ITS序列分析

摘要： 同时利用CDDP(conserved DNA-derived polymorphism)与ITS(internal transcribed spacer)两种分子标记方法,对江西省17个油茶品种进行遗传多样性分析,旨在为当地油茶品种鉴定和利用提供理论依据。筛选出的17条CDDP引物共扩增出条带204条,其中170条带呈现多态性,占比83.33%,引物ERF2、ERF3和WRKYR1均能单独鉴定出这17个油茶品种,各品种间的SM相似系数变化范围为0.5506~0.8544,平均相似系数为0.7438,UPGMA聚类结果显示,17个油茶品种可聚为5大类,倾向于按经济性状聚类。ITS序列分析表明,17个油茶品种的总体平均遗传距离为0.0702,NJ系统发育树结果表明,17个油茶品种间的遗传关系可明显体现在表型性状上。本研究表明CDDP分子标记结合ITS序列分析技术,可有效用于油茶的遗传多样性分析。

摘要： 从成都周边采集到一个野生大型真菌子实体,通过分离纯化获得菌株C42,并对其进行覆土栽培、农艺性状观测、营养成分分析和氨基酸营养价值评价。通过形态学和ITS序列分析鉴定,菌株C42为毛头鬼伞,形态特征与分子鉴定结果一致。与毛头鬼伞栽培品种菌株C20相比,2个菌株的观测性状无差异,测量性状差异显著,菌株C42的菌柄较长,综合农艺性状较好;除了水分含量,菌株C42的其他营养成分含量均高于菌株C20,粗多糖和粗蛋白含量差异显著;2个菌株的必需氨基酸质量分数均高于FAO/WHO模式谱,SRC值比较结果表明菌株C42的营养价值高于菌株C20。综合评价,该野生菌株C42的出菇农艺性状好,营养成分丰富,营养价值高,具有进一步开发利用的价值。

摘要： 以一株分离自泰山山脉的野生长根菇chang-202001为材料,采取形态学和rDNA ITS序列分析相结合的鉴定方法。结果该菌株分离物(MT974249)与GenBank中已知的3个卵孢长根菇分离物(KX688238、KX688232、KX688232)聚为一簇,ITS序列一致率为100%。结果表明,该野生菌株为卵孢长根菇Hymenopellis raphanipes。

摘要： 【目的】剑麻是我国重要的麻类作物,在广东湛江地区剑麻上发生一种叶斑病,导致剑麻叶片大面积坏死,严重影响产量。明确剑麻叶斑病的病原菌种类及防治药剂,以期对该病进行有效防治。【方法】采用组织分离法对病原菌进行分离,经科赫氏法则验证后得到病原菌的纯培养,结合真菌的形态特征和ITS序列分析对该病原菌进行鉴定,通过带毒介质菌丝生长速率法测定该病原真菌对不同药剂的敏感性。【结果】从广东湛江剑麻产区分离得到叶斑病致病菌,分生孢子椭圆形,单孢,深褐色,中间有一条中横隔隔开,形似双胞结合在一起,ITS序列比较分析表明其与可可毛色二孢菌(Lasiodiplodia theobromae)的同源性达到99%以上。百菌清、己唑醇、咪鲜胺、戊唑醇、苯醚甲环唑、氟吡菌酰胺和甲基硫菌灵等7种药剂对可可毛色二孢菌均具有较好的抑菌效果,其中百菌清抑菌效果最好,EC_(50)值为0.000132μg/mL。【结论】广东湛江地区发生的剑麻叶斑病初步鉴定为由可可毛色二孢真菌引起,该病原菌对百菌清、己唑醇、咪鲜胺、戊唑醇、苯醚甲环唑、氟吡菌酰胺和甲基硫菌灵等药剂敏感。

摘要： 鉴定采自四川省攀枝花市农林科学研究院芒果种质资源圃的一株野生侧耳鉴定,并研究其生物学特性。结果表明:经形态特征和ITS序列分析鉴定,菌株Pc-1为泡囊侧耳Pleurotus cystidiosus。该野生菌菌丝生长培养基最适碳源为甘露醇,最适氮源为酵母粉和胰蛋白胨,最适初始pH为10,最适生长温度为30°C。研究结果为泡囊侧耳野生种质资源进一步开发利用提供理论依据。

