DNA水平

摘要： 日本的水稻种植源于何处,这在日本国内存在争议。作者撰文提出日本的水稻种植技术是经朝鲜半岛传入日本的,并调查了东南亚、中国和日本水稻种子中与起源相关的遗传基因的排列,还在图上用箭头表示出水稻基因变化的方向。发掘出土的古代稻米种子由于风化成为炭化米,已经无法从DNA水平上进行解析。2012年中日两国的研究团队共同进行了大规模的栽培稻谷与野生稻谷的基因破译,它们对从亚洲地区搜集来446个系统的野生稻谷进行了基因破译和解读,这是有史以来最准确和最珍贵的描述。该研究认为以往栽培稻谷的两个分类,即热带粳米和温带粳米等与部分野生稻的基因排列非常相似,因此得出结论,该米种是通过一次性的栽培转化而来,但其中的热带米种比温带米种在DNA排列上显示出多样性,这说明古代人对热带米种的改良所下的功夫要大一些。

摘要： 一项对俄勒冈州虹鳟鱼的研究提供了遗传学证据，即野生鱼类和养殖鱼类在DNA水平上存在差异，且这种差异正以惊人的速度发生。该研究成果发表在《自然通讯》杂志上。研究显示，在经过一代孵化培育后，野生鱼类和孵化培育的鱼类在超过700个基因活性上存在差异。这种DNA水平上的显著差异可以传递给子孙后代。

摘要： 目的：探讨同期放化疗对晚期鼻咽癌患者血浆EB病毒DNA水平的影响。方法选取98例晚期鼻咽癌患者作为研究对象，采用放疗联合紫杉醇化疗进行治疗，并对98例患者血浆EBV-DNA 水平采用荧光定量PCR 技术进行测定，并与其影像学检查及病理结果进行比较分析。结果放化疗后鼻咽癌患者52例缓解，21例稳定，25例进展。三组鼻咽癌患者血浆EB-DNA水平测定阳性率缓解组为0、稳定组为4．76％，进展组最高为88．00％，缓解组与稳定组比较，差异无统计学意义（P＞0．05），进展组分别与缓解组、稳定组比较，差异均具有统计学意义（P＜0．05）；3组敏感性分别为0、4．76％、88．00％，特异性分别为100．00％、95．24％、12．00％，阴性预测值分别为69．33％、26．67％、4．00％，阳性预测值分别为0、4．35％、95．65％；缓解组特异性和阴性预测值最高，与进展组比较，差异有统计学意义（ P＜0．05）；进展组敏感性和阳性预测值最高，与缓解组和稳定组比较，差异有统计学意义（P＜0．05）。结论晚期鼻咽癌患者同期放化疗后血浆EB病毒DNA水平，可作为监测和反映鼻咽癌患者放化疗后转移、复发的重要指标。%Objective To investigate the effect of concurrent chemoradiotherapy for EB virus DNA levels in plasma of patients with advanced nasopharyngeal carcinoma .Methods 98 patients with advanced nasopharyngeal carcinoma received radia-tion therapy combined with paclitaxel chemotherapy , and plasma EBV-DNA level of 98 patients were measured by quantitative PCR and was compared with imaging and pathology results .Results After chemoradiotherapy ,there were 52 cases of remission , 21 cases of stable and 25 cases of progress.Positive rate of plasma EB-DNA level in remission group was 0,stable group was 4.76%,progressive group was 88.00%,the difference was not statistically significant between remission group and stable group (P>0.05),progress group were compared with remission group and stable group ,the difference was statistically significant (P<0.05);sensitivity of the 3 groups were 0,4.76%,88.00%,specificity were 100.00%,95.24%,12.00%,and negative predic-tive values were 69.33%,26.67%,4.00%,positive predictive value were 0,4.35%,95.65%;remission group had the highest specificity and negative predictive value,compared with the progress group,the difference was statistically significant(P<0.05);the progress group had the highest sensitivity and positive predictive value ,compared with remission group and stable group ,the difference was statistically significant (P<0.05).Conclusion EB virus DNA levels in plasma of patients with advanced naso-pharyngeal carcinoma after concurrent chemoradiotherapy can be used as an important indicator in surveillance and reflect of me -tastasis and recurrence .

