分子构象

摘要： 将酯类聚羧酸减水剂与萘系减水剂按照不同比例配制成一系列质量分数为10%的水溶液,采用乌氏粘度计和表面张力仪分别测定了混合溶液的粘度和表面张力随减水剂比例的变化趋势,并分析了混合溶液对水泥颗粒分散性能的影响。结果表明,所测比例下2种减水剂混合溶液的实际粘度均高于其理论粘度值;萘系减水剂分子提高了聚羧酸减水剂溶液的表面张力;混合溶液对水泥的分散性能低于同掺量下的单一组分。可推测,柔性梳状的聚羧酸分子与刚性线形的萘系分子的相互缠绕改变了分子的构象,在一定程度上导致了两组分的相互抑制作用。

摘要： 为获得不同分子质量且分布相对集中的丝素蛋白,采用葡聚糖凝胶层析技术对再生丝素蛋白溶液进行梯度纯化、分离.通过使用合适的葡聚糖凝胶并控制层析流速,有效分离出不同分子质量的丝素蛋白,并进一步对获得的4组不同分子质量的丝素蛋白的黏度、电负性、氨基酸组成和分子构象进行分析.结果表明:丝素蛋白溶液的黏度和等电点随其分子质量的减小而减小,其电负性的提高主要源自于丝素重链被切断,且富含非重复区域的较小分子质量的肽链;4组不同分子质量的丝素蛋白均可自组装形成一定的β-折叠结构,分子质量越高的丝素蛋白越易形成稳定的分子构象.

摘要： 目的:分析羧甲纤维素钠的分子量及其分布,推断其分子构象.方法:采用凝胶渗透色谱与多角度激光光散射(GPC-MALLS)联用技术测定羧甲基纤维素钠的分子量及分子量分布,并根据检测结果推断其分子构象.结果:羧甲纤维素钠样品的分子量在105～106之间;多分散系数PDI值在1.5～4.4之间;分子旋转半径(RMS)与重均分子量之间的关系曲线斜率约为0.2～0.6之间,主要集中在0.3～0.5之间,散点部分呈U型曲线,表明羧甲纤维素钠样品是一个紧密且具有高支化度结构的大分子聚合物.实验发现,同一生产企业不同黏度型号的羧甲纤维素钠样品的分子量与黏度呈正相关性;不同生产企业相同黏度型号的样品其分子量及分子量分布存在较大差异.结论:羧甲纤维素钠的分子量及分子量分布的测定、分子构象的分析,为深入研究羧甲纤维素钠的分子结构奠定了坚实的理论基础.

摘要： 凝胶化行为是蛋白质的主要功能特性之一.蛋白质凝胶化的形成受到多种理化因素影响,其中金属离子是影响蛋白质凝胶化行为的主要因素之一.本文在阐述蛋白质凝胶化行为形成机理的基础上,综述了金属离子对蛋白质凝胶的微观结构、物化特性、聚集行为、分子构象和主要分子作用力的影响,并对其研究价值进行了展望,为进一步深入研究金属离子对蛋白质凝胶化的影响机理及提高蛋白质凝胶制品的加工特性提供理论指导.%Gelation is one of the main functional properties of protein.The gel formation of protein is affected by many physicochemical factors,and metal ion is one of the major factors affecting protein gelation behavior.The mechanism of the gel formation of protein is elaborated in this paper.Additionally,this article reviews the effects of metal ions on the microstructure,physicochemical characteristics,aggregation behavior,molecular conformation and main molecular forces of protein gels and the value of protein gelation for researchers is predicted in order to provide a theoretical guidance for further researches of the mechanism of action metal ions on protein gelation and the improvement of protein gel products.