摘要： 以粤北凡口铅锌矿废弃地优势植物香蒲(Typhaorientalis presl)、苦楝(Melia azedarach)、苎麻(Boehmeria nivea)和蓖麻(Ricinus communis)中分离筛选出的具有抗重金属铅、锌能力的45株内生真菌为研究材料,利用CAS检测液显色反应、钼锑抗比色法和Salkowski法,分别筛选出具有促进植物生长的产铁载体菌株30株、溶磷菌株3株和产吲哚乙酸(IAA)菌株18株。并选取具有产铁载体、溶磷或产IAA能力较强的菌株作为代表菌株进行形态学鉴定和ITS序列分析,鉴定结果显示:WB-21为曲霉属(Aspergillus)、BM3为旋孢腔菌属(Cochliobolus)、BM5为链格孢属(Alternaria)、菌株XP3.21为刺盘孢属(Colletotrichum)、ZMP5-3为篮状菌属(Talaromyces)。

摘要： 为充分保护和开发利用灵芝这类珍稀野生药用菌资源,对采自陕西省安康市平利县山区的一株野生灵芝进行分离纯化,通过rDNA ITS序列分析技术明确其分类学地位,探讨该菌株的生物学特性和人工栽培子实体活性成分,为进一步开发利用该灵芝菌株提供科学依据。结果表明,该野生灵芝菌株为赤芝[Ganoderma lucidum(Curtis)P.Karst.];单因素试验确定其菌丝生长最适碳源为葡萄糖和蔗糖,最适氮源为酵母膏,最适无机盐为磷酸二氢钾,最适初始pH为7.0,适宜培养温度为26~28°C,正交优化得到最佳因子组合为葡萄糖15 g/L、蔗糖15 g/L、酵母膏5 g/L、磷酸二氢钾1 g/L、初始pH 6.5;其人工栽培子实体多糖含量1.42%,三萜含量3.05%,蛋白质含量17.74%,这3种活性成分总含量高于对照菌株灵芝SW01和泰山灵芝,为一株活性成分含量较高的栽培品种。

摘要： 废弃中药渣中含大量纤维素、半纤维素和木质素等适宜栽培灵芝的营养成分.利用药渣中残留的营养物质作为栽培灵芝的主料进行栽培试验,通过对9个菌株的观察试验和栽培,选育出药渣适栽的灵芝新菌株,并对其进行ITS序列分析及亲缘关系鉴定.以猴头菌属(Hericium)为外群,构建系统发育树确定供试菌种的亲缘关系.结果表明,9种供试菌株为灵芝种群的不同株系.结合ITS序列分析结果和菌种形态特征分析,菌株LD-202023.2、LD-202033.3和LD-202083.8的成功驯化可为药渣栽培灵芝产业发展提供潜在优质菌种资源.

摘要： 对从甘肃省渭源县采集到的黄芪根腐病病株进行了病原菌的分离、纯化和致病性检测,并对致病菌形态学进行了观察,结合核糖体DNA(rDNA)ITS序列分析的分子生物学鉴定,以明确引起黄芪根腐病的致病病原菌.结果表明:黄芪根腐病致病菌为半知菌亚门(Deuteromy-cotina)丝孢纲(Hyphomycetes)瘤座孢目(Tuberculariales)瘤座孢科(Tuberculariaceae)镰刀菌属(Fusarium)的4个种.共分离出16个菌株,经检测有5个菌株具有致病性,均属镰刀菌,其中尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporun)1株(9号菌株),腐皮镰刀菌(Fusarium solani)2种(12号菌株和16号菌株,其中16号菌株可能为腐皮镰刀菌的变种),锐顶镰刀菌(Fusarium acuminatum)1株(15号菌株),待定镰刀菌1株(14号菌株,与三线镰刀菌的同源性仅为88％).

摘要： 以分离的蝉花(Cordyceps cicadae)CC1504为材料,通过真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列分析确定菌株的分类学地位;利用琼脂糖-纤维蛋白平板法测定蝉花产纤溶酶的能力,通过单因素试验确定其液体发酵产纤溶酶的最适碳源和最适氮源;以正交试验优化菌株产纤溶酶的培养基组成.结果表明:ITS序列进化树分析确定了该菌株的分类地位为蝉花;该蝉花产纤溶酶的最适碳源为乳糖,产酶水平为248.95U/mL,其次是甘油,为198.94U/mL;蝉花产纤溶酶的最适氮源为蛋白胨,产酶水平可达240.68U/mL,其次是酵母膏,为89.23U/mL;获得的最佳培养基碳氮源组成为:乳糖10g/L、蛋白胨10g/L、酵母膏3g/L,可发酵获得的纤溶酶水平达262.05U/mL.

