菌群多样性

摘要： 目的探讨肠道菌群多样性及丰度在抗结核治疗强化期的变化。方法收集广州市胸科医院20例初治菌阳肺结核患者使用强化方案治疗1周及强化期结束的粪便标本,所有标本进行16S rDNA测序,进行生物信息学分析。结果强化期结束治疗组的Alpha多样性指标Chao1和observed_otus指数分别为(97.8±28.3)和(97.6±28.2),高于治疗1周组的(81±34.7)和(81±34.7),差异有统计学意义(P=0.04;P=0.038)。基于加权和未加权Unifrac距离的PCoA分析显示两组整体菌群结构无明显差异。在相对丰度较高的菌科中,强化期结束治疗组的拟杆菌科、肠球菌科、肠杆菌科、丹毒菌科、卟啉单胞菌科、双歧杆菌科等相对丰度下降,毛螺菌科、梭杆菌科、普氏菌科、瘤胃球菌科、韦氏菌科等相对丰度增加。通过线性判别分析效应量LEfse分析两组数据,发现在属水平上,厚壁菌门的瘤胃球菌、乳杆菌及放线菌门的柯林氏菌为组间显著差异菌种。结论强化期治疗结束与治疗1周相比,肠道菌群多样性增加,但肠道菌群结构无明显差异。肠道拟杆菌科丰度减少,毛螺菌科丰度增加。

摘要： 目的探讨外阴阴道假丝酵母菌病(VVC)患者外阴微生态分布及药敏结果。方法选择2019年1月—2020年6月都昌县妇幼保健院265例VVC患者为研究对象,分析VVC患者假丝酵母菌菌株分布情况、外阴微生态分布和药敏结果。结果265例患者中共获得265株假丝酵母菌,其中白假丝酵母菌203株,克柔假丝酵母菌7株,光滑假丝酵母菌47株,热带假丝酵母菌2株,其余6株为非典型假丝酵母菌;白假丝酵母菌组优势菌中加德纳菌比例、WBC≥10个/HP、Nugent评分、菌群多样性与菌群密集度及对氟康唑、克霉唑、伊曲康唑的敏感性高于非白假丝酵母菌组,对咪康唑的敏感性低于非白假丝酵母菌组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论不同类型假丝酵母菌引起的VVC阴道微生态不同,对药物敏感性也存在一定差异,其中白假丝酵母菌引起的VVC阴道微生态情况相对复杂,阴道炎症更为严重,更易出现细菌性阴道病(BV)。

摘要： 草鱼是一种重要的淡水养殖鱼类,但因经常暴发细菌性疾病,造成相关养殖产业重大经济损失。利用16S rRNA基因V4区高通量测序,实现快速评价2个不同养殖池内患病草鱼溃烂皮肤组织和肝脏中细菌的群落结构及多样性。试验结果显示,1号池草鱼皮肤和肝脏的运算分类单元数(611个和875个)较2号池(376个和644个)多;α多样性分析结果显示,1号池草鱼肝脏中的菌群丰度和多样性最高;β多样性分析结果显示,1号池草鱼的皮肤、2号池草鱼的皮肤与2号池草鱼的肝脏群落结构相似,但1号池草鱼的肝脏与这3个样品存在差异,分析推测1号池草鱼感染情况较2号池复杂。患病草鱼皮肤和肝脏细菌群落结构以拟杆菌门和变形杆菌门为优势菌门,以黄杆菌属和希瓦氏菌属为优势菌属,推测其是引发本次草鱼病害的优势病原细菌。试验结果可为前期病害防治提供科学依据,也可为后期细菌分离鉴定提供优势菌群的参考。

