预后模型

摘要： 目的 利用公共数据库构建用于临床治疗肝细胞癌(HCC)的预后风险模型。方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和国际癌症基因组联盟(ICGC)下载HCC以及癌旁正常组织的mRNA表达数据及临床信息。在TCGA队列中筛选与总生存期(OS)相关的差异表达基因(DEGs),从中抽取2个或3个mRNAs构成一个组合,对所有组合进行Cox风险比例回归模型构建。通过受试者工作特征(ROC)曲线的曲线下面积(AUC)确定最优基因组合,并进行基于ICGC队列的外部验证;以TCGA队列的风险评分中位值将患者分为高风险组与低风险组,进行基因集富集分析(GSEA),并通过pRRophetic R软件包预测HCC患者使用索拉非尼、丝裂霉素、依托泊苷、阿霉素、紫杉醇和顺铂的相对半抑制浓度(IC;)。结果 该预后风险模型预测TCGA队列的1、3、5年OS的ROC的AUC分别是0.786、0.713、0.699,预测ICGC队列的1、3、4年OS的ROC的AUC分别为0.719、0.709、0.766。GSEA表明高风险组患者细胞周期相关通路被激活,胆汁酸代谢被抑制。索拉非尼在低风险组的IC;低于高风险组,而细胞周期相关化疗药物在低风险组的IC;高于高风险组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 本研究建立并验证了HCC预后风险模型,为HCC患者个体化诊疗方案的制订提供参考依据。

摘要： 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是一种常见的恶性肿瘤。缺氧是肝癌等实体肿瘤的一个重要特征,同时也是诱导肿瘤恶性进展的重要因素。然而,肝癌缺氧相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的鉴定及其在临床生存预后等方面的价值仍未得到系统的研究。本研究旨在通过肝癌转录组的整合分析鉴定肝癌缺氧相关的lncRNA,并评估其在肝癌预后中的价值。基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划的肝癌转录组数据的整合分析,初步鉴定到233个缺氧相关的候选lncRNA。进一步筛选具有预后价值的候选者,基于其中12个缺氧相关lncRNA(AC012676.1、PRR7-AS1、AC020915.2、AC008622.2、AC026401.3、MAPKAPK5-AS1、MYG1-AS1、AC015908.3、AC009275.1、MIR210HG、CYTOR和SNHG3)建立了肝癌预后风险模型。Cox比例风险回归分析显示,基于该模型计算的缺氧风险评分作为肝癌患者新的独立预后预测指标,优于传统的临床病理因素。基因集富集分析显示,缺氧风险评分反映了细胞增殖相关通路的活化和脂代谢过程的失活。综上所述,本研究构建了一个基于缺氧相关lncRNA的风险评分模型,可以作为肝癌患者预后预测的候选指标,并初步提示了这些缺氧相关的lncRNA在肝癌防治中的重要作用。

摘要： 目的建立并验证一个胃肠道间质瘤(GIST)预后的个体化风险评估模型。方法利用SEERStat软件从美国国立癌症研究所的监测、流行病学、结果(SEER)数据库提取2010!2016年经组织病理学确诊的GIST患者的相关资料,并按照7∶3的比例随机分为训练集和内部验证集,采用Lasso回归、单因素Cox回归、Kaplan-Meier法和多因素Cox回归筛选独立预后危险因素并构建列线图。通过受试者工作特征(ROC)曲线、曲线下面积(AUC)、一致性指数及校准曲线评价模型的区分和预测能力。应用决策曲线分析(DCA)预测不同风险阈值概率下模型的临床净效益,使用内部验证集和来自医院数据的外部验证集对模型进行验证。结果通过对训练集的单因素和多因素分析,将年龄、性别、婚姻状况及肿瘤部位、分级、分期和手术7个独立生存相关因素纳入模型中。模型的AUC和一致性指数分别为0.770和0.752。在内部验证集和外部验证集中,模型的AUC和一致性指数分别为0.770、0.777和0.887、0.861。3、5a总生存期(OS)校正曲线显示了模型预测值与实际值具有较好的一致性。DCA显示模型在0~0.6的阈值范围内具有最好的临床效益。结论该预后模型具有较好的预测能力和临床净收益,能够改善临床决策。

