MADS-box基因

摘要： 利用生物信息学方法,从全基因组水平鉴定枇杷MADS-box基因家族成员,并对其系统进化关系、保守结构域、基因结构、基因复制和启动子顺式作用元件进行分析;同时,结合转录组数据和qRT-PCR结果,分析鉴定出的MADS-box基因家族成员在不同品种和不同成熟阶段的表达情况.本研究共鉴定出89个枇杷MADS-box基因(命名为EjMADS1~EjMADS89),其N端都含有MADS结构域.系统发育树显示,Ⅰ型MADS-box基因有31个,Ⅱ型有58个.Ⅱ型MADS-box基因可划分为14个亚族,同属于一个亚家族的基因有着相似的保守基序.MADS-box基因以不同密度分布在第1~17号染色体上,存在12对串联重复基因.转录组分析表明,在果实成熟过程中,有8个MADS-box基因在果实成熟期间差异表达,其中,EjMADS26、EjMADS43和EjMADS41这3个基因序列分别与其他调控果实成熟的SEP亚族基因高度相似,且它们的启动子中都含有赤霉素和脱落酸响应元件.另外,EjMADS37和EjMADS05在不同品种间(特早熟/中晚熟)有明显表达差异.综上,推测EjMADS26、EjMADS43、EjMADS41、EjMADS37和EjMADS05对果实成熟有一定的调控作用.

摘要： 植物MADS-box基因是调控开花、发育的一类重要转录因子.选取11个不同花色品种的蝴蝶兰成熟期花药做研究对象,利用荧光定量PCR对10个MADS-box基因的表达水平进行分析.结果表明,它们在各品种之间的表达差异明显,尤其是MADS3在黄金甲品种(C)中表达比其他品种高近十几倍,进一步的同源克隆和序列分析,发现其基因编码区发生了3个碱基的突变,产生一个氨基酸的变异.

摘要： MADS-box基因家族作为一类重要的转录因子,主要参与植物花器官的生长发育.GhMADS7/98具有保守的MADS-box及K结构域,属于AG亚家族MIKCC型MADS-box基因.通过同源序列比对发现,GhMADS7/98与拟南芥AtAG(AT4G18960)基因的蛋白序列具有64％的同源性.组织表达分析表明,GhMADS7基因在花瓣、花药、柱头和胚珠等花器官组织中均有表达.为进一步研究该基因的功能,构建了该基因的RNAi干涉载体并转化棉花,获得了表达量明显下调的转基因株系.表型观察发现,在干涉植株长度为5～6 mm和7～8 mm的花蕾中出现花瓣发育延缓的表型;通过对干涉系转基因植株花瓣进行石蜡切片观察发现,相较于野生型植株,干涉系植株花瓣中的维管束存在明显的收缩现象;通过qRT-PCR检测发现,转基因株系中控制花瓣发育的A、B类基因的表达量出现异常.因此推测GhMADS7在棉花花瓣发育过程中起着重要的作用.

摘要： 花器官的发生发育与形态构造是一个高度复杂的项目,涉及众多因素及其相互作用,MADS-box基因作为其中的关键转录因子可以改变整个发育过程,因而成为花器官研究最广泛的基因家族.通过梳理目前MADS-box基因对花器官发生、分化和形态建成方面的调控作用,为了解花发育程序和该基因家族的一般转录调控机制提供新见解,也为进一步深入挖掘该家族基因和完善花发育调控理论提供参考.

摘要： [目的]MADS-box蛋白是1种重要的转录因子,参与调控棉花生长发育进程.鉴定分析陆地棉MADS-box家族基因,可为研究其生物学功能奠定基础.[方法]基于2019年最新组装的陆地棉TM-1参考基因组,通过HMMER 3.0软件鉴定陆地棉Type I型及MIKC型MADS-box基因.利用MapInspect、MEGA7.0、MEME和TBtools软件以及omicshare网站进行染色体定位、多序列比对聚类分析、Motif预测、基因结构鉴定以及组织特异性表达分析.[结果]从全基因组水平上鉴定出181个陆地棉MADS-box基因(66个Type Ⅰ型和115个MIKC型),染色体定位发现该181个基因在陆地棉26条染色体上均有分布,其中A组染色体上分布有78个基因、D组上分布有103个基因.系统进化分析显示Type Ⅰ型MADS-box蛋白有3个亚家族,MIKC型蛋白包括MIKC*型和含有10个亚家族的MIKCC型;motif预测结果显示所有MADS-box蛋白均含有MADS结构域,基因结构分析结果显示,外显子、内含子结构和长度在各亚家族内具有同一性;组织特异性表达分析发现MADS-box家族基因中有33个在纤维组织中优势表达,103个在花器官中优势表达,41个基因在根茎中优势表达.[结论]本研究通过生物信息学方法,鉴定并获得了与陆地棉开花调控和纤维发育相关的MADS-box基因,对于揭示棉花纤维品质等重要性状的遗传调控机制及分子育种具有一定的理论意义和应用价值.

