非整倍性

摘要： 先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)是胎儿出生缺陷中最常见的类型之一,在我国乃至世界范围内位居出生缺陷患儿疾病的首位,其病死率较高,给社会及家庭造成巨大的负担。CHD病因很多,主要为遗传因素和环境因素,其中遗传因素占主要原因。因此,探讨CHD的遗传学病因十分必要,可有效避免CHD患儿出生,降低出生缺陷的发生。遗传因素包括染色体非整倍体异常、染色体拷贝数变异以及单基因遗传病等。随着产前诊断检测技术的发展,染色体核型分析、低深度全基因组测序技术、染色体微阵列分析技术可实现对与胎儿CHD相关的染色体非整倍体异常及微缺失、微重复的检测。全外显子测序技术在产前诊断中的不断发展有助于发现与胎儿CHD相关的致病基因。就胎儿CHD遗传学病因的研究进展进行综述。

摘要： 目的探讨无创产前检测(NIPT)筛查胎儿性染色体非整倍体(SCA)的临床价值。方法回顾性分析该院收集的2012年5月至2021年5月50972例孕妇的NIPT数据。从孕妇外周静脉血中提取游离胎儿DNA,在Illumina NextSeq 500高通量测序平台进行测序,NIPT结果通过羊水穿刺后经染色体微阵列分析进行验证。结果接受NIPT的50972例孕妇中检测结果提示胎儿SCA阳性251例(0.49%),其中Turner综合征(45,X)143例,三倍X综合征(47,XXX)37例,Klinefelter综合征(47,XXY)54例,XYY综合征(47,XYY)17例。251例提示胎儿SCA阳性的孕妇中自愿接受侵入性产前诊断171例,羊水穿刺后经染色体微阵列分析证实68例为真阳性SCA,NIPT筛查SCA的总阳性预测值为39.77%(68/171)。“45,X”“47,XXX”“47,XXY”“47,XYY”阳性预测值分别为21.43%(21/98)、59.26%(16/27)、67.57%(25/37)、66.67%(6/9)。结论NIPT是一种潜在的SCA筛选方法,但其技术需进一步研究,以提高测试性能,特别是对“45,X”。

摘要： 目的:探讨染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)技术在马蹄足内翻(talipes equinovarus,TE)胎儿中的临床应用价值。方法:收集本中心2016年1月-2020年7月共157例经超声提示为TE并接受CMA检测的胎儿的临床数据,分为孤立性TE组(107例)和复杂性TE组(50例),分析各组TE胎儿中染色体变异检出情况;分析TE胎儿中有临床意义的拷贝数变异(copy number variation,CNV)的风险相较于低风险妊娠(超声无异常、高龄/焦虑)队列是否存在富集。结果:(1)TE胎儿有临床意义的染色体变异总阳性率为10.19%(16/157),非整倍体阳性率为5.73%(9/157),CNV阳性率为6.37%(10/157),其中有临床意义的CNV阳性率为4.46%(7/157),孤立性TE组与复杂性TE组中有临床意义的染色体变异阳性率、染色体非整倍体阳性率、有临床意义的CNV阳性率相比,差异均无统计学意义(P>0.05)。(2)TE胎儿中有临床意义的CNV总阳性率、孤立性TE组有临床意义的CNV阳性率均显著高于低风险妊娠人群(P0.05)。结论:TE胎儿中有临床意义的CNV发生风险显著高于低风险妊娠人群,CMA技术在TE胎儿中可以提高约6%(10/157)的CNV检出率,CMA在检测TE胎儿染色体微缺失/微重复具有重要的临床价值。