摘要： 根据最近公布的数据显示，广岛大学的研究人员发现，循环肿瘤细胞DNA是能够准确预测肝切除术后2年内肝细胞癌复发的一个因子。“我们发现，循环肿瘤细胞DNA水平能够准确反映肝细胞癌的肿瘤进程和治疗效果，”广岛大学Atsushi Ono博士在新闻发布会上说。“通过进一步的研究，循环肿瘤细胞DNA的基因组图谱分析，可能会指导肝细胞癌的个体化管理。”

摘要： 遗传资源在实物意义上是指任何含有遗传功能单位（基因和DNA水平）的材料，在分类意义上包括具有实际或潜在遗传价值的植物、动物和微生物物种以及种以下分类单位。长期以来，生物遗传资源及其相关的传统知识一直视为人类共同遗产，可以任意获取。凭借先进的生物技术，发达国家很多研究机构、种子公司、制药企业，在生物多样性集中分布的发展中国家寻找开发具有商业价值或研究价值的生物资源，即“生物勘探”（bioprospecting），并以知识产权方式谋取更多利益。

摘要： 目前在慢性乙型肝炎患者中，血清HBsAg或HBVDNA水平与肝病的严重程度之间的关系很少被报道。因此，巴黎第七大学的Martinot—Peignoux M等人通过对随机的、典型的初治慢性乙型肝炎患者进行调查来验证这种关系。

摘要： 为了鉴定砂梨变异类型在DNA水平上是否发生遗传变异，以砂梨的两个变异单株及25个梨代表品种为试材，通过正交试验设计优化了SRAP扩增体系，并从88对SRAP引物中筛选出22对适宜的引物进行TPCR扩增，找出差异性片段，并应用系统聚类法，

摘要： AIM:To evaluate the durability in hepatitis B e antigen (HBeAg) positive chronic hepatitis B patients who discontinued antiviral treatment. METHODS:A total of 48 HBeAg positive chronic hepatitis B patients who were administered nucleoside analogues and maintained virological response for ≥ 6 mo [hepatitis B virus (HBV) DNA 104 copies/mL after HBeAg seroconversion with previously undetectable HBV-DNA level. RESULTS:During the median follow-up period of 18.2 mo (range:5.1-47.5 mo) after cessation of antiviral treatment, the cumulative serological recurrence rate was 15 % at 12 mo. The median duration between the cessation of antiviral treatment and serologic recurrence was 7.2 mo (range:1.2-10.9 mo). Of the 48 patients with HBeAg positive chronic hepatitis, 20 (41.6%) showed virological recurrence. The cumulative virologic recurrence rates at 12 mo after discontinuing the antiviral agent were 41%. The median duration between off-treatment and virologic recurrence was 7.6 mo (range:4.3-27.1 mo). The mean age of the virological recurrence group was older than that of the non-recurrence group (46.7 ± 12.1 years vs 38.8 ± 12.7 years, respectively; P = 0.022). Age (> 40 years) and the duration of consolidation treatment (≥ 15 mo) were significant predictive factors for offtreatment durability in the multivariate analysis [P = 0.049, relative risk (RR) 0.31, 95% CI (0.096-0.998) and P = 0.005, RR 11.29, 95% CI (2.054-65.12), respectively]. Patients with age (≤ 40 years) who received consolidation treatment (≥ 15 mo) significantly showed durability in HBeAg positive chronic hepatitis B patients (P = 0.014). These results suggest that additional treatment for more than 15 mo after HBeAg seroconversion in patients who are ≤ 40 years old may be beneficial in providing a sustained virological response. CONCLUSION:Our data suggest that HBeAg seroconversion is an imperfect end point in antiviral treatment. Long-term consolidation treatment (≥ 15 mo) in younger patients is important for producing better prognosis in HBeAg positive chronic hepatitis B.

