)的最新研究进展.并展望了未来的研究方向。

摘要： 科学家揭示水稻叶形调控新机制日前,中国农业科学院作物科学研究所作物功能基因组研究创新团队揭示了URL1基因通过形成转录抑制复合物,调控水稻叶片卷曲的新机制。据介绍,叶片作为水稻光合作用的主要场所,其形态改良是水稻株型育种的重要目标之一。叶片适度卷曲有利于塑造紧凑株型、改善群体结构、提高光合效率和产量。目前虽已在水稻中克隆获得多个控制叶片卷曲的基因,但是各个基因在遗传和生化水平的关系仍然未知,有待于克隆更多基因,构建和完善水稻叶片卷曲分子调控网络。

摘要： 随着高通量测序技术的兴起,功能基因组学研究得以迅猛发展.基因组定点修饰技术作为一项研究特定基因功能的工具,对功能基因组学的研究具有极强的推动作用.CRISPR/Cas系统是一种适应性免疫防御系统,在细菌、古细菌的长期演化过程中形成,用于对抗入侵的病毒及外源DNA.通过对各种基因编辑技术的对比,发现相比于DNA同源重组、锌指核酸酶(ZFNs)和转录激活因子样效应物核酸酶(TALENs)等技术,基于RNA指导的CRISPR/Cas系统为基因组定点编辑开辟了一条新的道路,在基因功能研究中具有效率高、成本低、易于操作等显著优点.从作用机制和发展历程等方面对目前基因编辑的4种技术进行简述,进一步总结CRISPR/Cas系统在经济林木、作物、植物病毒和牧草植物功能基因组编辑中的研究应用,以期为促进基因编辑技术在农牧生产中的应用提供参考.

摘要： 近日,中国农业科学院植物保护研究所作物有害生物功能基因组研究创新团队与中国科学院上海植物逆境生物学研究中心合作在国际知名期刊《自然通讯(Nature Communications)》上发表了研究论文。该论文发现双生病毒编码多个具备特殊定位的小蛋白,其中定位于高尔基体的V3能够抑制转录水平和转录后水平诱导的基因沉默,并对病毒致病性是必需的。

摘要： 水稻是亚洲地区超过世界半数人口的主食来源。而褐飞虱成为我国及东南亚水稻产区的主要害虫。为了探索褐飞虱防治新策略，文章针对褐飞虱重要生物学特性，开展了其功能基因组研究，目前，已经取得进展。文章解析了褐飞虱-共生真菌-共生细菌互补基因组。褐飞虱若虫需要脱皮5次，几丁质是昆虫表皮的主要成分，也是重要的新农药靶标。褐飞虱成虫有2种翅型，短翅型繁殖速度快，而长翅型则能在环境不利时迁飞到合适的生活环境。大多数植物病毒由昆虫传播，但其机制并不太清楚。RNAi在害虫防治上具有很大应用潜力，果蝇和鳞翅目昆虫缺乏系统性RNAi，但赤拟谷盗等具有很好的RNAi效果。

摘要： 乳酸乳球菌作为益生菌的一种,对其宿主健康提供了有力的保障.随着基因组测序的完成,益生性乳酸乳球菌的研究重点转移到功能基因组学.本文利用Mu转座重组技术、Biolog系统和双向电泳技术对乳酸乳球菌N8的细菌素相关基因功能进行研究.

摘要： 大豆疫霉侵染大豆引起的疫霉根腐病是大豆生产的毁灭性病害之一。大豆疫霉全基因组和大量的EST数据己公布，为开展该病原菌的功能基因组研究提供了便利，但是由于疫霉基因组大且结构复杂，疫霉遗传转化体系建立困难重重，疫霉功能基因组研究进展十分缓慢。本研究组通过多年的探索，在大豆疫霉的转录组、基因沉默技术、功能基因分析等方面开展了系统的研究。

摘要： 乳酸乳球菌作为益生菌的一种,对其宿主健康提供了有力的保障。随着基因组测序的完成,益生性乳酸乳球菌的研究重点转移到功能基因组学。本文利用Mu转座重组技术、Biolog系统和双向电泳技术对乳酸乳球菌N8的细菌素相关基因功能进行研究。

摘要： 中国水稻育种和功能基因组研究成绩斐然,已经认定了166个超级稻品种(56个粳稻品种,110个籼稻品种),克隆了一大批控制株型、生育期、产量、品质、耐逆、抗病虫及养分高效利用的功能基因.但是,在育种实践中,亟需一批有应用前景的新基因.利用突变体和野生稻渗入系,相继克隆了控制了改良株型、提高产量基因PAY1、NOG1和GS6,提高芽期耐低温能力基因LTT7、以及耐低氮基因TOND1,以期为水稻育种提供有应用前景的新基因.

