蛋白质组学技术

摘要： 毛囊是毛纤维的生长基础,决定毛纤维的性状,角蛋白是毛囊组成的重要成分之一.近年来,对毛囊生长发育和角蛋白基因的挖掘等取得了一定的进展.文章回顾了绵羊角蛋白基因的发现,已经与人类角蛋白基因相当,但在数量和分类上存在差异;笔者介绍了绵羊毛囊的形态学结构,简述了毛囊角蛋白基因的表达定位和影响毛纤维性状的角蛋白,并分析了毛囊中的蛋白质组学技术的应用对毛囊生长发育和毛纤维性状的重要作用,以期为绵羊毛囊生长发育和羊毛性状的分子选育提供新的研究思路.

摘要： 随着疾病谱的变化以及健康观念的转变,中药已成为人们预防和治疗疾病的有效手段。然而,中药成分的复杂性和多味中药的配伍应用致使其发挥药效的作用机制尚不完全明确,质量标准以及安全性评价体系不够完善,在一定程度上阻滞了中药的现代化进程。蛋白质组学是一门研究生物样本中蛋白质组成及其变化规律的现代科学,其注重研究的整体性和动态性,与中医药理论的指导思想和科学内涵高度契合。文章综述了近年来蛋白质组学在中药植物学、中药药性、方剂配伍、中药作用靶点及其作用机制、中药安全性等研究中的应用,为中药的现代化提供了新的研究思路和方法。

摘要： 蛋白质组学涉及到鉴定和定量细胞、组织或生物体中整体蛋白质含量的技术应用.对蛋白质组学中常用的组学技术进行介绍,并且综述了蛋白质分离技术、定量技术、肽段的富集技术的研究进展.蛋白质组学技术不仅在植物的研究领域使用广泛,并且对人类生命的重大疾病和治疗也提供了新的研究思路.

摘要： 蛋白质组学以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织和生物体蛋白质组成及其变化规律.蛋白质组学技术是当前解决医学和生物学领域诸多问题的重要工具,多种蛋白质组学分析方法已被广泛应用于呼吸系统疾病的研究中,为探索呼吸系统疾病的发病机制及靶向药物提供了新的途径.本文总结了蛋白质组学的研究进展及发展潜力,并讨论了蛋白质组学常见技术在呼吸系统疾病研究中的应用.

摘要： 目的 蛋白质组学是研究生命过程中其蛋白质的组成及其活动规律的科学,从整体水平研究细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,解释蛋白质功能与细胞生命活动的规律.蛋白质组学的兴起能快速筛选并鉴定疾病的特异性生物标志物,蛋白质组学技术在临床医学研究领域中主要侧重于疾病的发生机制、预防、早期诊断和治疗、寻找疾病的生物标志物以及治疗靶点的研究.在妊娠相关疾病尤为重要,对妊娠期高血压疾病的病因、发生机制,通过特异性生物标志物进行早期诊断,从而改善母儿结局,降低母儿严重发病率和死亡率.本文综述近年来与子痫前期相关的蛋白质研究及其在子痫前期病患的血液、脑脊液、尿液、羊水、滋养细胞中差异蛋白质谱的分析,为临床研究提供思路.

摘要： 近日,《自然—植物》在线发表了华中农业大学教授Kenichi Tsuda团队的最新研究成果。研究人员利用植物体内原位细菌转录组及蛋白质组学技术,建立了病原细菌基因调控网络,报道了被寄主免疫系统攻击的病原细菌主要调控途径。为了研究感染期间细菌基因的表达模式,研究人员选取了模式细菌丁香假单胞菌和拟南芥作为研究材料。