摘要： This study investigated the effects of the adding amount of three different Hydrophilic polysaccharide and storage time on the thermodynamic behaviorof thefresh wet noodle starch.By using differential scanning calorimetry (DSC),Avrami equation and Hyperchem 8.0 software,we analyzed both aging kinetic equation and molecular structure model of fresh wet noodle which were addedthree different Hydrophilic polysaccharideGuar gum,Carrageenan and Konjac Glucomannan.Meanwhile,build a equation of retrogradation kinetics and build a conformation design which inter react between polysaccharide and starch.Results showed that the temperature range(T01 ～ Tcl) of the pasting of the polysaccharide and freshnoodle system is from 55.30 °C to 72.82 °C;the dextrinize enthalpy of the polysaccharide and fresh noodle system(△H0)are greater than blank group;the retrogradation enthalpy value(AH) which Melting and recrystallization amylopectin of the polysaccharide and fresh-noodle system needs are smaller than that of blank group;The range of ucleation mode (n1) of the polysaccharide and fresh-noodle system is:n1 =0.742～0.816.They are greater than blank group (n =0.732),and constantly tend to be spontaneous nucleation;The changed range of growth(k1) of the recrystallization of the polysaccharide and fresh-noodle system is k 1 =0.251 ～ 0.309 and are smaller than that of blank group (k=0.388);After using Hyperchem 8.0 software can found the hydroxyl of the starch molecule and the hydroxyl of the polysaccharide molecules competitive gather a large number of water molecules and then delay the water molecules around the starch molecules to distribution.Adding 0.4 ％ Guargum(relatively to the quality of the flour) inhibition of retrogradation is the best,The storage of 21 d the maximum degree of retrogradation:45.21％(CK:68.25％),The equation of aging kinetic is Y=0.816x-1.382 (R2 =0.947).%探讨3种不同亲水多糖的添加量和储藏时间对鲜湿面淀粉热力学行为产生的影响.利用差示量热扫描(differential scanning calorimeter,DSC)、Avrami方程和Hyperchem 8.0软件对分别添加瓜尔胶、卡拉胶、魔芋胶3种亲水多糖的鲜湿面老化动力学方程与分子结构模型进行分析.结果表明:多糖/鲜湿面体系的糊化温度范围(T01～Tc1)为55.30～72.82°C,多糖/鲜湿面体系的糊化焓(△H0)高于空白组;多糖/鲜湿面体系的融化支链淀粉重结晶所需的老化焓(△H)低于空白组;多糖/鲜湿面体系的成核方式(n1)变化范围为:n1 =0.742～0.816,均大于空白组(n=0.732)且不断趋近于自发成核;多糖/鲜湿面体系的重结晶的变化速率常数(k1)变化范围为0.251～0.309,且均小于空白组(k=0.388).Hyperchem 8.0软件模拟图像显示:淀粉分子上的羟基和多糖分子上的羟基竞争性聚集大量水分子而延缓水分子在淀粉分子周围重新分布.添加0.4％的瓜尔胶抑制老化效果最好,储藏21d时最大老化度仅为45.21％(CK组为68.25％),老化动力学方程为Y=0.816x-1.382(R2 =0.947).

摘要： The existing states of different diesel molecules at different temperatures were simulated by molecular dynamics.It is found that the main reason for the aggregation and crystallization of n-alkanes at low temperatures is the changes of molecular conformation from "curved" to "straight" as the temperature decreases,and that keeping n-alkanes in curved conformation is beneficial to improve the low temperature flow performance of n-alkanes system.The conformation changes of existing states of nalkane molecules in diesel containing low temperature flow improver(CFI)when the temperature decreases were investigated.The results show that CFI can change the molecular torsion angle by the intermolecular force to keep the curved comformations,resulting in a weak intermolecular force and diminished order and compactness of n-alkanes.The CFI molecules that can extend to multiple directions,contain multiple high degree curved molecular segments and strong interaction with n-alkanes can significantly keep n-alkane molecules in curved conformation.%采用分子动力学方法,模拟不同柴油分子体系中分子存在状态随温度的变化,经对比发现正构烷烃分子构象随温度降低“从弯到直”的显著变化是其在低温下容易聚集、结晶的主要原因,正构烷烃分子保持弯曲构象,有利于改善正构烷烃体系的低温流动性能.在此基础上,模拟含低温流动改进剂(CFI)的正构烷烃体系中分子存在状态随温度的变化,结果表明,CFI分子可以通过分子间相互作用力为正构烷烃分子扭转角的旋转提供足够能量,使分子保持弯曲构象,从而减弱分子间的相互作用并降低分子堆积的有序性和致密性.分子链可向空间多个方向伸展,分子内含有多个弯曲程度较高的结构片段,且与正构烷烃分子间的相互作用较强的CFI分子能显著促进正构烷烃分子保持弯曲构象.

