DNA结合

摘要： 转录因子是调控基因表达的关键蛋白,能够以序列特异性方式结合DNA。ZNF24是Krüppel-like锌指转录因子家族成员之一,在细胞增殖和分化中起重要作用,能促进肝癌细胞的增殖,抑制神经元细胞的分化。ZNF24蛋白N端包含一个SCAN结构域,C端为锌指区,由4个串联的C2H2型锌指结构组成。ZNF24能特异性识别和结合基因的启动子,参与基因的表达调控,但其发挥功能的具体分子机制并不清楚。本文我们在大肠杆菌中成功表达了人源锌指蛋白ZNF24全长和其锌指结构域ZNF24(243~368),ZNF24全长蛋白在溶液中以三聚体形式存在,而锌指结构域在溶液中为单体,表明ZNF24蛋白N端的SCAN结构域能够促进全长蛋白的寡聚化。凝胶迁移实验验证ZNF24全长蛋白和锌指结构域与双链DNA底物结合能力,为进一步研究锌指蛋白ZNF24调控基因表达提供理论基础,相关结果表明SCAN结构域介导的蛋白寡聚可能代表了一种新的转录活性调节机制。

摘要： 合成了一种带吡啶悬臂的不对称大环异双核金属Zn(Ⅱ)-Ni(ⅡI)配合物[ZnNi(L)](ClO_(4))_(2)·H_(2)O(H_(2)L=3,3’-((ethane-1,2-diylbis((pyridin-2-ylmethyl)azanediyl))bis(methyl ene))bis(2-hydroxy-5-methylbenzaldehyde)),通过红外光谱、电喷雾质谱、单晶X射线衍射对其结构进行了表征。结果表明Zn(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)的配位环境分别为扭曲的三角锥和正四面体。利用紫外光谱、粘度实验和循环伏安法对该配合物与DNA的相互作用模式进行了研究,结果表明配合物与小牛胸腺DNA(CT-DNA)的结合方式为插入模式,其相应的结合常数Kb=1.05×10~5 L·mol^(-1)。另外,该配合物对pBR322 DNA有一定的切割作用。

摘要： 在有丝分裂期的细胞中,染色体驱动蛋白KIF4A的染色体定位对细胞分裂进程影响显著,KIF4A的羧基端尾部是参与调控其染色体定位的主要结构.为了探究KIF4A结合DNA的特性,利用细菌表达KIF4A尾部功能域蛋白KIF4A-C278,并应用纯化后的蛋白分别与线性双螺旋DNA和超螺旋DNA结合.实验结果显示,KIF4A-C278蛋白不与线性双螺旋质粒DNA结合,但可与高级结构的超螺旋质粒DNA结合.说明KIF4A羧基端尾部功能域会识别高级结构的DNA并与其相互作用.这预示着在有丝分裂初期染色质趋向于凝集成染色体时,DNA开始形成高级结构,KIF4A可能会借助于这一功能启动染色体定位.

摘要： 目的:本文重点开展菲并咪唑衍生物的DNA结合研究工作.方法:应用微波技术合成了新型的6种菲并咪唑衍生物,并通过光谱学实验检验化合物与DNA之间的相互作用.结果:证实化合物可与细胞DNA结合.结论:菲并咪唑衍生物可能是通过DNA结合及损伤进而抑制肿瘤细胞增殖.

摘要： 合成了配合物{[Cu(OMBA)_(2)]_(2)·(DMF)_(2)}(OMBA=邻甲基苯甲酸,DMF=N,N-二甲基甲酰胺),配合物结构经元素分析、IR和X射线单晶衍射表征,该配合物属于三斜晶系,P1空间群,晶胞参数为a=1.0370(5)nm,b=1.0536(4)nm,c=1.1059(5)nm,α=62.737(6)°,β=73.355(7)°,γ=63.231(7)°,Z=1,D_(c)=1.416 g·cm^(-3),F(000)=422,最终结构残差因子R1=0.0515,wR_(2)=0.1404。采用紫外、荧光和黏度法研究了配合物和小牛胸腺DNA(CT-DNA)的相互作用方式。结果表明,配合物与DNA的结合常数K_(b)=939.61 L·mol^(-1),K_(sv)=3.00×10^(3) L·mol^(-1),猝灭速率常数K_(q)=3.00×10^(11) L·mol^(-1)·s^(-1)。配合物静态猝灭CT-DNA的荧光,结合常数K_(a)=5.38×10^(3) L·mol^(-1),结合位点n=1,配合物对胃癌细胞A549、宫颈癌细胞Hela和肝癌细胞HepG2有抗增殖作用。

