全长cDNA文库

摘要： 主要对大型突变体文库、全长cDNA文库两方面进行介绍,并举例说明对作物遗传改良有影响的一些进展.

摘要： [Objective] This study constructed the full-length cDNA library of Rongchang pig salivary glands and conducted the sequencing and analysis on expressed sequence tags (ESTs) to provide molecular information for storing,exploring and digging genetic resources of Rongchang pig.[Method] Salivary glands of Rongchang piglets at the age of 14 days were collected and SMART technology was used to construct the full-length cDNA library.Sequencing,annotation and functional analysis of ESTs were also conducted.[Result] The titer of primary library was 5.88× 106 PFU/mL and the ratio of recombinants was 99.67 ％0.The average length of most exogenous inserts was among 400-2 000 bp.A total of 144 effective ESTs were obtained,including 108 unigenes with 23 contigs and 85 single sequences.Among these,77 (71.29％) sequences were known functional genes,31 (28.71％) sequences were unknown,and 18 were novel genes.Gene ontology and KEGG pathways analysis revealed that the functions of genes expressed in Rongchang pig salivary glands mainly included cellular components,molecular functions and biological processes.In the cell component category,the extracellular component had the highest ratio.In the molecular functional category,the inhibitor activity had the highest ratio.Transporting and positioning processes were the most outstanding in the biological process category.These expressed genes involved in complement and coagulation cascades,pertussis,vasopressin-regulated water reabsorption and taste transduction.[Conclusion] This study successfully constructed the full-length cDNA library and displayed the expression characteristics of Rongchang pig salivary glands.%[目的]构建荣昌猪唾液腺全长cDNA文库,并进行部分表达序列标签(ESTs)的测序及分析,为荣昌猪种质资源的保存、开发和挖掘提供重要的分子信息.[方法]以14日龄荣昌猪仔猪为材料,取其唾液腺,采用SMART法构建唾液腺全长cDNA文库,并进行ESTs测序、注释及功能分析.[结果]初级文库滴度为5.88×106PFU/mL,重组率为99.67％,大部分插入片段长度为400～2 000 bp.共获得144条有效ESTs序列,共计108条非重复序列,包括23个重叠群和85个单一序列,77(占71.29％)条序列为已知功能基因,31(占28.71％)条为未知功能序列,其中18条为新基因.GO分类和KEGG途径分析结果显示,荣昌猪唾液腺表达基因功能主要包括细胞成分、分子功能和生物学过程3个类群.在细胞成分类群中,细胞外的成分所占比例最高;在分子功能类群中,酶抑制剂活性所占比例最高;而在生物过程类群中,以转运和定位等过程最突出.表达的基因主要参与补足物和凝固级联、百日咳、加压素调控的水再吸收及味觉传导等代谢途径.[结论]成功构建了荣昌猪唾液腺全长cDNA文库,解析了荣昌猪唾液腺的表达特征.

摘要： 构建一个优秀单板U型场地滑雪运动员血液的cDNA文库,经测序从中获取大量的表达序列标签(Expressed Sequence Tags)ESTs,用于基因筛选和功能预测.方法:通过对多名优秀冰雪运动员血液样品的总RNA进行提取、混合总RNA,合成双链cDNA、蛋白酶K消化、Sfi1酶切并连接载体、λ噬菌体的包装,经扩增最终获得优秀冰雪运动员cDNA文库;随后从文库中随机挑选500个克隆提交至北京诺赛基因组研究中心有限公司进行测序,测序结果利用Chromas软件去低质量样品,使用GenBank中的BLAST功能对所获序列进行比对获取相关信息,将获得的ESTs信息提交PANTHR和GO(Gene Ontology)生物信息数据库进行基本归类分析,从中获取运动员cDNA文库中所涵盖的重要遗传信息.结果:得到滴度分别为1.32×106 pfu/mL和1.65×1010 pfu/mL的未扩增文库和扩增后文库,扩增后文库的重组率为90.6%;得到长度在300~1100 bp序列360个,平均长度606 bp;通过BLAST比对得出201条具有注释的基因信息,利用PANTHER数据库基本分析发现这些基因分布在27个pathway上,其中TXN、MDH1、ARL1、ARPC3、ACTG1等基因分别分布在参与新陈代谢、氧化应激反应、心血管系统机能等相关联的信号通路上,推测其可能与运动能力存在关联.通过GO分析对所测序列进行归类得到在该数据库中具有功能注释的基因143个,参与31项不同功能,主要包括细胞组分、分子功能和生物过程.结论:构建了一个全长的运动员cDNA文库,其质量符合构建cDNA文库的标准.