摘要： 目的验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值。方法下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况。采用单因素COX回归分析和生存曲线分析初步筛选胃癌预后相关基因;使用多因素COX比例风险回归模型确定Wnt信号通路相关基因的预后模型;结合受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)和森林图验证该模型的临床预测价值;该模型在GEO外部数据集中进行验证;应用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)在8对临床胃癌和癌旁组织中检测Wnt信号通路相关基因的表达水平。结果下载32例胃癌癌旁的正常样品和375例癌组织样品及其相应的临床数据。GSEA富集分析显示,与正常组织相比,Wnt信号通路在胃癌组织中显著富集(P<0.05)。单因素COX分析结果表明,13个Wnt信号通路的基因与胃癌预后息息相关。多因素COX确定了模型由ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1与其相应的系数β相乘累加得到。生存曲线和ROC曲线证明该模型可准确预测胃癌患者的预后,其中1年、3年和5年ROC下面积(area under curve,AUC)分别为68.0%、69.4%和78.5%。临床单因素和多因素COX分析表明,该模型可以成为独立于胃癌分级分期系统以外的独立预后因素。胃癌外部数据集(GSE84437)验证结果显示,该模型可以较好地预测胃癌患者预后。qPCR结果显示,与癌旁组织相比,ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1在胃癌组织中表达上调。结论本研究从生物信息学角度进一步确定了Wnt信号通路在胃癌发生发展过程中的重要作用,并且建立了预后相关的预后模型,为临床基因检测、靶向治疗和个体化治疗提供了新的视角。

摘要： 目的长非编码RNA (lncRNAs)在肝细胞癌(HCC)的发生发展中起重要作用,寻找可能的基因组不稳定性相关lncRNAs(GI-lncRNAs),建立可以预测HCC患者总体生存率的预后模型。方法利用肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)的肝细胞癌患者的表达数据、临床资料及突变数据,根据不稳定性计算模型,筛选GI-lncRNAs;进行层次聚类验证后,采用单因素和多因素Cox分析建立预后模型,在对预测的可靠性进行评估后,根据预后模型,进行风险亚组间免疫特点、ICI治疗及化学治疗综合分析。结果共鉴定出88个GI-lncRNAs,建立基于4个GI-lncRNAs(MIR210HG、LUCAT1、AC245041.2、AC010643.1)的风险评分模型;风险评分是肝癌患者的独立预后因子,可用于预测患者预后及肿瘤分级和分期情况;风险亚组间存在体细胞突变及免疫特征差异;风险评分与CD274、CTLA4、HAVCR2、IFNG、PDCD1、TNF的高表达呈正相关,且高风险组样品对阿霉素、丝裂霉素C更加敏感。结论基于基因组不稳定性相关lncRNAs的预后模型可以预测肝细胞癌患者的预后。

摘要： 目的探讨p-Stat3和Survivin在胃癌中的表达与临床病例特征以及患者预后的关系,联合丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)建立患者术后生存预测模型。方法收集133例行胃部肿瘤切除术的患者信息并随访。制作石蜡组织芯片,使用免疫组化法检测p-Stat3和Survivin在胃癌及癌旁组织中的表达。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线;结合Logistic回归模型联合受试者工作特征曲线(ROC曲线)来描述多指标联合检测对患者术后生存状态的预测价值;使用R Studio软件中survival和rms程序包建立列线图预测模型。结果p-Stat3和Survivin在胃癌组织中的表达均高于癌旁组织;p-Stat3在胃癌组织中的表达与浸润深度及TNM分期呈正相关,Survivin在胃癌组织中的表达与患者的分化程度及浸润深度呈正相关;p-Stat3和Survivin的表达水平越高,患者预后越差;ALT水平越低,患者预后越差;Survivin、ALT和AST为预测胃癌患者术后生存的最优组合。结论p-Stat3和Survivin的表达对胃癌诊断具有辅助作用;p-Stat3、Survivin和ALT与胃癌患者预后相关并具有预测价值;Survivin、ALT和AST组合的模型预测胃癌患者术后生存预后的价值较大,能够为临床实践提供参考。