摘要： 背景溃疡性结肠炎被世界卫生组织列为现代难治性疾病之一。目前治疗技术均有相应的不足之处,粪菌移植(FMT)治疗溃疡性结肠炎的有效性已被证实,但疗效参差不齐。目的比较FMT治疗小鼠普通型溃疡性结肠炎模型(CUCM)与湿热型溃疡性结肠炎模型(DUCM)的效果及FMT(新金汁)的中药性味。方法于2019年12月9—28日,将35只雄性SPF级C57BL/6小鼠分为7组,分别为正常对照组(Control组)、CUCM组、CUCM+FMT组、CUCM+5-氨基水杨酸(5-ASA)组、DUCM组、DUCM+FMT组、DUCM+5-ASA组,每组各5只小鼠。Control组不做任何干预处理;CUCM组和DUCM组根据造模需求分别制备模型;CUCM+FMT组和DUCM+FMT组于造模成功后,给予制备的粪菌液0.2 ml对小鼠进行灌肠;CUCM+5-ASA组和DUCM+5-ASA组于造模成功后,给予0.0195 g/ml 5-ASA对小鼠进行灌肠。通过HE染色观察各组肠组织的变化,透射电镜观察组织的超微结构变化,流式细胞检测辅助性T细胞1(Th1)、Th2细胞含量,血常规检测血液中白细胞计数(WBC)、红细胞计数(RBC)、血小板计数(PLT)和血红蛋白(HGB),尼莫地平法评估干预前后疗效指数,16S rRNA高通量测序技术检测肠内容物中的菌群分布。结果各组小鼠均造模成功。肠组织HE染色显示:CUCM组与DUCM组肠黏膜表面出现不同程度的缺损或脱落坏死;CUCM+FMT组、CUCM+5-ASA组、DUCM+FMT组、DUCM+5-ASA组肠黏膜基本完整;并且DUCM+FMT组与CUCM+FMT组相比,前者腺体较后者排列整齐并紧密。肠组织透射电镜超微结构显示:CUCM组与DUCM组上皮细胞表面微绒毛稀疏,杯状细胞减少;CUCM+FMT组、CUCM+5-ASA组、DUCM+FMT组、DUCM+5-ASA组微绒毛较为致密,杯状细胞数目较多;并且DUCM+FMT组与CUCM+FMT组相比,前者微绒毛较后者紧密,杯状细胞也较后者多。各组小鼠Th1、Th2细胞含量、WBC、RBC、PLT、HGB比较,差异均有统计学意义(P<0.001)。CUCM+5-ASA组、DUCM+FMT组、DUCM+5-ASA组疗效指数高于CUCM+FMT组(P<0.05)。菌群分析显示CUCM组与DUCM组中丰度显著降低的属是Ruminococcus,显著升高的属是Akkermansia,经过FMT治疗后,CUCM+FMT组、DUCM+FMT组有逐步向Control组靠拢的趋势,表明肠道菌群正在改善。结论FMT可治疗溃疡性结肠炎模型小鼠,且针对DUCM疗效更佳,FMT(新金汁)的中药性味苦寒,推测其发挥功效的途径可能是通过调节肠道菌群进而改善Th1/Th2细胞平衡,达到治疗的目的。

摘要： 采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元(OTU)数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门(相对丰度>1%)主要有变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等,优势细菌属(相对丰度>1%)主要有泛菌属(Pantoea)、乳杆菌属(Lactobacillus)、雀麦属(Bromus tectorum)等。绝对优势真菌门(相对丰度>90%)为子囊菌门(Ascomycota),第一优势真菌属(相对丰度>50%)为孢圆酵母属(Torulaspora)。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。

摘要： 目的探究三七注射液对慢性肾衰竭大鼠肠道菌群多样性结构的影响。方法将120只雄性SD大鼠随机分成正常组、模型组、三七低剂量组、三七中剂量组、三七高剂量组、贝那普利组,每组20只。除正常组外,其他组均采用5/6肾脏切除法建立慢性肾衰竭模型。造模成功后,正常组与模型组大鼠腹腔注射生理盐水10 mL/(kg·d),三七低、中、高剂量组大鼠分别腹腔注射三七注射液1 g生药/(kg·d)、2 g生药/(kg·d)、3 g生药/(kg·d),贝那普利组给予盐酸贝那普利5 mg/(kg·d)灌胃,均1次/d,共8周。末次干预24 h后,腹主动脉采血检测肾功能指标[尿素氮(BUN)、血肌酐(SCr)],收集各组大鼠粪便样本行生物多样性分析(α多样性分析、β多样性分析、OTU分析)。结果正常组与各药物干预组BUN、SCr水平均明显低于模型组(P均<0.05),且三七高剂量组均明显低于三七低剂量组、三七中剂量组和贝那普利组(P均<0.05)。α多样性分析示,模型组Shannon、ACE、Chao指数均明显低于正常组(P均<0.05);三七低、中剂量组ACE、Chao指数均明显高于模型组(P均<0.05),且三七中剂量组明显高于三七低剂量组(P均<0.05);三七高剂量组与贝那普利组Shannon、ACE、Chao指数均明显高于模型组、三七低剂量组、三七中剂量组(P均<0.05),但三七高剂量组均明显低于贝那普利组(P均<0.05)。β多样性分析示正常组与三七低剂量组、三七中剂量组、贝那普利组样本间距离较为接近;在属水平上慢性肾衰竭大鼠的肠道菌群分布比例发生显著改变,三七中剂量组和三七高剂量组中乳杆菌属、毛螺菌属、瘤胃菌属、瘤胃球菌属丰度明显上升,大肠杆菌-志贺菌属丰度明显下降。结论三七注射液可以有效改善慢性肾衰竭大鼠的肠道菌群结构及多样性,保护肾功能。