摘要： 为构建苦瓜果实商品成熟期的cDNA文库,并对相关EST进行序列分析,笔者以多肽二号苦瓜亲本‘189-4’商品成熟期果实为材料,利用SMART技术构建其果实的cDNA文库。经检验该文库库容量为2.08×10~6,重组率为96.29%,平均插入片段750~2000 bp,插入片段平均大小约1000 bp。随机挑取400个单克隆进行测序,共获得370条EST,序列分析结果表明350条有同源性,全长率为70%;19条序列无匹配,单一序列为320条,其中,片段重叠群10个,单基因260个,可能与营养品质相关的基因有48个。本研究为苦瓜果实功能基因的筛选、克隆奠定了基础。

摘要： 构建长白山药用真菌鸡爪苓菌丝体和子实体cDNA文库并测序,发掘鸡爪苓菌丝体和子实体发育中差异表达的基因;通过同源性比对,分析与陕西猪苓的亲缘关系,确立长白山鸡爪苓的分类地位.结果表明:鸡爪苓菌丝体和子实体cDNA文库滴度分别为1.504×1010 pfu/mL和1.094×1010 pfu/mL.从菌丝体cDNA文库选取500个克隆,经测序获得452个高质量表达序列标签(EST),序列拼接出的单一基因簇包含310个单一基因;从子实体cDNA文库中选取的500个克隆,经测序获得472个高质量表达序列标签,序列拼接出的单一基因簇包含350个单一基因.从菌丝体和子实体cDNA文库中发掘的单一基因簇中,分别有39.3％和35.4％的基因与已知功能基因具有同源性,这些基因涉及细胞生长、信号转导、蛋白质合成、转录、抗逆反应以及能量代谢等.

摘要： 随着人类基因组计划(human genome project,HGP)的完成,人们对当前自身遗传信息有了新的认识.无奈不同条件下基因表达水平变化各有差异,从而造成不同个体生理表型与功能上的迥然不同.随着测序技术的快速发展,构建高质量的全长cDNA文库成为当前研究者们研究转录组学的重要技术手段之一.通过查阅文献发现目前有四种全长cDNA文库构建技术已趋于成熟,应用更为普遍,但在运动科学领域至今却无人提及.详述近年来几种技术现已成熟的全长cDNA文库构建方法及特点,并对其应用性进行概述,推测其在运动领域同样存在潜在的应用价值,若以此法对运动员遗传资源加以利用,预计将会运动科学的发展发挥重要影响.

摘要： 长穗偃麦草是小麦的野生近缘植物之一,具有抗多种生物胁迫和非生物胁迫的优良基因。为了从中发掘耐盐基因,分别用100、200、300、400 mmol·L^(-1)的Na Cl和20%、30%、50%(w/v)的PEG-6000处理长穗偃麦草幼苗,采用改良的SMART方法合成逆境诱导条件下的全长c DNA。采用Gateway技术中的BP反应构建长穗偃麦草全长入门c DNA混合文库,滴度为4.0×106cfu·m L^(-1),库容量为2.0×107cfu,插入片段平均长度为0.75 kb,重组率达98.9%。将该入门文库重组到植物转基因双元载体p MDC83中,获得目标文库,其原始滴度为6.0×106cfu·m L^(-1),库容量为3.0×107cfu,插入片段平均长度为0.45 kb,重组率达100%。通过农杆菌侵染萌发花粉再授粉的方法,获得转基因玉米T0种子,转化率达3%;用农杆菌侵染法将农杆菌与烟草BY-2细胞共培育,成功将目标文库转入到烟草BY-2细胞中,在培养基中加入潮霉素和不同浓度的Na Cl溶液,筛选获得耐盐细胞系69个。研究结果为大规模快速筛选鉴定植株水平和细胞水平上的抗盐基因奠定了基础。

