遗传变异分析

摘要： 以5份栝楼品种为材料,对其中的3个产量性状、9个果实性状、13个种子性状、叶绿素含量和5个光合性状、4个生长性状分别进行考察。通过遗传变异分析、相关性分析、主成分分析研究栝楼主要农艺性状与单株产量之间的关系,探究影响栝楼产量形成的主要决定因子。结果表明:5份栝楼种质的35个农艺性状遗传变异系数为0~99.94%,遗传材料具有多样性;19个性状与单株产量呈显著相关,中等强度以上相关指标分别是单株结果数(0.870)、鲜出籽率(0.732)、成熟时间(-0.711)、种子厚(0.692)、果皮折干率(0.528)、叶绿素含量(0.496)、种子成熟率(0.483)、不成熟种子数(-0.475)、净光合速率(0.425)、百粒重(0.412)和干种子重(0.401);主成分分析共得5个主成分(产量因子、收获品质因子、植株形态因子、发育因子和产量抑制因子),累积贡献率达到86.54%。依据载荷的高低得出影响栝楼单株产量的主要性状顺序为:成熟时间>单株结果数>鲜出籽率>种子厚>不成熟种子数>叶绿素含量>净光合速率>种子成熟率>果实大小>果实纵径>胞间CO2浓度,即成熟越早、单株结果数越多、鲜出籽率越高、种子越厚、不成熟种子数越少、叶绿素含量越高、净光合速率越强、种子成熟率越高、胞间CO2浓度越高、果实较小的栝楼品种单株产量越高。

摘要： 为了解四川省兔出血症病毒2型(rabbit hemorrhagic disease virus type 2,RHDV2)的流行情况及分子遗传变异特征,采集全省范围内的7525份样品,其中发病兔场肝脏组织样品117份、环境拭子样品243份,受监测兔场血液样品3340份、环境拭子样品3825份,采用商品化荧光RT-PCR试剂盒,对以上样品进行RHDV2检测;对筛选出的12份肝组织阳性样品进行RHDV2 VP60基因RT-PCR扩增、测序和遗传进化分析。结果显示:RHDV2流行无明显季节性,各养殖品系家兔均有RHDV2感染,哺乳仔兔、幼兔、怀孕哺乳母兔死亡率分别为25%~60%、18%~45%、9%~30%。发病兔场肝脏样品RHDV2阳性检出率为88.89%(104/117),环境样品为46.09%(112/243);受监测兔场全血样品RHDV2阳性检出率为25.99%(868/3340),环境样品为16.29%(623/3825)。12份阳性样品的RHDV2 VP60基因序列长度均为1740 bp,核苷酸序列同源性为98.4%~100%,在系统发生进化树上独成一簇;与国内外参照毒株的VP60基因序列核苷酸同源性为93.7%~100%,编码的氨基酸序列同源性为95.7%~99.8%。结果表明:RHDV2已开始在四川省流行,需要加强检疫,重视饲养管理工作;其VP60基因序列出现了一定程度的变异,但遗传演化相对稳定。本研究补充了国内RHDV2的分子流行病学信息,也为该病的相关防控研究和控制对策制定提供了参考。

摘要： 【目的】调查中国规模化猪场猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行情况。【方法】利用RT-PCR检测方法对2018-2020年采集于全国11个省市318个规模化猪场的2391份样品进行PEDV核酸检测,对30份阳性样品进行S1全基因扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 7.0等软件进行分析。【结果】2018-2020年,猪场PEDV核酸阳性率分别为48.57%、10.96%和4.72%,样品PEDV核酸阳性率分别为28.97%、8.27%和7.50%,猪场和样品PEDV核酸阳性率呈现逐年下降的趋势。S1基因相似性分析显示,获得的30株毒株全部为GⅡ基因型,其中17株毒株为GⅡa基因亚型、5株毒株为GⅡb亚型、8株毒株为GⅡc亚型,GⅡa基因亚型毒株为2018-2020年流行的主要毒株类型;30株毒株S1基因序列之间核苷酸相似性为93.0%~99.5%,氨基酸相似性为91.7%~100%,其中22株毒株与2017-2018年流行的GⅡ基因型毒株相比S1氨基酸序列表现出特征性插入和缺失。【结论】本研究结果为监测和分析中国PEDV的变异和演化提供了临床数据,为猪流行性腹泻防控和疫苗研制提供了参考。

