遗传相似性

摘要： 为探索浙江省内不同地区野生鼠茅Vulpia myuros的遗传多样性水平及亲缘关系,以采自浙江省不同地区的25份样品及购自于市场的1份日本种源栽培种为试材,采用简单序列重复区间扩增多态性分子标记(intersimple sequence repeat,ISSR)技术分析其遗传多样性。结果表明,从100对ISSR引物中筛选出15对反应体系较稳定､扩增条带较清晰且多态性较多的引物;用15对引物在26份样品中共扩增出87条带,其中多态性条带中有效条带数量为83条,占总条带数的95.40%;26份种质间的遗传距离在0~0.707,其中,遗传距离最近的为来自衢州的7号种质和来自台州的13号种质,其遗传距离为0,这说明这两者亲缘关系非常近。同时,对26份样品进行聚类分析,在相似系数0.63处可划分为2类,第一类为除3号种质外的25份鼠茅种质,第二类仅为采自丽水的3号种质;在遗传相似系数为0.78处,可将第一类的25份样品进一步细分为两类,其中日本种质26号单独为一类,其余24份样品聚为一类。以上研究结果揭示了不同来源地鼠茅的遗传相似度高,为鼠茅的亲缘关系鉴定､规范化种植、资源保护和利用奠定了基础。

摘要： 植物品种保护是植物品种知识产权的重要组成部分。品种特异性、一致性和稳定性(distinctness,uniformity,and stability,DUS)检测和实质性派生品种(essentially derived variety,EDV)评价是植物品种保护中的2个重要概念。DUS-EDV评价经历了从形态性状和系谱为主过渡到了综合利用形态、系谱和分子标记信息的阶段,并将发展到以分子检测为主的阶段。分子标记的主要类型也从RFLP发展到SSR和SNP。基于靶向测序-液相捕获的芯片技术,具有分析成本低、标记组配灵活、适合用于不同植物的DUS-EDV评价。利用分子标记检测进行DUS-EDV评价有2个重要策略,一是在全基因组范围内进行全局性的比较和分析,二是利用与重要表型有关的功能位点特异性进行局部性、特异性检测。应该针对DUS和EDV分别建立各自的评价标准。DUS可以根据分子标记提供的特殊指纹图谱、单倍型、特有等位基因、特异基因组区段、特异功能标记、最低遗传纯合度、品种内单株间的遗传差异作出判断。EDV的主要评价指标是利用全基因组均匀分布的高密度标记所获得的材料间的遗传相似性,而不是差异的标记数。所采用的分子标记的数量和基因组覆盖率是决定分子检测效率和可靠性的关键。利用少量标记所获得的品种比较具有较大的抽样误差。区别EDV和非EDV品种的相似性指标可因作物物种和所需要的品种保护水平而异。本文回顾了世界各国主要的作物品种保护实践,建议在利用分子标记保护品种知识产权和监管品种中,建立由各方面专家组成的咨询委员会,根据分子检测技术的发展和功能标记的开发,不断完善和加强DUS-EDV评价体系,建立权威的品种保护数据库系统,有序提供查询和比对服务,以鼓励种业创新。

摘要： 目的:探索不同产地牛膝的遗传相似性。方法:以采自牛膝主产区的39份样品为试材,采用简单序列重复区间扩增多态性分子标记(intersimple sequence repeat,ISSR)技术分析其遗传多样性。结果:从50对引物中筛选出16对反应体系较稳定、扩增条带较清晰且多态性较多的引物,16对引物在39份样品中共扩增出251条带,多态性条带中有效条带数为233条,有效条带数占总条带数92.83%;多态性位点百分率P为78.09%,Nei′s基因多样性指数为0.2170,Shannon多样性指数为0.3376,遗传分化系数为0.4003,种群间的基因流为0.7492,牛膝种群间的遗传变异为40.03%;牛膝各产地之间遗传一致度为0.7891~0.9506,遗传距离为0.0507~0.2369。根据遗传相似系数对牛膝产地进行聚类分析,在0.87处将牛膝聚为2类;同时对39份样品进行聚类分析,在相似系数0.75处划分为2类,个体聚类与产地聚类结果相似。结论:本研究揭示了不同产地牛膝的遗传相似度,为牛膝亲缘关系鉴定、规范化种植、资源利用奠定了基础。

摘要： 分析太湖地区粳稻亲本遗传多样性并构建DNA指纹图谱,为加快水稻育种提供理论支持.利用水稻12条染色体上的25对SSR引物对45份太湖地区粳稻亲本进行了遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建.结果表明,每对SSR引物可检测到1～24个等位基因,25对引物共检测到198个等位基因.筛选出5对核心引物(RM6318、RM4835、RM5463、RM3155、RM5752)建立了45份粳稻亲本的DNA指纹图谱.45份粳稻亲本间的相似系数在0.550 5 ～ 0.914 14之间,平均为0.730 7.UPGMA聚类结果显示,在遗传相似水平0.707处,45份粳稻亲本可分为3个类群.SSR检测结果显示,太湖地区的粳稻亲本亲缘关系较近,遗传基础相似度高,影响了水稻育种的成效.育种工作有待进一步加强优异资源的引进和利用,创新水稻育种材料.