摘要： 为了研究铜绿丽金龟(Anomala corpulenta Motschulsky)成虫嗅觉相关蛋白的功能,本文以铜绿丽金龟雌成虫触角为原始材料提取总RNA,利用SMART技术构建了铜绿丽金龟雌虫触角全长cDNA文库.经测定,原始文库滴度为6.74×106 pfu/mL,扩增后的文库滴度为1.08×1010 pfu/mL,文库重组率为98.98％.随机挑取24个单克隆,通过菌液PCR检测得知文库插入片段的大小在0.5～2.0 kb之间,片段平均长度为1.0 kb左右.经过菌液PCR并测序筛选cDNA文库,本试验获得了两条编码气味结合蛋白的全长基因序列AcorOBP1和AcorOBP2.以上数据表明,已获得高质量的铜绿丽金龟触角全长cDNA文库,并筛选、克隆获得了气味结合蛋白基因序列.这为进一步研究触角内气味结合蛋白的功能奠定了基础.

摘要： 基因组项目包括侧重于确定完整基因组序列的结构基因组学和侧重于阐明基因生物功能的功能基因组学.基于大豆基因组数据,研究大豆基因在不同发育阶段和不同环境条件下的表达情况,对于大豆功能基因组学具有重要意义.高品质的全长cDNA序列包含整个蛋白质编码区域,可为研究大豆基因的结构和功能提供完整的信息,因此目前已被大量用于功能基因组学分析.利用中国大豆品种suinong14,运用SMART法构建出其不同发育阶段和环境条件下的全长cDNA文库,共获得2 664条全长cDNA序列,并对其进行结构和功能的注释分析.

摘要： 棉花黄萎病是一种毁灭性病害,严重影响棉花产量和纤维品质.应用抗病品种是防治黄萎病最经济、有效的措施.目前,人们对棉花抗黄萎病机理的了解还不十分清楚,且现有栽培陆地棉中缺乏高抗抗源,因此棉花抗黄萎病育种进展较慢.棉花基因组庞大而复杂,深入挖掘棉花抗病基因、研究抗黄萎病机理对于棉花抗病遗传育种具有重要意义.rn 全长cDNA是功能基因组学和比较基因组学研究的基础,也是基因克隆的重要方法之一,尤其适用于复杂基因组的非模式植物,它是目前发现新基因的重要工具.近年来,cDNA文库构建技术已在香蕉、大豆、菜豆等中被广泛用做分离鉴定新的功能基因.因此,要克隆棉花中一些重要基因,最好的途径是构建代表特定时期全部细胞表达信息的cDNA文库,并从中筛选相关基因.rn 本研究利用高抗黄萎病的海岛棉Pima90-53为材料,采用无杂菌、全程可视化定量法接菌,构建了黄萎病菌诱导下的根部全长cDNA文库,并对其进行了质量鉴定和EST序列分析.结果表明,文库的重组率为92.3％,库容量为1.1×106 pfu·mL-1,平均插入片段约1.8 kb,是一个高质量的cDNA文库.随机抽取50000个克隆测序,获得46192个高质量的EST序列.所有EST拼接出28329个Unigenes,其中包括1981 Contigs和26341 Singletons,表明文库冗余度较低,囊括了大量低丰度表达的基因.rn 生物信息学分析表明,28329个Unigenes可以覆盖289个KEGG代谢路径,其中筛选到3027个与已知抗病功能基因同源的Unigenes,这些基因可以进一步划分为参与初级免疫系统(PTI)、效应分子诱导的免疫系统(ETI)、Ca离子通路、氧化迸发、PR蛋白、细胞壁合成与修饰、植物激素调节及转录因子调节.本文库共筛选到58类棉花转录因子,其中表达丰度较高的类别为NAC、G2-1ike、MYB、BHLH、bZIP、ERF、C3H和WRKY家族.rn 对文库筛选获得的部分基因进行Real-Time RT PCR分析,结果显示海岛棉Pima90-53中PR10、Bet V1、Chitinases、MLP-like、BAK和MPK4基因可以被黄萎病菌显著诱导,其表达量较对照相比显著增高.此外,部分基因的表达模式在抗病品种Pima90-53和感病品种中棉所8号中存在显著差异,这些基因表现出在中棉所8号中较在Pima90-53中表达量低或者表达高峰出现偏迟.所有上述类别基因可能是构成棉花抗黄萎病的重要遗传基础.

