GenBank

摘要： 本研究以水蓼Polygonum hydropiper的1条ITS序列(GenBank登录号为JF977851)为外群,光慈菇Tulip bulb正品及其混伪品的ITS序列作为内群,其中正品光慈菇的基原植物为老鸦瓣Amana edulis,混伪品主要有金果榄Tinospora capillipes、青牛胆T.sagittata、皖浙老鸦瓣A.wanzhensis、二叶郁金香A.erythronioides、橙色郁金香Tulipa orphanidea、岩生郁金香T.saxatilis、迟花郁金香T.kolpakowskiana、杜鹃兰Cremastra appendiculata、云南独蒜兰Pleione yunnanensis.利用相关软件对序列进行分析和编辑,通过用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)、简约法(maximum parsimony,MP)构建系统发育树对光慈菇进行鉴定,结果表明在系统发育树中所有的光慈菇样本的序列可以聚集在一起形成一个单系,从而明确区分出其他混伪品,达到鉴别光慈菇为正品的目的 .

摘要： We miscalculated identities of several genes, and the corrected Table 1 should be as follows:a、 This table demonstrates identities of 2019-nCoV WIV04 (GenBank Accession No. MN996528.1) compared with bat SARSr-CoV RaTG13 (GenBank Accession No. MN996532.1) and SARS-CoV BJ01 (GenBank Accession No. AY278488.2).

摘要： The massive extension in biological data induced a need for user-friendly bioinformatics tools could be used for routine biological data manipulation. Bioanalyzer is a simple analytical software implements a variety of tools to perform common data analysis on different biological data types and databases. Bioanalyzer provides general aspects of data analysis such as handling nucleotide data, fetching different data formats information, NGS quality control, data visualization, performing multiple sequence alignment and sequence BLAST. These tools accept common biological data formats and produce human-readable output files could be stored on local computer machines. Bioanalyzer has a user-friendly graphical user interface to simplify massive biological data analysis and consume less memory and processing power. Bioanalyzer source code was written through Python programming language which provides less memory usage and initial startup time. Bioanalyzer is a free and open source software, where its code could be modified, extended or integrated in different bioinformatics pipelines. Bioinformatics Produce huge data in FASTA and Genbank format which can be used to produce a lot of annotation information which can be done with Python programming language that open the door form bioinformatics tool due to their elasticity in data analysis and simplicity which inspire us to develop new multiple tool software able to manipulate FASTA and Genbank files. The goal Develop new software uses Genomic data files to produce annotated data. Software was written using python programming language and biopython packages.

摘要： 陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记,为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景,对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析.下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列,利用DNAStar软件进行叠连群构建及其候选SNP位点分析.结果表明:陆地棉EST序列307414条及GSS序列242015条,EST序列构建3737个叠连群,序列累计10477241 bp.由4条及以上序列组成的叠连群累计序列长度为3761800 bp,发现候选SNP位点1007258个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32％.GSS序列共构建1517个叠连群,序列累计1625700 bp,发现SNP位点574296个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18％.陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点,GSS出现SNP频率高于EST序列,开发SNP引物3254对.

摘要： Senecavirus A（SV-A）原名赛尼卡谷病毒（SVV）,被认为与猪原发性疱疹病（SIVD）相关,SIVD是一种缺乏特定病原体的疱疹疾病综合症。SIVD的临床表现类似于更具传染性和经济破坏性的水泡性疾病,如口蹄疫（FMD）、猪水疱病（SVD）和水泡性口炎（VS）,通常需要立即做出诊断,以解除对动物的检疫、运动和贸易的限制。

摘要： 核苷酸序列是生物体遗传信息的载体,是现代生物学和生态学的基础数据.随着测序技术的进步,大量核苷酸序列被提取并存储在公共数据平台中,其中GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)是目前最大的核苷酸序列数据平台之一.截至2015年2月,该平台收录核苷酸序列总数己超过1.8亿条、覆盖全球超过30万个物种.但如何从如此海量的数据中准确、快速查找并下载所需数据己成为限制基因数据广泛使用的障碍之一.为此,我们开发了一款可高效、准确下载GenBank数据的生物信息学软件NCBIminer.NCBIminer可根据用户提供的核苷酸序列名称、数据类型、一或多条初始化参考序列,查找并下载用户指定的多个物种或类群的特定基因序列数据.该软件下载地址为https://github.com/greengirl/NCBIminer/releases/,可在Windows、Linux和MAC操作系统下免费使用;同时,其操作简单,用户无需生物信息学背景.为方便该软件的使用,本文将介绍该软件的工作流程与算法、安装及使用过程中的参数设置等.

摘要： 运用生物信息学的方法,对已在GenBank数据库中注册的甜菜、菠菜、山菠菜、玉米、辽宁碱蓬等植物甜菜碱醛脱氢酶(BADH)的氨基酸序列进行分析.结果表明:植物BADH属于稳定蛋白质,含有较丰富的丙氨酸和谷氨酸；不同植物BADH的氨基酸序列具有较高的同源性,含有与酶功能相关的十肽保守序列及半胱氨酸残基；不同植物的BADH具有不同的亚细胞定位；分子进化研究表明,BADH可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据；氨基酸序列中不存在信号肽；分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶的磷酸化；α-螺旋是多肽链中的主要结构元件；蛋白质保守区域包含典型的醛脱氢酶功能结构域.该研究结果为开展BADH的酶学特性及植物抗逆的分子机理研究提供理论参考.