摘要： 该文综述了包括基因组技术、体细胞核移植和干细胞技术在内的水产遗传改良技术的一些重要突破性进展;概述了包括生殖、性别、生长、抗病、耐寒和耐低氧这些重要经济性状的分子基础;列出了一系列与这些经济性状相关的候选基因;介绍了中国水产动物遗传改良在水产养殖中的应用事例;强调了未来的发展方向。随着主要水产养殖动物全基因组的解析、基因组技术、体细胞核移植和干细胞技术的不断完善，以及生殖、性别、生长、抗病、耐寒和耐低氧这些重要经济性状相关基因的鉴定和功能分析，水产动物的遗传改良研究已开始步入分子设计育种研究的新时代。

摘要： @@近一、二十年来，国际创新药物研究发展迅猛，呈现出一些显著的特点：一方面，生命科学前沿技术如功能基因组、蛋白质组、系统生物学和转化医学等与药物研究的结合日益紧密，以发现和验证新型药物靶点作为主要目标，取得了显著的进展；另一方面，理论和结构生物学、计算机和信息科学等一些新兴学科越来越多地参与到新药的发现和前期研究中，以期提高创新药物研究的效率。这种发展趋势催生了当今的药物研究新模式和新策略。计算机辅助的创新药物研究模式和基于计算机和信息科学的模型化、模拟化研究策略，正是在这样的背景下不断发展起来，日益丰富和充实。

摘要： 在自然界中，某些原核微生物在常温常压下通过固氮酶将空气中的氮素转化为氨供植物生长所需，这一过程称为生物固氮，这类原核微生物被称为固氮微生物。

摘要： 目的：通过展示中国近年探索肾阳虚证-基因组的研究和发展，强调研究证候基因组是当今科技进步、时代发展的必然趋势，然其“探微索隐”是十分艰巨的，应该长期地坚持证候基因组这一大方向的研究。方法：在肾阳虚证的单个基因、个别基因、多个基因研究积累中;在万人流行病学调查与典型肾阳虚患者筛选的背景中，概述研究肾阳虚证候基因组的基本状况。结果：通过基因芯片等现代技术，对肾阳虚证通过病证结合、普查辨证、家系分析、温针反证、温肾反证、动物实验等六个方面的研究,发现肾阳虚证的差异基因表达谱频率较多、较为集中地出现于免疫和代谢的两类基因。讨论：前瞻的认识是“证乃一类功能基因组”，面对肾阳虚证候-基因组这一复杂性的科学问题，虽然候选基因还是极其有限的第一步探索，但已为今后扩大候选基因打下了基础，第二步应辨析肾阳虚证的主效基因和相关基因,第三步再研究肾阳虚证候基因功能组合的数学模型。本文前瞻多学科对证候功能基因组的科学意义，提示了它研究的价值和前景，如能深入下去必将有利于中医科技向人类基因组学、功能基因组学、生物信息学前沿的穿插与赶超。

摘要： 本文论述了丹参药理活性的物质基础、丹参酮类成分生物合成途径、丹参基因芯片制作与表达谱分析以及丹参酮类成分生物合成相关全长基因的获得。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种联合基因组三维结构差异鉴定和转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法。本发明提供一种基因组三维结构差异的鉴定方法，包括在Hi‑C数据的基础上进行差异AB Compartment的鉴定、差异TAD的鉴定和差异Loop的鉴定，利用该方法可实现利用原位Hi‑C数据对动植物进行不同层级的基因组三维结构差异的高效鉴定。本发明提供利用该基因组三维结构差异鉴定方法联合转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法，利用该联合分析方法可实现从基因组三维结构与转录组两个层面进行差异分析，进而实现对动植物功能基因的高效挖掘。