摘要： 以河南省种植的20个玉米品种为试验材料,对12个数量性状进行遗传变异、相关性、主成分通径分析.结果表明:12个数量性状遗传变异较为丰富,变异幅度为1.08％～87.06％,变异系数秃尖长最高为87.06％,生育期最低为1.08％;相关分析表明穗粗(r=0.487 7**)、出籽率(r=0.475 2**)与小区产量呈极显著正相关,株高(r=-0.435 6**)、秃尖长(r＝-0.792 2**)与小区产量呈极显著负相关;主成分分析表明前5个主成分集中所有数量性状的主要信息,对变异的累计贡献率为81.33％,对小区产量贡献大小次序为秃尖长因子＞百粒质量因子＞轴粗因子＞生育期因子＞穗长;通径分析表明百粒质量、穗行数、穗位高、穗粗、出籽率、行粒数对小区产量的直接通径系数均为正值,其中百粒质量(p=0.697 0)对小区产量的直接通径系数最大,其次是穗行数(p=0.498 1),而生育期、穗长、轴粗、秃尖长、株高的直接通径系数为负值.选育高产玉米品种时首先选择遗传变异较大的数量性状是十分重要的,并注重各数量性状之间的协调发展,以便选育出性状优异的玉米品种.

摘要： 为了解山西省猪伪狂犬病(PR)流行及其病毒(PRV)变异情况,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)和qPCR对来自2019年山西省部分地区的规模化猪场样品进行PRV血清学及病原学检测;对阳性病料接种Vero细胞分离PRV,并对其与早期分离的2株PRV毒株SX1801和SX1802的gC和gE基因遗传变异情况进行分析.结果表明,有4个猪场呈现不同程度的伪狂犬病病毒gE抗体阳性,但病原检出率较低,总体检出率为0.21％;分离到1株PRV毒株,命名为SX1911,对SX1911、SX1801和SX1802毒株基于gC和gE基因遗传变异分析发现,3株分离株与国内外参考毒株的gC核苷酸和氨基酸同源性分别为94.9％～100％和90.4％～100％,gE核苷酸和氨基酸同源性分别为97.9％～100％和94.5％～99.8％,其中,gC在63—69位氨基酸连续插入AAASTPA 7个氨基酸;gE分别在48和497氨基酸位点增加了1个天冬氨酸;这3株分离毒株与国内最近流行的毒株一致,均属于变异株.研究结果可为山西省的PRV流行情况及疫病防控提供理论依据.

摘要： 本研究对青海省西宁市野生动物园雪豹发生的疑似水貂肠炎病毒(MEV)腹泻粪便样本利用分子生物学方法进行了鉴定.结果显示:共成功鉴定到两株MEV(QH1/2),并对MEV的NS1基因进行了克隆测序分析,两株病毒株间核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.65％和99.55％;MEV-QH1/2病毒株与其他株间NS1氨基酸比对有19个氨基酸位点存在变异,但不存在特异性变异位点,两株病毒株间仅有3个变异位点,分别位于350、574和595位.进化树显示:MEV-QH1和MEV-QH2聚在一个大的分支上,但并未聚在一个微小分支上,这表明两株病毒株间存在一定的遗传变异.本研究对我国青藏高原雪豹源MEV进行了分子鉴定与遗传变异分析,丰富了 MEV的遗传学研究资料.