摘要： 以分离的蝉花(Cordyceps cicadae)CC1504为材料,通过真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列分析确定菌株的分类学地位;利用琼脂糖-纤维蛋白平板法测定蝉花产纤溶酶的能力,通过单因素试验确定其液体发酵产纤溶酶的最适碳源和最适氮源;以正交试验优化菌株产纤溶酶的培养基组成.结果表明:ITS序列进化树分析确定了该菌株的分类地位为蝉花;该蝉花产纤溶酶的最适碳源为乳糖,产酶水平为248.95U/mL,其次是甘油,为198.94U/mL;蝉花产纤溶酶的最适氮源为蛋白胨,产酶水平可达240.68U/mL,其次是酵母膏,为89.23U/mL;获得的最佳培养基碳氮源组成为:乳糖10g/L、蛋白胨10g/L、酵母膏3g/L,可发酵获得的纤溶酶水平达262.05U/mL.

摘要： 以分离的蝉花(Cordyceps cicadae)CC1504为材料,通过真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列分析确定菌株的分类学地位;利用琼脂糖-纤维蛋白平板法测定蝉花产纤溶酶的能力,通过单因素试验确定其液体发酵产纤溶酶的最适碳源和最适氮源;以正交试验优化菌株产纤溶酶的培养基组成.结果表明:ITS序列进化树分析确定了该菌株的分类地位为蝉花;该蝉花产纤溶酶的最适碳源为乳糖,产酶水平为248.95U/mL,其次是甘油,为198.94U/mL;蝉花产纤溶酶的最适氮源为蛋白胨,产酶水平可达240.68U/mL,其次是酵母膏,为89.23U/mL;获得的最佳培养基碳氮源组成为:乳糖10g/L、蛋白胨10g/L、酵母膏3g/L,可发酵获得的纤溶酶水平达262.05U/mL.

摘要： 以分离的蝉花(Cordyceps cicadae)CC1504为材料,通过真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列分析确定菌株的分类学地位;利用琼脂糖-纤维蛋白平板法测定蝉花产纤溶酶的能力,通过单因素试验确定其液体发酵产纤溶酶的最适碳源和最适氮源;以正交试验优化菌株产纤溶酶的培养基组成.结果表明:ITS序列进化树分析确定了该菌株的分类地位为蝉花;该蝉花产纤溶酶的最适碳源为乳糖,产酶水平为248.95U/mL,其次是甘油,为198.94U/mL;蝉花产纤溶酶的最适氮源为蛋白胨,产酶水平可达240.68U/mL,其次是酵母膏,为89.23U/mL;获得的最佳培养基碳氮源组成为:乳糖10g/L、蛋白胨10g/L、酵母膏3g/L,可发酵获得的纤溶酶水平达262.05U/mL.

摘要： 以分离的蝉花(Cordyceps cicadae)CC1504为材料,通过真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列分析确定菌株的分类学地位;利用琼脂糖-纤维蛋白平板法测定蝉花产纤溶酶的能力,通过单因素试验确定其液体发酵产纤溶酶的最适碳源和最适氮源;以正交试验优化菌株产纤溶酶的培养基组成.结果表明:ITS序列进化树分析确定了该菌株的分类地位为蝉花;该蝉花产纤溶酶的最适碳源为乳糖,产酶水平为248.95U/mL,其次是甘油,为198.94U/mL;蝉花产纤溶酶的最适氮源为蛋白胨,产酶水平可达240.68U/mL,其次是酵母膏,为89.23U/mL;获得的最佳培养基碳氮源组成为:乳糖10g/L、蛋白胨10g/L、酵母膏3g/L,可发酵获得的纤溶酶水平达262.05U/mL.

摘要： 以分离的蝉花(Cordyceps cicadae)CC1504为材料,通过真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列分析确定菌株的分类学地位;利用琼脂糖-纤维蛋白平板法测定蝉花产纤溶酶的能力,通过单因素试验确定其液体发酵产纤溶酶的最适碳源和最适氮源;以正交试验优化菌株产纤溶酶的培养基组成.结果表明:ITS序列进化树分析确定了该菌株的分类地位为蝉花;该蝉花产纤溶酶的最适碳源为乳糖,产酶水平为248.95U/mL,其次是甘油,为198.94U/mL;蝉花产纤溶酶的最适氮源为蛋白胨,产酶水平可达240.68U/mL,其次是酵母膏,为89.23U/mL;获得的最佳培养基碳氮源组成为:乳糖10g/L、蛋白胨10g/L、酵母膏3g/L,可发酵获得的纤溶酶水平达262.05U/mL.