摘要： 本试验旨在研究不同谷物淀粉对断奶马驹盲肠菌群多样性的影响,为研究不同谷物淀粉调控肠道菌群的生物学作用提供理论依据。选取18匹5月龄断奶哈萨克马驹,按照平均体重[(112.36±7.50)kg]相近的原则随机分为3组,每组6匹。在相同的粗饲料条件下,以谷物淀粉摄入量相同为原则,按照每头马驹每千克体重补喂谷物淀粉2 g(干物质基础),试验Ⅰ组补喂含有蒸汽压片玉米的精料补充料,试验Ⅱ组补喂含有蒸汽压片燕麦的精料补充料,试验Ⅲ组补喂含有蒸汽压片大麦的精料补充料。试验期60 d。结果表明:1)各组之间断奶马驹盲肠菌群alpha多样性指数均无显著差异(P>0.05)。2)试验Ⅲ组拟杆菌门相对丰度极显著高于试验Ⅰ组和试验Ⅱ组(P<0.01),试验Ⅱ组厚壁菌门相对丰度极显著高于试验Ⅲ组(P<0.01),试验Ⅰ组放线菌门相对丰度极显著高于试验Ⅱ组和试验Ⅲ组(P<0.01),试验Ⅰ组蓝藻菌门相对丰度显著高于试验Ⅱ组和试验Ⅲ组(P<0.05)。3)试验Ⅱ组乳杆菌科相对丰度极显著高于试验Ⅲ组(P<0.01),试验Ⅱ组普雷沃氏菌科相对丰度显著高于试验Ⅰ组(P<0.05),试验Ⅲ组毛螺旋菌科相对丰度显著高于试验Ⅰ组和试验Ⅱ组(P<0.05),试验Ⅰ组链球菌科相对丰度极显著高于试验Ⅲ组(P<0.01)。4)试验Ⅱ组乳酸杆菌属相对丰度极显著高于试验Ⅲ组(P<0.01),试验Ⅰ组链球菌属相对丰度显著高于试验Ⅲ组(P<0.05),试验Ⅱ组八叠球菌属相对丰度显著高于试验Ⅲ组(P<0.05),试验Ⅲ组拟普雷沃菌属相对丰度极显著高于试验Ⅰ组(P<0.01),试验Ⅰ组乳球菌属相对丰度极显著高于试验Ⅲ组(P<0.01)。5)LEfSe分析表明试验Ⅱ组有显著性的物种有6种,试验Ⅲ组有显著性的物种有3种。FAPROTAX功能预测出35种功能。由此可见,在本试验条件下,给断奶马驹补喂大麦能提高盲肠拟杆菌门、厚壁菌门相对丰度,降低放线菌门、蓝藻菌门相对丰度,且能够促进盲肠微生物无氧呼吸作用和产乙酸等功能。

摘要： 目的探讨黄芩汤对溃疡性湿热证小鼠肠道菌群的影响。方法将C57BL/6雄性小鼠随机分为空白对照(NC)组、模型(DSS)组、黄芩汤(HQD)组,每组7只。除NC组正常饲养外,其余2组均给予高脂高糖饮食,同时暴露在温度32°C、湿度90%环境中,每天持续16 h,连续15 d后,自由饮用2.5%葡聚糖硫酸钠水7 d。HQD组给予黄芩汤(9.1 mg/kg),NC组、DSS组均给予同体积蒸馏水灌胃7 d,期间观察小鼠一般情况,评价其疾病活动指数(disease activity index,DAI)。处死小鼠后,取中段结肠评价小鼠病理改变,取盲肠内容物进行16S rDNA高通量测序。结果与NC组比较,DSS组小鼠DAI评分显著增高,结肠黏膜结构受损,肠道菌群多样性降低,变形菌(Proteobacteria)、拟杆菌属(Bacteroides)、大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、瘤胃球菌属(Ruminococcus torques)相对丰度显著提高,厚壁菌门(Firmicutes)、布劳特氏菌属(Blautia)、毛螺菌属(Lachnospiraceae NK4A136 group)相对丰度显著下降;经黄芩汤治疗后,能显著减轻模型小鼠的疾病活动,修复其结肠的病理损伤,逆转肠道菌群的紊乱。结论黄芩汤可能通过提高菌群多样性及调节溃疡性结肠炎湿热证小鼠菌群丰度,提升肠黏膜的完整性以发挥生物屏障功能,从而发挥治疗作用。

