水稻基因组

摘要： 中国农业科学院作物科学研究所水稻分子设计技术与应用创新团队和上海交通大学合作,基于111份代表性水稻资源的二代和三代全基因组测序数据,构建了高质量水稻泛基因组,获得了9个水稻代表性群体的高质量参考基因组,其中包括5个无缺水稻基因组。相关数据对深度挖掘基因组变异和优良基因,培育突破性的水稻新品种提供重要依据。相关研究成果在线发表在《基因组研究》。

摘要： 稻属包括亚洲栽培稻和非洲栽培稻两个栽培种,它们分别从普通野生稻和短舌野生稻驯化而来。中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所组织攻关、与中国农业大学、南京农业大学、中国水稻研究所、中国科学院遗传与发育生物学研究所等单位合作,组装了251份高质量的水稻基因组,构建了目前植物中群体规模最大的、基因组充分注释的、稻属中最为系统的超级泛基因组。该图谱的完成将极大地促进水稻功能基因挖掘和水稻种质资源利用。

摘要： 中国农业科学院作物科学研究所水稻分子设计技术与应用创新团队和上海交通大学合作,基于111份代表性水稻资源的二代和三代全基因组测序数据,构建了高质量水稻泛基因组,获得了9个水稻代表性群体的高质量参考基因组,其中包括5个无缺水稻基因组。相关数据对深度挖掘基因组变异和优良基因,培育突破性的水稻新品种提供重要依据。相关研究成果在线发表在《基因组研究》。

摘要： 中国水稻研究所水稻基因组编辑及无融合生殖创新团队和中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋团队合作,研究建立了一种对外源成分进行精确分析的工具FED(Foreign Element Detector,外源成分探测器)。相关研究成果在线发表在《中国科学:生命科学(Science China Life Sciences)》(英文版)上。

摘要： 从杭州到海南的试验田里,中国水稻研究所水稻基因组模块创制创新团队副研究员任德勇将青春与职责完美演绎。没有感人故事,抑或绚丽光环,有的只是一位青年,常年俯身在实验台前,躬身于田间地头,将稻作科技前沿研究与一线应用齐头并进。水稻的育种研究需要大田试验和室内试验的有机结合,不仅要和看不见摸不着的分子实验打交道,还总是隔三岔五与泥水为伴。高温高湿的环境中,这位出生于农村的“农业科学家”也得努力适应“足蒸暑土气,背灼炎天光”。

摘要： 中国水稻研究所水稻基因组模块创制创新团队在《新植物学家》上在线发表了最新研究成果。该研究克隆了一个水稻粒宽粒重QTL/基因并开展了功能分析,为阐明水稻粒形的遗传调控机制和高产分子育种奠定了基础。

摘要： 近日,中国水稻研究所水稻基因组模块创制创新团队在《新植物学家》在线发表了最新研究成果。该研究克隆了一个水稻粒宽粒重QTL/基因并开展了功能分析,为阐明水稻粒形的遗传调控机制和高产分子育种奠定了基础。此前,科学家已克隆了一些控制水稻籽粒大小的重要基因/QTL,但水稻粒形和粒重调控的分子机理仍不清楚。水稻育种家们利用籽粒大小的自然变异对水稻产量和品质进行改良,但只有少数几个粒形调控基因的等位变异能被广泛利用。

摘要： ''嫦娥奔月''、''北斗''耀空、港珠澳大桥通车、''复兴号''添丁……2018年,我国一系列科技创新项目结出硕果,令人振奋,为建设创新型国家注入了强劲动力。A我国在全球首次实现非人灵长类动物体细胞克隆2018年1月24日,中国科学院宣布我国在国际上首次实现了非人灵长类动物的体细胞克隆:2018年12月5日第二个克隆猴''华华''诞生。该成果标志中国率先开启了以体细胞克隆猴作为实验动物模型的新时代,实现了我国在非人灵长类研究领域由国际''并跑''到''领跑''的转变。

摘要： 迄今全球最大植物基因测序项目“3000份水稻基因组研究”26日结出硕果——北京时间当天凌晨1点,国际顶级学术期刊《自然》正式发表《3010份亚洲栽培稻基因组研究》;由中国主导的此项国际间科研大协作,针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨,揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构,剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传多样性。