摘要： 本文利用不同分子量的聚醚合成出具有不同分子量的聚羧酸减水剂,研究了不同分子量聚醚对最佳酸醚比、最佳聚醚与链转移剂摩尔比(E/T)、最佳聚羧酸减水剂平均分子量及分子构象的影响.发现最佳酸醚比随聚醚分子量的增加而增大,最佳聚醚与链转移剂摩尔比随聚醚分子量的增加而减小,最佳聚羧酸减水剂平均分子量随聚醚分子量的增加变化不大,最佳分子构象随聚醚分子量的增加而越来越卷曲.因此,对于不同分子量的聚醚,可通过调节合成工艺,使聚羧酸减水剂的分子量及构象适中,样品的性能将达到最优.

摘要： 本文研究了滴加时间对聚羧酸减水剂分子构象、分子量及其性能的影响.利用凝胶渗透色谱仪测试了聚羧酸减水剂的分子构象、分子量及其分布,发现滴加时间的延长使聚醚大单体的转化率增加,使聚羧酸减水剂的分子构象越来越伸展,同时使聚羧酸减水剂分子量增加且分子量分布变窄.当滴加时间为3小时时,聚羧酸减水剂的性能达到最优,且聚羧酸减水剂的分子构象、分子量及其分布适中.

摘要： 鸡卵黄免疫球蛋白(Immunoglobulin Y,IgY)是一种新型治疗性抗体,应用广泛.本文研究了N-糖基化修饰对IgY分子构象和稳定性的影响.IgY从鸡蛋卵黄中分离纯化,并利用肽-糖苷酶F对其进行水解.电泳和红外结果表明酶解后碳水化合物明显减少.圆二色谱显示N-聚糖去除后的IgY分子变得更加灵活无序,荧光光谱揭示色氨酸残基埋藏到更加疏水的环境中.同时发现去糖基化后的IgY分子的稳定性包括贮藏稳定性、抗盐酸胍变性能力和抗胃蛋白酶水解能力都有所降低.因此,N-糖基化修饰对于维持IgY分子结构和稳定性具有十分重要的作用.

摘要： 蚕丝脱胶后的丝胶溶液经过提纯、脱色、降解、浓缩、喷雾干燥可制得易溶性丝胶粉，既有效防止丝胶污水对环境的污染，又极大提高了丝胶的利用价值．易溶性丝胶粉的分子构象以无规卷曲结构为主，高聚物的聚集态结构主要是无定形结构．丝胶这一新颖的蚕丝副产品已广泛应用在保健纺织品后整理涂层材料、化妆品添加剂、保健食品、医药、功能性生物材料等领域中．开拓丝胶新用途是今后在蚕丝副产品综合利用领域中富有时代意义的应用性课题．

摘要： 气/液界面结构对于高分子溶液的性质以及对其固化成膜后表面结构有重要影响，因此研究研究气液界面结构信息具有非常重要的意义。目前表征气液界面结构常用的表面张力法和表面压法只能得到气/液界面的宏观性质，无法得到微观的分子信息。和频振动光谱(SFG.sumfrequency generation vibrational spectroscopy)特有的界面选择性和准单分子层的测试灵敏度，能够给出分子在界面上的取向、分子构象及排列等信息,被认为是在准单分子层水平上测定界面结构的最佳技术手段之一。本文通过表面张力法和SFG研究了AB与BAB型氟化丙烯酸酯嵌段共聚物环己酮溶液气/液界面的分子结构。

摘要： 微波波谱分析基于物质对微波吸收进行工作，是一种既有一定历史而又具有新兴生命力的分子科学测量方法。微波波谱分析主要应用于分子构象、分子系统动力学、弱相互作用体系、晶体工程、大气化学、生物系统分子识别、星际物质等领域。新兴活跃的研究领域是弱相互作用体系、弱键配合物到超分子体系、手性分子识别等。

摘要： 本文介绍了羊毛角朊膜的制备方法，并应用傅立叶变换红外光谱法(FTIR)分析了羊毛角朊膜的化学结构，通过对羊毛和角朊膜的红外特征谱带的对比，详细分析了羊毛角朊膜大分子链段结构和分子构象的变化情况及变化原因;并通过扫描电镜(SEM)对羊毛角朊膜的表面形态和角朊膜拉伸断面进行了观察。

摘要： 合成了聚N-异丙基丙烯酰胺(poly(N-isopropylacrylamide,PNIPAM),并利用傅立叶变换红外光谱方法,对N-异丙基丙烯酰胺及其聚态在溶液相的构象进行了表征.发现在异丙醇中N-异丙基丙烯酰胺单体结构并不存在,而是以二聚体的形式存在.而所形成的PNIPAM聚集体,其酰胺基团的典型光谱峰-酰胺-Ⅰ带的红外光谱具有无规则卷曲的特征.这些工作,在理解特异化学基团在PNIPAM中引入后的结构,在原位表征PNIPAM水凝胶体系的动态功能结构等方面打下了基础.

