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DNA结合蛋白

DNA结合蛋白的相关文献在1989年到2022年内共计156篇,主要集中在基础医学、生物化学、分子生物学 等领域,其中期刊论文86篇、会议论文2篇、专利文献181651篇;相关期刊59种,包括生物化学与生物物理进展、生物化学与生物物理学报:英文版、遗传等; 相关会议2种,包括第五届全国环境化学大会会议、第八届全国医药信息学大会等;DNA结合蛋白的相关文献由387位作者贡献,包括毛裕民、谢毅、成军等。

DNA结合蛋白—发文量

期刊论文>

论文:86 占比:0.05%

会议论文>

论文:2 占比:0.00%

专利文献>

论文:181651 占比:99.95%

总计:181739篇

DNA结合蛋白—发文趋势图

DNA结合蛋白

-研究学者

  • 毛裕民
  • 谢毅
  • 成军
  • 钟彦伟
  • 丁一
  • 王进科
  • 陆祖宏
  • 吴景兰
  • 巨立中
  • 张励才
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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    • 张艳萍; 倪建威; 高雅; 陈鹏丞; 李旭涛
    • 摘要: DNA结合蛋白在细胞内外的各种活动中起着重要作用。本文提出一种新的DNA结合蛋白预测方法(grDNA-Prot),使用20个氨基酸组成频率和基于AAindex数据库531个氨基酸物理化学性质的图形表示法描述蛋白质序列信息。此外,还采用三种特征选择方法来选择最优特征,并通过5折交叉验证,建立了基于支持向量机的DNA结合蛋白识别预测模型。为验证该方法的有效性,本文在独立测试数据集上与其他方法进行了比较。这些结果表明,Hydrophobicity (H)、Physicochemical properties (P)和Alpha and turn properties (A)是有效区分DNA结合蛋白和非DNA结合蛋白的主要氨基酸物理化学性质。
    • 马健; 王晓娟; 何力宏; 薛焕; 王凌云; 张磊
    • 摘要: 视网膜母细胞瘤(RB1)卷曲螺旋蛋白1(CC1)是一种新发现的DNA结合蛋白,也是一种肿瘤抑制因子.它可诱导RB1基因的表达,同时参与细胞自噬的启动过程.RB1CC1与人体内多种生理过程(如修复DNA损伤、调节细胞周期、增殖、分化和凋亡等)密切相关,参与许多疾病的发生和发展.本研究主要论述RB1CC1相关分子机制及其在恶性实体肿瘤中的最新研究进展,以期为靶向RB1CC1诊治肿瘤提供新的方向.
    • 陈鹏丞; 高雅; 倪建威; 张艳萍
    • 摘要: DNA结合蛋白的识别与预测对于研究生物体的生命活动,理解生命活动内在机理具有十分重要的作用。随着蛋白质序列数目的快速增加,计算方法比传统实验方法具有更大的优势。本文从蛋白质的序列信息和结构信息入手,对目前DNA结合蛋白特征提取方法进行归纳总结。在PDB1075和PDB186数据集上,利用XGBoost算法对9种蛋白质序列特征提取方法进行对比分析。结果显示,不同的特征提取方法具有各自的优势与不足,其中,基于蛋白质序列进化信息的Local_DPP方法综合表现最好。
    • 李肖肖; 王达安; 陆大祥; 王华东; 魏伟; 王彦平
    • 摘要: 目的:探讨沙利度胺(thalidomide,THD)和转化生长因子β1(transformation growth factor-β1,TGF-β1)对人胚肺成纤维细胞(human embryonic lung fibroblasts,HELF)中结缔组织生长因子(connective tissue growth factor, CTGF)基因启动子的作用及其分子机制.方法:利用CTGF 基因启动子驱动的萤光素酶报告基因系统观察TGF-β1 和THD 对HELF 细胞CTGF 基因启动子活性的影响;同时以带有生物素标记的CTGF 基因启动子序列作为探针,采用DNA pull-down 技术分析TGF-β1 和THD 对CTGF 基因启动子结合蛋白的影响.结果:TGF-β1 能显著增强HELF 细胞中报告基因的活性(P <0.01),而THD 以剂量依赖方式显著抑制TGF-β1 上调报告基因活性的效应(P <0.01).同时,TGF-β1 引起的CTGF 基因启动子结合蛋白变化也能被THD 所抑制(P <0.05).结论:CTGF 基因启动子结合蛋白调节可能参与TGF-β1 对HELF 细胞中CTGF 基因启动子的激活过程,而THD 能有效拮抗此过程.
    • 赵元蕾; 郑迎迎; 郭瑞庭; 贾士儒; 刘卫东
    • 摘要: 分子质量相对小的DNA结合蛋白Sso7d可以帮助蛋白折叠,提高蛋白表达量并有助于晶体生长.为解决金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)脱水鲨烯脱氢酶(dehydrosqualene desaturase,CrtN)蛋白较难在大肠杆菌(Escherichia coli)中进行可溶表达的问题,借助小分子DNA结合蛋白Sso7d,将其与CrtN基因通过重叠PCR(Overlapping PCR)连接起来,连至pET-46 Ek/LIC载体上,在大肠杆菌BL21(DE3)中进行带有6-His标签的融合表达.通过核酸电泳及序列测定进而确定所连接基因的正确性,经Ni-NTA亲和层析与凝胶过滤层析对目的蛋白进行纯化,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和免疫印迹(Western blot)对目的蛋白进行确证.通过对CrtN-Sso7d以及Sso7d-CrtN进行分析比较,发现CrtN-Sso7d的表达量较高且能得到较多高纯度蛋白,这将被用来进行后续蛋白结晶和结构解析工作.