摘要： MADS-box基因在大多数被子植物的生长发育环节中发挥着重要的调控作用.MADS-box基因在其进化史上有一个共同祖先,通过基因的复制和重复以实现进化.典型的MIKC型MADS-box蛋白的结构域有4个区域,即MADS-box结构域(M)、Intervening结构域(I)、K-box结构域(K)和C-terminal区(C).MADS-box基因重要的一项功能就是调控花器官的发育,被人为分为ABCDE 5类,通过不同时间、空间上的特异性表达来实现对萼片、花瓣、雄蕊、心皮等器官发育的调控.

摘要： MADS-box基因在大多数被子植物的生长发育环节中发挥着重要的调控作用。MADS-box基因在其进化史上有一个共同祖先,通过基因的复制和重复以实现进化。典型的MIKC型MADS-box蛋白的结构域有4个区域,即MADS-box结构域(M)、Intervening结构域(I)、K-box结构域(K)和C-terminal区(C)。MADS-box基因重要的一项功能就是调控花器官的发育,被人为分为ABCDE5类,通过不同时间、空间上的特异性表达来实现对萼片、花瓣、雄蕊、心皮等器官发育的调控。

摘要： 显花植物中,E类MADS-box基因在调控花分化及花器官发育过程中发挥重要作用.为初步了解羊草花发育的分子机制,依据实验室前期雌蕊转录组数据,以羊草花序cDNA为模板,克隆获得了一个MADS-box基因,命名为LcMADS12.LcMADS12基因的开放阅读框全长为741 bp,编码246个氨基酸.生物信息学显示,Lc-MADS12基因编码氨基酸序列中无信号肽,不存在跨膜区.多重序列比对及功能结构域分析表明,LcMADS12具有保守的MADS-box结构域和半保守的K区,属于E类功能基因SEP亚家族成员.系统进化分析表明Lc-MADS12与小麦TaAGL16同源性为99％,与水稻基因OsMADS7同源性为86％.组织表达模式分析表明,Lc-MADS12基因在羊草营养器官中不表达;而在成熟雄蕊、雌蕊、内稃中表达较高,在外稃中低表达,说明LcMADS12基因的表达具有组织特异性.推测LcMADS12基因可能在羊草生殖发育过程中发挥重要作用.酵母单杂交实验及原核表达结果表明LcMADS12蛋白具有转录激活活性,且获得融合蛋白高效表达体系.LcMADS12基因的克隆和融合蛋白的获得为深入开展该基因功能研究奠定了基础.

摘要： 利用电子克隆技术从木薯cDNA中获得一个MADS-box基因,该基因全长687bp.生物信息学分析结果表明:该基因含有完整的ORF,编码229个氨基酸,ProtScale程序预测表明该蛋白为亲水性蛋白;理化性质分析表明该蛋白质相对分子量为26.1037 ku、等电点为6.87;跨膜结构域预测结果表明该蛋白为非分泌型蛋白;亚细胞定位分析表明该蛋白质可能定位于细胞核;磷酸化位点分析表明该蛋白质能够被丝氨酸激酶所磷酸化;对该基因响应乙烯信号的定量PcR分析表明,该基因在外施乙烯后12小时的表达量最高,表明该基因能够响应乙烯信号.

摘要： 利用电子克隆技术从木薯cDNA中获得一个MADS-box基因,该基因全长687bp.生物信息学分析结果表明:该基因含有完整的ORF,编码229个氨基酸,ProtScale程序预测表明该蛋白为亲水性蛋白;理化性质分析表明该蛋白质相对分子量为26.1037 ku、等电点为6.87;跨膜结构域预测结果表明该蛋白为非分泌型蛋白;亚细胞定位分析表明该蛋白质可能定位于细胞核;磷酸化位点分析表明该蛋白质能够被丝氨酸激酶所磷酸化;对该基因响应乙烯信号的定量PcR分析表明,该基因在外施乙烯后12小时的表达量最高,表明该基因能够响应乙烯信号.