摘要： 为掌握贵州山地野猪(Sus scrofa)盲肠细菌菌群的结构功能、多样性以及菌群的地区和性别差异,揭示细菌的特异性及其与宿主的相互作用,采用16S rRNA高通量测序技术对12头贵州野猪盲肠细菌菌群进行分析,共获得有效序列59246条,经优化后以97%相似度聚类得到1256个OTU。结果表明:(1)不同地区和性别组间菌群多样性总体上差异均不显著,而在具体菌群组成上存在一定的差异菌属。(2)共聚类得到细菌18门278属,优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)等6个,优势菌属有Ruminococcaceae_UCG-005、Christensenellaceae_R-7_group和Prevotellaceae_NK3B31_group等16个。(3)LEfSe分析表明,黔东南与黔北组间存在显著差异(P<0.05)的菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)和拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)等。(4)PICRUSt基因预测分析表明,野猪盲肠富集了44条代谢途径,以碳水化合物代谢途径为主,其次为氨基酸代谢途径。结合已有研究分析,贵州野猪盲肠细菌菌群多样性高于河南野猪、重庆圈养野猪及藏猪,不同地区、性别间均各自富集其核心菌群。研究结果为探究野猪肠道菌群如何与宿主相互作用、疾病预防和免疫发育提供基础资料,从而促进野猪的生理生化、保护管理和种群生态学等方面的研究。

摘要： 添加分离自酸菜发酵液的干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)HDS-01构建酸菜发酵微生物生态体系,利用高效液相色谱法、酸碱滴定法、高通量测序和实时定量PCR技术结合传统酶学分析方法等,研究酸菜发酵过程中理化因子和微生物群落的动态变化,评价L. casei HDS-01对酸菜品质及安全性的影响。结果表明,添加L. casei HDS-01发酵酸菜的pH在第3 d就下降至3.15±0.08,发酵初期乳酸菌数为(7.63±0.19)lg CFU/mL。在发酵酸菜各时期,乳酸代谢途径关键酶活力均显著高于自然发酵酸菜(P<0.05)。在发酵末期,乳酸、总酸和VC含量分别为(7.88±0.38)、(8.45±0.38) g/L和(445.02±10.53)mg/kg,亚硝酸盐含量为(1.55±0.86)mg/kg。对酸菜样品进行感官评价发现,L. casei HDS-01发酵酸菜从发酵液清澈度、酸菜的色泽、香气、口味以及脆度等方面均优于自然发酵酸菜。此外,L. casei HDS-01发酵酸菜中乳杆菌属(Lactobacillus)始终保持优势地位(63.36%~95.79%),降低了肠杆菌属(Enterobacter)(0.04%~2.26%)和假单胞菌属(Pseudomonas)(0.28%~25.84%)等致病菌丰度,调控了菌群多样性,缩短了发酵进程。本研究对发酵用菌种资源和功能菌的开发具有重要的实践意义。

摘要： 本研究在大田条件下,对不同发育时期的花生根际土壤菌群的多样性进行了分析,同时研究了施用乳酸菌菌肥对花生根际微生物以及花生产量和品质性状的影响.采用对不同根际土壤样品中细菌的16S rRNA基因的高变区V3-V4区进行PCR扩增及高通量测序的方法,结合对测序数据的生物信息学分析获得了不同发育时期花生根际土壤的菌群多样性和丰度信息.结果表明:与空地相比,花生根际微生物的丰度要相对较低,丰度最大的是花生的旺花期,随着发育进程,花生根际土壤微生物的多数种类的丰度在逐渐降低.各个发育时期,花生根际与空地土壤相比差异的菌属是不同的,每个时期有其特异的菌属优势.乳酸菌的施用可以促进和抑制一些花生根际菌属,最终的效果可以提高花生荚果的重量和根中的蛋白含量.

摘要： 目的:研究不同养殖阶段暗纹东方鲀肠道及养殖水体菌群多样性,探讨河豚毒素(TTX)来源.方法:应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCRDGGE),克隆技术分析养殖暗纹东方鲀肠道及水体菌群多样性.结果:经序列比对,一、二龄暗纹东方鲀肠道内未发现产TTX细菌;三龄暗纹东方鲀肠道内含有一株细菌与产TTX细菌Shewanella putrefacien相似性为98％,另有二株细菌与Shewanella属细菌相似性为100％;同时各阶段养殖水体中均存在Shewanella属细菌.结论:验证了TTXX的外源性学说.

