公共数据库

摘要： 目的从基因等分子角度探索乳腺癌发生、发展的机制和预后潜在生物标志物。方法perl平台用于基因名注释;limma包进行基因差异表达分析;WGCNA包对两数据集差异基因加权共表达分析;clusterProfiler包对重叠基因进行基因功能注释;STRING数据库、Cytoscape软件及Cytohubba插件用于构建PPI网络、可视化处理和筛选关键基因;GEPIA2数据库、相关R包、Ualcan及HPA在线数据库用于分析关键基因的表达模式、预后价值和蛋白表达情况,探索它们与临床病理特征和乳腺癌亚型的关系。结果从癌症基因组图谱和基因表达综合数据库下载乳腺癌数据经整理分析得到PTGS2、KRT18、SFRP1、RGS2、FGF1、LTF、TUBB6、KRT15、CSN1S1、RND3共10个关键基因。Kaplan-Meier Plotter生存分析表明,基因SFRP1与KRT15低表达水平的患者总体生存期较短,差异有统计学意义(P<0.05);与正常组织相比,肿瘤组织基因SFRP1与KRT15的蛋白表达水平较低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论与生存显著相关的基因SFRP1与KRT15可能作为乳腺癌潜在的生物标志物,有助于临床医生判断患者预后。

摘要： 中国科学院分子植物科学卓越创新中心王佳伟研究组首先对拟南芥芽再生过程多个时间节点的ATAC-seq、组蛋白修饰ChIP-seq和转录组数据进行整合分析,构建了一张高精度的芽再生过程染色质状态图谱,将拟南芥基因组各个区段分别用15种不同的染色质状态标记。结合公共数据库的ChIP-seq数据,发现大多数转录因子结合基序主要富集在由ATAC-seq数据所注释的染色质开放(open chromatin)区域。

摘要： 近日,英国爱丁堡大学科研人员进行的一项大型研究发现,血液中铁的水平可能影响寿命,研究发表在《自然·通讯》上。该研究涵盖了来自3个公共数据库中超100万人的遗传信息,还重点关注了3个主要的老龄化衡量指标:寿命、无疾病寿命(称为健康寿命)以及长寿。研究发现,血液中铁过多与早亡风险升高有关。

摘要： 目的 探讨结肠癌转移相关基因-1(metastasis-associated in colon cancer-1,MACC1)在结直肠癌(colorectal carcinoma,CRC)的表达及临床病理意义.方法 免疫组织化学检测MACC1在77例CRC及其正常黏膜组织的表达及分析其临床病理意义.HPA和GEPIA数据库分析MACC1在CRC的mRNA和蛋白表达以及与预后的关系,GEPIA数据库分析MACC1表达与错配修复基因的相关性及与CRC临床分期的关系.结果 MACC1在CRC的阳性表达率为75.32％,显著高于癌旁正常黏膜的11.69％.MACC1的表达与CRC的淋巴结转移、神经侵犯和临床分期有关,而与患者性别、年龄、肿瘤大小、分化程度、侵犯深度和部位无关.公共数据库分析证实MACC1在CRC表达增加.GEPIA数据库分析显示在不同的临床分期各组间MACC1表达差异具有统计学意义,MACC1基因的表达与错配修复基因MSH2、MSH6、MLH1和PMS2的表达均呈显著相关性.两个数据库分析均显示高表达MACC1的CRC患者生存预后差.结论 MACC1 mRNA和蛋白在结直肠癌均高表达,并与结直肠癌侵袭、转移、预后和错配修复基因密切相关,MACC1在结直肠癌恶性进展中起到致瘤作用,具有重要临床价值.

摘要： 三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)是乳腺癌中恶性程度较高的一种病理分型,因其病理呈现雌激素受体、孕激素受体和人类表皮生长因子受体2均为阴性的特殊性,使得目前药物治疗效果不甚理想,探究与TNBC病变过程相关的病理标志物是当前乳腺癌研究领域的热点之一.通过高通量基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库获取TNBC相关的基因集,并进行主成分分析、差异基因筛选、基因功能和信号通路的富集分析、蛋白互作网络构建以及加权基因共表达网络分析等转录组学分析.结果 表明,TNBC和非TNBC具有明显不同的基因表达模式,这些差异基因主要富集于表皮生长和分化、乳腺上皮细胞生长和发育等相关生物学过程,还富集于转录因子结合相关分子功能与雌激素信号转导相关通路.整合蛋白互作网络和共表达网络的结果,可以预测TFF1、FOXA1、AGR2和AGR3可能是涉及TNBC病理表型的关键基因.研究结果为揭示TNBC潜在的病理标志物以及由此衍生的疾病诊疗靶标或分子调控机制,提供一定的理论研究依据.