摘要： 利用电子克隆技术从木薯cDNA中获得一个MADS-box基因,该基因全长687bp.生物信息学分析结果表明:该基因含有完整的ORF,编码229个氨基酸,ProtScale程序预测表明该蛋白为亲水性蛋白;理化性质分析表明该蛋白质相对分子量为26.1037 ku、等电点为6.87;跨膜结构域预测结果表明该蛋白为非分泌型蛋白;亚细胞定位分析表明该蛋白质可能定位于细胞核;磷酸化位点分析表明该蛋白质能够被丝氨酸激酶所磷酸化;对该基因响应乙烯信号的定量PcR分析表明,该基因在外施乙烯后12小时的表达量最高,表明该基因能够响应乙烯信号.

摘要： 利用电子克隆技术从木薯cDNA中获得一个MADS-box基因,该基因全长687bp.生物信息学分析结果表明:该基因含有完整的ORF,编码229个氨基酸,ProtScale程序预测表明该蛋白为亲水性蛋白;理化性质分析表明该蛋白质相对分子量为26.1037 ku、等电点为6.87;跨膜结构域预测结果表明该蛋白为非分泌型蛋白;亚细胞定位分析表明该蛋白质可能定位于细胞核;磷酸化位点分析表明该蛋白质能够被丝氨酸激酶所磷酸化;对该基因响应乙烯信号的定量PcR分析表明,该基因在外施乙烯后12小时的表达量最高,表明该基因能够响应乙烯信号.

摘要： 利用电子克隆技术从木薯cDNA中获得一个MADS-box基因,该基因全长687bp.生物信息学分析结果表明:该基因含有完整的ORF,编码229个氨基酸,ProtScale程序预测表明该蛋白为亲水性蛋白;理化性质分析表明该蛋白质相对分子量为26.1037 ku、等电点为6.87;跨膜结构域预测结果表明该蛋白为非分泌型蛋白;亚细胞定位分析表明该蛋白质可能定位于细胞核;磷酸化位点分析表明该蛋白质能够被丝氨酸激酶所磷酸化;对该基因响应乙烯信号的定量PcR分析表明,该基因在外施乙烯后12小时的表达量最高,表明该基因能够响应乙烯信号.

摘要： 根据获得的MADS-box基因片段设计一条特异引物，通过3'RACE方法获得了全长cDNA，命名为VvAG(GenBank登录号：EF209334)。该片段全长978bp，包含一个681 bp的开放阅读框，编码226个氨基酸残基。通过设计特异引物RT-PCR扩增得到了编码区全长cDNA。推导的氨基酸序列与拟南芥的AGAMOUS类MADS-box基因AG、SHPI/SHP2均有较高的同源性(同源性分别为770.9％、710.2％、690.9％)。系统发育分析将VvAG基因归入MADS-box基囚家族AG亚家族的euAG进化系。半定晕RT-PCR分析显示，该基因在葡萄的叶片、卷须、休眠芽、花序、果实中均表达，并且在花器官的萼片、花瓣、雄蕊、雌蕊中也均检测到VvAG的表达，而且在这些组织中的表达丰度均较高。通过将VvAG与一个葡萄shotgun基因组序列(AM478968)比对发现其基因组从起始密码子到终止密码子全长7534 bp，由7个外显子和6个内含子组成。

摘要： 根据获得的MADS-box基因片段设计一条特异引物，通过3'RACE方法获得了全长cDNA，命名为VvAG(GenBank登录号：EF209334)。该片段全长978bp，包含一个681 bp的开放阅读框，编码226个氨基酸残基。通过设计特异引物RT-PCR扩增得到了编码区全长cDNA。推导的氨基酸序列与拟南芥的AGAMOUS类MADS-box基因AG、SHPI/SHP2均有较高的同源性(同源性分别为770.9％、710.2％、690.9％)。系统发育分析将VvAG基因归入MADS-box基囚家族AG亚家族的euAG进化系。半定晕RT-PCR分析显示，该基因在葡萄的叶片、卷须、休眠芽、花序、果实中均表达，并且在花器官的萼片、花瓣、雄蕊、雌蕊中也均检测到VvAG的表达，而且在这些组织中的表达丰度均较高。通过将VvAG与一个葡萄shotgun基因组序列(AM478968)比对发现其基因组从起始密码子到终止密码子全长7534 bp，由7个外显子和6个内含子组成。