摘要： 为了解吉林省猪伪狂犬病毒(PRV)的遗传变异情况,本研究将采集自吉林省疑似发生猪伪狂犬病的临床样品,通过细胞传代、PCR检测和测序分析进行病毒分离鉴定.TCID50法测定分离毒株的病毒滴度,通过家兔感染试验测定分离毒株对家兔的致病性.对TK、gB、gC、gD和gE基因进行PCR扩增和测序,分析其遗传变异情况.结果表明,临床样品经PK15细胞传代后,有3份样品出现细胞病变,经PCR鉴定和测序分析表明,分离获得3株PRV,分别命名为PRVJL03、JL12和JL15株.通过PK15细胞测定分离毒株的病毒滴度分别为106.5、106.5和107.5TCID50/mL.6只家兔分别接种3株分离毒株(103.5 TCID50/只)后均表现为体温升高、注射部位奇痒和四肢麻痹等症状,且于病毒接种后3～4 d全部死亡.3株分离病毒TK、gB、gC、gD和gE基因推导氨基酸序列分析结果表明,与参考毒株相比,分离株TK基因未发生氨基酸变异;gB、gC、gD和gE基因部分位点发生氨基酸缺失、插入或突变,其中gE基因在第48和496位分别存在1个天冬氨酸的插入,与国内报道的流行毒株变异特征一致.遗传进化树分析结果表明,3株分离毒株TK、gB、gC、gD和gE基因与国内2012年以后分离的参考毒株JS-2012和ZJ01等的上述基因均表现出较高的同源性,说明毒株间亲缘关系较近,位于同一分支;与国外分离毒株NIA3和Becker等亲缘关系较远,位于不同的分支;而与国内早期流行的毒株SC和Ea等亲缘关系介于二者之间.本研究成功分离鉴定了 3株PRV变异株,分离毒株对家兔具有较强的致病性,该结果为吉林省PRV流行病学研究提供了新的数据,并为相关后续研究奠定基础.

摘要： 为了解2017-2019年广西猪伪狂犬病病毒(PRV)的流行和遗传变异情况,对2017年1月至2019年8月于广西各地区采集的284份疑似伪狂犬病发病猪临床样品进行检测和病毒分离,对分离毒株的gC、gG基因进行克隆、测序、遗传变异分析.被测样品中有85份阳性,阳性率为29.9％,从中共分离到10株PRV毒株,其中9株为国内变异毒株,1株为国内经典毒株.结果显示:广西地区流行的不同亚型PRV毒株在gC、gG基因上均存在相似的核苷酸和氨基酸变异特点,主要与国内变异株亲缘关系较近;广西地区PRV流行毒株主要为国内变异株.本研究结果丰富了广西PRV检测数据资料,为深入评估和预测广西PRV疫病的流行情况提供了可靠的数据基础.

摘要： 为了解河北省猪圆环病毒4型(PCV4)分子流行病学特点和遗传进化规律,本研究对2016年以来收集自河北北部地区395份临床猪血清、肺脏、脾脏等样品,采用PCR技术进行PCV4检测,并对9株PCV4的全基因组进行了扩增、克隆和测序,利用Megalign等软件分析其与参考株全基因组的遗传进化关系.结果 显示,395份样品中,86份检测为PCV4阳性,阳性率21.8％,9株分离株与当前流行的PCV4参考株序列同源性高达98.1％～99.8％,与PCV1/2/3参考株相应序列同源性为42.0％～52.2％,与狐圆环病毒(Fox CV)、蝙蝠圆环病毒(Bat CV)和水貂圆环病毒(Mink CV)全基因组序列同源性分别为52.6％～52.9％,39.3％～39.5％和67.9％～68.7％.从遗传进化关系上,9株PCV4株与Mink CV属于同一分支,亲缘关系最近.本研究首次对河北北部地区进行了PCV4分子流行病学调查,证实河北地区存在PCV4流行,丰富了河北乃至我国PCV4的流行病学数据,为PCV4感染的防控提供了重要的参考价值.

摘要： 为了解陕西省屠宰生猪猪圆环病毒2型(PCV2)的感染及其遗传变异情况,通过PCR方法,对2018—2019年采自陕西省咸阳和杨凌地区生猪屠宰企业的300份血样进行PCV2病原学检测,并扩增部分阳性样品的开放阅读框2(ORF2)基因,同时进行序列比对和遗传变异分析。试验结果显示,38份血样PCV2病原学检测为阳性,阳性率12.67%;选取的20份阳性血样,扩增ORF2基因并比对分析,结果11个属于PCV2b亚型(55%),9个属于PCV2d亚型(45%),说明PCV2b亚型和PCV2d亚型是陕西省屠宰生猪中PCV2的主要流行毒株。本研究结果有利于掌握陕西省屠宰生猪中PCV2毒株流行情况,从而为PCV2感染的针对性防治提供依据。