摘要： 目的:分析伴有性染色体异常不孕夫妇行植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,PGT)的结局,探讨夫妻双方之一性染色体异常导致胚胎性染色体异常的风险,以及PGT在相关人群中的应用价值。方法:回顾性分析南京医科大学第一附属医院生殖医学科伴有性染色体异常同时行PGT治疗的夫妇的胚胎染色体检测结果以及胚胎移植结局。PGT策略采用囊胚期活检,活检材料经过全基因组扩增后,采用全基因组低深度测序分析染色体拷贝数改变。在复苏周期中,统计可移植胚胎移植后的临床妊娠结局。结果:在性染色体异常的23对夫妇(其中包括47,XYY及其嵌合体6例、47,XXY及其嵌合体2例、47,XXX 4例、45,X嵌合体8例、女性X染色体节段性缺失3例)的24个促排卵周期中,共获得可检测囊胚77枚,明确诊断76枚(98.70%),其中40枚(52.63%)为整倍体可移植胚胎,13枚(17.10%)非整倍体嵌合体胚胎,23枚(30.26%)为非整倍体不可移植胚胎。在3例X染色体节段性缺失患者中所有异常胚胎均为X染色体节段性缺失,而其他性染色体数目异常患者中共发现3枚(3.95%)性染色体嵌合体非整倍体胚胎。在18个复苏移植周期中,共获得9例(50.00%)健康活产。结论:性染色体数目非整倍体异常夫妇的胚胎性染色体异常风险较低,在辅助生殖技术助孕过程中PGT并不是必需的治疗方案;而性染色体节段性非整倍体夫妇胚胎性染色体异常风险较高,结合卵巢功能情况以及在患者充分知情同意的情况下,可酌情考虑PGT,降低后代性染色体异常风险。

摘要： 目的 探讨外源性促性腺激素(Gn)用量对胚胎非整倍体率的影响.方法 回顾性分析2016年1月至2019年6月在本中心基于二代测序技术的植入前非整倍体检测(PG T-A)周期患者的临床资料.根据年龄分为40岁组,并根据G n累积使用量分为G n3000 U组(C组),比较不同年龄组间以及同年龄组内三种Gn用量间的胚胎非整倍体率.结果 三个年龄组胚胎非整倍体率分别为43.6％、61.0％、73.7％,组间有显著性差异(P0.05).结论 在PGT-A周期中,年龄越大胚胎非整倍率越高;外源性Gn用量对胚胎非整倍体率无明显影响.

摘要： 本文就新兴的人工智能技术及在非整倍体产前筛查领域的应用进行综述,简述了人工智能技术及研究方法、产前筛查现状,详细介绍了利用人工智能技术在整合产前筛查指标、提高筛查性能、优化筛查策略方面的研究,说明人工智能在融合各类筛查数据提高疾病预测能力、实现数据增值、降低社会医疗费用等方面具有很大潜力,但也需要科学、理性、全面地看待人工智能技术,否则人工智能在产前筛查领域难以达到理想的效果.

摘要： 目的：利用引物原位标记技术快速检精子染色体非整倍性。rn 方法：采用3M NaOH的溶液同时对精子核去浓缩和变性，利用引物原位标记技术(primed insitulabeling,PRINS)对正常男性的42份精液标本的21号染色体和X染色体进行分析。rn 结果：X染色体的二体的率的平均值为0.09±0.013％，21号染色体二体频率的平均值为0.37±0.09％。rn 结论：引物原位标记技术是一种简便、快速、经济的精子染色体非整倍性分析方法，具有较强的敏感性和特异性。

摘要： 公开了用于确定已知或疑似与多种医学病症，包括与亚染色体区的拷贝数变异(CNV)相关的综合征相关的CNV的方法。在一些实施方式中，提供方法用于使用包括母体和胎儿无细胞DNA的母体样品确定胎儿CNV。本文所述的一些实施方式提供方法通过去除样品内GC‑含量偏差来改善序列数据分析的灵敏度和/或特异性。在一些实施方式中，基于针对未受影响的训练组样品间共同的系统变异校正的序列数据去除样品内GC‑含量偏差。在一些实施方式中，也去除样品数据中的综合征相关偏差以增加信噪比。还公开了用于对感兴趣序列的CNV进行评价的系统。

摘要： 本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种适用于单细胞的染色体非整倍性检测系统及应用。所述检测系统包括窗口划分模块、区段划分模块、区段拷贝率计算模块、区段非整倍性判定模块。所述检测系统使用最多700k条reads/样本，即可对该样本检测5Mb以上的染色体缺失/重复，准确率可达99.9%，减少测序深度，降低成本。

摘要： 本申请涉及卵子供体妊娠中胎儿非整倍性的无创检测。本发明提供了用于确定来自具有卵子供体妊娠的妊娠女性的母体样品中的无细胞DNA的胎儿贡献百分比的测定系统和方法。还提供了利用样品中的确定的胎儿无细胞DNA百分比来确定母体样品中胎儿非整倍性的存在或不存在的统计可能性的测定系统和方法。