    • 汤亚东; 刘潇; 刘太岗; 谢鹭; 陈兰明
    • 摘要: DNA结合蛋白(DNA-binding proteins,DBPs)的鉴定在原核和真核生物的基因和蛋白质功能注释研究中具有十分重要的意义.本研究首次运用间隔二肽组分(gapped-dipeptide composition,GapDPC)结合递归特征消除法(recursive feature elimination,RFE)鉴定DBPs.首先获得待测蛋白质氨基酸序列的位置特异性得分矩阵(position specific scoring matrix,PSSM),在此基础上提取蛋白质的GapDPC特征,通过RFE法选择最优特征,然后利用支持向量机(support vector machine,SVM)作为分类器,在蛋白质序列数据集PDB396和LB1068中进行夹克刀交叉验证(jackknife cross validation test).研究结果显示,基于PDB396和LB1068数据集,DBPs预测的准确率、Matthews相关系数、敏感性和特异性分别达到93.43%、0.86、89.04%和96.00%,以及86.33%、0.73、86.49%和86.18%,明显优于文献报道中的相关方法,为DBPs的鉴定提供了新的模型.
    • 陈媛媛; 张先恩; 毕利军
    • 摘要: Mycobacterium tuberculosis is the pathogen of tuberculosis which causes about millions people death annually.M.smegmatis,as a type of non-pathogenic strain of Mycobacterium closely related to M.tuberculosis,is the most studied model strain in laboratory.Mycobacterium encodes three types of chromatin proteins,i.e.histone-like protein HU,Lsr2 and integration host factor (IHF).To investigate the functional roles of IHF in chromosomal DNA organization,we expressed and purified IHF protein from M.smegmatis (MsIHF) in Escherichia coli,and analyzed the effects of MsIHF on DNA topology in vitro.MsIHF exists as a stable homodimer in solution.MsIHF exhibits preferred binding to negatively supercoiled DNA rather than linear or relaxed DNA.This protein is also capable of constraining negative DNA supercoils.Further analyses showed modulations of topoisomerase activities by MsIHF in vitro.MsIHF obviously inhibits the relaxation of supercoiled DNA by topoisomerase Ⅰ from E.coli.By contrast,this protein slightly stimulates E.coli gyrase to introduce negative supercoils into relaxed DNA.These data suggests that MsIHF may alter the topological structure of chromosomal DNA through modulation of the activities oftopoisomerases,and therefore regulates the organization of chromosome.%结核分枝杆菌(Mycobaterium tuberculosis)是结核病的病原菌,每年导致数百万人死亡.对于分枝杆菌基本生物学特性的研究有助于新的药物及治疗手段的研发.耻垢分枝杆菌(M.smegmatis)是分枝杆菌属中的一种非致病菌,与结核分枝杆菌亲缘关系较近,是实验室常用的研究分枝杆菌的模式菌种.分枝杆菌主要编码三种染色质蛋白,类组蛋白HU、Lsr2和宿主整合因子IHF.为研究IHF在染色体包装中的作用,我们在大肠杆菌中表达、纯化了耻垢分枝杆菌IHF蛋白(MsIHF),并对其影响DNA拓扑结构的性质进行了系统分析.体外研究的结果表明,MsIHF以同二聚体的形式存在,其对负超螺旋DNA具有一定的结合偏好性,同时,该蛋白可以有效地固定DNA负超螺旋.进一步的研究表明,MsIHF可以调控拓扑异构酶的活性.MsIHF的结合明显地抑制拓扑异构酶Ⅰ的松弛活性,而与此相反,该蛋白可以轻微地促进旋转酶引入DNA负超螺旋的能力.以上结果提示,MsIHF可能通过调控拓扑异构酶的活性影响染色体DNA的结构,进而调控其包装.
    • 摘要: 澳大利亚国立大学科学家近日表示,该校研究人员关于血细胞生成过程中帮助开关某些基因表达的一组蛋白质的新发现,可能有助于开发新的、更有效的乳腺癌药物。研究人员揭示了一组特殊蛋白质——染色质解旋酶DNA结合蛋白(CHD)的工作机制,这组蛋白质构成核小体重构脱乙酰基酶,这种酶在血细胞、干细胞等复制过程中可以开启或关闭某些基因表达。其中一种蛋白质CHD4与乳腺癌相关,而现有治疗乳腺癌的药物却没有专门针对这种蛋白质。