摘要： 根据获得的MADS-box基因片段设计一条特异引物，通过3'RACE方法获得了全长cDNA，命名为VvAG(GenBank登录号：EF209334)。该片段全长978bp，包含一个681 bp的开放阅读框，编码226个氨基酸残基。通过设计特异引物RT-PCR扩增得到了编码区全长cDNA。推导的氨基酸序列与拟南芥的AGAMOUS类MADS-box基因AG、SHPI/SHP2均有较高的同源性(同源性分别为770.9％、710.2％、690.9％)。系统发育分析将VvAG基因归入MADS-box基囚家族AG亚家族的euAG进化系。半定晕RT-PCR分析显示，该基因在葡萄的叶片、卷须、休眠芽、花序、果实中均表达，并且在花器官的萼片、花瓣、雄蕊、雌蕊中也均检测到VvAG的表达，而且在这些组织中的表达丰度均较高。通过将VvAG与一个葡萄shotgun基因组序列(AM478968)比对发现其基因组从起始密码子到终止密码子全长7534 bp，由7个外显子和6个内含子组成。

摘要： 根据获得的MADS-box基因片段设计一条特异引物，通过3'RACE方法获得了全长cDNA，命名为VvAG(GenBank登录号：EF209334)。该片段全长978bp，包含一个681 bp的开放阅读框，编码226个氨基酸残基。通过设计特异引物RT-PCR扩增得到了编码区全长cDNA。推导的氨基酸序列与拟南芥的AGAMOUS类MADS-box基因AG、SHPI/SHP2均有较高的同源性(同源性分别为770.9％、710.2％、690.9％)。系统发育分析将VvAG基因归入MADS-box基囚家族AG亚家族的euAG进化系。半定晕RT-PCR分析显示，该基因在葡萄的叶片、卷须、休眠芽、花序、果实中均表达，并且在花器官的萼片、花瓣、雄蕊、雌蕊中也均检测到VvAG的表达，而且在这些组织中的表达丰度均较高。通过将VvAG与一个葡萄shotgun基因组序列(AM478968)比对发现其基因组从起始密码子到终止密码子全长7534 bp，由7个外显子和6个内含子组成。

摘要： 本发明涉及重组修饰的安卡拉痘苗病毒，其包含插入所述MVA基因组的基因间区内的异源DNA序列，其中，所述的IGR位于该MVA基因组的两个相邻开放阅读框之间或所述的IGR位于该MVA基因组的两个相邻开放阅读框的侧面，并且其中所述ORF对应于保守基因，并且其中所述的两个相邻ORF以示例性方式或其相应方式选自由（使用CDC/阿卡姆贝斯的命名法则）其它痘苗病毒毒株中的044-045、049-050、050-051、058-059、064-065、065-066、069-070、070-071、071-072、072-073、073-074、074-075、075-076、076-077、077-078、078-079、081-082、085-086、086-087、089-090、092-093、093-094、095-096、097-098、100-101、101-102、102-103、104-105、108-109、113-114、114-115、118-119、121-122、122-123、123-124、127-128、128-129、129-130、130-131、131-132、132-133、133-134、134-135、135-136、141-142和142-143所组成的组。

摘要： 本发明属于基因表达分析技术领域，公开了CmEF1α基因和CmRAN基因在分析甜瓜果实的基因表达时作为内参基因的应用，所述CmEF1α基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，所述CmRAN基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。本发明还公开了一种采用实时荧光定量PCR分析甜瓜果实基因表达的方法，它是将CmEF1α基因和CmRAN基因组合的几何平均数作为甜瓜果实基因表达分析中的内参基因。CmEF1α基因和CmRAN基因在不同坐果方式的甜瓜果实的不同发育阶段均能稳定表达，是甜瓜果实发育过程中利用实时荧光定量PCR技术检测基因表达分析的可靠内参基因组合。

摘要： 本发明涉及转基因植物检测领域，具体涉及同时鉴定转甘露聚糖酶基因、葡聚糖酶基因、木聚糖酶基因和半乳糖苷酶基因植物的方法。本发明中设计的针对转入的半乳糖苷酶、葡聚糖酶、甘露聚糖酶及木聚糖酶的外源基因的引物可以同时鉴定转基因玉米饲料中的该四种外源基因，这为今后饲用酶转基因玉米原料成分的快速鉴定检测提供了方法。

摘要： 本发明涉及用于整合外源序列至痘苗病毒基因组的基因间区(IGR)内的新插入位点，其中所述的IGR位于该痘苗病毒基因组的两个相邻开放阅读框(ORF)之间或所述的IGR位于该痘苗病毒基因组的两个相邻开放阅读框的侧面，并且其中所述ORF对应于保守基因，并涉及用来插入外源DNA至痘苗病基因组内的相关质粒载体，并且还涉及作为药物或疫苗的含有插入所述新插入位点内的外源序列的重组痘苗病毒。