摘要： 本发明提供了一种用于在测试样品中确定所感兴趣的序列的拷贝数变异(CNV)的方法，该测试样品包括多种核酸的一个混合物，这些核酸已知或被怀疑在一个或多个感兴趣的序列的量上是不同的。该方法包括一种统计方式，这种统计方式将产生于同过程相关的、染色体间的以及序列测定之间的变异性的累积性变异性考虑在内。该方法可适用于确定任何胎儿非整倍性的CNV、以及已知或被怀疑与多种医学情况进行关联的CNV。根据本发明的方法可以确定的CNV包括染色体1‑22、X以及Y中任何一个或多个的三体性和单体性、其他染色体多体性、以及这些染色体中任何一个或多个的片段的缺失和/或复制，它们可以通过对一个测试样品的这些核酸仅进行一次测序而被检测出。从通过对一个测试样品的核酸仅进行一次测序而获得的测序信息就可以确定任何非整倍性。

摘要： 本发明提供了一种对样本同时进行目标基因单体型分析和染色体非整倍性检测的方法及其系统，其中，所述方法包括步骤：基于样本基因组的至少一部分，构建目标区域测序文库，在构建区域测序文库的过程中，包括采用探针集进行筛选，探针集能够识别目标基因上下游的SNP和均匀分布于目标染色体的SNP；对目标区域测序文库进行测序，获得测序结果；将测序结果与参考序列比对，获得比对结果；基于比对结果，确定样本的SNP信息；基于样本的SNP信息，同时确定样本的目标基因单体型和染色体非整倍性信息。

摘要： 本发明提供了通过检测和确定母体样品中来自X染色体和/或Y染色体的遗传序列的相对贡献，非入侵性确定表明母体样品中非整倍性或性别镶嵌现象的X和/或Y染色体异常的方法。

摘要： 本申请涉及快速非整倍性检测。最近证明，对无细胞的母体血浆DNA的大规模并行测序是胎儿染色体非整倍性的安全有效的筛选方法。在这里，我们报告了一种通过以采用单引物对的PCR替换费力的测序文库制备步骤，实现显著提高通量和降低成本的改进的测序方法。使用这种方法，可容易区分含有少至4％的21三体DNA的样品与整倍体样品。

摘要： 本发明提供了一种确定胎儿是否存在染色体非整倍性的方法。根据本发明的实施例，该方法包括：(1)获取来自孕妇样本的核酸测序数据；(2)基于所述核酸测序数据确定所述孕妇样本的胎儿浓度以及预定染色体的反估浓度；(3)基于所述待测染色体的反估浓度与所述第二比较染色体的反估浓度的差异确定第一特征，基于所述待测染色体的反估浓度与所述胎儿浓度的差异确定第二特征；和(4)基于所述第一特征和第二特征，利用对照样本的相应数据，确定所述胎儿针对所述待测染色体是否存在非整倍性，其中，所述对照样本包括阳性样本和阴性样本，所述阳性样本针对所述待测染色体具有非整倍性，所述阴性样本针对所述待测染色体不具有非整倍性。

摘要： 本公开文本提供了用于胎儿非整倍性的无创产前筛查(NIPS)的方法。本发明方法基于通过下一代测序(NGS)技术分析在孕妇循环中发现的游离胎儿DNA(cff DNA)。特别地，本发明方法分析母体样品中存在的不同的胎儿基因组片段的相对丰度，其中所述片段可以与胎儿基因组的特定染色体位置对齐。相对丰度信息指示与正常个体相比特定染色体在胎儿基因组中是否过度表示或表示不足，因此可用于检测胎儿非整倍性。另外，还提供了通过排除假阳性检测来增加NIPS的阳性预测值(PPV)的方法。

摘要： 本申请涉及用于非入侵性性染色体非整倍性确定的统计分析。本发明提供了通过检测和确定母体样品中来自X染色体和/或Y染色体的遗传序列的相对贡献，非入侵性确定表明母体样品中非整倍性或性别镶嵌现象的X和/或Y染色体异常的方法。