摘要： 近日,华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室教授李兴旺和李国亮团队合作,绘制了水稻活跃基因以及异染色质参与的高分辨率三维基因组图谱,揭示了水稻三维基因组结构对基因的转录调控,以及遗传变异对三维基因组结构及基因表达的影响。8月13日,相关成果在线发表于《自然-通讯》。近年来,利用传统的Hi-C技术,水稻三维基因组研究获得了多项重要发现。

摘要： 在最近完成测序的水稻籼稻和粳稻两个亚种基因组中,各找到564和519个较为可靠的tRNA基因,进一步证实了于2002年发表的基于基因组序列草图的分析结果.修正的摆动假设,即至少需要46种tRNA基因才能译出61种可能的反密码子,在这两个亚种中均准确成立.在这46种tRNA中,有些在籼稻和粳稻中的序列均全同.有18种水稻tRNA与拟地芥中的相应序列全同.在籼稻基因组序列中还发现了384个5S rRNA基因,一批17S和5.8S rRNA基因以及一个25S rRNA基因.这些rRNA基因的不完备是由于它们通常以串接阵列形式存在于异染色质区域,而后者在全基因组霰弹法测序中不易完整测出.在tRNA和rRNA基因序列这间发现了多处互补片段,这将有助于研究它们的进化和相互作用.

摘要： 本文介绍了北京华大基因研究中心的科研实力、思想理念、科学立论、体制结构与运行机制;综述了该研究中心所承担的人类基因组1﹪测序项目、水稻(籼稻)基因组项目等科研成果.

摘要： 本文介绍了北京华大基因研究中心的科研实力、思想理念、科学立论、体制结构与运行机制;综述了该研究中心所承担的人类基因组1﹪测序项目、水稻(籼稻)基因组项目等科研成果.

摘要： 本文介绍了北京华大基因研究中心的科研实力、思想理念、科学立论、体制结构与运行机制;综述了该研究中心所承担的人类基因组1﹪测序项目、水稻(籼稻)基因组项目等科研成果.

摘要： 本文介绍了北京华大基因研究中心的科研实力、思想理念、科学立论、体制结构与运行机制;综述了该研究中心所承担的人类基因组1﹪测序项目、水稻(籼稻)基因组项目等科研成果.

摘要： 本文介绍了北京华大基因研究中心的科研实力、思想理念、科学立论、体制结构与运行机制;综述了该研究中心所承担的人类基因组1﹪测序项目、水稻(籼稻)基因组项目等科研成果.

摘要： 本发明公开了一种利用全基因组测序进行分离鉴定与精细定位水稻农艺性状基因的方法，首先利用回交获得目标性状分离的3‑6代回交群体，选取目标性状差异最大的两个单株分别进行重测序，对测序结果中的杂合位点进行比较分析，筛选出目标性状候选位点；再利用回交F2群体连锁分析进行QTL分离鉴定与精细定位。本发明的方法能快速准确的鉴定并精细定位水稻QTLs，为其进一步的克隆与功能分析打下坚实基础。