摘要： 以采自连翘主产区河南和山西12个产地的77份连翘种质资源为试材,采用EST-SSR分子标记技术分析其遗传多样性,以期探索不同产地连翘的遗传相似性以及其关键影响因素.结果 表明:从60对引物中筛选出14对扩增条带清晰,稳定性好的多态性EST-SSR引物,14对引物在77份样品中共扩增出370条带,多态性条带368条,多态位点百分率为99.46％,12个产地的遗传距离范围是0.020 3～0.092 2,平均遗传距离为0.055 8.根据遗传相似系数对12个产地进行聚类分析,在0.935处把12个居群聚为5类;同时对77份样品进行聚类分析,在0.72处把77份样品聚为5类,个体聚类结果与产地聚类结果相似.聚类结果分析表明,连翘的遗传相似性与地理距离没有显著的相关性,主要与生长环境以及海拔等因素有关.试验结果揭示了不同产地连翘遗传相似度的关键因素,为连翘亲缘关系的鉴定、连翘资源的保护与开发奠定了基础.

摘要： 小麦作为世界上重要的粮食作物,其丰富的遗传变异对小麦的遗传改良工作至关重要.本研究利用均匀分布在小麦A、B、D基因组上的84对SSR引物对119份黄淮麦区推广小麦品种进行了DNA指纹数据库的构建,并进行遗传多样性分析.结果表明,84对SSR引物共检测到170个等位变异,每对引物检测出1～5个等位变异,其中有13对引物可以将某一小麦与其他品种区分开.根据SSR基因型聚类结果可将119份小麦品种(系)分为5大类群,基本能够分辨各个推广品种间的亲缘关系,为小麦亲本选择及杂交组配提供了一定的理论依据.

摘要： 通过对湖南农户自留种原地保存(简称农户保存)与异地低温保存在湖南种质库(简称种质库保存)的92份同近名水稻材料(7组,同近名材料6组)的表现型及基因型进行分析,鉴定同近名品种间遗传距离,为之后有效保存、针对性供种、高效利用提供理论依据.结果表明,供试同近名材料间,及农户保存与种质库保存的同近名材料间在表现型性状上都有极显著差异.通过SSR标记基因型比较农户保存与种质库保存湖南同近名材料,发现除E组外,其他组都是农户保存的等位基因变异数小于种质库保存的等位基因变异数,说明农户保存的材料在年复一年的种植、收种过程中经历了自然选择和人工选择留种,进行了加代纯化.除 C、E组外,在同近名组内SSR标记遗传相似系数显示,农户保存的材料间＞种质库保存的材料间＞农户保存材料与种质库保存材料,表明农户自留种保存的同近名水稻资源值得收集评价.%This study was conducted to analyze the phenotypic and genotypic similarity or diversity of rice (Oryza sativa L.) landraces in household and hypothermic genebank conservations in Hunan Province and identify the genetic distance between the rice landraces with the same or similar names. A total of 92 accessions of rice landraces were divided into seven groups according to their local names, but the morphological traits showed large variations even within the same group as well as between household and genebank conservations. The SSR marker analysis showed that, in all the groups except Group E, the allelic variations within each subgroup of the household conservation were less than those of the genebank conservation, indicating the household-conserved rice landraces’ many-generation purification from natural and artificial selections in the process of their cultivation year after year; and the similarity coefficient among the household rice landraces was the highest except for Groups C and E. Thus, the study suggested that the same-name or similar-name rice resources retained by farmers would be valuable for collection and evaluation.