摘要： 目的：比较分析WHBE兔和日本大耳白(Japanese white rabbit,JW)兔腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)模型肠道菌群的差异性. 方法：WHBE兔和JW兔各16只,按品系随机分为两组,即正常对照(NC)组和IBS模型组,每组8只.采用湿热应激复合番泻叶方法建立腹泻型IBS兔模型,观察实验兔的腹围指数、粪便含水量、结肠转运功能,处死后分别取结肠组织和结肠内容物进行病理组织学观察和肠道菌群多样性分析. 结果：与NC组比,IBS模型兔均出现腹围指数和粪便含水量增加,结肠转运时间缩短,但结肠组织未见病理性改变;同时IBS模型兔Shannon指数和Chao1指数均显著下降(P＜0.05).根据OTU分类分析的结果,厚壁菌门和拟杆菌门为兔肠道菌群的绝对优势菌群.与NC组比较,WHBE兔IBS模型组厚壁菌门、疣微菌门、绿弯菌门、Akk菌属、链球菌属均明显下降(P＜0.05,P＜0.01),拟杆菌门和rc4-4菌属丰度显著上升(P＜0.05,P＜0.01);而JW兔IBS模型组优杆菌属和罕见小球菌属均显著上升(P＜0.05),乳酸杆菌属、粪杆菌属、韦荣球菌属和链球菌属均显著下降(P＜0.05).与JW兔NC组比,WHBE兔NC组厚壁菌门、Odoribacter菌属、韦荣球菌属、链球菌属、颤螺旋菌属、Pseudoflavonifractor菌属较低(P＜0.05,P＜0.01),拟杆菌门、疣微菌门、优杆菌属、粪杆菌属、Akk菌属较高(P＜0.05,P＜0.01).与JW兔IBS模型组比,WHBE兔IBS模型rc4-4菌属、粪杆菌属、梭菌属的丰度较高(P＜0.05,P＜0.01),而厚壁菌门、多尔氏菌属、粪球菌属和罕见小球菌属的丰度则较低(P＜0.05,P＜0.01). 结论：IBS模型兔存在肠道菌群失调,导致菌群多样性降低;WHBE兔和JW兔IBS模型肠道菌群变化均具有其自身的特点,且具有明显的差异性.

摘要： 呼吸道是人体开放性管道,时刻面临环境中各种危害因素的侵袭,定植于上呼吸道的正常菌群在保持宿主防御机制中起着关键作用,本实验对健康人群上呼吸道菌群进行测定,了解不同年龄人群上呼吸道菌群多样性及优势菌群构成,为预防呼吸道感染提供科学支持.

摘要： 利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和实时定量PCR技术,动态监测在ε-聚赖氨酸(ε-Poly-L-lysine,ε-PL)灌胃实验过程中,小鼠粪便中菌群结构和数量的变化.结果显示小鼠粪便中乳杆菌属的菌群多样性有显著性增加,然而肠杆菌属、细菌总属在总菌群中比例没有显著性变化.

摘要： 目的：对海南三亚湾鹿回头海区的喇叭藻海南变型进行共附生细菌多样性分析,为研究海藻与细菌之间的相互关系奠定基础. 方法：采用常规分离培养和基于16S rDNA基因序列分析的方法. 结果和结论：本研究获得52株细菌分离株,序列比对及系统进化树分析结果表明:36株分离株序列相似度为100％,定为同一种细菌,与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度96.5％,占绝对优势(69％),为优势菌;分离株4-35与4-42序列相似度100％,与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度96.2％;菌株4-16、4-48与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度分别为89.6％、87.7％,疑为新种;另外,还有分离株分属于Roseobacter sp、Rhodobacteraceae bacterium、Vibrio owensii、Celeribacter halophilus、Vibrio pelagius和口Alteromonas hispanica.将16S rDNA序列相似度100％的菌株取1株作为代表构建系统发生树的结果显示,获得的菌株聚为3支,分别为γ-变形菌中的弧菌(Vibrio),α-变形菌的红杆菌(Rhodobacteraceae)和拟杆菌门的黄杆菌(Flavobacteria).