摘要： 随着数据库中大量DNA序列的积累,研究人员越来越意识到,仅具有心血管疾病患者完整的基因组序列和数千个基因的转录变化,不足以从分子角度阐明心血管疾病的发病机制.基因组序列中开放阅读框的存在,并不意味着功能基因的存在.随着后基因组(postgenome)时代的到来,蛋白质组学(proteomics)作为一门采用大规模、高通量、系统化技术研究某一类型细胞、组织或体液中所有蛋白质组成及其功能的新兴学科,旨在从整体角度全面分析细胞内蛋白质表达水平和修饰状态的动态变化,了解细胞内蛋白质之间相互作用,从而揭示蛋白质功能和细胞生命活动规律.蛋白质组学专门从蛋白质角度研究生物学和病理生理学问题.先天性心脏病(CHD)作为我国活产儿首要的出生缺陷,是导致婴幼儿死亡和CHD相关并发症发生的主要原因之一,对CHD患儿早期诊断和干预是关键,超声检查是目前临床常用的CHD筛查策略,但是不适于对该病的早期筛查,而蛋白质组学可绘制心脏在任何时间和条件下表达的全部蛋白质,通过差异表达蛋白质分析,可确定与CHD病因及其进展、结果 和治疗反应相关蛋白质变化.鉴定这些与CHD相关的特异表达蛋白质,研究其表达水平、翻译后修饰状态及功能特征,则是各种类型CHD病因及病理生理研究的基础和关键.笔者拟就蛋白质组学技术及分类、在CHD诊治及预后评估中的应用优势、最新研究现状、未来前景及展望进行阐述.

摘要： 目的:建立以特征肽为检测指标的阿胶糕中阿胶的鉴别方法与马皮、牛皮、羊皮、猪皮源成分的检测方法.方法:采用三氯乙酸沉淀法提取阿胶糕中的蛋白质,胰蛋白酶进行酶解处理,利用超高效液相色谱-三重四级杆质谱法(UHPLC-QQQ MS),电喷雾离子源(ESI),正离子模式下扫描,采用多重反应监测模式,对特征肽目标离子进行检测.结果:经验证,鉴别方法和检查方法均均有良好的专属性,灵敏度高.市售样品测定结果显示,部分样品中检出阿胶成分,有的样品中检出牛皮源成分,有的样品中未检出任何皮源性成分.结论:所建立方法操作简便,专属性强,可用于阿胶糕中阿胶的鉴别和掺假杂皮胶的检测.

摘要： 综述近年来蛋白质组学技术的发展及其在中医药治疗骨质疏松症中的运用概况.蛋白质组学常用技术包括蛋白质分离技术、蛋白质鉴定技术及生物信息学技术.蛋白质组学技术主要用于单味中药、中药复方及针刺治疗骨质疏松症的疗效机制研究,并已取得一定的进展.认为蛋白质组学技术将在骨质疏松症的证候分型与蛋白质的相关性研究、骨质疏松早期预防和诊断与及时治疗以及中医药治疗骨质疏松症的蛋白质水平作用途径研究中具有广阔的应用前景.

摘要： 目的:探索蛋白质组学技术在中药注射剂(TCMI)不良反应研究中的应用,为中药注射剂不良反应的研究提供新思路.方法:结合近年来中药注射剂不良反应(ADR)的研究现状,概述蛋白质组学技术在中药注射剂上市后不良反应研究中的运用.结果与结论:中药注射剂的作用靶点大多是通过蛋白质来体现的,蛋白质组学技术正好与中药注射剂的多组分、多作用靶点、多代谢途径的特点相吻合,这不仅对中医药基础理论现代化研究具有重要的理论意义,而且对中药注射剂的研究开发走向世界具有重要的意义.