摘要： [目的]对19个凉粉草样品进行RAPD指纹图谱的构建与遗传相似性研究。[方法]采用RAPD技术，从100个随机引物中筛选出多态性好、重复性高的引物进行PCR扩增，通过NTSYS 2.10软件计算遗传相似系数，并按UPGMA法进行聚类分析。[结果]10条引物共扩增出163条带，其中多态性条带153条，平均多态率达93.65%。引物S208能在19个凉粉草样品中产生独特的DNA指纹图谱，可完全区分出19个供试样品；引物S206与S253结合也能完全区分。19个供试样品间的平均遗传相似系数为0.711；以相似系数0.68为阈值，可将19个凉粉草样品分为5类。[结论]19个凉粉草种质存在丰富的遗传多样性，RAPD标记划分的类型同地理分布、亲本来源有一定关系。

摘要： 目的是以大肠埃希菌为指示菌研究猪舍环境中微生物气溶胶产生及向其舍外环境的传播.采用Andersen-6级空气微生物样品收集器和RCS-离心式采样器分别在4个猪场舍内、舍外不同距离收集大肠埃希菌气溶胶,计算每个采样点大肠埃希菌的浓度;同时,采集猪的粪便,分离大肠埃希菌.利用ERIC-PCR技术,扩增其DNA条带,形成聚类图谱.通过每一个采样点大肠埃希菌遗传相似性分析及其浓度变化的比较,确认动物舍微生物气溶胶向舍外环境的传播模式.结果表明,4个猪场舍内空气中大肠埃希菌的浓度远远高于舍外大肠埃希菌浓度(P<0.05).52.4%粪便大肠埃希菌与舍内空气中的大肠埃希菌相似性可达90%以上;从猪场舍外下风方向分离到的多数大肠埃希菌(55%)与舍内空气或粪便中分离的大肠埃希菌相似性可达90%以上.说明源于猪舍的微生物气溶胶能够传播到舍外环境或居民社区,具有流行病学及公共卫生意义.

摘要： 雷竹(Phyllostachys violascens)为我国特有的优良笋用竹种，经济效益显著。本研究采用15对AFLP引物对17个雷竹不同栽培类型及近缘种天目早竹(Ph. tianmuensis)的遗传相似性进行了分析，共检测到434位点，其中多态性位点255条，多态性位点百分率为58.8%，每对引物的多态性位点百分率在42.3%-71.4%之间。研究结果表明：①雷竹不同栽培类型在DNA水平上相似性很高，但也存在一定遗传变异；②雷竹不同栽培类型可分为5大类；③通过AFLP分析得到一些栽培类型的特异性片段，可以应用于不同栽培类型的鉴定。

摘要： 本发明提出了一种基于相似性和相似性可信度的协同过滤推荐算法及装置，该算法在概率矩阵分解模型的基础上，通过相似性关系约束潜在特征向量的夹角余弦，并通过相似性可信度影响约束权重。由于相似性可信度的约束，该算法有效减弱了评分稀疏性问题对相似性关系的影响，强化了模型对重要相似性关系的学习能力，从而缓解了评分稀疏性问题。相关实验表明该算法的推荐效果明显优于当前其它同类算法。接下来的工作就是将此算法运用于实际的推荐系统中，弥补传统推荐系统在实际应用中的数据稀疏性问题及其带来的推荐效果不佳的问题。

摘要： 本发明公开了一种基于复杂网络结点相似性的计算事件相似性的方法和系统，其方法包括：获取事件信息，并提取所述事件信息的关键词；计算任意两个事件信息中相同关键词的比例；根据所述任意两个事件信息中相同关键词的比例构建事件网络；计算事件网络中任意两个节点的相似性；将相似性大于合并阈值的两个节点对应的事件信息进行合并。本发明能够有效地计算事件信息的相似度，并将相似性大于合并阈值的两个事件信息进行合并，此外，本发明降低了事件相似性计算过程中的计算量，提高事件相似性计算的准确率。

摘要： 一种能够评价至少两类文档中具有高相似性的部分的集中和分散程度的文档相似性评价系统或类似系统，包括：片段搜索单元，在第一片段串和第二片段串二者中寻找公共片段，对找到的公共片段的个数进行计数，并识别出现所述公共片段的出现范围；以及相似性指数计算单元，执行：计算第一和，即片段搜索单元识别出的出现范围中包括的每个片段的字符个数和；计算第二和，即是被识别为公共片段的每个片段的字符个数和；并且使用以下等式计算对第一片段串与第二片段串之间的相似性加以指示的相似性指数：相似性指数＝F(NTC)/G(NCC)×NS(其中，NTC是第一和，NCC是第二和，NS是公共片段的个数，函数F和函数G是将特定整数值与正实数值相关联的单调增函数)。