摘要： 目的 借助生物信息学技术,基于免疫相关基因(IAGs)构建食管癌(ESCA)的预后风险模型.方法 自公共数据库下载ESCA的基因表达数据和临床数据,筛选与预后有关的IAGs,基于此构建ESCA预后风险模型并对其预测效能进行评价.结果 共计鉴定出9个与预后相关的IAGs用于构建ESCA预后风险模型,高风险组患者的预后明显劣于低风险组,ROC曲线提示该模型具有良好的预测效能(AUC=0.833),可作为ESCA患者的独立预后危险因素.结论 基于IAGs构建的ESCA预后风险模型可为具有不同临床特征ESCA患者提供精准的预后评估.

摘要： 目的 通过公共数据库,分析组胺受体H3(histamine receptor H3,HRH3)在HCC中的表达水平,及其在HCC发展中的作用和临床预后的意义.方法 基于ULACAN数据库,分析HRH3在肝细胞癌组织和正常肝组织中的表达水平;基于STRING数据库分析HRH3蛋白互作网络、基因功能注释和KEGG信号通路富集;基于Kaplan-Meier Plotter数据库,分析HRH3表达水平与HCC患者临床生存预后的关系.结果 与正常肝组织相比,HRH3在HCC中表达水平显著升高(P<0.05).HRH3表达水平与HCC患者性别、肿瘤分期、分化、淋巴结转移和TP53突变无关.HRH3与5-羟色胺受体家族成员和代谢型谷氨酸受体家族成员等有相互作用,其作为G蛋白偶联受体分子在细胞内传递信号.高表达HRH3与早期HCC患者良好预后相关,高表达HRH3与晚期HCC患者不良预后相关.结论 在HCC组织中HRH3呈显著高表达,其作为G蛋白偶联受体在细胞内发挥生物学功能.HRH3在HCC早期发生阶段可能发挥抑癌作用,而在HCC晚期阶段发生促癌功能,具体作用机制有待进一步研究.

摘要： 公共数据库(Common Database,CDB)检索也称为公共数据库查询技术,在数据库中获得的变量和参数可以用于模拟机接口系统的状态跟踪.在过去的模拟机维护实践中,凭借电路图寻找对应故障设备的特征变量(label),并在软件上进行监控,一般能够发现故障的症结,同时,公共数据库检索的方法对于操作者的知识储备、维护经验以及实验手段都有较高的要求,因此这种方法并不常用.但使用航空无线电协议(Aeronautical Radio Inc,ARINC)的器件对应的图纸、软件中,label通常不被明确标注,同时由于ARINC信号对采样设备要求较高、测量难度较大,无法在短时间内找到故障的位置或成因.因此就模拟机运行的软硬件环境进行了分析,提出了变量赋值对应现象观察的实验手段,将这种方法引入到普遍的故障性维护流程中,以期减少人员、工时和备件带来的额外成本.

摘要： 目的 探讨基于公共数据库构建甲状腺癌差异基因Cox比例风险回归模型对患者预后评估价值.方法 对GEO数据库中甲状腺癌数据集GSE138198和GSE50901进行批次校正,联合TCGA数据库,筛选甲状腺癌样本中发生改变的基因.利用R软件将TCGA数据库中甲状腺癌患者随机分为试验组和验证组,在试验组中建立Cox比例风险回归模型,采用Kaplan-meier生存曲线分别在试验组、验证组和整体组(TCGA数据整体)中分析高和低风险组生存状态,采用受试者工作特征(ROC)曲线评估模型预测甲状腺癌患者生存率准确性.分析甲状腺癌高和低风险组差异基因并进行GO和KEGG功能富集分析.采用单因素和多因素Cox回归分析探讨甲状腺癌患者临床病理特征与预后关系.结果 单因素Cox回归分析显示,57个差异基因与甲状腺癌患者预后相关(P<0.05).经LASSO回归分析和多因素Cox回归分析确定PHLDA2、GPR137 B、PORCN、MAPK4和TSPYL2共5个基因参与模型构建.在试验组、验证组和整体组中,高风险组生存时间和生存率低于低风险组.高和低风险组差异基因GO功能富集分析发现,受体介导的内吞作用和先天免疫应答激活信号传导等显著富集;KEGG功能富集分析发现,mTOR信号通路、甲状腺激素信号通路和HIF1信号通路等显著富集.多因素Cox回归分析显示,甲状腺癌患者年龄和风险值评分与预后相关(P<0.05或P<0.01).结论 通过GEO和TCGA数据库构建的基于5个差异基因的甲状腺癌Cox比例风险回归模型,具有较高的准确性和可靠性,有助于临床医生判断甲状腺癌患者预后.