摘要： 棉花黄萎病是一种毁灭性病害,严重影响棉花产量和纤维品质.应用抗病品种是防治黄萎病最经济、有效的措施.目前,人们对棉花抗黄萎病机理的了解还不十分清楚,且现有栽培陆地棉中缺乏高抗抗源,因此棉花抗黄萎病育种进展较慢.棉花基因组庞大而复杂,深入挖掘棉花抗病基因、研究抗黄萎病机理对于棉花抗病遗传育种具有重要意义.rn 全长cDNA是功能基因组学和比较基因组学研究的基础,也是基因克隆的重要方法之一,尤其适用于复杂基因组的非模式植物,它是目前发现新基因的重要工具.近年来,cDNA文库构建技术已在香蕉、大豆、菜豆等中被广泛用做分离鉴定新的功能基因.因此,要克隆棉花中一些重要基因,最好的途径是构建代表特定时期全部细胞表达信息的cDNA文库,并从中筛选相关基因.rn 本研究利用高抗黄萎病的海岛棉Pima90-53为材料,采用无杂菌、全程可视化定量法接菌,构建了黄萎病菌诱导下的根部全长cDNA文库,并对其进行了质量鉴定和EST序列分析.结果表明,文库的重组率为92.3％,库容量为1.1×106 pfu·mL-1,平均插入片段约1.8 kb,是一个高质量的cDNA文库.随机抽取50000个克隆测序,获得46192个高质量的EST序列.所有EST拼接出28329个Unigenes,其中包括1981 Contigs和26341 Singletons,表明文库冗余度较低,囊括了大量低丰度表达的基因.rn 生物信息学分析表明,28329个Unigenes可以覆盖289个KEGG代谢路径,其中筛选到3027个与已知抗病功能基因同源的Unigenes,这些基因可以进一步划分为参与初级免疫系统(PTI)、效应分子诱导的免疫系统(ETI)、Ca离子通路、氧化迸发、PR蛋白、细胞壁合成与修饰、植物激素调节及转录因子调节.本文库共筛选到58类棉花转录因子,其中表达丰度较高的类别为NAC、G2-1ike、MYB、BHLH、bZIP、ERF、C3H和WRKY家族.rn 对文库筛选获得的部分基因进行Real-Time RT PCR分析,结果显示海岛棉Pima90-53中PR10、Bet V1、Chitinases、MLP-like、BAK和MPK4基因可以被黄萎病菌显著诱导,其表达量较对照相比显著增高.此外,部分基因的表达模式在抗病品种Pima90-53和感病品种中棉所8号中存在显著差异,这些基因表现出在中棉所8号中较在Pima90-53中表达量低或者表达高峰出现偏迟.所有上述类别基因可能是构成棉花抗黄萎病的重要遗传基础.

摘要： 棉花黄萎病是一种毁灭性病害,严重影响棉花产量和纤维品质.应用抗病品种是防治黄萎病最经济、有效的措施.目前,人们对棉花抗黄萎病机理的了解还不十分清楚,且现有栽培陆地棉中缺乏高抗抗源,因此棉花抗黄萎病育种进展较慢.棉花基因组庞大而复杂,深入挖掘棉花抗病基因、研究抗黄萎病机理对于棉花抗病遗传育种具有重要意义.rn 全长cDNA是功能基因组学和比较基因组学研究的基础,也是基因克隆的重要方法之一,尤其适用于复杂基因组的非模式植物,它是目前发现新基因的重要工具.近年来,cDNA文库构建技术已在香蕉、大豆、菜豆等中被广泛用做分离鉴定新的功能基因.因此,要克隆棉花中一些重要基因,最好的途径是构建代表特定时期全部细胞表达信息的cDNA文库,并从中筛选相关基因.rn 本研究利用高抗黄萎病的海岛棉Pima90-53为材料,采用无杂菌、全程可视化定量法接菌,构建了黄萎病菌诱导下的根部全长cDNA文库,并对其进行了质量鉴定和EST序列分析.结果表明,文库的重组率为92.3％,库容量为1.1×106 pfu·mL-1,平均插入片段约1.8 kb,是一个高质量的cDNA文库.随机抽取50000个克隆测序,获得46192个高质量的EST序列.所有EST拼接出28329个Unigenes,其中包括1981 Contigs和26341 Singletons,表明文库冗余度较低,囊括了大量低丰度表达的基因.rn 生物信息学分析表明,28329个Unigenes可以覆盖289个KEGG代谢路径,其中筛选到3027个与已知抗病功能基因同源的Unigenes,这些基因可以进一步划分为参与初级免疫系统(PTI)、效应分子诱导的免疫系统(ETI)、Ca离子通路、氧化迸发、PR蛋白、细胞壁合成与修饰、植物激素调节及转录因子调节.本文库共筛选到58类棉花转录因子,其中表达丰度较高的类别为NAC、G2-1ike、MYB、BHLH、bZIP、ERF、C3H和WRKY家族.rn 对文库筛选获得的部分基因进行Real-Time RT PCR分析,结果显示海岛棉Pima90-53中PR10、Bet V1、Chitinases、MLP-like、BAK和MPK4基因可以被黄萎病菌显著诱导,其表达量较对照相比显著增高.此外,部分基因的表达模式在抗病品种Pima90-53和感病品种中棉所8号中存在显著差异,这些基因表现出在中棉所8号中较在Pima90-53中表达量低或者表达高峰出现偏迟.所有上述类别基因可能是构成棉花抗黄萎病的重要遗传基础.