摘要： 合成了聚N-异丙基丙烯酰胺(poly(N-isopropylacrylamide,PNIPAM),并利用傅立叶变换红外光谱方法,对N-异丙基丙烯酰胺及其聚态在溶液相的构象进行了表征.发现在异丙醇中N-异丙基丙烯酰胺单体结构并不存在,而是以二聚体的形式存在.而所形成的PNIPAM聚集体,其酰胺基团的典型光谱峰-酰胺-Ⅰ带的红外光谱具有无规则卷曲的特征.这些工作,在理解特异化学基团在PNIPAM中引入后的结构,在原位表征PNIPAM水凝胶体系的动态功能结构等方面打下了基础.

摘要： 合成了聚N-异丙基丙烯酰胺(poly(N-isopropylacrylamide,PNIPAM),并利用傅立叶变换红外光谱方法,对N-异丙基丙烯酰胺及其聚态在溶液相的构象进行了表征.发现在异丙醇中N-异丙基丙烯酰胺单体结构并不存在,而是以二聚体的形式存在.而所形成的PNIPAM聚集体,其酰胺基团的典型光谱峰-酰胺-Ⅰ带的红外光谱具有无规则卷曲的特征.这些工作,在理解特异化学基团在PNIPAM中引入后的结构,在原位表征PNIPAM水凝胶体系的动态功能结构等方面打下了基础.

摘要： 本发明公开了一种生物分子冷冻电镜数据的构象分类方法，属于结构生物学与计算科学的交叉领域。本发明在卷积残差神经网络模型的基础上，对冷冻电镜单颗粒数据进行有监督的高精度构象分类，以发现生物分子的新构象类，使单颗粒图像数据进行性能更为强大的监督分类成为可能，从而获得生物分子潜在新构象状态的结构。

摘要： 本申请涉及一种有机分子环异构的处理方法及识别方法、获得有机分子样本构象的方法及装置。该处理方法包括：在确定目标有机分子的初始分子结构包含柔性环后，获取目标有机分子的样本构象；根据各柔性环的环大小和各柔性环内的各原子的相对空间位置，确定各柔性环的环形状；当样本构象中的任一柔性环包含取代基时，根据取代基与取代基所在柔性环的相对空间位置，确定各柔性环上所有取代基的取代基姿态；根据各包含取代基的柔性环的环形状及所有取代基的取代基姿态，获得目标有机分子的样本构象的环异构信息。本申请提供的方案，能够采集和识别目标有机分子中的柔性环的环异构信息，减少时间成本和人力成本。

摘要： 本发明涉及一种基于远场显微镜的高分子流变构象观测仪，包括：耦合流变仪模块、样品池模块、单分子荧光共振能量转移模块和软件终端模块；所述软件终端模块的一端与所述单分子荧光共振能量转移模块、耦合流变仪模块连接，所述软件终端模块的另一端与所述耦合流变仪模块的另一端连接；所述样品池模块的一端与耦合流变仪模块连接，另一端与单分子荧光共振能量转移模块连接。本发明的基于远场显微镜的高分子流变构象观测仪运用能量转移随荧光给体和受体距离衰减的物理特性，可精准测量高分子在流动、形变过程中的构象信息，结合力学传感器，可在高分子流动、形变过程中同时检测高分子的构象和流变学信号例如应力、应变、粘度和模量等。

摘要： 本发明公开了一种生物分子冷冻电镜数据的构象分类方法，属于结构生物学与计算科学的交叉领域。本发明在卷积残差神经网络模型的基础上，对冷冻电镜单颗粒数据进行有监督的高精度构象分类，以发现生物分子的新构象类，使单颗粒图像数据进行性能更为强大的监督分类成为可能，从而获得生物分子潜在新构象状态的结构。