摘要： 规律成簇的间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)最早发现于20世纪80年代末到90年代初,研究者在细菌与古细菌基因组中观察到存在CRISPR。Cas(CRISPR-associated proteins)蛋白是在基因组上CRISPR序列附近的基因表达的相关蛋白,是模块化的DNA结合或RNA结合蛋白;CRISPR和Cas蛋白构成CRISPR-Cas系统。

摘要： 合成并通过单晶衍射、元素分析及红外光谱表征了配合物[Ni(L)(HL)](SO4)05· 3CH3OH (1)和[Cu2(L)2SO4]· 1.5CH3OH (2)的结构(HL为3-甲基-2-乙酰吡嗪苯甲酰腙).单晶衍射实验结果表明,在配合物1中,Ni(Ⅱ)中心离子与2个酰肼配体的[ONN]配位原子组配位,形成扭曲的八面体配位构型;2的最小非对称单元中含有1个独立的双核Cu(Ⅱ)配合物分子,它的2个Cu(Ⅱ)中心由2个酰肼配体中的2个O原子桥联.每个Cu(Ⅱ)离子还与L-配体中的2个氮原子和η2-SO42-阴离子中的1个O原子配位,拥有扭曲的四方锥配位构型.此外,荧光光谱表明配合物和DNA的结合能力强于配体.%Two complexes,namely [Ni(L)(HL)](SO4)05· 3CH3OH (1) and [Cu2(L)2SO4]· 1.5CH3OH (2) (HL=3-methyl-2-acetylpyrazine benzoylhydrazone) have been synthesized and characterized by single crystal X-ray diffraction,elemental analysis and IR spectroscopy.X-ray diffraction analysis results showed that in complex 1,the center Ni (Ⅱ) ion with a distorted octahedron geometry is surrounded by two acylhydrazones with [ONN] donor set.However,complex 2 contains one discrete dimeric Cu(Ⅱ) molecule in the unit cell,in which two Cu(Ⅱ) ions were doubly bridged by two O atoms from two independent acylhydrazone ligands.Each of the Cu(Ⅱ) ions is also coordinated by two N atoms from one L-ligand and one O atom from the η2-SO42-anion,thus giving a distorted square pyramid coordination geometry.Moreover,the fluorescence spectra indicated that the interaction of the complexes to DNA is stronger than that of the ligand HL.CCDC 1876785:1;1876789:2.

摘要： 利用溶剂缓慢挥发法合成了以5-甲基-2-(2'-吡啶基)苯并咪唑为主配体的铜(Ⅱ)混配配合物[Cu(HPBM)(Gly)(H2O)]ClO4·0.5H2O(HPBM=5-甲基-2-(2'-吡啶基)苯并咪唑,Gly=甘氨酸根).采用元素分析、红外光谱、紫外可见光谱、摩尔电导率测定和ESI-MS等手段对配合物进行了表征.应用电子吸收光谱、荧光光谱、粘度测定及分子对接等方法揭示了配合物主要以沟槽结合的方式与DNA作用.应用MTT法测定了配合物对Eca-109、HeLa和A549细胞株的体外细胞毒活性,其IC50值范围为6.4～8.5μmol· L-1.尤为重要的是,通过AO/EB双染法、单细胞凝胶电泳、线粒体膜电位及细胞周期测定分析等揭示了配合物通过DNA结合及线粒体功能失调途径诱导Eca-109细胞凋亡.