摘要： 为了研究胆碱单氧化物酶的抗逆机理,运用NCBI、Expasy、Psort、NetPhosK、TMHMM、NPSA网站和MEGA5、DNAman软件,对已在GenBank数据库中注册中的甜菜、菠菜、四翅滨藜草、山菠菜、苋菜等植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明:植物胆碱单氧化酶中Ala、Ser、Leu等氨基酸含量较丰富,属于稳定蛋白;不同植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列具有较高的同源性(81.52%),均含有转运肽区、2Fe-S中心区和非血红素Fe离子结合区;分子进化树揭示胆碱单氧化酶有较强的保守性,可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;分子中不存在跨膜结构域,与疏水区域预测结果一致;可能受蛋白激酶C磷酸化,位点为Ser326;无规卷曲是多肽链中大量的结构元件;包含2个功能结构域,分属于Rieske家族与SRPBCC家族。本研究结果为开展胆碱单氧化酶的酶学特性及甘氨酸甜菜碱生物合成的分子机理研究提供理论参考。

摘要： 运用生物信息学的方法,对已在GenBank数据库中注册的大豆、海红豆、凤凰木、象耳豆及洋紫荆等植物Kunitz蛋白酶抑制剂的氨基酸序列进行分析.结果显示,这些植物的Kunitz蛋白酶抑制剂中甘氨酸、谷氨酸、亮氨酸、丝氨酸、天冬氨酸及缬氨酸含量较丰富；不同植物Kunitz蛋白酶抑制剂的氨基酸序列具有较高的同源性,其中P1位点的氨基酸残基序度保守;分子进化研究表明Kunitz蛋白酶抑制剂可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据；部分序列中存在信号肽；分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶C的磷酸化；无规卷曲是多肽链中的主要结构元件；分子中包含典型的STI功能结构域.

摘要： 根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于16SrRNA鸭疫里默氏杆菌PCR检测方法.建立的PCR方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽胞杆菌进行检测,结果只有鸭疫里默氏杆菌DNA能扩增出844bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;从凝胶条带中回收DNA条带,测序结果与GenBank中RA相应序列完全一致.对不同稀释度的鸭疫里默氏杆菌DNA样品进行扩增,PCR对RA DNA最小检出量为22pg,最少检出RA 80CFU/ml.以该PCR方法对可疑为鸭疫里默氏杆菌病鸭进行鉴定,结果与细菌分离鉴定吻合率为100％.表明本研究所建立的基于16SrRNA鸭疫里默氏杆菌PCR方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.

摘要： 根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于16SrRNA鸭疫里默氏杆菌PCR检测方法.建立的PCR方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽胞杆菌进行检测,结果只有鸭疫里默氏杆菌DNA能扩增出844bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;从凝胶条带中回收DNA条带,测序结果与GenBank中RA相应序列完全一致.对不同稀释度的鸭疫里默氏杆菌DNA样品进行扩增,PCR对RA DNA最小检出量为22pg,最少检出RA 80CFU/ml.以该PCR方法对可疑为鸭疫里默氏杆菌病鸭进行鉴定,结果与细菌分离鉴定吻合率为100％.表明本研究所建立的基于16SrRNA鸭疫里默氏杆菌PCR方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.

摘要： 根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于16SrRNA鸭疫里默氏杆菌PCR检测方法.建立的PCR方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽胞杆菌进行检测,结果只有鸭疫里默氏杆菌DNA能扩增出844bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;从凝胶条带中回收DNA条带,测序结果与GenBank中RA相应序列完全一致.对不同稀释度的鸭疫里默氏杆菌DNA样品进行扩增,PCR对RA DNA最小检出量为22pg,最少检出RA 80CFU/ml.以该PCR方法对可疑为鸭疫里默氏杆菌病鸭进行鉴定,结果与细菌分离鉴定吻合率为100％.表明本研究所建立的基于16SrRNA鸭疫里默氏杆菌PCR方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.

摘要： 根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于16SrRNA鸭疫里默氏杆菌PCR检测方法.建立的PCR方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽胞杆菌进行检测,结果只有鸭疫里默氏杆菌DNA能扩增出844bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;从凝胶条带中回收DNA条带,测序结果与GenBank中RA相应序列完全一致.对不同稀释度的鸭疫里默氏杆菌DNA样品进行扩增,PCR对RA DNA最小检出量为22pg,最少检出RA 80CFU/ml.以该PCR方法对可疑为鸭疫里默氏杆菌病鸭进行鉴定,结果与细菌分离鉴定吻合率为100％.表明本研究所建立的基于16SrRNA鸭疫里默氏杆菌PCR方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.