计算机辅助药物设计

摘要： 阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)是一种表现为记忆、认知障碍并伴随焦虑情绪的神经退行性疾病。由淀粉样β蛋白组成的老年斑和tau蛋白形成的神经纤维缠结是阿尔茨海默病主要的分子病理特征。Tau病理是阿尔茨海默病发病机制的主要假说之一,成为药物研发者的关注重点。本文就当前以tau蛋白为靶点的阿尔茨海默病药物研发进行了分析,在分子、细胞、整体动物以及计算机辅助药物研发水平上总结了临床前实验中常用的研究模型及评价方法,概述不同模型的利弊并展望其未来发展方向。

摘要： 药物设计学在我国的药物创新人才培养系统中有重要作用。本校的药物设计实验课主要是突出在药物研发中高频使用的几种计算模拟方法:小分子构建与能量最小化、分子参数计算、分子对接、定量构效关系研究。实验内容与学科发展前沿紧密结合,学生学完课程能够开展基础的药物设计,有利于扩展学生专业知识,培养基础稳固、实干创新的人才。

摘要： 本文采用计算机辅助药物设计(CADD)的方法基于突触再生相关蛋白(F-actin),在中国天然产物数据库(CNPD)中进行虚拟筛选,并进行ADMET预测和TOPKAT预测,然后对筛选结果进行分析和评价,理论上发现抗阿尔茨海默病药物的先导化合物,为阿尔茨海默病研究提供有意义的思路。

摘要： 我国药用植物资源蕴藏丰富,植物源化妆品新原料的开发备受关注。我国2022年实施的管理法规对化妆品的安全和功效评估都提出了严格要求,高效便捷的评估方法成为化妆品原料开发中的必需。本文对计算机辅助药物设计、细胞生物学和斑马鱼模型等现代生物技术手段在植物源化妆品领域中的应用研究进展进行了介绍,期望对植物源化妆品开发提供参考。

摘要： 计算机辅助药物设计(CADD)技术已广泛应用于高校教学,特别是在教授药学专业课程过程中,计算机辅助药物设计技术在可视化、生动性和互动性方面表现出优势。首都医科大学药学院开设的药学专业技能实验(一)课程是以新药研发过程为主线的实验课程,将计算机辅助药物设计技术中分子对接和定量构效关系内容纳入该课程,可以激发学生的学习积极性,加深学生对新药研发过程中药物设计环节原理和步骤的理解。本文从教学平台建设、教学内容和教学方法等方面对计算机辅助药物设计应用于药学专业实验课程的实践教学进行了探索和总结。

摘要： 目的 从抑制病毒感染不同靶点的选择性、调控机体免疫因子的角度出发,系统研究扶正避瘟方预防新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染的物质基础及分子机制.方法 采用计算机辅助药物设计中的同源模建、分子对接等方法,对扶正避瘟方中各药味的化合物进行基于分子对接的虚拟筛选.运用靶点反向预测及其KEGG通路,分析方中健脾药白术对机体抵御病毒的潜在靶点和分子机制,并进行分子对接验证.结果 扶正避瘟方中阻断SARS-CoV-2入侵的活性成分有84个,连翘、生姜、荷叶、黄芪对SARS-CoV-2感染具有针对性阻断作用.对不同冠状病毒阻断机制的差异性分析显示,荷叶对SARS-CoV的选择性高于SARS-CoV-2,生姜则对SARS-CoV-2更具针对性.白术缺乏直接阻断成分,但白术内酯Ⅲ、苍术酮和茅苍术醇等与免疫靶点大麻素受体2(CB2)有较强的潜在结合能力.结论 扶正避瘟方中连翘、荷叶的单体成分连翘脂苷A、(-)-儿茶素、熊竹素等可作为潜在抗病毒成分进一步开发,白术中的白术内酯Ⅲ等可能通过结合免疫靶点CB2发挥免疫调控作用.

摘要： 胃癌是常见的恶性肿瘤之一,虽治疗方式多样,但效果仍不容乐观,近年来随着靶向治疗的发展,开发天然药物小分子抑制剂也成为胃癌药物研发的重点,我们从胃癌主要靶点出发,探讨了胃癌靶点治疗的可能研究方法,为胃癌的靶向药物设计提供了思路和方法.

