代序

摘要： 读完彝族青年作家、诗人阿克鸠射的纪实文学作品《悬崖村》,我的心里涌出一种既熟悉又疼痛的感觉。熟悉的是那片山与水,是那些人与物,是浓郁沉远的乡情;疼痛的是笼罩山水的光彩,是环绕人物的精神,是乡情中新鲜甜美的气息。这是一个从令人绝望的悬崖上打造出幸福生活的故事。记忆中的昭觉是与我的童年和少年时代联系在一起的,这片古老的山地养育着一代代朴实达观的人民,但贫困和缺少物资一直是这里经久未愈的痼疾。对于追求文明富裕的人类社会,贫困就是一种疾病。

摘要： 在中国的古诗里,描写时光匆匆流逝的诗句还真不少。如《论语》中早有描写:“逝者如斯夫,不舍昼夜。”说的是时光像河水一样流去,日夜不停。俗话说:“一寸光阴一寸金,寸金难买寸光阴。”说的也是时间宝贵,人们应该珍惜时间。唐代诗人杜秋娘的《金缕衣》也写道:“劝君莫惜金缕衣,劝君惜取少年时。”也在告诉我们要珍惜时光,特别要珍日月忽其不淹兮,春与秋其代序。

摘要： 俗话说“名师出高徒”,这句话强调了教师专业素养的重要性,也说出了教师在人才成长方面所起的关键作用。顾名思义,名师,就是“有名”的教师。但实际上,大家都明白,人们心目中的“名师”,是指在一定的时空范围内通过言传身教培养了众多德、智、体、美全面发展的优秀学生,为国家的教育事业作出重大贡献,富有创造性,具有很高的知名度和影响力的优秀教师。时代呼唤高质量的教育,教育呼唤高素质的教师,而不是靠炒作推出的徒有虚名的教师。高素质的教师或者说名师,他们除了具有普通教师的特征以外,还具有一些区别于其他教师群体的特征,如独特的人格魅力、丰富的实践知识、突出的科研能力、崇高的教育信仰等。

摘要： 二零一三年初秋的一个下午,我正在教室里埋头阅读,尽管外面细雨延绵,却依旧闷得令人透不过气来。那时我的精神状态非常糟糕,常常失眠,还伴有中度抑郁。但当我收到那条诗稿录用通知时,突然变得激动起来,好像忘了藏在自己身上的病痛。那条短信就是来自这本诗集的作者王家洋。大意是我投去的稿子已经通过审阅,准备在《当代教育》冬季号的一个专栏上刊发。其实,最初我是在网上看到一则有关“穿青人文学”的征稿启事,便整理了一些诗作投递过去,投稿之初并没有想到一定会被录用。更出乎意料的是,我原本投递一个多人组成的栏目,最后竟然登上了另外一个专栏。

摘要： 这也是中国武术比赛中的一件趣闻。1988年7月，由国家体委举办的“第三届全国太极拳剑比赛”在广西桂林举行，以传统套路为主，每个省只能报五名参赛队员。陕西省经过选拔，“杨式太极拳”的民间传入李随印、张全安被选中。

摘要： 在我的论文集《漫漫求索》和联袂的《西厢记集解·贯华堂第六才子书西厢记》出版之后,还有创作的一些散文、杂文、报告文学、儿童电视短剧等文字,想出一个集子,但是质量实在无法称为上乘,想借用古人一个书名,叫《鸡肋集》,以示这些文字都是一些“弃之可惜,食之无味”的东西。想来出这样的集子实在没有多大意思。后来想到自己已是“风烛残年”,说不定什么时候吹来一股风,这根蜡头就灭了,应该把自己的所写的东西搞一个不作“全集”的总的展示,呈现给我的亲朋好友和关心、爱护、帮助过我的长辈、同辈,只希望他们说一句认可的话:晓航还真做了一些事情。