摘要： 目的:利用高通量测序数据构建坏死性凋亡相关的非编码RNAs(miRNAs)在肾透明细胞癌(Clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)预后风险模型,为预测患者生存提供指导,此外还研究了下游分子机制、分子表达以及组织样本验证.方法:本研究利用高通量二代测序数据分析肾透明细胞癌坏死性凋亡相关miRNAs表达及临床信息,通过Cox比例风险回归分析来构建一个预后相关多分子miRNAs模型.分析差异的miRNA-mRNA-lncRNA绘制生存曲线探讨预后价值,对靶基因功能富集分析,以及蛋白互作、lncRNA共表达来探索坏死性凋亡相关miRNA潜在的作用机制.应用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR),在20个组织样本中检测miRNAs表达水平.结果:通过测序数据差异分析得到9个坏死性凋亡相关miRNAs,确定3个最佳预后坏死性凋亡相关的miRNAs(miR-425-5p,miR-223-3p和miR-7-5p).生存分析表明高风险组预后较差.通过Nomogram,可视化评估模型,风险评分可以作为独立预后因子.此外,通过调查可发现,坏死性凋亡miRNAs下游靶基因GO和KEGG通路富集与调节干细胞多能性的信号通路、MAPK信号通路有关.结论:坏死性凋亡相关miRNAs预后风险模型可以有效地指导肾透明细胞癌患者分层,对未来临床判断预后提供了有力的参考信息.此外,坏死性凋亡miRNAs下游靶基因NRAS、BEX4,及相关lncRNA为肾透明细胞癌中的进一步下游分子机制的研究提供生物信息学依据.

摘要： 目的 建立子宫内膜癌免疫相关基因预后模型,为子宫内膜癌免疫治疗提供参考。方法 从TCGA数据库下载子宫内膜癌转录组数据和临床信息,免疫相关基因列表从IMMPORT数据库获得。利用差异分析、功能富集分析评估差异免疫相关基因的功能,在训练队列中利用单因素、多因素Cox回归和最小绝对收缩和选择算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)构建预后评估模型,利用时间依赖的受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线、校准图、决策曲线(decision curve analysis,DCA)评估模型的效能。结果 本研究分析了504例子宫内膜癌组织和22例癌旁组织的免疫相关基因表达谱,获得394个差异表达基因,其中上调基因111个,下调基因283个;功能富集分析发现,差异基因主要参与免疫应答、信号转导和免疫反应等生物过程。在训练队列中通过单因素Cox回归分析确定了31个预后相关基因,通过LASSO-Cox回归建立了6个免疫基因(ANGPT4、HGF、PLA2G2A、SPAG11B、SST、VGF)的预测模型。该模型在训练队列中的1年、3年和5年ROC曲线下面积分别为0.986、0.846和0.849;在验证队列中分别为0.667、0.629和0.693;在整体队列中分别为0.798、0.735和0.770。结论 本研究基于6个免疫相关基因建立的预后模型可有效预测子宫内膜癌患者预后,为免疫治疗提供参考。

