内转录间隔区(ITS)

摘要： 根结线虫病长期以来对猕猴桃安全生产造成了严重威胁.调查发现江苏省连云港市部分猕猴桃种植园根结线虫病发生普遍,组织切片可见根部出现根结线虫诱导的特异的巨细胞.形态学观察和分子检测结果显示,尽管与其他群体存在一定差异,但仍确定本次分离自猕猴桃的根结线虫(种群编号:CN43)为北方根结线虫(Meloidogyne hapla).基于内转录间隔区(ITS)和COⅡ-16S序列构建的遗传进化树显示,CN43分离群体与已知的北方根结线虫位于同一进化分支,而与其他种类的根结线虫明显区分开来.以ITS序列构建的中接网络将34个北方根结线虫分离群体划分为10个单倍型,其中CN43属于最大的单倍型群组;然而,单倍型分析不能确定各分离群体在地理分布上的关联性.综上,本研究首次报道了北方根结线虫在中国猕猴桃上的侵染和发生,其分离群体的形态学描述和分子特征分析可为揭示猕猴桃根结线虫的种群多样性和种间变异提供参考.

摘要： 目的 研究黄河三角洲贝壳堤岛叶底珠内生真菌代谢产物醋酸乙酯粗提物的体外抗炎镇痛和抗氧化活性,筛选鉴定具有活性的内生真菌.方法 以黄河三角洲贝壳堤岛叶底珠为实验材料分离内生真菌,通过1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)法、二甲苯致小鼠耳廓肿胀法以及醋酸扭体法测定其代谢产物醋酸乙酯粗提物的抗氧化活性、抗炎作用以及镇痛作用.通过雷氏盐剩余比色法、Folin-Ciocalteu法、亚硝酸钠-硝酸铝比色法检测活性菌株的总生物碱、总酚、总黄酮的含量,SPSS 16.0软件分析3种生物活性与3种成分含有量的相关性.基于核糖体RNA基因(即rDNA)内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)的多态性的序列分析,通过分子生物学方法对筛选出的活性菌株进行鉴定.结果 共分离得到内生真菌59株,其中8株表现出不同的抗氧化活性,10株对小鼠耳肿胀有不同程度的抑制作用,8株对醋酸诱导的疼痛有不同程度的抑制作用;总酚含量和抗氧化作用、总生物碱含量和抗炎活性间具有显著相关性;初步鉴定生物活性较高的8株内生真菌菌株为Chaetomium globosum、Chaetomium sp.、Fusarium sp.、Fusarium solani、Cladosporium ramotenellum、Leptosphaeria sp.、Phoma multirostrata和Phoma sp..结论 黄河三角洲贝壳堤岛叶底珠内生真菌具有良好的体外抗炎镇痛和抗氧化活性,总酚和生物碱含量是影响生物活性的主要因素.

摘要： 普氏野马(Equus ferus ssp.przewalskii)作为一种濒危保护动物,其健康成长和种群数量的扩大对种质资源保护具有特殊价值,其体内寄生虫可对机体产生不同程度的病理损害.本研究拟鉴定国家林业局甘肃濒危动物保护中心普氏野马肠道内寄生虫的种类,首先分离普氏野马群体驱虫后粪便中的虫体,进行形态学特征初步鉴定,之后运用生物信息学方法对扩增虫体的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行比对.结果显示,普氏野马肠道共分离出2种虫体,形态学鉴定初步推断为马副蛔虫(Parascaris equorum)和杯环属线虫(Cylicocyclus sp.),分别命名为PE和CN;PE虫体ITS区全长865 bp(GenBank No.MT579850),其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2的长度分别为421、156和288 bp,其与马副蛔虫的同源性为99.88％;CN虫体ITS区全长843 bp(GenBank No.MT581488),其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2的长度分别为370、153和320 bp,与鼻状杯环线虫(Cylicocyclus nassatus)的核酸序列同源性为99.41％.上述结果表明,普氏野马体内获取的PE虫体为马副蛔虫、CN虫体为鼻状杯环线虫.本研究结果可为普氏野马的健康圈养提供参考依据.