摘要： [目的]研究优呫吨酮铜(Ⅱ)配合物的细胞毒性以及与DNA的相互作用。[方法]利用噻唑蓝(MTT)法研究优呫吨酮铜(Ⅱ)配合物对食管鳞癌细胞(ECA109)、胃癌细胞(SGC7901)和宫颈癌细胞(Hela)的体外抑制活性;利用荧光光谱法、紫外光谱法和圆二色谱法研究铜(Ⅱ)配合物与小牛胸腺DNA的相互作用。[结果]优呫吨酮铜(Ⅱ)配合物对ECA109、SGC-7901和Hela细胞的抑制活性明显高于优呫吨酮,并且与DNA发生插入作用。[结论]优呫吨酮铜(Ⅱ)配合物以插入方式与DNA结合,可能引起肿瘤细胞的DNA损伤,进而抑制细胞生长。

摘要： 合成一种新的喹啉-2-甲醛缩组胺希夫碱铜(II)配合物[Cu(Quin-Hist)Cl2],利用元素分析和红外光谱对其进行表征,通过X线单晶衍射确定其晶体结构.研究结果表明:该晶体属于单斜晶体,P21空间群,晶胞参数为a=0.85890(7)nm,b=1.28238(10)nm,c=1.45976(12)nm,β=99.3460(10)°;配合物为畸变的三角双锥空间构型;该铜(II)配合物能与小牛胸腺DNA(CT-DNA)之间通过沟槽结合的方式相互作用;此外,铜(II)配合物对MCF-7人乳腺癌细胞系、A-549人非小细胞肺癌细胞系和SKOV-3人卵巢癌细胞系均有较强的体外细胞毒活性,且与顺铂相比,铜(II)配合物对MCF-7细胞系具有更强的体外细胞毒活性.

摘要： 本文设计合成了一些含有邻菲咯啉和氨基酸的三元铜配合物，运用x射线单晶衍射、EsI-MS、元素分析、红外和核磁对其进行了结构表征。配合物1是一个铜的双核配合物，两个邻菲咯啉配体和双支Mannich配体与铜配位以后形成了一个类“三明治”结构，通过紫外和荧光光谱，进行了其与CT-DNA的作用模式以及抗癌活性的的探讨。随着第三配体平面性的增强，其减色红移效应得到增强，说明配合物3通过插入模式与DNA结合的性能最强。通过对PC3，HepG2以及HL-60的药理测试，可以看出所有的配合物都能有效抑制癌细胞的增殖，通过计算所得IC50值，配合物3的抗癌活性最强，与其较好的DNA结合活性相符合。

摘要： 本文设计合成了一些含有邻菲咯啉和氨基酸的三元铜配合物，运用x射线单晶衍射、EsI-MS、元素分析、红外和核磁对其进行了结构表征。配合物1是一个铜的双核配合物，两个邻菲咯啉配体和双支Mannich配体与铜配位以后形成了一个类“三明治”结构，通过紫外和荧光光谱，进行了其与CT-DNA的作用模式以及抗癌活性的的探讨。随着第三配体平面性的增强，其减色红移效应得到增强，说明配合物3通过插入模式与DNA结合的性能最强。通过对PC3，HepG2以及HL-60的药理测试，可以看出所有的配合物都能有效抑制癌细胞的增殖，通过计算所得IC50值，配合物3的抗癌活性最强，与其较好的DNA结合活性相符合。

摘要： 本文设计合成了一些含有邻菲咯啉和氨基酸的三元铜配合物，运用x射线单晶衍射、EsI-MS、元素分析、红外和核磁对其进行了结构表征。配合物1是一个铜的双核配合物，两个邻菲咯啉配体和双支Mannich配体与铜配位以后形成了一个类“三明治”结构，通过紫外和荧光光谱，进行了其与CT-DNA的作用模式以及抗癌活性的的探讨。随着第三配体平面性的增强，其减色红移效应得到增强，说明配合物3通过插入模式与DNA结合的性能最强。通过对PC3，HepG2以及HL-60的药理测试，可以看出所有的配合物都能有效抑制癌细胞的增殖，通过计算所得IC50值，配合物3的抗癌活性最强，与其较好的DNA结合活性相符合。

摘要： 本文设计合成了一些含有邻菲咯啉和氨基酸的三元铜配合物，运用x射线单晶衍射、EsI-MS、元素分析、红外和核磁对其进行了结构表征。配合物1是一个铜的双核配合物，两个邻菲咯啉配体和双支Mannich配体与铜配位以后形成了一个类“三明治”结构，通过紫外和荧光光谱，进行了其与CT-DNA的作用模式以及抗癌活性的的探讨。随着第三配体平面性的增强，其减色红移效应得到增强，说明配合物3通过插入模式与DNA结合的性能最强。通过对PC3，HepG2以及HL-60的药理测试，可以看出所有的配合物都能有效抑制癌细胞的增殖，通过计算所得IC50值，配合物3的抗癌活性最强，与其较好的DNA结合活性相符合。