摘要： 八年前,我在德国马普民族学研究所访问时,李峻石(Gunther Schlee)先生送给我他刚出版的著作《HOW ENEMIES ARE MADE》。该书文如其人,不讲客套,不绕弯子,没有大家都知道的那些背景知识的繁琐叙述,开门见山,直奔主题,翻阅了几页,我就被他的观点所吸引。

摘要： 钱小林是浙江云和人。提起云和,人们便会想起仙宫湖、云和河、云和梯田、小顺兵工厂、周恩来铜像和被人喻为“马尔代夫”的云曼酒店,会想起“龙游丽水云和月”的诗句,会想起“地灵人杰”的成语。

摘要： 人大附中的老师寄来《走进古典诗词写作》书稿，嘱我为之作序。作为从人大附中毕业50多年的学生和中华诗词学会、中华诗词研究院顾问的我，自然是义不容辞，只是自己对诗词的研究不深不透，难当其任，只好另写一篇读后应命，权作“代序”。

摘要： 本发明提供一种二代序列和三代序列联合组装结果去冗余的方法和装置，所述方法包括如下步骤：(1)根据基因组组装结果，划分和获取短序列和长序列；(2)将所述短序列和长序列进行比对，获得比对结果；(3)整合短序列比对结果，获得冗余序列；(4)去除冗余序列，获得组装结果。本发明方法和装置用于克服现有技术冗余序列去除不完全，基因组组装结果不完整、不准确的缺点，能够很好的去除二代和三代联合组装结果中的冗余序列，并能通过去除长度比较小的Scaffold，从而大幅提升Scaffold N90和contig N50的组装指标，同时也能提高基因组组装指标和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代单分子实时测序序列联合补洞方法和系统，该方法包括：基因组参考序列建库；将三代单分子实时测序序列比对到基因组参考序列；获得间隙序列支持；提取间隙序列支持；组装，建立一致的间隙填充序列；使用一致的间隙填充序列修补基因组参考序列的间隙；使用二代序列和修补后的基因组参考序列进行比对获得无效比对区域，并用无效序列对该区域进行替换，获得新基因组参考序列；用二代序列对新基因组参考序列进行补洞，获得最终基因组参考序列。本发明的方法采用二代序列与三代单分子实时测序序列相结合的方法进行分级补洞，提高了基因组完整性和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代单分子实时测序序列联合组装方法和系统，该方法包括：二代序列组装获得一级二代基因组骨架序列；二代序列对一级二代基因组骨架序列进行补洞，获得二级二代基因组骨架序列；三代单分子实时测序序列对二代基因组骨架序列进行补洞，获得一级二三代骨架序列；自纠错后的三代单分子实时测序序列利用与一级二三代骨架序列相互重叠关系进行拼接，获得二级二三代骨架序列；二代序列与二级二三代骨架序列进行比对获得无效比对区域，并用无效序列对该区域进行替换，获得三级二三代骨架序列；用二代序列对三级二三代骨架序列进行补洞，获得最终基因组组装序列。本发明的方法能够提高基因组组装的指标和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列的短序列纠错的方法和装置，该方法包括：获取二代序列的K‑mer序列；对K‑mer序列进行分类；统计K‑mer序列的频数；筛选并获得低于预定频数的K‑mer序列；用预定频数的K‑mer序列对二代序列进行纠错；其中，纠错包括：将预定频数的K‑mer序列比对回二代序列，若比对上，则从该K‑mer头尾两端对应在二代序列上的位置将二代序列截断；保留截断后的长度大于预定长度的序列，舍弃截断后的长度小于预定长度的序列。本发明能够大大降低二代序列基于德布鲁因组装所需要的内存峰值，从而能够降低基因组组装的难度。