摘要： 作为经典的计算机辅助药物设计方法之一,药效团方法在药物发现领域内得到了广泛的应用,它主要基于这样一个概念:在生物靶点对配体的分子识别中观察特定的分子相互作用。通常情况下,药理模型被定义为化学相互作用(如氢键、电荷和疏水接触)及其空间排列的组合,它能使目标蛋白或一组化学性质不同的活性配体的相互作用模式被合理化,并能随后应用于虚拟筛选、从头设计和先导化合物优化。药效团模型由多个药效团特征组成,以表示目标蛋白识别结构多样配体的特异性。在实际应用中,极小部分的药理特征在蛋白质-配体识别中具有最关键的贡献,这种特征被称为“锚定药效团特征”。虽然人们已经逐渐认识到锚定药理特征的重要性,但直到现在还缺乏对这种特征的全面分析和正确应用。

摘要： 目的 采用分子对接技术探讨飞龙掌血抗炎活性生物碱的筛选及其作用机制.方法 采用Lipinski规则初筛检索得到的65个飞龙掌血生物碱化合物组成配体数据库,选择7个与抗炎活性密切相关的IκB激酶β(IKK-β)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、核转录因子κB1(NF-κB1)、诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、环氧合酶2(COX-2)及巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)组成靶点数据库,并进行可行性验证;采用分子对接软件Lib Dock模块进行分子对接,以DrugBank数据库中对上述靶点具有抑制作用的上市药物作为参考,设置靶点-上市药物和原配体最低得分值为阈值.结果 白屈菜红碱等19个化合物符合Lipinski规则,分子对接得到14个得分高于阈值的化合物,其中Demethylnitidine、1,3-二环己基脲、N-反式-阿魏酰酪胺、光叶花椒碱和(7Z)-N-(4′-methoxyphenethyl)-3-methoxy-4-hydroxycinnamamide具有多靶点效应.结论 化合物Demethylniti-dine、1,3-二环己基脲、N-反式-阿魏酰酪胺、光叶花椒碱、(7Z)-N-(4′-methoxyphenethyl)-3-methoxy-4-hydroxycin-namamide、飞龙掌血喹啉、5-甲氧基白藓碱、木兰花碱是飞龙掌血生物碱具有抗炎活性的主要成分,可通过作用于IKK-β、MAPK、MIF及COX-2等相关炎症因子发挥抗炎作用.

摘要： 为了获得成纤维细胞激活蛋白α (Fibroblast Activation Protein,简称FAPα酶)激活式鬼臼毒素抗肿瘤前体药物分子,利用AutoDock tools、PyMOL和Ligplot软件模块的功能,设计FAPα酶的特异性底物N-苄氧羰基甘氨酰-L-脯氨酸与鬼臼毒素4-OH偶联中间片段及最终化合物的结构。通过虚拟设计共获得31个Affinity(kcal/mol)评分值小于−9.5分的化合物,并阐明了5个最优代表的复合物模拟三维结构与分子互作机制,为FAPα酶激活式鬼臼毒素抗肿瘤药物研发提供潜在的先导化合物,以指导后期研究的进一步开展。

摘要： 目的：设计、合成作为痒受体的胃泌素释放肽受体(GRPR)抑制剂并初步研究其抗痒活性。方法：以合理药物设计作为基本原则，以计算机辅助药物设计（CADD）和模仿药物设计作为指导思想，借助MOE（Molecular Operating Environment）分子模拟软件，以1u19蛋白作为模板对GRPR三级结构和活性位点进行预测，设计合成了L-苯丙氨酸或L-色氨酸为基本骨架的八个化合物a～h，以昆明种小鼠作为实验动物、磷酸氯喹作为造模介质、鞘内注射受试化合物，初步测试其抗痒活性。结果：八个化合物的结构经IR和1HNMR确定，其中化合物e和f抗痒活性较强。结论：CADD预测八个化合物的抗痒活性为e＞d=f＞b＞g＞a＞h＞c, 初步测试抗痒活性顺序为e﹥f﹥b﹥h﹥g﹥d﹥a﹥c，基本符合计算机辅助药物设计预测的抗痒活性，预测的GRPR三级结构具有一定的参考价值。

摘要： 紫杉醇因其独特的作用机理和良好的抗癌临床效果,被认为是二十世纪抗癌药研究的重要成就之一,应用于治疗转移性卵巢癌和乳腺癌,非小细胞肺癌、食道癌、胃癌、头颈部肿瘤等多种癌症.近年又发现紫杉醇的其他作用,例如治疗艾滋病并发的卡波济氏肉瘤,和治疗心脏冠状动脉再狭窄等。紫杉醇的作用主要是通过与其受体--管蛋白结合,通过抑制微管的聚合一解聚动态过程从而破坏细胞的增殖而实现的.紫杉醇的C-2苯甲酰基取代就是与受体结合的重要部位之一。为了实现对C-2的构效关系研究，首先需要高选择性的反应对C-2进行结构改造。近年来紫杉醇类似物多西紫杉醇与微管蛋白复合物的高分辨率结构使人们能够将计算机辅助药物设计(CADD)方法用干紫杉醇构效关系的研究。