摘要： 目的借助生物信息学技术,基于免疫相关基因(IAGs)构建食管癌(ESCA)的预后风险模型。方法自公共数据库下载ESCA的基因表达数据和临床数据,筛选与预后有关的IAGs,基于此构建ESCA预后风险模型并对其预测效能进行评价。结果共计鉴定出9个与预后相关的IAGs用于构建ESCA预后风险模型,高风险组患者的预后明显劣于低风险组,ROC曲线提示该模型具有良好的预测效能(AUC=0.833),可作为ESCA患者的独立预后危险因素。结论基于IAGs构建的ESCA预后风险模型可为具有不同临床特征ESCA患者提供精准的预后评估。

摘要： 高校信息化已成为高校核心竞争力的重要组成部分,我国大部分重点高校的信息化建设已经进入了数字化校园建设阶段,许多高校都在探索适合本校的信息化建设之路.中南大学近几年以信息技术服务的思路推进信息化建设,在公共数据库平台上建设跨部门应用系统,取得了良好的信息化建设效果.本文介绍了信息技术服务的概念,结合中南大学信息化建设实践的具体成果,说明了信息技术服务的特点和优势,实践证明信息技术服务是建设数字化校园的有效途径.

摘要： 综述了DAN条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检验检疫领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,可在检验检疫领域中实现非专家鉴定。

摘要： 可以提供一种应对应用程序和环境的波动的数据库抵抗能力。一种用于由应用程序来更新数据的数据库系统，包括：用于存储主数据的数据存储装置，以及共享存储区域。共享存储区域包括：第一区域，其中加载有主数据，并且应用程序仅可对其进行参考；以及第二区域，其存储在应用程序更新第一区域中的主数据时生成的差异数据，并且应用程序可对其进行参考和更新。

摘要： 一种数据库系统具有至少两个位于各自的主机处理设备(200，210)中的主机数据库(204，214)。在远程处理设备(220)中提供远程数据库(224)。主机数据库和远程数据库存储多个数据库数据项。在每个主机处理设备提供同步引擎(206，216)，用于使其主机数据库与远程数据库同步。第一日志文件(227)包含表示对远程数据库(224)所做变化的项目，包括远程数据库中数据项的增加和修改以及删除，所述数据项的删除是为了增加可用于存储新数据项的自由存储空间。第二日志文件(229)包含表示根据任何一个主机数据库(204，214)中的删除而对远程数据库的相应删除的项目。同步引擎(206，216)根据第二日志文件中而不是第一日志文件中的项目来删除其主机数据库中的数据项。

摘要： 本发明涉及数据清洗领域，具体涉及一种清洗公共数据的创建方法、公共数据清洗方法及系统、电子设备、存储介质；所述方法根据数据库连接和表名开始生成清洗方案；通过数据库元数据自动配对需要清洗的字段和表名，对成功配对的清洗字段，选择预置的清洗规则；利用数据分布情况生成错误的容忍度及适宜的工作流程；提供图形用户界面以显示处理和管理清洗差异过程。本发明实施例能够灵活的配置数据管理的工作流程，有丰富的数据处理与计算规则；流程执行状态可以直观全面展现给用户的能力，并支持可视化的数据异常的发现、定位及处理能力；另外还可以保留已处理数据差异的历史版本和快照；支持将来可能产生的数据变化以及个性化数据需求。