摘要： 为建立快捷、灵敏检测苹果轮纹病菌Botryosphaeria dothidea的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,以其内转录间隔区ITS序列为靶标,设计6条LAMP引物,对其特异性进行检测,优化反应条件并建立苹果轮纹病菌的LAMP检测方法.引物特异性检测结果表明,2株苹果轮纹病菌反应结果呈绿色为阳性,而其它3株对照菌株反应结果呈橙色为阴性,表明了LAMP检测引物的高特异性.优化后的LAMP最佳反应条件:温度65°C、扩增时间60 min、FIP/BIP、F3/B3、LF/LB引物终浓度分别为1.0、0.25、0.5 μmol/L.LAMP检测方法对苹果轮纹病菌DNA的检测灵敏度达到了100 ag/μL,是常规PCR检测灵敏度的100倍.田间疑似轮纹病组织检测结果发现LAMP方法对苹果轮纹病菌的检出率高达68％,而传统分离鉴定方法的检出率仅为24％.表明所建立的苹果轮纹病菌LAMP快速检测方法简便快捷、特异性好、灵敏度高,尤其适用于基层植保机构对于苹果轮纹病菌的田间快速检测.

摘要： 关于草菇的科属名分类问题,由于传统学真菌分类的众多局限性,一直以来存在争论.从生物信息学的角度,采用相关的生物信息学软件对草菇及其近缘种的亲缘关系进行ITS序列分析,并由此构建系统发育树进行系统发育研究.结果表明:分别从构建的NJ、ME、ML系统树进行分析,均将草菇归类于小苞脚菇属较为合理,隶属于担子菌门(Basidiomycotina)层菌纲(Hymenomycetes)伞菌目(Agaricales)光柄菇科(Pluteaceae).

摘要： 兰科植物的生存及生长高度依赖其根中的共生真菌,其中的菌根真菌更是对兰科植物的种子萌发与后续生长有着非常重要的作用,研究兰科植物根中的真菌,尤其是菌根真菌,对兰科植物的保护有重要作用.该研究利用第二代测序技术,对中国辽宁省境内的9种属于极小种群的兰科植物的根、根际土和根围土中的真菌群落和菌根真菌组成进行了研究.结果 显示,兰科植物根中的真菌群落和根际土、根围土中的真菌群落具有显著差异.兰科植物根中的总操作分类单元(OTU)数目远小于根际土和根围土中的总OTU数目.同时,兰科植物根中菌根真菌的种类和丰度与根际土、根围土中菌根真菌的种类与丰度没有明显联系.FunGuild分析结果显示,丛枝菌根真菌在根际土与根围土中的丰度非常高,但在兰科植物的根中却数量极少.这些结果表明,兰科植物根中的真菌群落与土壤中的真菌群落在一定程度上是相互独立的.

摘要： 本研究以豇豆疫霉Ph ytophthora vignae Purss核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶标片段,设计4条特异性引物,建立了环介导等温扩增(LAMP)检测方法.特异性检测结果表明:8株不同地理来源的豇豆疫霉菌株LAMP检测均为阳性(绿色),扩增产物用2.0％琼脂糖凝胶电泳出现特有的梯形条带,而其他11种卵菌近缘种及12种常见病原真菌和细菌共42个菌株均未观察到这些现象.灵敏度分析显示:该方法检测灵敏度在DNA水平上可达到100 fg/25μL.采用LAMP方法对福建建瓯和宁德采集的62份疑似豇豆疫病病株样本进行检测,并用组织分离方法进行验证.结果表明,LAMP和组织分离方法的检出率分别为67.7％(42/62)和61.3％(38/62).综合以上结果,LAMP方法具有特异性强、灵敏度高、快速高效、操作简单的特点,适合基层部门用于田间豇豆疫霉快速检测.