    • 李梦芸; 李光锋; 杨华; 黎子云; 吴小平; 饶力群
    • 摘要: 为了研究DNA与DNA结合蛋白的相互作用,以及无细胞的染色质体外组装过程,从金柑叶片中提取总DNA,利用微晶纤维素得到DNA-纤维素层析配体,经DNA-纤维素层析分离得到DNA结合蛋白,再将纯化的DNA和DNA结合蛋白在低盐条件下按一定比例混合,并进行电镜观察.结表表明,该混合物产生絮状沉淀,电镜观察发现念珠状的小黑圆点,因此推测DNA和DNA结合蛋白发生互作,可能形成核小体引起染色质体外组装.
    • 陈红; 牛海峡; 王文静; 马浩然; 李加纳; 柴友荣; 张洪博
    • 摘要: Yeast surface display system is an important tool for studying molecular interaction of proteins, however, its application in DNA-binding-protein screening is relatively limited. Yeast surface display system secretes exogenous proteins onto cell surface, thus, it could be applied to determine protein interaction under in-vitro-like experiment conditions. Therefore, it may be more efficient than yeast one-hybrid system in screening the DNA-binding proteins whose DNA-binding capability is affected by en-dogenous yeast factors. In this study, we modified the pYD1 vector in yeast surface display system to make it compatible with the Smart cDNA library construction kit from Clontech, which will be helpful to increase the library construction efficiency. An ex-perimental procedure for DNA-binding protein isolation was established using the modified yeast surface display system. Then, it was successfully applied in screening DNA-binding proteins of a jasmonate (JA) responsive element in the promoter of tobacco PMT (putrescine N-methyltransferase) gene. Among the isolated genes, two encoded ERF transcription factors, which were found to bind the JA responsive element in PMT promoter in vitro but unable to activate the expression of reporters in yeast-one-hybrid system. Our study suggests that yeast surface display system is efficient in screening the DNA-binding proteins whose DNA-binding capability in yeast-one-hybrid system is disrupted by endogenous factors.%筛选 DNA 结合蛋白常用的酵母单杂交系统在应用中有时会因内源干扰而影响筛选结果。与之相比,酵母表面展示系统(yeast surface display system)将外源蛋白展示在细胞表面,可通过接近体外实验的方法筛选 DNA 结合蛋白,能在一定程度上避免酵母内源干扰,但是,该系统在 DNA 结合蛋白筛选研究中的应用还很有限。本研究对酵母表面展示系统常用载体 pYD1进行改造,使其与 Clontech 公司的 Smart cDNA 文库构建系统相匹配,提高了 cDNA 酵母表面展示文库的构建效率,并通过比较试验建立了一个以酵母表面展示系统筛选 DNA 结合蛋白的试验体系。在以酵母单杂交筛选烟草腐胺甲基转移酶基因 PMT (putrescine N-methyltransferase)启动子结合蛋白的研究中,其茉莉素信号应答元件 GAG 片段是一段筛选效率极低的 DNA 片段。本研究利用改进的酵母表面展示系统对 GAG 片段的 DNA结合蛋白进行了筛选,并获得若干烟草蛋白基因,其中包括2个可能结合 GAG 片段的 ERF (ethylene responsive factor)转录因子。进一步研究发现,这2个 ERF 转录因子可与 GAG 片段在体外结合,但不能在酵母单杂交系统中激活由GAG 片段操纵的报告基因表达。本研究也证明酵母表面展示系统可有效克服酵母内源干扰,弥补酵母单杂交系统在筛选易受酵母内源干扰 DNA 结合蛋白方面的不足。
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