摘要： 目的：对海南三亚湾鹿回头海区的喇叭藻海南变型进行共附生细菌多样性分析,为研究海藻与细菌之间的相互关系奠定基础. 方法：采用常规分离培养和基于16S rDNA基因序列分析的方法. 结果和结论：本研究获得52株细菌分离株,序列比对及系统进化树分析结果表明:36株分离株序列相似度为100％,定为同一种细菌,与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度96.5％,占绝对优势(69％),为优势菌;分离株4-35与4-42序列相似度100％,与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度96.2％;菌株4-16、4-48与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度分别为89.6％、87.7％,疑为新种;另外,还有分离株分属于Roseobacter sp、Rhodobacteraceae bacterium、Vibrio owensii、Celeribacter halophilus、Vibrio pelagius和口Alteromonas hispanica.将16S rDNA序列相似度100％的菌株取1株作为代表构建系统发生树的结果显示,获得的菌株聚为3支,分别为γ-变形菌中的弧菌(Vibrio),α-变形菌的红杆菌(Rhodobacteraceae)和拟杆菌门的黄杆菌(Flavobacteria).

摘要： 目的：对海南三亚湾鹿回头海区的喇叭藻海南变型进行共附生细菌多样性分析,为研究海藻与细菌之间的相互关系奠定基础. 方法：采用常规分离培养和基于16S rDNA基因序列分析的方法. 结果和结论：本研究获得52株细菌分离株,序列比对及系统进化树分析结果表明:36株分离株序列相似度为100％,定为同一种细菌,与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度96.5％,占绝对优势(69％),为优势菌;分离株4-35与4-42序列相似度100％,与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度96.2％;菌株4-16、4-48与Flavobacteriaceae bacterium(FJ526380.1)相似度分别为89.6％、87.7％,疑为新种;另外,还有分离株分属于Roseobacter sp、Rhodobacteraceae bacterium、Vibrio owensii、Celeribacter halophilus、Vibrio pelagius和口Alteromonas hispanica.将16S rDNA序列相似度100％的菌株取1株作为代表构建系统发生树的结果显示,获得的菌株聚为3支,分别为γ-变形菌中的弧菌(Vibrio),α-变形菌的红杆菌(Rhodobacteraceae)和拟杆菌门的黄杆菌(Flavobacteria).

摘要： 本课题利用16S rRNA V3高变区测序和传统微生物分离纯培养方法分析日本鳗鲡小肠共生微生物的多样性.两种方法均表明在日本鳗鲡小肠黏膜和内含物中,细菌占整个小肠共生微生物的98％以上.主要的优势菌群为变形菌门Proteobacteria和厚壁杆菌门Firmicutes,这两个门的细菌占日本鳗鲡小肠细菌总量的70％以上,此外,还有酸杆菌门Acidobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes、疣微菌门Verrucomicrobia、梭杆菌门Fusobacteria、绿弯菌门Chloroflexi、芽单胞菌门Gemmatimonadetes、浮霉菌门Planctomycetes、蓝藻门Cyanobacteria、硝化螺旋菌门Nitrospirae.变形菌门由气单胞菌属Aeromonas、希瓦氏菌属Shewanella、克雷伯氏菌属Klebsiella、肠杆菌属Enterobacter、柠檬酸杆菌属Citrobacter、埃希氏杆菌属Escherichia不动杆菌属Acinetobacter组成.厚壁菌门Firmicutes,包括乳球菌属Lactococcus、肠球菌属Enterococcus.比较两种方法,传统分离纯培养方法所分离到的单克隆菌属类似高通量测序结果,它对日本鳗鲡小肠共生微生物的分离鉴定进一步支持了高通量测序分析的结果,暗示结合两种方法将能够更全面、深入的分析日本鳗鲡肠道微生物多样性.rn 其次，日本鳗鲡在养殖过程中由于密度大、产量高，容易导致其受到病害的威胁。为了解决这个问题以及不使用副作用大的抗生素，我们结合微生物传统分离培养结果以及益生菌乳酸菌的生理功能和抗氧化活性，将分离到的乳酸菌同基础饲料混合饲喂日本鳗鲡，利用血液生化分析仪进行血液生化指标的测定。结果表明，日本鳗鲡能够通过提高总蛋白(totalprotein,TP)、白蛋白(albumin,ALB)、球蛋白(globulin,GLO),葡萄糖(glucose,GLU)以及超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)等指标来增强机体的免疫力，揭示肠道潜在益生菌对日本鳗鲡抗病力的影响。同时，所获得的菌种能开发成高效微生态制剂、有利于我省特色品种一鳗鲡的绿色高效养殖。

