ISSR-PCR

摘要： 玉米鞘腐病的主要病原为层出镰孢(Fusarium proliferatum),为明确其ISSR-PCR最佳反应体系,本文以层出镰孢DNA为模板,筛选各因子浓度范围,利用单因素试验,对5因素进行优化,确定最佳反应体系,从13条供试引物中筛选扩增条带清晰、多态性好的引物,并筛选最适退火温度.结果表明:ISSR-PCR最佳反应体系各因子浓度分别为模板DNA 40 ng·μL-1、镁离子浓度2.5 mmol·L-1、引物浓度为0.4μmol·L-1、dNTPs浓度0.2 mmol·L-1、T aq酶浓度为2.5 U·μL-1,最适ISSR引物为808,最适退火温度是58°C,用筛选的最适引物808对供试菌株扩增出14条条带,多态性条带13条,多态性条带比率为92.90％.

摘要： [目的]优化余甘子种质资源ISSR-PCR反应体系,为余甘子种质资源遗传多样性及亲缘关系研究提供基础.[方法]以缅甸、印度、广东、云南、福建等5份来源不同的余甘子种质资源的基因组DNA组成混合的DNA模板,综合单因素试验和响应面分析法,分析引物浓度、2×Taq Master Mix添加量、DNA模板量、退火温度等反应条件对ISSR-PCR反应体系的影响,优化建立余甘子ISSR-PCR反应体系.[结果]引物浓度和2×Taq Master Mix添加量对扩增效果有较大影响,DNA模板量影响较小;引物浓度和DNA模板量交互作用明显;余甘子ISSR反应体系为引物浓度0.4μmol·L?1,2×Taq Master Mix添加量13μL,DNA模板量30 ng,扩增结果与响应面分析模型理论值相对误差仅为9.39％;退火温度为50.5～52.7°C时,随着温度的升高,条带质量变好,数量变多,退火温度为52.7°C时可获得多样性好的清晰条带.[结论]获得ISSR-PCR反应体系为引物浓度0.4μmol·L?1,2×Taq Master Mix添加量13μL,DNA模板量30 ng,退火温度52.7°C,扩增循环数35循环,扩增获得的条带清晰、稳定,多样性好,该体系适于余甘子种质资源的遗传多样性和亲缘关系等分析研究.

摘要： 为了优化杜鹃属ISSR-PCR反应体系,以"毛叶杜鹃"叶片为试验材料,应用正交试验与单因素试验相结合,对PCR反应体系的因素Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物及DNA模板进行优化组合,确定杜鹃属植物ISSR-PCR的20μL最优反应体系为:Mg2+1.5mmol/L、Taq DNA聚合酶1U、模板DNA 20ng、引物0.9μmol/L、dNTPs 0.2mmol/L.

摘要： 为明确宁夏马铃薯镰刀菌根腐病病原菌种内的遗传差异与亲缘关系,利用ISSR-pCR技术对影响PCR扩增效果的因素和ISSR引物进行优化和筛选,建立适合马铃薯镰刀菌根腐病病原菌的ISSR-PCR反应体系,并通过ISSR分子标记技术对30株地理来源不同的镰刀菌进行遗传多样性分析.结果 显示:马铃薯镰刀菌根腐病病原菌的ISSR-PCR扩增最适引物为807,20μL反应体系中2×Easy Taq PCR Super Mix为8μL、引物浓度为0.6μmol/L、DNA模板浓度为56 ng/μL,循环次数为36次,退火温度为54°C.在选用的18条ISSR引物中有13条对30株镰刀菌扩增出84条条带,大小多分布在250～2 000 bp之间,其中多态性条带为82条,多态性比例平均为98.3％.30株镰刀菌的遗传相似系数在0.349～0.976之间,在0.478水平上可划分为2个类群,其中类群I包括尖孢镰刀菌Fusarium oxysporum、木贼镰刀菌F.equiseti、茄病镰刀菌F.solani和锐顶镰刀菌F.acuminatum;类群Ⅱ全部为接骨木镰刀菌F.sambucinum;在0.976水平上30株镰刀菌可被全部区分开.ISSR类群划分与菌种分类之间存在一定相关性,同一类群不同菌株之间的遗传相似性与菌株地理来源存在一定的相关性;分离自同一地区的同一菌种,其菌株间也存在一定的遗传差异性.

摘要： 为建立和优化特色药食两用植物黑老虎(Kadsura coccinea)的ISSR-PCR反应体系和扩增程序,通过正交和单因素试验研究Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA、退火温度及循环次数等因素对黑老虎ISSR-PCR反应体系扩增效果的影响.结果表明,在20μL的反应体系中,最佳扩增条件为Mg2+浓度2.5 mmol/L、dNTPs浓度0.1 mmol/L、引物浓度0.6μmol/L、Taq DNA聚合酶用量1.50 U、模板DNA用量45 ng,退火温度50.4°C,循环40次.这一优化体系的建立可为深入开展黑老虎种质资源遗传多样性研究奠定基础.

摘要： 以Tris平衡酚-氯仿法提取的龙头鱼基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验法,对影响PCR扩增体系的dNTPs、模板DNA、引物浓度和Taq DNA聚合酶4种试剂的用量作为独立因素进行优化,创建了最适合龙头鱼的ISSR-PCR反应体系.结果 表明:20μL的PCR反应液的组分和用量为含Mg2+的10×PCR Buffer 2.0μL,dNTPs2.5 μL,Taq DNA聚合酶0.2μL,引物1.0μL,DNA模板1.4μL,双蒸水12.9μL时扩增条带最清晰.这一实验结果为龙头鱼后续开展ISSR遗传多样性分析奠定了基础.

摘要： 本文应用ISSR-PCR和HPLC方法研究了头花蓼的遗传多样性与没食子酸之间的关系。ISSR结果显示居群总的遗传变异较大(Ht=0.2746),居群内的遗传变异较小(Hs=0.0804),居群间的遗传分化大于居群内的遗传分化。rn 没食子酸含量经SPSS17.0分析显示,各居群间和居群内个体的没食子酸含量差异较大,居群间没食子酸含量范围在0.1738%-0.3306%,其中云南腾冲县,贵州台江县、纳雍县、余庆县、晴隆和毕节县居群间没食子酸含量差异均达到显著水平。通过对头花蓼48个地理居群的遗传多样性与没食子酸含量的相关分析,表明云南腾冲,贵州台江、毕节市亮岩镇、晴隆、盘县居群的遗传多样性指数、没食子酸含量较高,不仅可以作为人工育种的选育材料,而且对于头花蓼种植适生地区划研究具有很好的参考价值。

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