摘要： 目的探讨m^(7)G-lncRNAs能否作为结肠癌患者预后及肿瘤微环境的生物标志物。方法TCGA数据库筛选m^(7)G-lncRNAs(|Pearson R|>0.4,P<0.001),多因素Cox分析构建m^(7)G-lncRNAs风险模型。使用ROC和C-index曲线对风险模型进行验证。构建诺莫图和诺莫图的校准曲线用于预测结肠癌患者的预后。点柱图和K-M生存曲线评估风险打分对患者临床分期和预后的影响。CIBERSORT和ESTIMATE探究高低风险组患者肿瘤微环境和免疫细胞浸润程度的联系,同时分析风险打分对结肠癌患者微卫星不稳定性,干细胞指数和免疫检查点表达的影响。使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘m^(7)G-lncRNAs调控的关键靶点。最后,使用蛋白印迹实验在4对结肠癌组织与癌旁正常组织中验证这些关键靶点的表达。结果从TCGA数据库鉴别出1722个m^(7)G-lncRNAs。多因素Cox分析筛选出12个lncRNAs用于构建风险模型,其中AC003101.2、AC005014.2、AC008760.1、AC092944.1、AL1161729.4、AL301422.4、AP001619.1、AP003355.1和ZEB1-AS1为高风险lncRNAs,AC025171.4、AC073957.3及TNFRSF10A-AS1为低风险lncRNAs。ROC曲线显示风险模型对患者1年、3年、5年生存预测的AUC值分别为0.727、0.747、0.794。诺莫图预测患者预后的AUC值为0.794,校准曲线显示诺莫图对患者生存的预测与患者实际的生存基本一致。高风险组患者的T分期(T1~T2 vs T3~T4:P=0.034)、N分期(N0 vs N2:P=7.8e-08;N1 vs N2:P=0.00081)以及M分期(M0 vs M1:P=0.007)均高于低风险组患者。低风险组患者常伴随高微卫星不稳定状态(MSS vs MSI-H:P=0.034)。肿瘤干性指数与风险得分呈负相关(r=-0.19;P=7.3e-05)。高风险组患者基质细胞打分(P=0.0028)以及总打分(P=0.007)明显高于低风险组患者较高,激活的肥大细胞(r=-0.11;P=0.045)和静息CD4^(+)T细胞(r=-0.14;P=0.01)的表达也较低。多数免疫检查点在高风险患者中高表达(P<0.05)。蛋白印迹实验表明m^(7)G-lncRNAs调控的关键靶点ATXN2(P=0.006)and G3BP1(P=0.007)在4对结肠癌组织中表达均高于配对的癌旁正常组织。结论12个m^(7)G-lncRNAs构建的风险模型对结肠癌具有重要的预后价值,同时也能反映结肠癌患者肿瘤微环境及免疫治疗的疗效。

摘要： 目的构建基于可变剪切(AS)的膀胱癌预后模型,并探讨其与免疫治疗的关系。方法通过单变量Cox回归分析筛选预后相关AS事件,通过Lasso回归、单变量Cox回归及多元Cox回归构建预后模型并计算风险值(RS)。通过生存分析、受试者工作特征曲线评估模型,并通过列线图可视化模型。利用CIBERSORT、ssGSEA算法进行免疫相关分析。通过差异分析筛选靶基因。结果基于2828例预后相关AS事件,构建了一个包含8个AS事件的预后模型,分析表明RS可以作为膀胱癌的独立预后因素(P<0.05)。RS与CD274等免疫检查点相关基因显著相关,且RS高风险组免疫细胞浸润程度高(P<0.05)。TRMU在肿瘤组织中高表达,TRMU高表达时患者预后较差,PTGER3则相反(P<0.05)。结论基于AS构建的预后模型有助于膀胱癌的临床决策和个性化预后监测。RS相关免疫分析为膀胱癌的发病机制及免疫治疗提供了新的分析方向。TRMU及PTGER3有望成为膀胱癌新的治疗靶点和预后标志物。