摘要： 分子运动仿真是计算机辅助药物设计(CADD)的重要研究内容之一.为了通过简化方法来模拟线形生物受体大分子低能构象时存在的形态(瞬时位置,速度,加速度),本文提出了"球-虚弹簧"结构模型来模拟分子的横向伸缩振动和轴向扭转振动,并从理论上探讨了影响线形分子柔性的力学问题.文中的推导对于线形分子的运动仿真具有一定的意义.

摘要： 近年来真菌感染尤其是深部真菌感染率大幅上升,深部真菌感染已成为艾滋病和肿瘤等重大疾病死亡的主要原因.而目前临床上所用的抗真菌药物均存在毒性大、抗菌谱窄、易产生耐药等缺陷,迫切需要研发新一代广谱、高效、低毒的抗真菌药物.作用于羊毛甾醇14a-去甲基化酶的三唑类抗真菌药物和作用于真菌细胞壁的环肽类抗真菌药物是目前抗真菌药物研究的两大热点领域,本文就其新药研究进展做了介绍和分析.此外,近年来相继出现了多个抗真菌药物作用的新靶点,根据这些新靶点有望能够发现全新作用机制的抗真菌新药.根据这些新靶点的作用机理,本文分作用于真菌细胞壁、抑制真菌蛋白质生物合成、抑制真菌鞘脂生物合成和电子转移抑制剂四大部分详细介绍了各个靶点的生物学功能,以及基于这些靶点进行新型抗真菌药物研究的进展.最后介绍了真菌基因组学和蛋白质组学、计算机辅助药物设计和组合化学等新技术在新型抗真菌药物研究中的应用,并对抗真菌药物未来主要研究发展方向做了展望.

摘要： 综述了化学定量构效关系(QSAR)的研究进展及其应用.重点介绍了3D—QSAR及其在药物分子设计中的发展概况,为计算机辅助药物设计(CADD)提供了有效信息.

摘要： 本发明涉及一种基于网络的计算机辅助方法和系统，其用于基于关于与代谢相关联的基因和遗传变异体和不与代谢相关联的基因和遗传变异体的药物遗传学信息提供关于药物使用的个性化推荐，包括通过动态网页的图形用户界面(GUI)自动产生和显示个性化推荐，其突出了与最高的药物不良反应相关联的个性化推荐。本发明还涉及一种计算机可读介质，其包含程序指令，用于计算机执行本发明的用于提供关于药物使用的个性化推荐的方法。本发明还涉及一种用于产生动态网页的基于网络的计算机辅助方法和系统，以及进一步的计算机可读介质，其包含程序指令，用于计算机执行用于产生动态网页的方法。

摘要： 用于搜索计算机辅助设计（CAD）数据的方法和系统。一种方法包括接收对CAD元数据的类型的选择，显示包含用于接收与所述类型的CAD元数据相关联的搜索参数的至少一个输入机制的用户界面，以及通过用户界面接收搜索参数。该方法还包括响应于接收到搜索参数，利用电子处理器自动识别与匹配于搜索参数的CAD数据相关联的CAD元数据，以及向用户提供与所述搜索参数相匹配的CAD元数据。

摘要： 本发明公开了一种义齿计算机辅助设计方法，包括如下步骤：获取已完成牙位分割的牙齿模型；根据用户在牙齿模型上选择的待制作义齿的区域，生成牙位标记；获取待制作义齿相对待制作义齿的区域的设定就位方向，并获取待制作义齿与待制作义齿的区域之间的设定间隙参数；根据就位方向和间隙参数，将义齿预设模板匹配至待制作义齿的区域，并在待制作义齿的区域生成待制作义齿的义齿模型。本发明还公开了一种义齿计算机辅助设计终端及计算机可读存储介质。本发明的技术方案中，义齿模型的设计过程直接通过计算机软件完成，有利于提高义齿设计的效率和精度。