摘要： 本发明公开了生物大分子构象变化热力学的太赫兹光谱测量方法，该方法包括以下步骤：针对温度诱导构象变化的生物大分子溶液，开展不同温度下生物大分子溶液的太赫兹光谱检测；对测得的太赫兹光谱数据，通过溶剂化模型分析，获得与生物分子构象变化紧密相关的溶剂化水的太赫兹吸收，根据溶剂化水的太赫兹吸收与温度的关系，确定构象转变点临界温度；然后通过范特霍夫方程和热力学关系式，推导生物大分子构象变化的焓变和熵变。本发明利用太赫兹光谱技术对生物大分子构象变化热力学参量进行测量，此方法具有快速、无标记、操作简单、适用范围广、重复性好、结果精确度高等优点。

摘要： 本发明公开了一种监测大分子构象转变和靶分子与探针分子生化反应的方法及装置，将大分子、不同或相同的探针分子中的任一种或多种修饰在微悬臂梁阵列中不同微悬臂梁的单侧表面，光源发出的平行光入射到微悬臂梁上，反射光被光学接收装置接收形成反射光斑阵列并与微悬臂梁一一对应，当大分子发生构象转变或探针分子与待测溶液中的靶分子发生结合时，该微悬臂梁发生弯曲变形，反射光会随之发生偏转，相应的反射光斑的位置也会随之发生位移，根据各微悬臂梁所对应的反射光斑的位置变化与位移大小，来判断大分子的构象转变情况或待测溶液中与探针分子对应的靶分子的有无或者浓度的大小。该发明能实现多根微悬臂梁位移信号的同时监测，同时消除了折射率改变和光源光强变化产生的噪声信号；通过对测量光束偏振态的控制大大降低了杂散光的影响，提高了测量精度。

摘要： 本发明涉及计算机辅助药物研发技术领域，具体涉及一种高效分子三维构象的表达方法，该方法包括步骤A、建立基础片段库辅助文件；步骤B、构建分子三维构象；步骤C、记录生成分子三维构象的元数据以及步骤D、元数据的压缩存储。本发明避免了显式地记录每个分子构象中各原子的三维坐标，而是记录了高效还原每个构象三维坐标的meta信息，由于meta信息的存储量要比三维构象的显式表达要小100‑1000倍，而meta数据还原三维坐标的速度要比最快的三维构象生成的算法还要快一个数量级以上。由此，该方法突破了超大规模化学分子数据库的分子三维构象的存储限制，为药物分子的三维筛选提供了有效解决手段。

摘要： 本发明公开了生物大分子构象变化热力学的太赫兹光谱测量方法，该方法包括以下步骤：针对温度诱导构象变化的生物大分子溶液，开展不同温度下生物大分子溶液的太赫兹光谱检测；对测得的太赫兹光谱数据，通过溶剂化模型分析，获得与生物分子构象变化紧密相关的溶剂化水的太赫兹吸收，根据溶剂化水的太赫兹吸收与温度的关系，确定构象转变点临界温度；然后通过范特霍夫方程和热力学关系式，推导生物大分子构象变化的焓变和熵变。本发明利用太赫兹光谱技术对生物大分子构象变化热力学参量进行测量，此方法具有快速、无标记、操作简单、适用范围广、重复性好、结果精确度高等优点。

摘要： 本发明属于分子生物学、医学等领域，尤其涉及本发明涉及一类人工智能辅助活性小分子构象和蛋白结合位点预测方法方法及应用说明书。提供一种基于深度学习的方法，它能够预测配体与蛋白质靶标的结合构象，构建针对蛋白质的荧光探针并利用该方法模拟了小分子配体对蛋白的结合构建荧光探针进行荧光成像。

摘要： 本发明涉及分子构象搜索，尤其涉及一种基于量子计算的分子构象搜索方法。一种基于量子计算的分子构象快速搜索方法，在利用分子力场方法对原子间相互作用进行建模的基础上，运用量子编码方法，将能量或打分函数最小的分子构象搜索问题映射到量子计算机可以有效求解的伊辛耦合的自旋玻璃模型，采用哈密顿量量子算法求解该计算问题。本发明可以为对接软件提高准确估计配体结合亲和力或找到接近共结晶构象的概率，提高虚拟筛选的准确性和效率，并体现出其相对于经典计算的优越性。