摘要： 对包括标准攻毒用强毒FE株和疫苗毒La Sota株及12株分离株在内的共14株NDV的F基因进行RT-PCR扩增和序列测定,并进行遗传变异分析.核苷酸序列同源性分析显示,La Sota株同其他13株强毒株的同源性在85.0﹪~89.8﹪之间,同源性普遍较低;国内分离株之间的同源性在88.2﹪~99.4﹪之间,表明近几年来流行的NDV毒株之间在基因水平存在一定差异.F蛋白裂解位点氨基酸组成分析表明,FE株及12个分离株F蛋白裂解位点均符合强毒株裂解位点特征.系统发育进化树的绘制结果显示,9株分离株为基因Ⅶ型,2株分离株为基因Ⅵ型,1株分离株为基因Ⅷ型,另外可以看出,ZD-1/02、ZD-2/02、ZD-3/02、BJ/98、YQ/01、TJ/99株同鹅源的NDV株JS01-5-GO、ZJ00-1-GO及JS98-3-GO株的距离较近,说明当今鸡ND的流行同鹅的ND有着密切的关系.

摘要： 猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)是严重危害全世界养猪业的致命性病原,可以损伤各年龄段公母猪的繁殖系统与呼吸系统.2013年9月从河北某发病猪场分离到l株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),将该毒株命名为HEB-2013株,在进行全基因组测序后发现,HEB-2013株基因组全长为15336 nt,包含至少9个开放阅读框,其中5rUTR长189 nt,3rURT长165 nt;随后将该毒株的全基因序列与NCBI上可查的历年华北地区PRRSV基因组序列进行了比对分析,发现其与2006年分离的TJ株同源性最高,为99.80％,而与2000年分离的BJ-4株同源性最低,仅为88.3g％,进一步综合NSP2、GP3和GP5的氨基酸序列比对结果后,将华北地区近年来流行的毒株分为了3个亚型.

摘要： 为了解我国猪群中猪输血传播病毒(TTV)与猪圆环病毒(PCV)混合感染情况，采用PCR法对来自14个省份280份送检病料进行了检测，TTV1与TTV2阳性检出率分别为51.8%和28.2%，TTV1和TTV2混合感染阳性检出率为18.2%;PCV1与PCV2阳性检出率分别为41.1%和37.5%，PCV1和PCV2混合感染阳性检出率为19.6%：PCV2阳性样品中TTV1和TTV2混合感染率达到75.0%。此外，对2株TTV1基因组克隆测序，与GenBank下载的6个TTV1序列比对，其相似性为67.3%～95.1%;对4株TTV2基因组克隆测序，与GenBank下载的4条TTV2序列比对，其相似性为84.7%～90.4%：TTV1与TTV2之间序列比对，其相似性仅为44.0%。TTV1和TTV2基因高变区分别位于520nt～2594nt和720nt～2170nt之间;TTV1基因保守区位于1～520m和2595nt～2800m;TTV2基因保守区位于1～719nt和217Int～2800nt。表明我国猪群中有TTV与PCV混合感染存在，这两种病毒混合感染引起相关疾病可能存在一定依存度;TTV1和TTV2基因型变异幅度较大，具有遗传变异多样性特点。

摘要： 从临床“高热综合征”病例分离到高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株，经细胞传代和蚀斑克隆，培育成功增殖性能稳定的新毒株，命名为PRRSV-HBR。该毒株接种细胞后能够产生细胞病变(CPE)，随传代次数增加毒价显著提升，第45～60代毒价测定达107.5TCID50/mL。采用免疫过氧化物酶单层细胞试验(IPMA)检测病毒抗原分布在细胞浆中；电镜观察到的病毒粒子呈圆形，直径约50nm～55nm。分离株Nsp2基因序列中第483和535～563位氨基酸存在缺失，属PRRSV变异株。该毒株Nsp2基因序列比较发现，经细胞传40代后第3115位核苷酸处插入12个碱基序列(GAGATCGCCTTT)。用该毒株第5代培养物滴鼻接种试验猪(1×104.5TCID50)，临床表现为持续高热(≥40.5°C，9d～12d)、食欲下降、精神萎靡、消瘦、眼睑水肿、体表淋巴结肿大等，发病率为100%(10/10)，死亡率为30%(3/10)。研究表明，PRRSV-HBR分离株对靶动物具有高致病力，培育的细胞适应毒株体外繁殖能力稳定，并产生了标志性基因突变，为该病毒致病机理、遗传变异规律、疫苗免疫等研究奠定了基础。