摘要： 本文设计合成了一些含有邻菲咯啉和氨基酸的三元铜配合物，运用x射线单晶衍射、EsI-MS、元素分析、红外和核磁对其进行了结构表征。配合物1是一个铜的双核配合物，两个邻菲咯啉配体和双支Mannich配体与铜配位以后形成了一个类“三明治”结构，通过紫外和荧光光谱，进行了其与CT-DNA的作用模式以及抗癌活性的的探讨。随着第三配体平面性的增强，其减色红移效应得到增强，说明配合物3通过插入模式与DNA结合的性能最强。通过对PC3，HepG2以及HL-60的药理测试，可以看出所有的配合物都能有效抑制癌细胞的增殖，通过计算所得IC50值，配合物3的抗癌活性最强，与其较好的DNA结合活性相符合。

摘要： 本文设计合成了一些含有邻菲咯啉和氨基酸的三元铜配合物，运用x射线单晶衍射、EsI-MS、元素分析、红外和核磁对其进行了结构表征。配合物1是一个铜的双核配合物，两个邻菲咯啉配体和双支Mannich配体与铜配位以后形成了一个类“三明治”结构，通过紫外和荧光光谱，进行了其与CT-DNA的作用模式以及抗癌活性的的探讨。随着第三配体平面性的增强，其减色红移效应得到增强，说明配合物3通过插入模式与DNA结合的性能最强。通过对PC3，HepG2以及HL-60的药理测试，可以看出所有的配合物都能有效抑制癌细胞的增殖，通过计算所得IC50值，配合物3的抗癌活性最强，与其较好的DNA结合活性相符合。

摘要： 近年来,铽和铕为代表的过渡金属配合物的研究以其丰富的发射光谱、较大的Stokes位移、稳定的性质、较长荧光寿命已经成为生物无机化学领域十分活跃的研究课题。脱氧核糖核酸(DNA)是生物体内重要的遗传物质,但由于天然荧光微弱,使得直接利用其荧光进行生物特性研究受到很大限制。在适当的条件下,镧系过渡金属配合物能够与DNA发生反应,可用于研究DNA的结构、构象、作用机制以及特殊DNA的定量。本实验利用紫外光谱和荧光光谱研究了环丙沙星-铽与DNA的键合模式.并用改良后的荧光猝灭方程求算环丙沙星-铽与DNA的结合常数。

摘要： 近年来,铽和铕为代表的过渡金属配合物的研究以其丰富的发射光谱、较大的Stokes位移、稳定的性质、较长荧光寿命已经成为生物无机化学领域十分活跃的研究课题。脱氧核糖核酸(DNA)是生物体内重要的遗传物质,但由于天然荧光微弱,使得直接利用其荧光进行生物特性研究受到很大限制。在适当的条件下,镧系过渡金属配合物能够与DNA发生反应,可用于研究DNA的结构、构象、作用机制以及特殊DNA的定量。本实验利用紫外光谱和荧光光谱研究了环丙沙星-铽与DNA的键合模式.并用改良后的荧光猝灭方程求算环丙沙星-铽与DNA的结合常数。

摘要： 近年来,铽和铕为代表的过渡金属配合物的研究以其丰富的发射光谱、较大的Stokes位移、稳定的性质、较长荧光寿命已经成为生物无机化学领域十分活跃的研究课题。脱氧核糖核酸(DNA)是生物体内重要的遗传物质,但由于天然荧光微弱,使得直接利用其荧光进行生物特性研究受到很大限制。在适当的条件下,镧系过渡金属配合物能够与DNA发生反应,可用于研究DNA的结构、构象、作用机制以及特殊DNA的定量。本实验利用紫外光谱和荧光光谱研究了环丙沙星-铽与DNA的键合模式.并用改良后的荧光猝灭方程求算环丙沙星-铽与DNA的结合常数。