摘要： 本文综述了目前将蛋白质组学应用于中药研究的成功实例和研究思路。可以预测，随着自身的发展，蛋白质组学技术在中药复杂体系研究中一定还会有更多的用途。另外，需要强调的是，蛋自质组学只是系统生物学组成部分之一，很多科研工作者应用系统生物学的其它技术平台如基因组学、代谢组学等也取得了很好的研究成果。因此，笔者认为在中药复杂体系研究中应综合运用多种系统生物学技术和手段，把最终获得的研究结果进行融合，从而真正发挥系统生物学的优势，建立与中医理论相符合的整体研究思路，从分子水平上阐明中药复杂体系的物质基础和作用机理，为中药的现代化和国际化服务。

摘要： 应用蛋白质组学技术对肝癌的分子诊断生物标志物进行筛选和鉴定，并建立多分子诊断模型，经临床验证，对HCC的早期诊断和肿瘤扩散转移预测具有良好的效果。

摘要： 蛋白质组学技术应用于毒理学研究而发展起来的毒理蛋白质组学包括机制性研究与生物标志物研究两方面的内容.近年来,毒理蛋白质组学发展迅速,在职业毒理学研究的诸多领域,如肝毒性、肾毒性、生态毒性、药物毒性、神经毒性等的机制与生物标志物研究中均取得了显著的成绩,并且其实验体系也日趋完善与成熟.

摘要： 本文旨在测量全部蛋白质的蛋白质组学技术在DN中的运用必然会对DN的研究起着重要的推动作用。然而目前蛋白质组学技术还处于起步阶段，技术还不十分成熟，还有许多困难需要克服。首先现在技术缺少敏感的能够检测低丰度或中等丰度蛋白的方法，目前虽然有一些研究策略如使用凝胶、层析等技术对样品进行分级分离，能够提高灵敏度和检测膜蛋白及低丰度蛋白，但距离能分析组织或细胞表达的全套蛋白质这一目标相去甚远。第二，目前还没有出现能够方便、可靠、大规模比较不同样本间蛋白质组学数据的可靠算法，甚至不同实验室之间蛋白质组学数据还不能进行很好的比较。第三，蛋白裂解成肽段发生的很快并且不受控制，使分析蛋白质组学数据更加困难。

摘要： 近十几年来,随着人类基因组序列草图的完成和几十种生物全基因组测序的结束。研究重心将从揭示生命的遗传信息转到对功能方面的研究。本文论述了蛋白质组学的研究方法、蛋白质组学研究的主要内容以及蛋白质组学技术在弓形虫研究中的应用。

摘要： 本文对蛋白质组学技术在天然药物研究中应用的可能性进行了分析,对蛋白质组学技术进行了简要介绍,分析了工作基础和研究思路.

摘要： 目的：以D-半乳糖致衰老雄性SD大鼠脾脏作为实验研究对象,运用iTRAQ蛋白质组学技术对脾脏总蛋白进行差异分析,从而解释琼玉膏在延缓衰老中的作用机理. 方法：将42只6月龄SD雄性大鼠随机分为3组,空白组、模型组、药物组,每组14只,连续给药40天后,进行血清、心脏和脾脏组织提取.对血清MDA、心脏SOD含量进行检测,提取脾脏组织总蛋白,对蛋白质进行酶解、肽段标记、肽段除盐、质谱鉴定,运用Mascot搜库对蛋白质进行定性定量分析,再从Uniprot-SwissProt_Rat库中查询蛋白质定性信息,鉴定总蛋白,分析组间差异蛋白的功能及属性. 结果：1.建立了D-半乳糖致衰亚急性大鼠模型;2.运用iTPQ蛋白质组学技术,比较模型组和药物组的脾脏组织,发现共有18种蛋白质的表达量在组间发生了变化. 结论：通过对大鼠血清MDA和心脏组织SOD的检测分析,确定建立了成功的亚急性衰老大鼠模型.在对模型组和药物组脾脏差异蛋白的分析中发现这组差异性蛋白主要参与在造血过程,细胞分裂,能量代谢、糖代谢、脂代谢,免疫调节,纤维形成,细胞骨架及各细胞器的形成和稳定,细胞分化、增殖、修复和凋亡等途径当中.