摘要： 2005年，在新疆伊犁河谷的向日葵种植田发现一种严重病害，发病初期在向日葵叶片基部形成黑色病斑，逐渐向叶基发展，并以叶基为中心沿茎扩展，形成长条形黑色坏死斑，严重时病斑绕茎，引起植株枯萎。2009年，新病害在新疆伊犁向日葵种植区普遍发生，植株发病率15%-80%。本研究通过形态学特征、ITS序列分析和致病性测定等鉴定，向日葵上的致病菌分离物被鉴定为P.macdonaldii Boeremao，为建立该病的防控体系提供依据。

摘要： 2005年，在新疆伊犁河谷的向日葵种植田发现一种严重病害，发病初期在向日葵叶片基部形成黑色病斑，逐渐向叶基发展，并以叶基为中心沿茎扩展，形成长条形黑色坏死斑，严重时病斑绕茎，引起植株枯萎。2009年，新病害在新疆伊犁向日葵种植区普遍发生，植株发病率15%-80%。本研究通过形态学特征、ITS序列分析和致病性测定等鉴定，向日葵上的致病菌分离物被鉴定为P.macdonaldii Boeremao，为建立该病的防控体系提供依据。

摘要： 2005年，在新疆伊犁河谷的向日葵种植田发现一种严重病害，发病初期在向日葵叶片基部形成黑色病斑，逐渐向叶基发展，并以叶基为中心沿茎扩展，形成长条形黑色坏死斑，严重时病斑绕茎，引起植株枯萎。2009年，新病害在新疆伊犁向日葵种植区普遍发生，植株发病率15%-80%。本研究通过形态学特征、ITS序列分析和致病性测定等鉴定，向日葵上的致病菌分离物被鉴定为P.macdonaldii Boeremao，为建立该病的防控体系提供依据。

摘要： 2005年，在新疆伊犁河谷的向日葵种植田发现一种严重病害，发病初期在向日葵叶片基部形成黑色病斑，逐渐向叶基发展，并以叶基为中心沿茎扩展，形成长条形黑色坏死斑，严重时病斑绕茎，引起植株枯萎。2009年，新病害在新疆伊犁向日葵种植区普遍发生，植株发病率15%-80%。本研究通过形态学特征、ITS序列分析和致病性测定等鉴定，向日葵上的致病菌分离物被鉴定为P.macdonaldii Boeremao，为建立该病的防控体系提供依据。

摘要： 序列数据分析装置(1)具有：读取字典生成部(21)，其基于利用结合字符连接作为从样本DNA片段的两端分别定序的对的左方序列(11a)和右方序列(11b)之间而得的结合字符串，生成读取序列字典(14)；样本重构部(25)，其提取位于读取序列字典(14)内的查询序列(16)的命中位置(17a)周围的直至出现结束字符为止的字符串，作为样本序列(17)，并提取样本序列(17)内不存在命中位置(17a)一侧的直至出现结束字符为止的左方序列(11a)或者右方序列(11b)，作为配对序列(17b)。

摘要： 本发明涉及分子生物技术领域，尤其涉及一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物及设计、系统进化分析全序列扩增方法，包括如SEQ ID NO.1~24所示的十二对引物。本发明解决了目前没有能够对多鱗鯔鰕虎魚进行线粒体基因组全序列扩增的问题，具有（1）一次性扩增出其线粒体基因组，通过测序拼接能够快速获得其基因组全序列，便捷高效的优点；（2）提供一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物，省时省力，且节约试剂成本；（3）提供的多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物的系统分析方法为多鱗鯔鰕虎魚群体遗传、种质资源保护和可持续开发利用以及鰕虎魚类的系统发育研究提供了重要的分子手段及数据积累等优点。

摘要： 本发明涉及一种基于生物序列的负序列模式的相似性分析方法、实现系统及介质，包括：(1)数据预处理：将DNA序列中的字母用数字来表示；并分割成若干个块，得到的若干个块作为频繁模式挖掘的数据集；(2)频繁模式挖掘：使用f‑NSP算法来挖掘数据集；(3)对最大频繁正、负序列模式进行图形表示；把最大频繁正、负序列模式转化为数字序列；(4)DNA序列的相似性分析：求取不同DNA序列的相似度，选取相似度最小的对应的DNA序列为待研究的DNA序列。本发明可以有效地对负序列进行有效的表达和分析，并且通过选取不同的最大频繁模式组合，能够得到不同的分析结果，大大节省了计算机的内存和时间的消耗。