摘要： 近年来,铽和铕为代表的过渡金属配合物的研究以其丰富的发射光谱、较大的Stokes位移、稳定的性质、较长荧光寿命已经成为生物无机化学领域十分活跃的研究课题。脱氧核糖核酸(DNA)是生物体内重要的遗传物质,但由于天然荧光微弱,使得直接利用其荧光进行生物特性研究受到很大限制。在适当的条件下,镧系过渡金属配合物能够与DNA发生反应,可用于研究DNA的结构、构象、作用机制以及特殊DNA的定量。本实验利用紫外光谱和荧光光谱研究了环丙沙星-铽与DNA的键合模式.并用改良后的荧光猝灭方程求算环丙沙星-铽与DNA的结合常数。

摘要： 本发明公开了基于荧光共振能量转移(FRET)辨别DNA碱基长度并检测单链DNA结合蛋白(SSB)的荧光传感方法，具体步骤如下：(1)阳离子共轭聚合物(CCP)与铱配合物混合，然后加入PBS缓冲溶液，得到用于检测SSB的基于CCP与铱配合物FRET效应的荧光传感器体系。检测荧光强度，计算CCP(415nm)的荧光强度与铱配合物(530nm)的荧光强度比值；(2)加入不同长度的DNA或发卡DNA到步骤(1)中的体系，检测荧光强度的变化；(3)不同浓度的SSB加入到步骤(2)中，然后加入缓冲溶液，检测荧光强度的变化，获得一系列不同浓度的SSB对应的荧光强度比值，建立荧光强度比值I

摘要： 本发明公开了一种改造的转铁蛋白DNA结合域，所述转铁蛋白为乳转铁蛋白LTF、血清铁传递蛋白TF、黑素转铁蛋白MTF或卵转铁蛋白OTF，所述各转铁蛋白的N端具有一段同源的DNA结合域，其中，DNA结合域的第10位、第20位分别为C；所述改造的转铁蛋白DNA结合域的氨基酸序列为：将第10位与第20位的C换为其他氨基酸，使其不能形成二硫键。本发明还公开了重组DNA聚合酶及其制备方法，采用上述改造的转铁蛋白DNA结合域与DNA聚合酶进行偶联，本发明还公开了一种含有上述重组DNA聚合酶的PCR检测试剂盒，本发明获得的重组DNA聚合酶不易受抑制剂抑制，可以实现直接PCR，同时可提高检测的灵敏度和稳定性。

摘要： 一种使用交换诱导剩余磁化(EXIRM)技术来无标记地检测短链核苷酸和癌症生物标志物(例如DNA链和microRNA链、DNA/RNA结合生物标志物和癌特异性抗原)的方法，其具有高灵敏度、高特异性和宽动态范围。所述方法可提供一种旨在促进高可靠性且需要最小量的生化试剂的无标记方法。

摘要： 本发明涉及一种分离鉴定DNA结合蛋白的方法，具体涉及利用DNA免疫共沉淀技术分离鉴定DNA结合蛋白的方法。所述分离方法包括：提取细胞的核蛋白；将目标DNA分子与核蛋白混合；加入能够与该目标DNA分子结合的分子实体，分离得到与目标DNA分子结合的核蛋白组分；对得到的核蛋白组分进行进一步分离，得到DNA结合蛋白。所述鉴定方法还包括对分离得到的DNA结合蛋白进行鉴定的步骤。本发明的方法具有稳定性和重复性好的特点，显著提高了鉴定未知DNA结合蛋白的实验效率。为深入研究细胞基因转录调控、基因转录的分子行为、分子肿瘤学、细胞生物学、生物化学等学科提供了有益的帮助。

摘要： 本发明提供能减小使用了特异性地结合的物质的测定中的由肝型脂肪酸结合蛋白质引起的测定值的变动幅度的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂、评价该制剂的方法、制作肝型脂肪酸结合蛋白质的校准曲线的方法、以及定量该蛋白质的方法。一种用使用了用10mM的氧化剂在25°C下进行1小时的氧化处理的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂的测定值与使用了未进行上述氧化处理的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂的测定值的比表示的氧化变动系数设定为1.4以下的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂、用于该制剂的肝型脂肪酸结合蛋白质、编码该蛋白质的DNA、由该DNA转化得到的细胞、该蛋白质的制造方法、评价该制剂的方法、抑制使用该制剂的测定中的测定值的变动幅度的方法、制作该蛋白质的校准曲线的方法、以及定量该蛋白质的方法。