摘要： 本课题利用16S rRNA V3高变区测序和传统微生物分离纯培养方法分析日本鳗鲡小肠共生微生物的多样性.两种方法均表明在日本鳗鲡小肠黏膜和内含物中,细菌占整个小肠共生微生物的98％以上.主要的优势菌群为变形菌门Proteobacteria和厚壁杆菌门Firmicutes,这两个门的细菌占日本鳗鲡小肠细菌总量的70％以上,此外,还有酸杆菌门Acidobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes、疣微菌门Verrucomicrobia、梭杆菌门Fusobacteria、绿弯菌门Chloroflexi、芽单胞菌门Gemmatimonadetes、浮霉菌门Planctomycetes、蓝藻门Cyanobacteria、硝化螺旋菌门Nitrospirae.变形菌门由气单胞菌属Aeromonas、希瓦氏菌属Shewanella、克雷伯氏菌属Klebsiella、肠杆菌属Enterobacter、柠檬酸杆菌属Citrobacter、埃希氏杆菌属Escherichia不动杆菌属Acinetobacter组成.厚壁菌门Firmicutes,包括乳球菌属Lactococcus、肠球菌属Enterococcus.比较两种方法,传统分离纯培养方法所分离到的单克隆菌属类似高通量测序结果,它对日本鳗鲡小肠共生微生物的分离鉴定进一步支持了高通量测序分析的结果,暗示结合两种方法将能够更全面、深入的分析日本鳗鲡肠道微生物多样性.rn 其次，日本鳗鲡在养殖过程中由于密度大、产量高，容易导致其受到病害的威胁。为了解决这个问题以及不使用副作用大的抗生素，我们结合微生物传统分离培养结果以及益生菌乳酸菌的生理功能和抗氧化活性，将分离到的乳酸菌同基础饲料混合饲喂日本鳗鲡，利用血液生化分析仪进行血液生化指标的测定。结果表明，日本鳗鲡能够通过提高总蛋白(totalprotein,TP)、白蛋白(albumin,ALB)、球蛋白(globulin,GLO),葡萄糖(glucose,GLU)以及超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)等指标来增强机体的免疫力，揭示肠道潜在益生菌对日本鳗鲡抗病力的影响。同时，所获得的菌种能开发成高效微生态制剂、有利于我省特色品种一鳗鲡的绿色高效养殖。

摘要： 本发明提供了一种多样性土壤微生物菌群的制造方法及该菌群，所述方法包括：用含有多种土壤微生物食料喂食反刍动物；收集所述反刍动物粪便；将所述粪便发酵，并在发酵过程中添加含氮成份物质用以维持微生物所需的碳氮比。所述多样性土壤微生物菌群，包括芽孢杆菌，假单胞菌，黄杆菌，产碱菌，红球菌，链霉菌。该方法以含有多种土壤性微生物的食料喂食反刍动物，使土壤性微生物寄居繁殖在反刍动物的胃里，收集及发酵反刍动物的排泄物，最终获得多样性土壤微生物菌群。多样性土壤微生物菌群可用于农业土壤改良，叶面肥，肥料发酵，污水治理，水产养殖，土壤污染治理，及饲料增效领域中。

摘要： 本发明提供了副干酪乳杆菌Lactobacillus paracasei在患有生态失调的受试者中维持或增加肠道菌群的多样性中的应用。

摘要： 本发明提供了一种多样性土壤微生物菌群的制造方法及该菌群，所述方法包括：用含有多种土壤微生物食料喂食反刍动物；收集所述反刍动物粪便；将所述粪便发酵，并在发酵过程中添加含氮成份物质用以维持微生物所需的碳氮比。所述多样性土壤微生物菌群，包括芽孢杆菌，假单胞菌，黄杆菌，产碱菌，红球菌，链霉菌。该方法以含有多种土壤性微生物的食料喂食反刍动物，使土壤性微生物寄居繁殖在反刍动物的胃里，收集及发酵反刍动物的排泄物，最终获得多样性土壤微生物菌群。多样性土壤微生物菌群可用于农业土壤改良，叶面肥，肥料发酵，污水治理，水产养殖，土壤污染治理，及饲料增效领域中。

摘要： 本发明公开一种提高土壤微生物菌群丰富度与多样性的有机肥的制备方法和应用，将苦豆子鲜草与羊粪进行堆肥，经厌氧发酵腐熟，得到苦豆子发酵有机肥。通过小区实验，在植株花期结束时，进行追肥，可以提高植株根际土壤中细菌和真菌的丰度，可以增加甜瓜果实可溶性固形物和糖含量。结合分类学组成与RDA分析结果，发现多种有益于植株生长抗病的菌在施用苦豆子发酵有机肥后丰度有显著提升，且与甜瓜果实含糖量和可溶性固形物增加呈正相关。