摘要： 随着形势的发展，传统的棉种真实性与纯度鉴定方法已经不能满足检验检测与监督管理的需要，而SSR分子标记技术可以从DNA水平给予每个棉花品种一个准确的身份信息，成为棉种鉴定技术新的发展趋势。本文简要介绍了SSR分子标记的原理和优越性及其在棉花品种鉴定中的研究进展，具体包括反应体系的优化、核心引物的筛选与应用以及新技术的使用，同时也探讨了SSR分子检测技术存在的一些技术问题，并对其发展进行了展望。

摘要： 随着形势的发展，传统的棉种真实性与纯度鉴定方法已经不能满足检验检测与监督管理的需要，而SSR分子标记技术可以从DNA水平给予每个棉花品种一个准确的身份信息，成为棉种鉴定技术新的发展趋势。本文简要介绍了SSR分子标记的原理和优越性及其在棉花品种鉴定中的研究进展，具体包括反应体系的优化、核心引物的筛选与应用以及新技术的使用，同时也探讨了SSR分子检测技术存在的一些技术问题，并对其发展进行了展望。

摘要： 随着形势的发展，传统的棉种真实性与纯度鉴定方法已经不能满足检验检测与监督管理的需要，而SSR分子标记技术可以从DNA水平给予每个棉花品种一个准确的身份信息，成为棉种鉴定技术新的发展趋势。本文简要介绍了SSR分子标记的原理和优越性及其在棉花品种鉴定中的研究进展，具体包括反应体系的优化、核心引物的筛选与应用以及新技术的使用，同时也探讨了SSR分子检测技术存在的一些技术问题，并对其发展进行了展望。

摘要： 随着形势的发展，传统的棉种真实性与纯度鉴定方法已经不能满足检验检测与监督管理的需要，而SSR分子标记技术可以从DNA水平给予每个棉花品种一个准确的身份信息，成为棉种鉴定技术新的发展趋势。本文简要介绍了SSR分子标记的原理和优越性及其在棉花品种鉴定中的研究进展，具体包括反应体系的优化、核心引物的筛选与应用以及新技术的使用，同时也探讨了SSR分子检测技术存在的一些技术问题，并对其发展进行了展望。

摘要： 随着形势的发展，传统的棉种真实性与纯度鉴定方法已经不能满足检验检测与监督管理的需要，而SSR分子标记技术可以从DNA水平给予每个棉花品种一个准确的身份信息，成为棉种鉴定技术新的发展趋势。本文简要介绍了SSR分子标记的原理和优越性及其在棉花品种鉴定中的研究进展，具体包括反应体系的优化、核心引物的筛选与应用以及新技术的使用，同时也探讨了SSR分子检测技术存在的一些技术问题，并对其发展进行了展望。

摘要： 随着形势的发展，传统的棉种真实性与纯度鉴定方法已经不能满足检验检测与监督管理的需要，而SSR分子标记技术可以从DNA水平给予每个棉花品种一个准确的身份信息，成为棉种鉴定技术新的发展趋势。本文简要介绍了SSR分子标记的原理和优越性及其在棉花品种鉴定中的研究进展，具体包括反应体系的优化、核心引物的筛选与应用以及新技术的使用，同时也探讨了SSR分子检测技术存在的一些技术问题，并对其发展进行了展望。

摘要： 本试验分别对鲁山杨、圣山杨、I-69杨和I-72杨的种子采用0Gy、50Gy、100 Gy、150 Gy、200 Gy、250 Gy剂量60Co-γ射线进行照射，采用ISSK分子标记技术对各辐射剂量植株的基因组进行了研究，结果表明，经过不同辐射剂量处理获得的杨树植株在DNA水平上存在多态性差异。各辐射剂量组间平均基因相似系数无明显规律，并未随着辐射剂量的增大而增大，但是大多数辐射剂量组的平均基因相似系数小于对照组。各杨树品种对辐射的敏感度不同，圣山杨对辐射较为敏感。

摘要： 本试验分别对鲁山杨、圣山杨、I-69杨和I-72杨的种子采用0Gy、50Gy、100 Gy、150 Gy、200 Gy、250 Gy剂量60Co-γ射线进行照射，采用ISSK分子标记技术对各辐射剂量植株的基因组进行了研究，结果表明，经过不同辐射剂量处理获得的杨树植株在DNA水平上存在多态性差异。各辐射剂量组间平均基因相似系数无明显规律，并未随着辐射剂量的增大而增大，但是大多数辐射剂量组的平均基因相似系数小于对照组。各杨树品种对辐射的敏感度不同，圣山杨对辐射较为敏感。