摘要： 本发明提供了一种分离DNA结合蛋白并精确定位其DNA结合位点的方法，分离DNA结合蛋白：通过利用带有生物素标记的引物PCR扩增待研究DNA片段，先后加入核蛋白或胞质蛋白和亲和素包被的磁珠，共同孵育，洗去非特异结合的蛋白，加入SDS使蛋白质变性释放，鉴定蛋白质；定位蛋白质的DNA结合位点：以待研究的DNA片段为模板，采用不同的引物通过PCR反应获得相互重叠的DNA片断；根据上述相互重叠的DNA片断对分离蛋白质亲和力的差异定位分离蛋白质的DNA结合位点。

摘要： 核酸外切酶保护DNA探针杂交DNA微阵列芯片检测DNA结合蛋白，提出了一种检测DNA结合蛋白的新方法，其特征在于运用该方法检测DNA结合蛋白包括如下步骤：(a)制备蛋白质结合DNA探针、PCR引物和Tag－DNA微阵列芯片；(b)蛋白质结合DNA探针与DNA结合蛋白结合；(c)核酸外切酶酶切；(d)PCR扩增及标记；PCR产物与Tag－DNA微阵列芯片杂交检测。本发明提出的“核酸外切酶保护DNA探针杂交DNA微阵列芯片检测DNA结合蛋白”检测DNA结合蛋白的特点是，不需对蛋白质进行任何化学修饰及标记，可同步对多种DNA结合蛋白进行高通量检测，检测灵敏度高。

摘要： 本发明提供了一种检测DNA甲基化修饰影响转录因子与DNA序列结合的方法，涉及分子生物学技术领域。本发明所述方法中可排除杂蛋白对结合反应的影响，降低了实验假阳性，还可以快速精准的检测DNA甲基化修饰对转录因子结合的影响。以杨树OM47基因启动子区域DNA甲基化修饰对BPC2转录因子结合的影响为例，OM47基因启动子区域未被DNA甲基化修饰的DNA序列与BPC2蛋白具有明显的结合条带，并随着冷探针竞争浓度的增加逐渐变浅，而被DNA甲基化修饰的启动子序列与BPC2蛋白没有明显的结合条带，证明启动子区域的DNA甲基化修饰会抑制与转录因子蛋白的结合效率。

摘要： 本发明公开了一种改造的转铁蛋白DNA结合域，所述转铁蛋白为乳转铁蛋白LTF、血清铁传递蛋白TF、黑素转铁蛋白MTF或卵转铁蛋白OTF，所述各转铁蛋白的N端具有一段同源的DNA结合域，其中，DNA结合域的第10位、第20位分别为C；所述改造的转铁蛋白DNA结合域的氨基酸序列为：将第10位与第20位的C换为其他氨基酸，使其不能形成二硫键。本发明还公开了重组DNA聚合酶及其制备方法，采用上述改造的转铁蛋白DNA结合域与DNA聚合酶进行偶联，本发明还公开了一种含有上述重组DNA聚合酶的PCR检测试剂盒，本发明获得的重组DNA聚合酶不易受抑制剂抑制，可以实现直接PCR，同时可提高检测的灵敏度和稳定性。

摘要： 本发明公开了基于荧光共振能量转移(FRET)辨别DNA碱基长度并检测单链DNA结合蛋白(SSB)的荧光传感方法，具体步骤如下：(1)阳离子共轭聚合物(CCP)与铱配合物混合，然后加入PBS缓冲溶液，得到用于检测SSB的基于CCP与铱配合物FRET效应的荧光传感器体系。检测荧光强度，计算CCP(415nm)的荧光强度与铱配合物(530nm)的荧光强度比值；(2)加入不同长度的DNA或发卡DNA到步骤(1)中的体系，检测荧光强度的变化；(3)不同浓度的SSB加入到步骤(2)中，然后加入缓冲溶液，检测荧光强度的变化，获得一系列不同浓度的SSB对应的荧光强度比值，建立荧光强度比值I