摘要： 从临床“高热综合征”病例分离到高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株，经细胞传代和蚀斑克隆，培育成功增殖性能稳定的新毒株，命名为PRRSV-HBR。该毒株接种细胞后能够产生细胞病变(CPE)，随传代次数增加毒价显著提升，第45～60代毒价测定达107.5TCID50/mL。采用免疫过氧化物酶单层细胞试验(IPMA)检测病毒抗原分布在细胞浆中；电镜观察到的病毒粒子呈圆形，直径约50nm～55nm。分离株Nsp2基因序列中第483和535～563位氨基酸存在缺失，属PRRSV变异株。该毒株Nsp2基因序列比较发现，经细胞传40代后第3115位核苷酸处插入12个碱基序列(GAGATCGCCTTT)。用该毒株第5代培养物滴鼻接种试验猪(1×104.5TCID50)，临床表现为持续高热(≥40.5°C，9d～12d)、食欲下降、精神萎靡、消瘦、眼睑水肿、体表淋巴结肿大等，发病率为100%(10/10)，死亡率为30%(3/10)。研究表明，PRRSV-HBR分离株对靶动物具有高致病力，培育的细胞适应毒株体外繁殖能力稳定，并产生了标志性基因突变，为该病毒致病机理、遗传变异规律、疫苗免疫等研究奠定了基础。

摘要： 以鸡胚分离结合血清学鉴定，从近几年江苏省及河南省分离到来自鸡、鸽的6株新城疫病毒，病毒蚀斑纯化后，选取3个克隆利用RT-PCR技术扩增F基因重要功能区片段，在对PCR产物直接序列测定分析基础上，选取一致克隆株进行全长F基因克隆、序列测定分析。根据分离株序列与GenBank中NDV相关毒株序列比较分析结果，所分离的6个分离株归属为3个基因型：基因Ⅶd亚型(3株)；基因Ⅵ型(2株)；基因Ⅲ型(1株)。该6株NDV的F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117，为NDV强毒株典型序列。

摘要： 本申请提供用于分析个体的生物样品中染色体区中癌症相关的遗传变异的计算机系统、装置和计算机程序产品，其涉及(a)接收对来自所述生物样品的所述无细胞核酸分子进行测序得到的序列；(b)将至少一部分所述序列与参照基因组比对；(c)基于(i)与作为第一染色体的一部分的第一染色体区比对的第一量的所述序列和(ii)与一个或多个第二染色体区比对的第二量的所述序列，确定参数；以及(d)利用所述参数来确定所述第一染色体区是否包含癌症相关的遗传变异。

摘要： 本发明提供了一种使转座因子移动的方法。所述方法包括以下步骤：a)提供DNA甲基化抑制剂和/或转录抑制剂，和b)使所述抑制剂与包含失活的转座因子的细胞接触，从而产生具有移动的转座因子的细胞。在本发明的第二方面，提供了一种增加多个真核细胞生物体中的遗传变异和/或表观遗传变异性的方法。所述方法包括以下步骤：i.提供DNA甲基化抑制剂和/或转录抑制剂，ii.使所述生物体与所述抑制剂接触，和iii.使所述生物体繁殖。

摘要： 本发明公开的乳腺癌易感基因遗传变异位点的检测分析方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)数据质控步骤；(2)序列比对步骤；(3)变异检测步骤；(4)变异注释步骤；(5)统计报告步骤。本发明具有以下优点：(1)集成化；(2)高效化；(3)可视化。