摘要： 棉花黄萎病是一种毁灭性病害,严重影响棉花产量和纤维品质.应用抗病品种是防治黄萎病最经济、有效的措施.目前,人们对棉花抗黄萎病机理的了解还不十分清楚,且现有栽培陆地棉中缺乏高抗抗源,因此棉花抗黄萎病育种进展较慢.棉花基因组庞大而复杂,深入挖掘棉花抗病基因、研究抗黄萎病机理对于棉花抗病遗传育种具有重要意义.rn 全长cDNA是功能基因组学和比较基因组学研究的基础,也是基因克隆的重要方法之一,尤其适用于复杂基因组的非模式植物,它是目前发现新基因的重要工具.近年来,cDNA文库构建技术已在香蕉、大豆、菜豆等中被广泛用做分离鉴定新的功能基因.因此,要克隆棉花中一些重要基因,最好的途径是构建代表特定时期全部细胞表达信息的cDNA文库,并从中筛选相关基因.rn 本研究利用高抗黄萎病的海岛棉Pima90-53为材料,采用无杂菌、全程可视化定量法接菌,构建了黄萎病菌诱导下的根部全长cDNA文库,并对其进行了质量鉴定和EST序列分析.结果表明,文库的重组率为92.3％,库容量为1.1×106 pfu·mL-1,平均插入片段约1.8 kb,是一个高质量的cDNA文库.随机抽取50000个克隆测序,获得46192个高质量的EST序列.所有EST拼接出28329个Unigenes,其中包括1981 Contigs和26341 Singletons,表明文库冗余度较低,囊括了大量低丰度表达的基因.rn 生物信息学分析表明,28329个Unigenes可以覆盖289个KEGG代谢路径,其中筛选到3027个与已知抗病功能基因同源的Unigenes,这些基因可以进一步划分为参与初级免疫系统(PTI)、效应分子诱导的免疫系统(ETI)、Ca离子通路、氧化迸发、PR蛋白、细胞壁合成与修饰、植物激素调节及转录因子调节.本文库共筛选到58类棉花转录因子,其中表达丰度较高的类别为NAC、G2-1ike、MYB、BHLH、bZIP、ERF、C3H和WRKY家族.rn 对文库筛选获得的部分基因进行Real-Time RT PCR分析,结果显示海岛棉Pima90-53中PR10、Bet V1、Chitinases、MLP-like、BAK和MPK4基因可以被黄萎病菌显著诱导,其表达量较对照相比显著增高.此外,部分基因的表达模式在抗病品种Pima90-53和感病品种中棉所8号中存在显著差异,这些基因表现出在中棉所8号中较在Pima90-53中表达量低或者表达高峰出现偏迟.所有上述类别基因可能是构成棉花抗黄萎病的重要遗传基础.