摘要： 本发明涉及一种数据库装置，包括：元素出现信息存储部，其以元素名ID为关键字，存储元素的出现信息；祖先路径出现信息存储部，其以元素的祖先路径名ID为关键字，存储元素的出现信息；属性出现信息存储部，其以属性名ID为关键字，存储属性的出现信息；以及文本出现信息存储部，其以部分字符串为关键字，存储与元素实体的文本字符串和元素具有的属性的属性值相关的出现信息。由此，本发明的数据库装置仅通过构造条件就可检索在各种检索条件下的结构化文档，并可以对属性值进行字符串检索。

摘要： 可以提供一种应对应用程序和环境的波动的数据库抵抗能力。一种用于由应用程序来更新数据的数据库系统，包括：用于存储主数据的数据存储装置，以及共享存储区域。共享存储区域包括：第一区域，其中加载有主数据，并且应用程序仅可对其进行参考；以及第二区域，其存储在应用程序更新第一区域中的主数据时生成的差异数据，并且应用程序可对其进行参考和更新。

摘要： 一种数据库系统具有至少两个位于各自的主机处理设备(200,210)中的主机数据库(204,214)。在远程处理设备(220)中提供远程数据库(224)。主机数据库和远程数据库存储多个数据库数据项。在每个主机处理设备提供同步引擎(206,216),用于使其主机数据库与远程数据库同步。第一日志文件(227)包含表示对远程数据库(224)所做变化的项目,包括远程数据库中数据项的增加和修改以及删除,所述数据项的删除是为了增加可用于存储新数据项的自由存储空间。第二日志文件(229)包含表示根据任何一个主机数据库(204,214)中的删除而对远程数据库的相应删除的项目。同步引擎(206,216)根据第二日志文件中而不是第一日志文件中的项目来删除其主机数据库中的数据项。

摘要： 本发明提供一种通过协同过滤公共数据库发现肿瘤潜在基因标靶的方法，该方法采用了基于已知的肿瘤基因靶标数据库和属于不同肿瘤之间的Jaccard系数，挖掘出在某肿瘤中已经发现，但在另一种肿瘤中还没有发现的基因靶标。本发明的方法相比于传统的人工检索发现肿瘤潜在基因靶标的方法，能大幅提升科研效率，提高潜在肿瘤靶标的研究命中率，最大程度上利用多种公共数据库的资源，节省大量实验成本。

摘要： 基于岩石圈公共数据库的含断裂的三维粘弹性建模方法，它包括以下步骤：步骤一：进行各层起伏建模；步骤二：进行几何模型单元的构建；步骤三：进行断层建模；步骤四：进行模型力学的参数赋值。在步骤一中，对大型断裂带进行三维建模，大型断裂带包括上地壳、中地壳、下地壳和岩石圈地幔。本发明的目的是为了更准确的反映岩石圈的多层起伏特征和分层粘弹性特征，为岩石圈空间建模、数值模拟、数据共享的统一，而提供的一种基于地球圈层公共数据库的含大型断裂带的三维岩石圈粘弹性模型建立方法。

摘要： 本发明提供一种通过协同过滤公共数据库发现肿瘤潜在基因标靶的方法，该方法采用了基于已知的肿瘤基因靶标数据库和属于不同肿瘤之间的Jaccard系数，挖掘出在某肿瘤中已经发现，但在另一种肿瘤中还没有发现的基因靶标。本发明的方法相比于传统的人工检索发现肿瘤潜在基因靶标的方法，能大幅提升科研效率，提高潜在肿瘤靶标的研究命中率，最大程度上利用多种公共数据库的资源，节省大量实验成本。

摘要： 本发明提供了一种Android手机公共数据库隐私保护方法及系统，属于移动通信和信息安全领域。该方法如下：用户设置要存入私密数据库的隐私数据，设置成功后，所述隐私数据将从公共数据库中全部转移到指定的私密数据库中，并进行加密保存，同时对指定的公共数据库进行动态监听；私密数据库用于存储用户指定的需要加密保护的隐私数据；手机终端的任何用户能够访问公共数据库中的数据，只有通过身份认证的用户才能访问私密数据库中的数据；所述隐私数据包括短信、通话记录和联系人信息；所述指定的私密数据库包括私密短信数据库、私密通话记录数据库和私密联系人数据库；所述指定的公共数据库包括短信公共数据库、通话记录公共数据库和联系人公共数据库。