摘要： 本发明公开了一种使用三代序列优化二代组装结果的方法和装置。该方法包括：获取二代组装结果和三代组装结果；以三代组装结果为参考序列，将二代组装结果比对到参考序列；获取二代组装结果的间隙序列两侧的重叠群序列中比对到参考序列和未比对到参考序列的序列；将未比对到参考序列的序列替换为间隙序列，得到新的间隙序列；对新的间隙序列，使用三代数据进行补洞得到优化后的二代组装结果。本发明能够提高基因组组装指标和拼接的准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代序列基因组联合的组装方法和系统，所述方法包括如下步骤：(1)提取样品基因组并超声打断；(2)将步骤(1)超声打断的片段凝胶纯化并切胶，以构建不同插入片段的文库；(3)将步骤(2)得到的文库进行二代双末端测序；(4)将各个文库的二代双末端测序的读1和读2进行拼接；(5)将拼接后的序列进行序列组装；(6)将步骤(5)得到的重叠群比对到三代序列数据中，进行联合组装；其中，所述二代双末端测序的读1和读2的序列有5bp以上的重叠区域。本方法和系统能够延长二代序列的平均长度。

摘要： 本发明提供一种二代序列和三代序列联合组装结果去冗余的方法和装置，所述方法包括如下步骤：(1)根据基因组组装结果，划分和获取短序列和长序列；(2)将所述短系列和长序列进行比对，获得比对结果；(3)整合短序列比对结果，获得冗余序列；(4)去除冗余序列，获得组装结果。本发明方法和装置用于克服现有技术冗余序列去除不完全，基因组组装结果不完整、不准确的缺点，能够很好的去除二代和三代联合组装结果中的冗余序列，并能通过去除长度比较小的Scaffold，从而大幅提升Scaffold N90和contig N50的组装指标，同时也能提高基因组组装指标和准确性。

摘要： 本发明公开了一种基因组重叠群二代序列组装方法和系统，所述方法包括：将样品基因组DNA打断至第一预定长度范围；对打断的DNA片段切胶选择第二预定长度范围，以构建不同插入片段的文库；对所述第二预定长度范围的DNA片段进行双末端测序，针对特定DNA片段得到具有重叠的第一读长序列和第二读长序列；对各个文库双末端测序得到的第一读长序列和第二读长序列进行拼接，获得各个文库拼接后的序列；对各个文库拼接后的序列进行序列组装以获得基因组重叠群序列。本发明的方法通过实验建库和测序读长选取，并结合拼接以实现延长序列读长，最后用延长后的序列进行组装，得到重叠群，能够提高基因组重叠群组装的指标和准确性。

摘要： 本发明公开了一种基因组二代序列组装方法和系统，所述方法包括：将样品基因组DNA打断至第一预定长度范围；对打断的DNA片段选择第二预定长度范围；对第二预定长度范围的DNA片段进行双末端测序，得到具有重叠的第一读长序列和第二读长序列；对第一读长序列和第二读长序列进行拼接，获得各个文库拼接后的序列；对各个文库拼接后的序列进行序列组装以获得基因组重叠群序列；根据读间对关系建立重叠群序列间的相对位置和方向关系，从而形成骨架序列；以及对骨架序列中无效碱基进行补洞填充。本发明的方法通过实验建库和测序读长选取，并结合拼接以实现延长序列读长，最后用延长后的序列进行组装，得到重叠群，能够提高基因组重叠群组装的指标和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代单分子实时测序序列联合组装方法和系统，该方法包括：二代序列组装获得一级二代基因组骨架序列；二代序列对一级二代基因组骨架序列进行补洞，获得二级二代基因组骨架序列；三代单分子实时测序序列对二代基因组骨架序列进行补洞，获得一级二三代骨架序列；自纠错后的三代单分子实时测序序列利用与一级二三代骨架序列相互重叠关系进行拼接，获得二级二三代骨架序列；二代序列与二级二三代骨架序列进行比对获得无效比对区域，并用无效序列对该区域进行替换，获得三级二三代骨架序列；用二代序列对三级二三代骨架序列进行补洞，获得最终基因组组装序列。本发明的方法能够提高基因组组装的指标和准确性。