摘要： 猪胸膜肺炎放线杆菌引起的胸膜肺炎具有高度传染性。目前该病的预防主要是使用灭活疫苗，但灭活疫苗缺乏交叉保护。本研究使用免疫蛋白质组学的方法从猪胸膜肺炎放线杆菌3型的分泌及外膜蛋白筛选免疫原性蛋白，共鉴定30种免疫原性蛋白，其中24种蛋白为新的猪胸膜肺炎放线杆菌免疫原性蛋白。这一结果为预防该病的新型亚单位疫苗的研究与开发奠定了基础。猪传染性胸膜肺炎是由猪胸膜肺炎放线杆菌(APP)引起的一种以肺炎和胸膜炎为特征的急性或慢性传染病。灭活苗在预防相同血清型的细菌感染具有很好的效果，但对于不同血清型缺乏交叉保护。对于许多G菌来说，其外部结构，尤其是外膜和分泌蛋白在细菌的粘附和致病过程中发挥重要作用，同时被动免疫在APP的保护性免疫应答方面具有重要意义。因此利用APP康复血清从外膜和分泌蛋白中筛选保护性抗原，从而鉴定APP疫苗的有效抗原成分，为新型疫苗的研究奠定必各的基础。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质。本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明公开了一种尿液中外泌体的提取及其蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析方法。本发明首先提供一种表面螯合金属离子的磁性纳米材料：在氧化石墨烯的表面修饰磁性纳米颗粒，得到产物1；在产物1的表面包覆二氧化硅层，得到产物2；在产物2的二氧化硅层表面修饰带有氨基的硅烷偶联剂，得到产物3；在产物3的表面修饰金属螯合剂，得到产物4；在产物4的表面螯合金属离子即得。本发明磁性纳米材料可用于提取尿液中外泌体，并用于外泌体中蛋白质或磷酸化蛋白质组学分析。通过利用外泌体膜磷脂双分子层表面裸露的磷酸根与金属离子之间通过双配位的化学作用结合，同时结合静电吸附的作用，实现对尿液外泌体的高特异性提取，提取速度快，回收率高。

摘要： 本发明公开了一种蛋白质亚细胞定位的空间蛋白质组学深度学习预测方法，该方法包括：基于蛋白质亚细胞分离组分定量的空间蛋白质组质谱数据，使用差分矩阵捕获每个蛋白质在不同亚细胞分离组分中的变化轨迹来构建特征图谱；利用卷积神经网络的提取蛋白质特征图谱的深度图特征；利用卷积注意力机制模块对深度图特征进行自适应特征优化；进而使用深度神经网络来预测蛋白质亚细胞定位；使用已知亚细胞定位的蛋白质作为训练集进行五折交叉验证，对未知亚细胞定位的蛋白质进行预测；控制蛋白质亚细胞定位的错误发现率，获得高可信度的蛋白质亚细胞定位预测结果。本发明能高效、准确地实现蛋白质亚细胞定位预测，并促进空间蛋白质组学的未来发展和应用。

摘要： 本发明涉及文物检测技术领域，本发明公开了一种蚕丝蛋白质组学的蛋白质提取与富集方法，本发明将丝蛋白溶解，通过羧基盐修饰的顺磁珠与有机溶剂的共同作用，使蚕丝蛋白富集在磁珠上，通过磁性分离，使蛋白质从溶液中提取出来，且由于磁珠属于固相且被磁场固定，对蛋白质的洗涤纯化简单便捷，纯化效果好。

摘要： 本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质。本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。

摘要： 本发明涉及一种基于非标定量蛋白质组学技术寻找如皋黄鸡不同细胞或组织间差异表达蛋白的方法，包括以下步骤：（1）鸡不同细胞或组织的组织或细胞蛋白提取；（2）对步骤（1）中得到的不同组的细胞或组织蛋白进行胰酶酶解；（3）酶解后的细胞或组织蛋白进行液相色谱‑质谱联用分析；（4）对分析结果进行数据库搜库和注释分析。通过本发明，本发明的优越性在于：1、本发明能够较快的获得不同组织和细胞之间的差异表达蛋白。2、方法简单可行，可重复性强，结果准确。3、该方法适用于其他物种。