摘要： Trichuris suis are the common intestinal parasites in human and animals .In November 2015 ,the finishing pigs in a farm in Jiangxi province had severe diarrhea with blood in feces ,leading to die of some pigs .Anatomical diagnosis found the intestine was filled with linear-like worms .Through the observation of the onset symptoms ,morphology of the worms and eggs ,it was initially identified as infection of Trichu-ris suis .Then a 1 ,345 bp fragment of the internal transcribed spacer (ITS) sequence was amplified and se-quenced .Blast analysis indicated that ITS sequence had 99 .8% identity with that of Trichuris suis .Phylo-genetic analysis showed the relationship with other strains was far ,but the nucleotide homology was still more than 93 .5% .Most importantly ,it had highest identities with a Trichuris suis strain (AM993005) from Yiyang of Hunan Province ,China .Therefore ,this study provided a technical reserve and theoretical guidance for the establishment of the molecular biology diagnostic method of Trichuris suis .%毛尾线虫俗称鞭虫,为肠道常见寄生线虫,可感染人和多种动物. 2015年11月,江西某猪场育肥猪出现腹泻症状,粪便带黏液和血液,部分病猪死亡;剖检发现猪肠道内充满了线状虫体;依据发病猪症状和虫体、虫卵的分析,初步确定该病为猪毛尾线虫病.采用通用引物扩增分离线虫的基因组内转录间隔区(internal transcribed spacer ,ITS) ,结果显示分离虫体的ITS序列与猪毛尾线虫ITS序列的核苷酸同源性高达99 .8%,从基因水平进一步证实了该病原为猪毛尾线虫;系统进化分析表明其与18条来自不同地区毛尾线虫的IT S序列相似性均＞93.5%,其中,与湖南益阳地区的猪毛尾线虫(AM 993005)亲缘关系最近.试验结果为建立猪毛尾线虫的分子生物学诊断方法奠定了基础.

摘要： 以保守引物NC5及NC2,运用PCR方法扩增了从广东广州犬体分离的弓首蛔虫(Toxocara spp.)的rDNA的内转录间隔区(ITS)及5.8S序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,用PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明,ITS片段大小为964bp,包含ITS-1(484bp)、5.8S(157bp)及ITS-2(323bp)序列。序列分析表明,该犬体的弓首蛔虫为犬弓首蛔虫。本项研究为进一步研究犬弓首蛔虫的分子生物学奠定了基础。

摘要： 以保守引物NC5及NC2,运用PCR方法扩增了从广东广州犬体分离的弓首蛔虫(Toxocara spp.)的rDNA的内转录间隔区(ITS)及5.8S序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,用PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明,ITS片段大小为964bp,包含ITS-1(484bp)、5.8S(157bp)及ITS-2(323bp)序列。序列分析表明,该犬体的弓首蛔虫为犬弓首蛔虫。本项研究为进一步研究犬弓首蛔虫的分子生物学奠定了基础。

摘要： 以保守引物NC5及NC2,运用PCR方法扩增了从广东广州犬体分离的弓首蛔虫(Toxocara spp.)的rDNA的内转录间隔区(ITS)及5.8S序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,用PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明,ITS片段大小为964bp,包含ITS-1(484bp)、5.8S(157bp)及ITS-2(323bp)序列。序列分析表明,该犬体的弓首蛔虫为犬弓首蛔虫。本项研究为进一步研究犬弓首蛔虫的分子生物学奠定了基础。

摘要： 以保守引物NC5及NC2,运用PCR方法扩增了从广东广州犬体分离的弓首蛔虫(Toxocara spp.)的rDNA的内转录间隔区(ITS)及5.8S序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,用PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明,ITS片段大小为964bp,包含ITS-1(484bp)、5.8S(157bp)及ITS-2(323bp)序列。序列分析表明,该犬体的弓首蛔虫为犬弓首蛔虫。本项研究为进一步研究犬弓首蛔虫的分子生物学奠定了基础。