摘要： 肝内胆管癌(ICC)约占原发性肝癌的10％～20％,发病率仅次于肝细胞癌(HCC).在世界范围内,ICC的发病率和癌症相关死亡率不断上升.目前,肝切除术是唯一可能使ICC患者获得长期生存的治疗方式,但其总体疗效比HCC差,5年生存率只有26.4％～35.2％,原因在于ICC具有高度的侵袭性,导致手术切除率低,术后复发和转移率高.由于ICC相对罕见,导致对其病因学和病理学的认识不够充分,因此,既往ICC采用了和HCC相同的分期标准.本文回顾了当前已经建立的ICC分期系统以及新的预后模型，这些分期模型的建立基于国内外不同的人群，基本反映了目前对影响ICC预后的临床病理学参数的认识。

摘要： 回顾性分析可手术胃癌患者的临床资料，分析影响预后的因素，建立胃癌的临床预后模型并验证其临床应用价值。

摘要： @@目的：活体肝移植受体手术时机选择是亟待解决的问题。本研究目的在于探讨符合中国国情的影响成人间活体肝移植受体预后的可能危险因素并以此建立较为合理准确的受体预后评估模型。同时，探讨该模型在实际临床应用中的意义。

摘要： 本发明涉及疾病预后预测模型，在使用计算机制作从规定疾病的临床化学检查值预测该疾病预后的模型时，向计算机中输入该疾病的多个临床化学检查实测值和预后的实测值，并利用数据采集程序对其进行处理，确定多个对上述疾病的预后产生影响的临床化学检查项目，而且，确定该多个项目对上述预后的优先程度，基于该优先程度确立规定多个临床化学检查项目和临床化学检查值范围与上述预后预测值的关系的判断程序，将该程序作为上述模型。

摘要： 本发明涉及疾病预后预测模型，在使用计算机制作从规定疾病的临床化学检查值预测该疾病预后的模型时，向计算机中输入该疾病的多个临床化学检查实测值和预后的实测值，并利用数据采集程序对其进行处理，确定多个对上述疾病的预后产生影响的临床化学检查项目，而且，确定该多个项目对上述预后的优先程度，基于该优先程度确立规定多个临床化学检查项目和临床化学检查值范围与上述预后预测值的关系的判断程序，将该程序作为上述模型。

摘要： 本发明公开了DTC预后标志物及其应用、DTC预后评估模型的构建方法，属于癌症预后评估技术领域。本发明可通过检测糖酵解相关基因的表达量预测DTC患者的预后情况，因此，检测糖酵解相关基因表达量的试剂可制备预测DTC预后的试剂或试剂盒，糖酵解相关基因包括ADM，CD44，MKI67，TYMS。本发明同时提出来筛选上述糖酵解相关基因的方法，并基于所述糖酵解相关基因构建了DTC预后评估系统，实现了分化型甲状腺癌患者预后的风险分层，显著地将高低风险的患者分开，进而可以预测分化型甲状腺癌的临床结果，指导个体化治疗，具有较高的临床应用价值。

摘要： 本发明公开了一种鳞癌的预后标志物、预后风险评估模型的建立方法及其应用，与现有技术中鳞癌单一基因表达检测相比，本发明具有更高的特异性和更高的诊断效能，可显著提高检测敏感度及特异度，本发明能够准确、便捷、高效地为鳞癌患者提供有效治疗措施并改善预后，本发明具有良好的临床应用价值，具有敏感性高、特异性好、准确率高的优点，可为临床医师对鳞癌患者的治疗决策提供有效的指导意见，减少无效治疗的发生，从而降低患者的治疗成本和不适体验，能够改善鳞癌患者的远期预后，以期缓解社会疾病负担。

摘要： 本发明提供了多发性骨髓瘤预后不良生物标志物及筛选方法、预后分层模型和应用，涉及肿瘤预后技术领域。本发明应用单细胞转录组测序技术结合无监督聚类、Cox回归分析以及转录组测序等技术，对MM患者肿瘤细胞基因表达差异进行分析，鉴定得到7个基因与患者预后不良相关的生物标志物，并建立加权平均计算公式，通过外部数据建立模型，内部数据进行验证；证实7个基因异常升高的MM高危患者为超高危组，生存时间更短，预后不佳。本发明可推动联合危险预后分层模型的临床应用，辅助临床诊断与治疗决策。