摘要： 本发明公开了一种基于高通量测序的蕨麻根际微生物多样性及菌群解析方法，包括以下步骤：S1.采集高原蕨麻在根区外土壤及根际土壤；S2.从各样品土壤中提取微生物总DNA，PCR扩增上述总DNA中16SrDNA；S3.对扩增产物质量鉴定，并将不同样品PCR扩增产物按等质量进行混合；S4.对混合文库进行片段大小和定量检测，并高通量测序；S5.准确测定各样品土壤微生物群落组成，进行生物信息学分析。本发明解析方法能解析高原蕨麻根际微生物群落的多样性特征。

摘要： 本发明提供了一种基于二代高通量测序技术的口腔菌群多样性的分析方法及与疾病相关的菌群标志物。其中，该方法包括如下步骤：1)提取待测唾液样本的DNA；2)配置PCR反应体系，进行细菌16S rDNA V1‑V2区的PCR扩增反应；上述PCR反应体系中包含PCR扩增模板、通用引物对等；3)将PCR产物进行目标片段的检测以及PCR产物的纯化；4)将纯化后的PCR产物进行二代高通量测序，检测唾液样本中的微生物的种类；5)利用Ion Torrent PGM测序系统进行测序；6)利用FLASH，QIIME，usearch61进行生物信息学分析。本方法通过二代高通量测序技术，对疾病患者口腔菌群多样性及差异性进行检测，与传统菌群检测方法相比，应用新一代高通量技术能够更详细、更深层地解析菌群的组成与功能。

摘要： 本发明涉及N‑甲基甘氨酸作为皮肤益生元用于增加皮肤微生物菌群多样性，用于预防和/或减少皮肤附属物的丧失、尤其是脱发，和/或用于预防头皮屑的出现和/或减少头皮屑的化妆品用途。另一主题涉及一种美容护理方法，该方法包括局部应用N‑甲基甘氨酸或包含N‑甲基甘氨酸的组合物，用于增加皮肤微生物菌群多样性、用于减少皮肤附属物的丧失和/或用于预防头皮屑的出现和/或减少头皮屑。另一主题进一步涉及N‑甲基甘氨酸或包含N‑甲基甘氨酸的组合物，其用于减少皮肤瘙痒和/或刺激、和/或用于预防和/或减少头皮敏感。

摘要： 本发明公开了骨桥蛋白在增加肠道菌群多样性和增加肠道短链脂肪酸含量中的应用，为骨桥蛋白在制备具有增加肠道菌群多样性和增加肠道短链脂肪酸含量的药物或食品提供了新方向。

摘要： 本发明公开了一种提高肠道菌群多样性的苹果果胶杂多糖的制备方法，包括以下步骤：步骤一、将苹果粉溶解于水中进行酶解，减压浓缩并提纯，得到果胶提取液；步骤二、向果胶提取液中加入果胶甲酯酶和果胶乙酰酯酶进行一次定向酶切，然后加入半乳糖醛酸聚糖酶、果胶裂解酶进行二次定向酶切，再加入聚鼠李半乳糖醛酸酶、木糖基半乳糖醛酸酶、半乳聚糖酶、阿拉伯聚糖酶进行三次定向酶切，得到改性果胶提取液；步骤三、将改性果胶提取液经纯化处理，得到苹果果胶杂多糖。本发明通过三次定向酶切得到中性糖比例高、甲酯化度低、乙酰化度低的苹果果胶杂多糖，该苹果果胶杂多糖可有效提高肠道菌群的多样性、24h内在肠道中微生物发酵降解率高于80％。

摘要： 本发明提供了一种UC患者肠道菌群多样性及差异性的分析检测方法，所述方法包括以下步骤：(1)对相同饮食结构及居住环境的UC患者及配偶进行粪便及肠道黏膜标本采集及处理；(2)对处理后的粪便及肠道黏膜标本分别进行DNA提取及纯化；(3)对提取纯化后的DNA进行16s rRNA分析比对。本发明对UC及其健康配偶肠道菌群的多样性及差异性进行了研究，通过LEfSe分析UC患者肠道中显著改变的核心菌群，为挖掘该核心菌群的关键功能，推测出其可能的致病机制奠定基础。