摘要： 棉花黄萎病是一种毁灭性病害,严重影响棉花产量和纤维品质.应用抗病品种是防治黄萎病最经济、有效的措施.目前,人们对棉花抗黄萎病机理的了解还不十分清楚,且现有栽培陆地棉中缺乏高抗抗源,因此棉花抗黄萎病育种进展较慢.棉花基因组庞大而复杂,深入挖掘棉花抗病基因、研究抗黄萎病机理对于棉花抗病遗传育种具有重要意义.rn 全长cDNA是功能基因组学和比较基因组学研究的基础,也是基因克隆的重要方法之一,尤其适用于复杂基因组的非模式植物,它是目前发现新基因的重要工具.近年来,cDNA文库构建技术已在香蕉、大豆、菜豆等中被广泛用做分离鉴定新的功能基因.因此,要克隆棉花中一些重要基因,最好的途径是构建代表特定时期全部细胞表达信息的cDNA文库,并从中筛选相关基因.rn 本研究利用高抗黄萎病的海岛棉Pima90-53为材料,采用无杂菌、全程可视化定量法接菌,构建了黄萎病菌诱导下的根部全长cDNA文库,并对其进行了质量鉴定和EST序列分析.结果表明,文库的重组率为92.3％,库容量为1.1×106 pfu·mL-1,平均插入片段约1.8 kb,是一个高质量的cDNA文库.随机抽取50000个克隆测序,获得46192个高质量的EST序列.所有EST拼接出28329个Unigenes,其中包括1981 Contigs和26341 Singletons,表明文库冗余度较低,囊括了大量低丰度表达的基因.rn 生物信息学分析表明,28329个Unigenes可以覆盖289个KEGG代谢路径,其中筛选到3027个与已知抗病功能基因同源的Unigenes,这些基因可以进一步划分为参与初级免疫系统(PTI)、效应分子诱导的免疫系统(ETI)、Ca离子通路、氧化迸发、PR蛋白、细胞壁合成与修饰、植物激素调节及转录因子调节.本文库共筛选到58类棉花转录因子,其中表达丰度较高的类别为NAC、G2-1ike、MYB、BHLH、bZIP、ERF、C3H和WRKY家族.rn 对文库筛选获得的部分基因进行Real-Time RT PCR分析,结果显示海岛棉Pima90-53中PR10、Bet V1、Chitinases、MLP-like、BAK和MPK4基因可以被黄萎病菌显著诱导,其表达量较对照相比显著增高.此外,部分基因的表达模式在抗病品种Pima90-53和感病品种中棉所8号中存在显著差异,这些基因表现出在中棉所8号中较在Pima90-53中表达量低或者表达高峰出现偏迟.所有上述类别基因可能是构成棉花抗黄萎病的重要遗传基础.

摘要： 棉花黄萎病是一种毁灭性病害,严重影响棉花产量和纤维品质.应用抗病品种是防治黄萎病最经济、有效的措施.目前,人们对棉花抗黄萎病机理的了解还不十分清楚,且现有栽培陆地棉中缺乏高抗抗源,因此棉花抗黄萎病育种进展较慢.棉花基因组庞大而复杂,深入挖掘棉花抗病基因、研究抗黄萎病机理对于棉花抗病遗传育种具有重要意义.rn 全长cDNA是功能基因组学和比较基因组学研究的基础,也是基因克隆的重要方法之一,尤其适用于复杂基因组的非模式植物,它是目前发现新基因的重要工具.近年来,cDNA文库构建技术已在香蕉、大豆、菜豆等中被广泛用做分离鉴定新的功能基因.因此,要克隆棉花中一些重要基因,最好的途径是构建代表特定时期全部细胞表达信息的cDNA文库,并从中筛选相关基因.rn 本研究利用高抗黄萎病的海岛棉Pima90-53为材料,采用无杂菌、全程可视化定量法接菌,构建了黄萎病菌诱导下的根部全长cDNA文库,并对其进行了质量鉴定和EST序列分析.结果表明,文库的重组率为92.3％,库容量为1.1×106 pfu·mL-1,平均插入片段约1.8 kb,是一个高质量的cDNA文库.随机抽取50000个克隆测序,获得46192个高质量的EST序列.所有EST拼接出28329个Unigenes,其中包括1981 Contigs和26341 Singletons,表明文库冗余度较低,囊括了大量低丰度表达的基因.rn 生物信息学分析表明,28329个Unigenes可以覆盖289个KEGG代谢路径,其中筛选到3027个与已知抗病功能基因同源的Unigenes,这些基因可以进一步划分为参与初级免疫系统(PTI)、效应分子诱导的免疫系统(ETI)、Ca离子通路、氧化迸发、PR蛋白、细胞壁合成与修饰、植物激素调节及转录因子调节.本文库共筛选到58类棉花转录因子,其中表达丰度较高的类别为NAC、G2-1ike、MYB、BHLH、bZIP、ERF、C3H和WRKY家族.rn 对文库筛选获得的部分基因进行Real-Time RT PCR分析,结果显示海岛棉Pima90-53中PR10、Bet V1、Chitinases、MLP-like、BAK和MPK4基因可以被黄萎病菌显著诱导,其表达量较对照相比显著增高.此外,部分基因的表达模式在抗病品种Pima90-53和感病品种中棉所8号中存在显著差异,这些基因表现出在中棉所8号中较在Pima90-53中表达量低或者表达高峰出现偏迟.所有上述类别基因可能是构成棉花抗黄萎病的重要遗传基础.