摘要： 在序列数据分析装置(10)中，计算部(21)比较作为观测某事件而得到的时间序列数据的输入序列数据(32)与作为关于该事件的标准时间序列数据的参照序列数据(31)，提取相互对应的输入序列数据(32)的数据元素与参照序列数据(31)的数据元素的组合。计算部(21)按照提取出的每个组合，计算输入序列数据(32)中的事件的进展相对于参照序列数据(31)中的事件的进展的相对速度即相对进展速度。判定部(22)根据由计算部(21)计算出的相对进展速度，判定输入序列数据(32)中的事件的进展是否存在异常。

摘要： 序列数据分析装置(1)具有：读取字典生成部(21)，其基于利用结合字符连接作为从样本DNA片段的两端分别定序的对的左方序列(11a)和右方序列(11b)之间而得的结合字符串，生成读取序列字典(14)；样本重构部(25)，其提取位于读取序列字典(14)内的查询序列(16)的命中位置(17a)周围的直至出现结束字符为止的字符串，作为样本序列(17)，并提取样本序列(17)内不存在命中位置(17a)一侧的直至出现结束字符为止的左方序列(11a)或者右方序列(11b)，作为伴侣序列(17b)。

摘要： 本发明涉及碱基序列分析方法和碱基序列分析装置。该碱基序列分析方法包括：核酸扩增步骤，通过核酸扩增反应获得扩增产物，浑浊度测量步骤，测量核酸扩增反应的反应溶液的浑浊度，以及熔解曲线分析步骤，对位于核酸扩增反应的反应场所的探针核酸链和扩增产物执行熔解曲线分析。

摘要： 本发明涉及一种基于生物序列的负序列模式的相似性分析方法、实现系统及介质，包括：(1)数据预处理：将DNA序列中的字母用数字来表示；并分割成若干个块，得到的若干个块作为频繁模式挖掘的数据集；(2)频繁模式挖掘：使用f‑NSP算法来挖掘数据集；(3)对最大频繁正、负序列模式进行图形表示；把最大频繁正、负序列模式转化为数字序列；(4)DNA序列的相似性分析：求取不同DNA序列的相似度，选取相似度最小的对应的DNA序列为待研究的DNA序列。本发明可以有效地对负序列进行有效的表达和分析，并且通过选取不同的最大频繁模式组合，能够得到不同的分析结果，大大节省了计算机的内存和时间的消耗。

摘要： 提供了一种分析符号序列的方法和系统。从所有者的计算设备接收符号序列的元数据。基于所接收的元数据来生成R个随机序列的集合，并且将其发送到所述符号序列的所有者的计算设备，以便基于所述R个随机序列的集合和所述符号序列来计算特征矩阵。从所有者的计算设备接收特征矩阵。在确定特征矩阵的内积低于阈值准确度时，迭代过程返回到生成R个随机序列。在确定特征矩阵的内积等于或高于阈值准确度时，基于机器学习对特征矩阵进行分类。经分类的全局特征矩阵被发送以显示在所有者的计算设备的用户界面上。

摘要： 一种基于序列到序列的文本量化分析与生成方法及系统，可根据已知的文本自动生成与所需要进行量化分析的文本所对应的文本。该系统包括：预处理模块、文本内容编码器模块、量化分析编码器模块，解码器模块。本发明使得用户不需要手动将文本信息转化为特征向量，提高了转换的效率；同时，采用基于序列到序列的神经网络算法作为生成文本和对文本进行量化分析的主要方法，在生成文本的过程中可使用GPU进行加速，进一步提高了转换速率；基于序列到序列的神经网络算法也通过多次迭代提高了生成文本和所进行量化分析的文本的质量，避免了单一的模板化的文本生成。

摘要： 一种用于鉴定人类基因组DNA中一个或多个基因组变异的方法，包括使用Alu、MIR、SVA序列基引物，并对测定混合物进行转座子间聚合酶链式反应(ITE‑PCR)，以产生一阵列包含ITE基因组区段的扩增子。还提供了所述方法在鉴定与性质或者疾病相关的一个或多个基因组变异中的应用。