摘要： 本发明提供一种牙科用种植牙种植体的制造方法，用于利用计算机辅助设计、计算机辅助制造来制造牙科用种植牙种植体，上述牙科用种植牙种植体的制造方法的特征在于，取得口腔环境的三维形状数据，并在计算机辅助设计系统上显示上述三维形状数据，并从蜡模型取得牙科用种植牙种植体的三维形状数据，再加工这些数据并导出齿冠和基台的三维形状数据，上述齿冠的内部面形状取决于上述基台的凹槽面和牙桩的形状，利用导出的上述齿冠和上述基台的三维形状数据，通过机械加工来制造上述齿冠和上述基台。

摘要： 一种基于计算机辅助设计和计算机辅助制造技术的蜀绣上料工艺，是利用计算机辅助设计技术，将设计好的蜀绣纹样图稿进行移动、缩放、旋转操作，得到定位正确的上料图稿，再对需要上料的蜀绣绣布作树脂涂覆处理，然后用电子织物打印机对其进行上料制作，该工艺包括以下步骤：（1）将在计算机上处理好的蜀绣纹样图稿，进行图案定位，达到设计需要的大小和位置，形成蜀绣上料图稿。（2）将需要上料的绣布在头端涂覆树脂并干燥。布身上料部位不涂覆树脂，保持织物原有性能和外观。（3）在电脑上连接打印机。（4）将已处理好的绣布从头端喂入电子织物打印机进行打印，即在蜀绣绣布上得到所需图案（5）将完成上料工艺的绣布存放或上绷用于刺绣。

摘要： 本发明涉及一种基于网络的计算机辅助方法和系统，其用于基于关于与代谢相关联的基因和遗传变异体和不与代谢相关联的基因和遗传变异体的药物遗传学信息提供关于药物使用的个性化推荐，包括通过动态网页的图形用户界面(GUI)自动产生和显示个性化推荐，其突出了与最高的药物不良反应相关联的个性化推荐。本发明还涉及一种计算机可读介质，其包含程序指令，用于计算机执行本发明的用于提供关于药物使用的个性化推荐的方法。本发明还涉及一种用于产生动态网页的基于网络的计算机辅助方法和系统，以及进一步的计算机可读介质，其包含程序指令，用于计算机执行用于产生动态网页的方法。

摘要： 一种用于在计算机辅助设计系统的三维场景中设计对象的装配件的计算机实现的方法，包括下列步骤：在所述场景中提供(S1)与第一设计尺寸范围相关联的第一定位器(LOC1)；并且在所述场景中提供(S2)分别与第二设计尺寸范围相关联的至少一个第二定位器(LOC2a，LOC2b)，所述第一设计尺寸范围的上限具有比所述第二设计尺寸范围的上限大的上限。

摘要： 一种非暂态处理器可读介质包括使得处理器接收具有以图案布置的多个点的空中数据的代码。提供与每个点相关联的指示作为机器学习模型的输入，以将每个点分类到来自多个类别中的类别中。对于每个点，识别(1)与该点相邻并且(2)具有共同的类别的点的集合，以限定来自多个形状中的形状。每个形状的折线界线通过相对于标准分析与该形状的边界相关联的每个点相对于至少一个其它点的位置来限定。限定针对每个类别的层，该层包括与该类别相关联的每个形状，并使用每个形状的折线界线和针对每个类别的层来生成计算机辅助设计文件。

摘要： 公开了一种用于在计算机辅助设计(CAD)环境中自动组装部件的数据处理系统和方法。在一个实施例中，在CAD环境中自动组装部件的计算机实现的方法包含使用数据处理系统确定CAD环境中的源部件和目标部件。源部件和目标部件表示真实世界对象的不同部分。该方法包含确定源部件的几何特征和目标部件的几何特征，并且将源部件的几何特征与目标部件的几何特征进行比较。该方法包含基于比较的结果自动地生成源部件的几何特征与目标部件的几何特征之间的约束。该方法还包含在图形用户界面上输出由组装的源部件和目标部件组成的几何模型。

摘要： 本发明公开了一种义齿计算机辅助设计方法，包括如下步骤：获取已完成牙位分割的牙齿模型；根据用户在牙齿模型上选择的待制作义齿的区域，生成牙位标记；获取待制作义齿相对待制作义齿的区域的设定就位方向，并获取待制作义齿与待制作义齿的区域之间的设定间隙参数；根据就位方向和间隙参数，将义齿预设模板匹配至待制作义齿的区域，并在待制作义齿的区域生成待制作义齿的义齿模型。本发明还公开了一种义齿计算机辅助设计终端及计算机可读存储介质。本发明的技术方案中，义齿模型的设计过程直接通过计算机软件完成，有利于提高义齿设计的效率和精度。