摘要： 使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。

摘要： 提供来自新型的基因型1b的HCV的、自主复制能力优异的亚基因组复制子RNA(核酸)、以及自主复制能力和感染性HCV颗粒产生能力优异的全基因组复制子RNA(核酸)。特别是，提供来自从急性重症丙型肝炎患者体内分离的新型的基因型1b的HCV即NC1株的HCV基因组的亚基因组复制子RNA(核酸)和全基因组复制子RNA(核酸)。

摘要： 目前，全基因组范围内的功能缺失高通量筛选已普遍应用于各个生物过程中基因功能的研究。然而，普遍存在的基因功能冗余现象对于全面深入研究基因功能造成了很大的干扰。为此，本发明人基于基因家族建立了siRNA组合文库，该基因家族siRNA组合文库对功能相似基因的表达同时进行干扰。以检测Wnt3a诱导的β‑catenin蛋白质的稳定性为出发点，证明了相比于常规的单基因siRNA文库，基于基因家族siRNA组合文库的筛选能克服同一家族基因间的代偿效应所引起的假阴性现象。

摘要： 本申请公开了一种宏基因组内参及其制备方法和应用以及宏基因组血流病原体检测方法，所述宏基因组内参为来源于叶绿体基因组的DNA片段，所述DNA片段的长度为166±10bp。需要说明的是，本申请采用来源于叶绿体基因组且长度为166±10bp的核酸片段作为内参基因，能够在血流病原体检测过程中被检出，有效评估整个检测流程的有效性，并且不影响血流病原体检测的结果；避免了采用现有宏基因组内参出现的噬菌体纯化难度高、菌易导致其他病原体检出等问题，相比于人工合成内参基因，还降低了内参基因的制备成本。

摘要： 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

摘要： 本发明涉及宏基因组技术领域，特别是涉及宏基因组病原微生物基因组数据库及其构建方法，该方法包含数据获取、基因组过滤、基因组分类、基因组去冗余等步骤，即得病原微生物基因组数据库。该数据库的构建方案和目前市场上存在的方案存在较大差异，首先在保证物种的丰富度的前提下，去除污染序列，低重复序列；并且挑选了物种具有代表性的质量高的Assembly序列作为参考基因组，将剩余基因组进行重新分类，剔除了分类错误的序列。然后在参考基因组的基础上对剩余基因组进行去冗余，保留了各个物种的特异性序列。这样即保留了物种基因组的丰富度，又保证了基因组的准确性。

摘要： 本发明公开了SNP位点在评估基因组异常中的应用及评估基因组异常的方法。SNP位点为在染色体上接近均匀分布的双等位基因高多态性位点，各个SNP位点的群体最小等位基因频率均分布于0.05‑0.5之间；各个SNP位点在基因组上的密度为16.5个/百万基因组碱基；以各个SNP位点为中心的250‑350个核苷酸的GC含量为40‑60%；且各个SNP位点符合哈迪‑温伯格平衡定律，同时满足群体分化系数低于0.05。采用本发明提供的技术方案得到的基因组异常评估结果具有更高的精度，能发现更多更全面的基因组异常情况，能处理染色体结构不变的基因组异常情况，更适用于中国人群，更加准确。

摘要： 本发明公开了一种萝卜功能基因组研究及基因功能验证的方法，该方法以萝卜(Raphanus sativus)与甘蓝(Brassica oleracea)远缘杂种加倍后稳定遗传的异源四倍体(RRCC基因组)为受体材料，通过遗传转化，超表达或敲除萝卜的目标基因以研究其功能，在全基因组范围内敲除萝卜基因来进行功能基因组研究。利用甘蓝基因组中的调控体细胞胚发生的关键基因驱动杂种植物的再生和遗传转化。通过转基因超表达、敲除或编辑远缘杂种中萝卜基因组中的基因，以研究萝卜基因功能。由于本体系遗传转化效率很高，利用该系统大批量敲除萝卜基因，可以进行萝卜功能基因组研究。