摘要： 蛔虫总科的寄生线虫可感染主要的脊椎动物种类,其中的许多种还可感染人,引起严重的临床疾病,具有重要的公共卫生学意义。对蛔虫的各个生长发育期进行准确的鉴定是研究它们的生活史、流行病学、种群生物学和系统学的一个必要前提,同时也有助于对它们所导致的疾病进行诊断。近年来,一些基于PCR的分子生物学方法(如PCR-RFLP及PCR-SS-CP),以核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)作为遗传标记,已成功用于蛔虫的分子分类学及分子遗传学研究。本文概述近年来作者利用ITS序列作为遗传标记,将基于PCR的多种分子生物学方法在人兽共患蛔虫的虫种特异性鉴定、感染的诊断、种群遗传变异研究中应用的研究成果。

摘要： 蛔虫总科的寄生线虫可感染主要的脊椎动物种类,其中的许多种还可感染人,引起严重的临床疾病,具有重要的公共卫生学意义。对蛔虫的各个生长发育期进行准确的鉴定是研究它们的生活史、流行病学、种群生物学和系统学的一个必要前提,同时也有助于对它们所导致的疾病进行诊断。近年来,一些基于PCR的分子生物学方法(如PCR-RFLP及PCR-SS-CP),以核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)作为遗传标记,已成功用于蛔虫的分子分类学及分子遗传学研究。本文概述近年来作者利用ITS序列作为遗传标记,将基于PCR的多种分子生物学方法在人兽共患蛔虫的虫种特异性鉴定、感染的诊断、种群遗传变异研究中应用的研究成果。

摘要： 蛔虫总科的寄生线虫可感染主要的脊椎动物种类,其中的许多种还可感染人,引起严重的临床疾病,具有重要的公共卫生学意义。对蛔虫的各个生长发育期进行准确的鉴定是研究它们的生活史、流行病学、种群生物学和系统学的一个必要前提,同时也有助于对它们所导致的疾病进行诊断。近年来,一些基于PCR的分子生物学方法(如PCR-RFLP及PCR-SS-CP),以核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)作为遗传标记,已成功用于蛔虫的分子分类学及分子遗传学研究。本文概述近年来作者利用ITS序列作为遗传标记,将基于PCR的多种分子生物学方法在人兽共患蛔虫的虫种特异性鉴定、感染的诊断、种群遗传变异研究中应用的研究成果。

摘要： 蛔虫总科的寄生线虫可感染主要的脊椎动物种类,其中的许多种还可感染人,引起严重的临床疾病,具有重要的公共卫生学意义。对蛔虫的各个生长发育期进行准确的鉴定是研究它们的生活史、流行病学、种群生物学和系统学的一个必要前提,同时也有助于对它们所导致的疾病进行诊断。近年来,一些基于PCR的分子生物学方法(如PCR-RFLP及PCR-SS-CP),以核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)作为遗传标记,已成功用于蛔虫的分子分类学及分子遗传学研究。本文概述近年来作者利用ITS序列作为遗传标记,将基于PCR的多种分子生物学方法在人兽共患蛔虫的虫种特异性鉴定、感染的诊断、种群遗传变异研究中应用的研究成果。

摘要： 蛔虫总科的寄生线虫可感染主要的脊椎动物种类,其中的许多种还可感染人,引起严重的临床疾病,具有重要的公共卫生学意义。对蛔虫的各个生长发育期进行准确的鉴定是研究它们的生活史、流行病学、种群生物学和系统学的一个必要前提,同时也有助于对它们所导致的疾病进行诊断。近年来,一些基于PCR的分子生物学方法(如PCR-RFLP及PCR-SS-CP),以核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)作为遗传标记,已成功用于蛔虫的分子分类学及分子遗传学研究。本文概述近年来作者利用ITS序列作为遗传标记,将基于PCR的多种分子生物学方法在人兽共患蛔虫的虫种特异性鉴定、感染的诊断、种群遗传变异研究中应用的研究成果。