摘要： 本申请提供用于分析个体的生物样品中染色体区中癌症相关的遗传变异的计算机系统、装置和计算机程序产品，其涉及(a)接收对来自所述生物样品的所述无细胞核酸分子进行测序得到的序列；(b)将至少一部分所述序列与参照基因组比对；(c)基于(i)与作为第一染色体的一部分的第一染色体区比对的第一量的所述序列和(ii)与一个或多个第二染色体区比对的第二量的所述序列，确定参数；以及(d)利用所述参数来确定所述第一染色体区是否包含癌症相关的遗传变异。

摘要： 本申请提供用于分析获自个体的生物样品中所述个体染色体区中的遗传变异的方法，所述生物样品包含无细胞核酸分子，所述方法包括：(a)接收对来自所述生物样品的所述无细胞核酸分子进行测序得到的序列；(b)将至少一部分所述序列与参照基因组比对；(c)基于(i)与作为第一染色体的一部分的第一染色体区比对的第一量的所述序列和(ii)与一个或多个第二染色体区比对的第二量的所述序列，确定参数；以及(d)利用所述参数来确定所述第一染色体区是否包含遗传变异。

摘要： 记载了一种选自SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5和/或SEQ ID NO：6所示DNA序列中的至少一种的寡核苷酸或其退火等价物。还公开了一种用于鉴定样品中的隐孢子虫属的基因型和亚基因型的方法。

摘要： 本发明涉及一种具有增强的蛋白酶活性的酱油曲霉突变株及一种使用该突变株的天然味道增强剂的制备方法。更具体地讲，本发明涉及一种具有增强的蛋白酶活性的酱油曲霉的突变株，其通过选择具有高蛋白酶活性的菌株并用N-甲基-N'-亚硝基-N-亚硝基胍(NTG)处理该菌株，以及通过辐射诱导突变而获得。并且，本发明涉及使用通过水解具有蛋白源培养物的蛋白源而获得的蛋白水解物的天然味道增强剂的制备方法。

摘要： 本发明公开了一种不同地区玉米粗缩病病原物的遗传变异分析方法，旨在解决现有技术中遗传变异分析方法仍不够准确、不够完整客观的技术问题。该遗传变异分析方法包括：取不同地区叶片样本提取叶片总RNA；以总RNA为模板进行反转录，得cDNA；以cDNA为模板进行RT‑PCR；将各RT‑PCR扩增产物纯化回收后测序，分析比对出可信序列；将各可信序列与RBSDV的S9序列进行比对分析样本的同源性、碱基突变、氨基酸的改变情况。本发明能够明确致病原RBSDV在我国不同地区的遗传变异情况，还可以进一步地揭示病毒的侵染传毒机制，对研究和控制各地区病害的发生意义重大。

摘要： 本发明公开了一种人类线粒体全长单倍型测定及遗传变异分析方法，该方法主要是通过引物扩增一次性获得人类线粒体基因组的模板，然后通过SMRT测序技术获得线粒体全长序列，再将获得的序列进行生物信息学分析，从而得到变异信息。本发明基于SMRT测序技术的优势，不仅可以对获得的人类线粒体基因组的线粒体全长单倍型进行测定，并且通过序列多态性等分析，可以获得更多更有价值的线粒体遗传变异信息，对应用于人类疾病作出准确的病因诊断方面具有重要的意义。因此，本发明的方法可适用于人类所有线粒体相关疾病DNA全长单倍型的测定需求和法医学研究应用中对线粒体全长单倍型测定的需求。

摘要： 本发明公开了一种绵羊线粒体基因组遗传变异分析方法，属分子生物学领域。本发明采用线粒体基因组分段扩增和测序方法，参照已公开的绵羊线粒体基因组序列设计覆盖绵羊线粒体基因组的18对引物，每段序列长度1kb～1.2kb，相邻片段有100bp左右的重叠区域。分段扩增的线粒体基因片段进行测序，通过在线搜索引擎和生物信息学软件进行序列拼接比对，获得线粒体基因组遗传变异信息。该方法是一种运用分子遗传学、生物信息学和基因测序方法寻找线粒体基因组遗传变异的方法，由于哺乳动物线粒体基因组基因排序一致，该研究策略可涵盖山羊、猪、牛、马、驴等哺乳动物线粒体基因组遗传变异分析。