摘要： 一种高效快速的均一化全长cDNA文库构建方法，该方法利用特定的5‑OH寡核苷酸封闭非全长mRNA，在用烟草酸焦磷酸酶除去mRNA5′端的帽子结构，使mRNA5′端帽子结构处的磷酸基团暴露出来，用高效的RNA连接系统在mRNA的5′端连上一段优化的寡聚核糖核酸作为引发第二链cDNA合成的引物结合位点，最后经反转录，二链合成、分级纯化后，将双链DNA克隆于载体中。该方法具有简洁高效的全长mRNA筛选功能，实现对真核生物全长mRNA的捕获，mRNA5′末端含有生物素标记，可用于全长mRNA分离，所用寡核苷酸引物含有优化的修饰方法及核苷酸序列，可实现真核生物mRNA全场捕获、反转录以及DNA的合成。

摘要： 本发明公开了一种从生物中批量分离基因全长cDNA的方法。该方法包括如下步骤：1）提取生物总RNA；2）将总RNA反转录得到双链cDNA，将所述双链cDNA与文库载体连接，连接产物转化受体菌，得到全长cDNA文库；3）将cDNA文库的菌液涂在向培养基中添加抗生素后得到的平板上进行培养，获得单菌落；4）批量挑取单菌落，分别进行培养，提取质粒后用测序引物进行测序，从每个单菌落中获得所述生物的一个基因的全长cDNA序列。实验证明，本发明所提供的从生物中批量分离基因全长cDNA的方法，减少了传统方法通过EST序列进行RACE的成本，可快速分离到大量未知基因组物种的基因全长cDNA序列。本发明对反向遗传学研究中筛选基因及其功能研究具有较大的实际应用价值。

摘要： 本发明公开了一种枯草芽孢杆菌全长cDNA文库构建方法及其定向筛选应用，属于基因工程技术领域。枯草芽孢杆菌B.subtilis是工业中常用的外源蛋白生产菌株，通过构建cDNA文库是筛选枯草芽孢杆菌功能基因的有效方法，本发明将外源蛋白基因与B.subtilis 168cDNA文库共表达，以pAD123质粒为模板，通过同源重组的方法替换麦芽糖诱导型启动子Pglv，该pAD123‑Pglv质粒用于表达B.subtilis全长cDNA。外源蛋白基因由pUB110质粒表达。本发明为原核生物cDNA文库的构建提供技术参考，同时为B.subtilis功能基因的筛选鉴定提供了基础。

摘要： 本发明公开了一种高效快速的均一化全长cDNA文库构建方法，包括如下步骤：将mDNA在PCR引物以及寡核苷酸引物的引导下，通过逆转录酶逆转录，能够合成第一链cDNA，将纯化时的第一链cDNA需要结束时，将第一链cDNA放到冰上终止反应，然后将第一链cDNA置于试管内，然后放置在预热的PCR仪上，将第一链cDNA再次利用PCR引物以及锚定引物，利用改进后的Cap‑trapper法在PCR仪合成并扩增第二链cDNA，并在14‑20摄氏度的条件下进行过夜，分别对第二链cDNA做λ噬菌体包装反应，未扩增的第二链cDNA文库在1‑4摄氏度的条件下保存12‑18天。该方法在构建细菌cDNA文库时能够利用特性进行反转录提供理论基础，重组率高，符合现在生物发展的需求。