摘要： 蛔虫总科的寄生线虫可感染主要的脊椎动物种类,其中的许多种还可感染人,引起严重的临床疾病,具有重要的公共卫生学意义。对蛔虫的各个生长发育期进行准确的鉴定是研究它们的生活史、流行病学、种群生物学和系统学的一个必要前提,同时也有助于对它们所导致的疾病进行诊断。近年来,一些基于PCR的分子生物学方法(如PCR-RFLP及PCR-SS-CP),以核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)作为遗传标记,已成功用于蛔虫的分子分类学及分子遗传学研究。本文概述近年来作者利用ITS序列作为遗传标记,将基于PCR的多种分子生物学方法在人兽共患蛔虫的虫种特异性鉴定、感染的诊断、种群遗传变异研究中应用的研究成果。

摘要： 本发明涉及一种可用于快速鉴别鲽形目鳎科鱼类的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物及设计和扩增方法，所提供的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物可以高效和特异地扩增弯鲽形目鳎科鱼类蛸的ITS2，并能够一次性对多个物种同时进行扩增，具有高效快速和便捷的优点，且由于ITS2序列在鳎科鱼类不同物种中长度差异明显，可以通过凝胶电泳技术直接肉眼观察，进而高效快捷对形态相似或者形态损伤的物种进行鉴定。

摘要： 本发明提供确定miR‑27a基因的核心启动子的方法，从小鼠血液基因组DNA中扩增8条miR‑27a启动子缺失片段，构建重组双荧光素酶表达载体pGL3‑D1到pGL3‑D8，转入CHO细胞后检测8个缺失片段的荧光素酶活性，获得核心启动子区；该方法鉴定了miR‑27a的核心区，为基因工程和分子育种提供了新的启动子资源；本发明还提供确定miR‑27a基因核心启动子内转录因子Myod结合位点的方法，通过超表达转录因子Myod和定点突变核心启动子区内的转录因子结合位点，构建突变型荧光表达载体，检测荧光素酶活性，确定转录因子结合位点；为miR‑27a的表达调控运用于家畜高繁殖力分子调控机制的研究提供依据。

摘要： 本发明涉及一种后睾科吸虫核糖体内转录间隔区的通用引物，所述正向引物序列为：ACAATGACGGTTTCAGCGAGT(SEQ ID No.1)，反向引物序列为：CACAAACAACCCGACTCCAAGG(SEQ ID No.2)。本发明还公开了该通用引物的设计和扩增方法以及用途。本发明的通用引物是基于核糖体内转录间隔区(ITS)两端保守的18S rDNA和28S rDNA序列设计，所得到的引物特异性极强，扩增的ITS1和ITS2进化速率相对较快，在种间存在显著的差异；将该引物用于后睾科吸虫华支睾吸虫和东方次睾吸虫的扩增，准确度高，克服了形态特征鉴定的缺陷，解决了种质混杂的问题。

摘要： 本发明公开了鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1（ITS1）通用引物设计方法及应用。有益效果为：本发明所公开的引物设计方法是基于核糖体内转录间隔区1(ITS1)两端保守的18S rDNA和5.8S rDNA序列设计，所得到的引物特异性极强，扩增的ITS1进化速率相对较快，在种内基本趋于相似，而在种间则表现出显著的差异；将该引物用于鳎科鱼类，准确度高，克服了形态特征鉴定的缺陷，解决了种质混杂的问题。