摘要： 本发明公开了水稻硝酸盐运输蛋白基因组OsNRT2.3的基因工程应用，属于基因工程领域。水稻硝酸盐运输蛋白基因组OsNRT2.3的核苷酸序列SEQ ID NO.1及其表达的OsNRT2.3a蛋白氨基酸序列SEQ ID NO.2和OsNRT2.3b蛋白氨基酸序列SEQ ID NO.3。本发明基因为水稻中的首次报道，参与水稻硝酸盐的运输尤其在缺氮和环境pH恶劣的情况下，mRNA表达分析表明OsNRT2.3a受低硝态氮的诱导，只在侧根中表达；OsNRT2.3b在根系与地上部分都有表达，负责硝酸盐的转运。在蛙卵异源体系中表达OsNRT2.3a和OsNRT2.3b蛋白，确定它们为高亲和硝酸盐运输蛋白，并发现这两个蛋白存在一个pH调控位点，受pH调控。在低氮条件下OsNRT2.3转基因植株表现能更有效运输硝酸盐，提高氮素利用效率和最终产量。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 本发明公开了一种水稻性细胞基因组香味基因定向编辑方法，具体包括：针对水稻香味基因Fgr分别设计编辑靶点T1和T2，将靶点目的片段重组至CRISPR/Cas9表达载体；将磁性PEI@Fe3O4纳米颗粒与重组后的载体相结合，构建出基因‑纳米磁性颗粒载体复合物；将该复合物与水稻离体花粉共培养，在磁场的驱动下，将该复合物转入水稻花粉中，通过授粉受精过程实现香味基因的定向编辑和遗传。本发明将纳米颗粒与基因定向编辑载体结合，利用人工授粉实现CRISPR/Cas9对水稻性细胞基因组香味基因的定向编辑，解决了传统方法转基因植株获得困难的问题，为水稻优良品种培育提供了新思路。

摘要： 本发明公开了一种利用全基因组测序进行分离鉴定与精细定位水稻农艺性状基因的方法，首先利用回交获得目标性状分离的3‑6代回交群体，选取目标性状差异最大的两个单株分别进行重测序，对测序结果中的杂合位点进行比较分析，筛选出目标性状候选位点；再利用回交F2群体连锁分析进行QTL分离鉴定与精细定位。本发明的方法能快速准确的鉴定并精细定位水稻QTLs，为其进一步的克隆与功能分析打下坚实基础。

摘要： 本发明公开了一种利用水稻基因组学技术快速精准选育三系水稻恢复系的方法，该方法通过将常规育种与分子标记辅助筛选结合，同时利用基于水稻全基因组测序的基因分型技术进行遗传背景筛选，可筛选获得含有纯合育性恢复基因且遗传背景更接近目标亲本恢复系。与现有技术相比，该方法大大缩短了恢复系的改良世代，仅3‑4年就能精准选育出综合性状优良的三系水稻恢复系。

摘要： 本发明公开了一种利用水稻基因组学技术快速精准选育三系水稻不育系的方法，该方法通过将常规育种与分子标记辅助筛选结合，有效剔除育性恢复基因，同时利用基于水稻全基因组测序的基因分型技术进行遗传背景筛选，可筛选获得遗传背景更接近目标亲本的不育系和对应的保持系。与现有技术相比，该方法大大缩短了保持系的改良世代和不育系的回交世代，仅4‑5年就能精准选育出综合性状优良的三系水稻不育系。

摘要： 本发明公开了一种利用水稻基因组学技术快速精准选育三系水稻不育系的方法，该方法通过将常规育种与分子标记辅助筛选结合，有效剔除育性恢复基因，同时利用基于水稻全基因组测序的基因分型技术进行遗传背景筛选，可筛选获得遗传背景更接近目标亲本的不育系和对应的保持系。与现有技术相比，该方法大大缩短了保持系的改良世代和不育系的回交世代，仅4‑5年就能精准选育出综合性状优良的三系水稻不育系。

摘要： 本发明公开了一种利用水稻基因组学技术快速精准选育三系水稻恢复系的方法，该方法通过将常规育种与分子标记辅助筛选结合，同时利用基于水稻全基因组测序的基因分型技术进行遗传背景筛选，可筛选获得含有纯合育性恢复基因且遗传背景更接近目标亲本恢复系。与现有技术相比，该方法大大缩短了恢复系的改良世代，仅3‑4年就能精准选育出综合性状优良的三系水稻恢复系。

摘要： 一种水稻基因组基因标识的新方法1基因组测序与数据分析。2品种特异基因标识。提供全基因组标识，代表品种全基因组特异性。提供基因标识，揭示品种基因结构、基因功能。揭示品种来源、昭示新一代品种基因特征。基于分子育种，发展设计育种，发展新一代品种。现代育种往往采用常规育种与分子育种方法相结合。约有半数的育种家在发展“设计育种计划”，未来的育种更多地依赖核心种质、骨干亲本和推广品种。本技术具有持续降低成本、提高育种效能、发展系列品种的有益效果。