摘要： 本发明公开了一种全长cDNA合成方法及其测序文库的构建。该方法包括以下步骤：（1）Total RNA的提取；（2）将步骤（1）中提取的Total RNA通过Oligo dT引物和长链逆转录酶的作用下合成第一链cDNA；（3）将步骤（2）中第一链cDNA作为模板，通过连接酶进行双链接头的连接；（4）将步骤（3）中的连接有双链接头的第一链cDNA在聚合酶的作用下进行双链富集，得到一种全长双链cDNA。通过该种全长cDNA合成方法得到一种无需进行片段化处理的全长cDNA，构建其测序文库，同时RNA 5’端不完整或者已降解的序列则不会发生此反应，避免了影响后续分析。

摘要： 本发明属于分子生物学领域，它涉及一种沟叶结缕草全长cDNA文库构建的方法。方法如下：提取盐胁迫处理下的沟叶结缕草总RNA，mRNA纯化，反转录成第一链cDNA，经过乙醇沉淀、RNA消化、乙醇沉淀获得高质量的第一链cDNA；富集带5’帽子结构的第一链cDNA及连接5’接头；cDNA第二链合成、分级分离与收集；BP重组到pDONR/Zeo入门载体；电转化大肠杆菌DH10B感受态细胞中，构建了pDONR/Zeo‑cDNA文库。本发明为后续表达文库构建及优异基因开发提供基础，同时为其它植物文库构建提供技术参考。

摘要： 本发明公开了一种构建桡足类全长cDNA文库的方法。本发明以少量桡足类个体为材料提取高质量的RNA后，以Modified oligo dT为引物，反转录获得第一链cDNA；然后以桡足类的信使RNA反式剪接前导Spliced leader简称为SL的序列为基础，设计正向简并引物Copepod SL，以Modified oligo dT上接头Adaptor序列为反向引物，以第一链cDNA为模板，进行25-35个循环的PCR扩增，经过常规的连接转化克隆过程，获得该桡足类的全长cDNA文库。本发明桡足类全长cDNA文库构建方法所需样品量少，效率高，方法简便，易于操作，适用于桡足类分子生态学研究，方便和促进功能基因的快速、准确筛选。

摘要： 一种高效快速的均一化全长cDNA文库构建方法，该方法利用特定的5-OH寡核苷酸封闭非全长mRNA，在用烟草酸焦磷酸酶除去mRNA5′端的帽子结构，使mRNA5′端帽子结构处的磷酸基团暴露出来，用高效的RNA连接系统在mRNA的5′端连上一段优化的寡聚核糖核酸作为引发第二链cDNA合成的引物结合位点，最后经反转录，二链合成、分级纯化后，将双链DNA克隆于载体中。该方法具有简洁高效的全长mRNA筛选功能，实现对真核生物全长mRNA的捕获，mRNA5′末端含有生物素标记，可用于全长mRNA分离，所用寡核苷酸引物含有优化的修饰方法及核苷酸序列，可实现真核生物mRNA全场捕获、反转录以及DNA的合成。

摘要： 本发明公开了一种扩增或者检测含有全长poly(A)的全长转录组cDNA的方法。所述方法包括：(1)单细胞反应制备；(2)末端延伸：以带Poly(dT)的10×barcoded gel beads为模板，使带poly(A)的转录本末端延伸得单链的产物1；(3)模板置换：对所述产物1进行反转录，在反转录产物后的3’末端添加3个碱基C；并添加TSO引物进行反应得产物2；(4)PCR扩增：对所述产物2进行PCR扩增。本发明提高了对单细胞全长转录组的建库通量，弥补了目前单细胞转录组检测不能检测全长poly(A)的技术空白。

摘要： 本发明公开了用于构建空间转录组测序文库的试剂盒及cDNA文库的构建方法。本方法通过将新鲜冷冻组织切片贴在透化芯片上进行固定及染色后置入卡夹，使用配置好的透化酶进行组织透化，然后去除组织透化液，投入一链cDNA合成混合液，进行逆转录，完成后将RNA解链再接着进行cDNA二链的合成，最后通过cDNA变性解链获取到cDNA样本进行扩增得到可用于构建二代文库的样品。该方法与传统方法相比优点在于兼容范围广，操作性强，重复性好，成本低等，主要用于空间转录组的基因表达。