摘要： 本发明公开了一种基于相似性和不相似性融合排序优化的行人重识别方法，行人重识别是一种针对特定行人的检索问题，本发明的主要思想是正确检索的行人目标应该跟查询行人的极正样本相似，并且跟查询行人的极负样本不相似。同时我们将与极正样本相似的那些行人定义为疑正样本，与极负样本相似的样本为疑负样本，通过提高疑正样本的排名，同时降低疑负样本的排名，来达到通过排序优化的方式来提升行人重识别的效果。此外，融合多种方法的结果来加强这种相似性和不相似性关系。本发明通过对相似性和不相似性的排序结果进行融合，进而提升多摄像头下同一行人匹配的准确性。

摘要： 本发明公开了一种在个体水平定义和度量遗传及突变多样性和相似性的概念和方法。而现有遗传多样性定义度量均在群体水平。其中个体水平是指两个(或以上)基因的集合：如个体全基因组、染色体(或片段)、基因集合等。个体水平基因集合是指：全部DNA或RNA序列、外显子集合、内含子集合、编码基因、非编码基因、启动子集合等序列集合。遗传和突变的类型包括单位点突变、插入和删除、转座、表观遗传突变(甲基化、羟甲基化、乙酰化)等。该方法既能用于监测个体突变动态、比较突变差异，又可比较不同种群或组别(物种、健康状态、基因功能、代谢通路)在遗传和突变多样性及相似性的高低。为监测、比较遗传多样性和感兴趣基因的突变动态提供了可靠技术。

摘要： 本发明公开了一种评估微生物群落宏基因（或普通生物群落宏遗传）多样性和相似性的概念和方法，包括用Hill numbers度量单基因水平(Metagenomic Gene：MG)和功能基因群(Metagenomic Functional Gene Cluster：MFGC)水平的宏基因多样性及其相似性。其中多样性包括alpha‑宏基因多样性、beta‑宏基因多样性和gamma‑宏基因多样性，相似性用于比较两个或两个以上群落宏基因多样性。宏基因多样性指数能有效评估和监测人体、动物以及环境微生物群落的宏基因多样性和相似性，并为菌群相关疾病的研究和诊断治疗以及环境微生物宏基因监测提供科学依据和技术体系。本发明同样适用于宏遗传多样性(Metagenetic Diversity)，可用于评估和监测任何生物群落的宏遗传多样性和相似性。

摘要： 本发明公开了一种案件相似性对比模型的训练方法及案件相似性对比方法，所述训练方法包括：利用神经网络构建案件相似性对比模型；获取历史案件，并按照历史案件中所包含的物体的相似性构建训练样本集，所述训练样本集包括正样本和负样本，所述正样本为所包含的物体与基准目标物体的相似性高于第一预设阈值的案件中物体的图像，所述负样本为所包含的物体与基准目标物体的相似性低于所述第一预设阈值的案件或随机选取的历史案件中物体的图像；利用所述训练样本集训练所述案件相似性对比模型。通过本发明技术方案能够自动筛选出具有相似性的案件。

摘要： 本发明提出的一种基于语义相似性分析的技术文件相似性排查方法，从待分析的两份文件中各抽取一个关键词形成词语组合，结合罗列出的所有词语组合的相似度计算待分析的两份文件相似性评估值；词语组合的相似度为其包含的两个关键词之间的相似度。本发明提出的一种基于语义相似性分析的技术文件相似性排查方法，在计算待分析的两份文件之间的文本相似度时，根据关键词组合进行分析，使得相似度的计算更加清晰明确。

摘要： 本发明提出了一种基于相似性和相似性可信度的协同过滤推荐算法及装置，该算法在概率矩阵分解模型的基础上，通过相似性关系约束潜在特征向量的夹角余弦，并通过相似性可信度影响约束权重。由于相似性可信度的约束，该算法有效减弱了评分稀疏性问题对相似性关系的影响，强化了模型对重要相似性关系的学习能力，从而缓解了评分稀疏性问题。相关实验表明该算法的推荐效果明显优于当前其它同类算法。接下来的工作就是将此算法运用于实际的推荐系统中，弥补传统推荐系统在实际应用中的数据稀疏性问题及其带来的推荐效果不佳的问题。

摘要： 本发明公开了一种计算多类别数据集不同类别间相似性矩阵的改进方法，当计算多类别样本集的相似性矩阵(不同类别两两之间的相似性以及每个类别内部元素的相似性)时，依次选择每个类别样本集的中心作为坐标原点计算相似性矩阵，最后将得到的多个相似性矩阵平均值作为最终的相似性矩阵。本发明克服了传统方法只选取一个坐标原点的缺点，可以有效避免上述三点问题。本发明有很强的鲁棒性，对各种特殊情况都适用。最后，本发明在脑数据分析中的表征相似性分析中有很重要的应用价值。