摘要： 本试验分别对鲁山杨、圣山杨、I-69杨和I-72杨的种子采用0Gy、50Gy、100 Gy、150 Gy、200 Gy、250 Gy剂量60Co-γ射线进行照射，采用ISSK分子标记技术对各辐射剂量植株的基因组进行了研究，结果表明，经过不同辐射剂量处理获得的杨树植株在DNA水平上存在多态性差异。各辐射剂量组间平均基因相似系数无明显规律，并未随着辐射剂量的增大而增大，但是大多数辐射剂量组的平均基因相似系数小于对照组。各杨树品种对辐射的敏感度不同，圣山杨对辐射较为敏感。

摘要： 本试验分别对鲁山杨、圣山杨、I-69杨和I-72杨的种子采用0Gy、50Gy、100 Gy、150 Gy、200 Gy、250 Gy剂量60Co-γ射线进行照射，采用ISSK分子标记技术对各辐射剂量植株的基因组进行了研究，结果表明，经过不同辐射剂量处理获得的杨树植株在DNA水平上存在多态性差异。各辐射剂量组间平均基因相似系数无明显规律，并未随着辐射剂量的增大而增大，但是大多数辐射剂量组的平均基因相似系数小于对照组。各杨树品种对辐射的敏感度不同，圣山杨对辐射较为敏感。

摘要： 本发明提供了一种循环无细胞DNA转录因子结合位点的甲基化水平分析方法及装置，包括：接收待分析血浆样本的甲基化测序数据并从中提取循环无细胞DNA分子片段；提取转录因子结合位点上下游区域CpG位点的甲基化状态；以转录因子结合位点的基因组位置作为参照，将其上下游区域的CpG位点的坐标对齐；针对每个转录因子，分别统计各相对坐标上甲基化的CpG分子片段占比；计算转录因子结合位点中心点与侧翼区域的甲基化占比差值；将甲基化占比差值输入甲基化水平分析模型，根据甲基化水平分析模型的输出结果完成对待分析血浆样本循环无细胞DNA转录因子结合位点甲基化水平的分析，实现通过甲基化数据对转录因子的集合状态进行评估的目的。

摘要： 本发明提供了一种检测DNA甲基化水平的引物探针组合物及其应用，所述引物的核苷酸序列包括SEQ ID NO:1‑2、SEQ ID NO:9‑10、SEQ ID NO:15‑16和SEQ ID NO:21‑22中的至少两种，所述探针的核苷酸序列包括SEQ ID NO:3‑8、SEQ ID NO:11‑20和SEQ ID NO:23‑28中的至少两种，所述引物探针组合物可用于检测METRNL、PDE4D和MAPT基因CpG岛甲基化水平，进而对帕金森患者进行诊断，尤其是针对早期帕金森患者以及帕金森综合征不同亚型患者的鉴别诊断。本发明提供的引物探针组合物成本低，用于诊断操作简单，具有实际应用价值。

摘要： 本发明公开了一种利用高效液相色谱法检测玉米细胞核DNA和线粒体DNA甲基化水平的方法，可供处理100份1μgDNA的水解混合液配制方法为：将250U Benzonase、300mU磷酸二酯酶I、200U碱性磷酸酶加入至5mL pH为7.9的Tris-HCl水解缓冲液内；流动相的pH：对于线粒体DNA，用磷酸调节pH至3.42；对于细胞核DNA，用磷酸调节pH至3.0；色谱条件为：色谱柱：C18填料色谱柱；流速：0.8mL/min，检测器波长：287nm；柱温：35°C；进样量：20μL；流动相：甲醇：5mM戊烷磺酸钠：三乙胺（10：90：0.2，V/V），并用磷酸调节pH分别至3.42和3.0。方法简单易行，20min内可将各组分完全分离。