摘要： 本发明提出一种PTC的预后标志物及其应用、PTC的预后评估模型的构建方法。PTC预后的生物标志物包括与m6A相关的lncRNA：AC025175.1，CCDC13‑AS1，AC093249.2，AL356481.1，AC008556.1，AC103957.2，AL049796.1，AC012213.4中的一种或多种。本发明首次提出以m6A相关lncRNA构建PTC复发风险评估模型，基于每位患者风险基因的表达情况进行判断，能够更加精准个体化的预测患者的复发风险，更好的指导临床决策；采用基因组学的方法，可通过采取少量癌组织即可检测出术后复发风险，及时对手术方案的选择和后续治疗进行更加精准化的制定，降低患者术后复发的风险。

摘要： 本发明公开一种肺癌预后预测模型构建方法及肺癌预后预测系统，包括：对获取的肺癌疾病变量经单变量分析后筛选得到肺癌预测因子，根据肺癌预测因子构建贝叶斯网络模型；对肺癌预测因子通过特征选择进行二次筛选得到肺癌预后因子，根据肺癌预后因子构建多因素Cox比例风险回归模型；在贝叶斯网络模型中引入肺癌生存结局变量，得到新网络结构；根据多因素Cox比例风险回归模型，预测肺癌预后因子在组合状态下的生存概率，得到肺癌生存结局变量的条件概率表；对新网络结构和条件概率表进行拟合得到肺癌预后预测模型。解决传统预测模型在临床数据缺乏关键预测变量时难以预测的问题，提高临床预测的准确性。

摘要： 本发明涉及一种妇科肿瘤预后模型构建方法、装置和应用，构建方法首先筛选与妇科肿瘤预后显著相关的基因，从而从与妇科肿瘤预后显著相关的基因中过滤共线性特征得到妇科肿瘤预后基因集，结合AIC信息准则筛选妇科肿瘤预后基因集中用于构建最优风险评分模型的目标铁死亡调控基因，进而构建更精简的妇科肿瘤预后模型，减少模型的过拟合程度，提高预测妇科肿瘤患者生存率准确度，同时还能预测妇科肿瘤患者的免疫疗效和药物敏感性，为患者的个性化治疗提供指导。

摘要： 本发明公开了一种基于CAFs、WSIs和临床信息的三组学IDC预后模型建立方法及预后模型系统。该方法包含：数据获取步骤，获取IDC患者组学数据，IDC患者组学数据包含若干份IDC‑CAFs基因数据、若干份WSI数据和若干份临床信息数据；数据预处理步骤，对获取到的IDC患者组学数据进行预处理；数据划分步骤，将预处理后的IDC患者组学数据划分为训练集和测试集；数据训练步骤，基于三组学特征进行多因素cox回归建模，并通过划分好的训练集和测试集对模型进行训练。本发明的基于CAFs、WSIs和临床信息的三组学IDC预后模型建立方法及预后模型系统，通过CAFs、WSIs以及部分临床信息三种组学数据来搭建预后模型，来提高IDC生存分析模型的性能。

摘要： 本发明属于分子生物学及生物医学技术领域，具体公开一种非小细胞肺癌预后标记物及预后模型的构建方法和应用，所述标记物为m6A相关基因，包括甲基化基因、去甲基化基因及m6A结合、效应蛋白中的至少一种，该方法能够精确灵敏地预测非小细胞肺癌预后情况，并且在早期能够对非小细胞肺癌患者不良预后风险充分有效地预测，利于医生采取最为合理的干预措施，及时挽救患者生命并改善患者预后状况。