摘要： 本发明涉及一种可用于快速鉴别鲽形目鳎科鱼类的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物及设计和扩增方法，所提供的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物可以高效和特异地扩增弯鲽形目鳎科鱼类蛸的ITS2，并能够一次性对多个物种同时进行扩增，具有高效快速和便捷的优点，且由于ITS2序列在鳎科鱼类不同物种中长度差异明显，可以通过凝胶电泳技术直接肉眼观察，进而高效快捷对形态相似或者形态损伤的物种进行鉴定。

摘要： 本发明公开了一种多样本真菌内转录间隔区高通量测序的复合标签及其应用，复合标签的序列如编号NO.1～NO.48所示。标签的应用方法包括：提取每一个样本的总DNA；对每一个样本，从48对且未被选择过的序列中选择任一一对序列作为引物，对对应样本的总DNA进行扩增；对每一个样本的扩增产物进行电泳检测，对扩增产物进行纯化回收；对每个样本纯化回收后的产物紫外分光光度计精确定量；将所有样本等量混合并建立一个测序文库；对所建测序文库进行高通量测序。本发明提高超高通量测序的样本通量，有效降低超高通量测序成本，有效富集样本中整个微生物种群中的真菌种群，为探明环境中真菌多样性研究提供高通量分析途径。

摘要： 本发明公开了一种用于宏内转录间隔序列的高通量测序的复合标签及其应用，复合标签的序列如编号NO.1～NO.48所示。标签的应用方法包括：提取每一个样本的总DNA；对每一个样本，从48对且未被选择过的序列中选择任一一对序列作为引物，对对应样本的总DNA进行扩增；对每一个样本的扩增产物进行电泳检测，对扩增产物进行纯化回收；对每个样本纯化回收后的产物紫外分光光度计精确定量；将所有样本等量混合后建立一个测序文库；对所建测序文库进行高通量测序。本发明提高超高通量测序的样本通量，有效降低超高通量测序成本，有效富集样本中整个微生物种群中的真菌种群，为探明环境中真菌多样性研究提供高通量分析途径。

摘要： 本发明涉及套式PCR技术扩增单条植物寄生线虫核糖体rDNA转录间隔区(Internal Transcribed Spacer，ITS)的核酸序列，属于植物寄生线虫检测领域。本发明筛选了3条引物，建立了套式PCR扩增技术，包括2套不同的PCR扩增体系和2套不同的PCR扩增程序，免去了引物大量合成的成本和管理保存的麻烦。本发明的有益效果是：所涉及的技术成熟、操作简单，所用引物少，目前只有3条就基本解决问题，与实时荧光PCR技术相比，该技术成本低，操作简单，可重复性强，假阳性结果出现概率低，可用于单条植物寄生线虫幼虫或通过常规PCR无法扩增的单条植物寄生线虫ITS核酸序列的扩增。非常适合于口岸日常检疫鉴定使用。

摘要： 本发明公开了一种基于流式细胞术定量分析细胞核内转录因子含量的方法，涉及生物技术领域。该方法包括：细胞核分离步骤、转录因子染色步骤以及流式细胞术分析步骤。采用该方法可以对细胞内的转录因子进行定量分析或分布情况分析，其具有高通量和更准确的量化分析特点。

摘要： 本发明提供确定miR‑27a基因的核心启动子的方法，从小鼠血液基因组DNA中扩增8条miR‑27a启动子缺失片段，构建重组双荧光素酶表达载体pGL3‑D1到pGL3‑D8，转入CHO细胞后检测8个缺失片段的荧光素酶活性，获得核心启动子区；该方法鉴定了miR‑27a的核心区，为基因工程和分子育种提供了新的启动子资源；本发明还提供确定miR‑27a基因核心启动子内转录因子Myod结合位点的方法，通过超表达转录因子Myod和定点突变核心启动子区内的转录因子结合位点，构建突变型荧光表达载体，检测荧光素酶活性，确定转录因子结合位点；为miR‑27a的表达调控运用于家畜高繁殖力分子调控机制的研究提供依据。