摘要： 本发明的目的在于能够在加密的状态下进行基因信息的检索。加密装置(200)对存储装置存储的基因信息即对象基因进行加密来生成加密基因，并将作为预定的基因信息的基准基因与对象基因进行比较，生成差异信息，生成嵌入了所生成的差异信息并加密而得到的加密标签。数据中心(400)使加密基因和加密标签相关联地存储在存储装置中。检索装置(300)将差异信息作为检索关键字，生成嵌入差异信息并进行加密而得到的检索查询，将所生成的检索查询发送到数据中心(400)。数据中心(400)确定包含检索查询中指定的差异信息的加密标签，提取相关联的加密基因并发送到检索装置(300)。

摘要： 提供作为副作用的细胞毒性少且MEX3B基因的表达抑制能力提高的核酸、含有上述核酸的MEX3B基因表达抑制剂、抑制MEX3B基因表达的方法及起因于MEX3B基因表达的疾病的预防或治疗剂。核酸为下述(1)～(3)中的任一者：(1)由序列表的序列号1或2中记载的碱基序列组成的寡核苷酸；(2)由在序列表的序列号1或2中记载的碱基序列中缺失、取代及/或添加1个或2个碱基而得的碱基序列组成、且抑制MEX3B基因的表达的反义寡核苷酸；(3)包含序列表的序列号3中记载的碱基序列、且抑制MEX3B基因的表达的反义寡核苷酸。

摘要： 本发明提供作为副作用的细胞毒性低且能够抑制MEX3B基因的表达的核酸、包含上述核酸的MEX3B基因表达抑制试剂、抑制MEX3B基因表达的方法及由MEX3B基因表达所引起的疾病的预防或治疗剂。抑制MEX3B基因的表达的核酸，所述核酸为：反义寡核苷酸，所述反义寡核苷酸具有与MEX3B基因的外显子中的非翻译区中的包含至少10个连续核苷酸的寡核苷酸互补的序列；或者双链RNA或编码上述双链RNA的DNA，所述双链RNA包含上述非翻译区中的至少20个连续核苷酸。

摘要： 本发明属于基因表达分析技术领域，具体涉及ClCAC基因和ClSAND基因在西瓜果实发育过程中用作为基因表达分析的内参基因的应用。本发明为ClCAC和ClSAND基因设计了特异引物，该引物跨基因上相邻的2个外显子的接头位点，以基因组DNA为模板时无扩增产物，以cDNA为模板是可以扩增出目标片段，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1-4所示。通过实时荧光定量PCR技术检测表明，ClCAC基因和ClSAND基因在不同基因型、不同坐果方式的西瓜果实的不同发育阶段均能稳定表达，是西瓜果实发育过程中利用实时荧光定量PCR技术检测基因表达分析的可靠内参基因组合。该内参基因组合具有表达稳定性好、不受cDNA样品中是否存在基因组DNA污染影响等优点。

摘要： 本发明属于基因表达分析技术领域，公开了CmEF1α基因和CmRAN基因在分析甜瓜果实的基因表达时作为内参基因的应用，所述CmEF1α基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，所述CmRAN基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。本发明还公开了一种采用实时荧光定量PCR分析甜瓜果实基因表达的方法，它是将CmEF1α基因和CmRAN基因组合的几何平均数作为甜瓜果实基因表达分析中的内参基因。CmEF1α基因和CmRAN基因在不同坐果方式的甜瓜果实的不同发育阶段均能稳定表达，是甜瓜果实发育过程中利用实时荧光定量PCR技术检测基因表达分析的可靠内参基因组合。

摘要： 本发明的目的在于，提供一种在癌症中鉴定能够成为预测药剂的治疗有效性的指标的基因、以该基因为目标预测药剂的治疗有效性的新型的方法，并进行了肺腺癌的全转录组测序。其结果，鉴定了KIF5B基因和RET基因的框内融合转录产物。另外，该KIF5B-RET基因融合在日本人肺腺癌的6/319（2%）、美国人肺腺癌的1/80（1%）中被检测出。而且发现，该7例均不显示EGFR、KRAS、ALK癌基因这样的公知的活化突变，因此，判明该基因融合为癌化中的责任突变（驱动突变）。该基因融合被认为是导致RET酪氨酸激酶蛋白的稳定活化的因素，因此，对于检测出该基因融合的患者，以RET酪氨酸激酶抑制剂进行的治疗是有效的。