摘要： 本发明公开了检测细菌基因水平转移以及发生水平转移DNA片段的供体菌株的方法。本发明公开的方法包括将多个细菌以及待测细菌的基因组的测序数据切分为长度均为16nt的16‑mer，再将每个16‑mer均转换为0至232‑1之间的数字，排除待测细菌中的同种细菌的16‑mer获得待测菌株的特异16‑mer集合，比较待测菌株的特异16‑mer集合与多个细菌中出待测菌株外的16‑mer，确定共同16‑mer以及共同16‑mer的菌株，进而确定待测菌株是否发生了DNA水平转移以及发生水平转移DNA的供体菌株。本发明的方法操作快速简便，具有广泛的应用前景。

摘要： 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

摘要： 本发明公开了一种基于DNA甲基化水平数据的甲基化年龄评估方法。本发明构建甲基化年龄预测模型要求输入文件包含重要甲基化位点信息，所述重要甲基化位点为文献报道的和/或与年龄变化相关的基因区域内的甲基化位点。本发明实施例中将获得的验证集预测甲基化年龄与验证集样本已知时间年龄之间计算R‑square、MAE、MSE、RMSE，结果显示R‑square为0.855，表明通过使用重要位点构建的预测模型对待测样本的甲基化年龄进行预测，保留信息较全，得到的甲基化年龄预测值更准确，与真实时间年龄的符合程度更高。

摘要： 本发明公开了一种基于DNA甲基化水平确定样本类型的系统、可读介质及其应用。所述系统包括数据分析模块、特征提取模块和打分分型模块，具体内容见本发明正文。本发明能够基于输入的信息对已知样本类型的甲基化信息进行分析，对待测样本所属的样本类型进行判断；并且具有高灵敏度(可达100％)，结果可靠，能有效解决当前已有产品(如CT)检出率低的问题，现有技术中需要有创地取得组织样本才能提供的肿瘤甲基化变异信息通过本发明可无创获得。

摘要： 本发明提供了一种循环无细胞DNA转录因子结合位点的甲基化水平分析方法及装置，包括：接收待分析血浆样本的甲基化测序数据并从中提取循环无细胞DNA分子片段；提取转录因子结合位点上下游区域CpG位点的甲基化状态；以转录因子结合位点的基因组位置作为参照，将其上下游区域的CpG位点的坐标对齐；针对每个转录因子，分别统计各相对坐标上甲基化的CpG分子片段占比；计算转录因子结合位点中心点与侧翼区域的甲基化占比差值；将甲基化占比差值输入甲基化水平分析模型，根据甲基化水平分析模型的输出结果完成对待分析血浆样本循环无细胞DNA转录因子结合位点甲基化水平的分析，实现通过甲基化数据对转录因子的集合状态进行评估的目的。

摘要： 本发明公开了一种调控植物基因组DNA特定区域甲基化水平的方法。本发明提供了用于调控植物基因组DNA特定区域甲基化水平的产品，包含1)甲基化调控融合蛋白(包含核酸酶失活的Cas9结构域和甲基化调控结构域)或其表达构建体；和2)向导RNA或其表达构建体；所述甲基化调控结构域是Tet1cd结构域或OsSUVH2结构域。本发明对于深入研究物种间及物种内DNA甲基化的不同特征及其对重要农艺性状的调控作用，及DNA甲基化的维持机制等具有重要意义。通过在不改变基因序列前提下调控基因时空表达模式和水平能精细调控作物在不同环境条件及逆境压力下的表型特点及胁迫响应，从而培育优良的作物品种，有助于保障世界粮食安全。

摘要： 本发明公开了一种基于核酸质谱技术的DNA甲基化水平的检测方法，包括以下步骤：步骤一，试验准备；步骤二，PCR反应；步骤三，SAP反应；步骤四，转录；步骤五，树脂纯化；步骤六，定量检测；所述步骤二中，向PCR引物中加入适量的缓冲液或超纯水，稀释单管PCR引物至浓度100μM，本发明相较于现有DNA甲基化水平的检测方法，设计了一种新型的DNA重亚硫酸盐转化方法，该方法无需添加DNA保护剂，转化速度快，该方法采用纯化柱对转化的DNA进行纯化，能够得到高转化率、高质量及高纯度的DNA模板，本发明采用核酸质谱技术检测DNA甲基化水平，该检测方法不仅操作简便、准确率高，而且成本较低，适用于癌症早期评估和大规模筛查。