比较蛋白质组学

摘要： 分别采集成年克隆猪和正常繁殖猪(对照)的肺脏样品,利用双向电泳-质谱体系和Western blot方法的比较蛋白质组学技术对其蛋白进行分离、鉴定和验证,并结合生物信息学手段对相关差异蛋白进行功能分析,研究体细胞核移植(即克隆)操作在蛋白质水平上对克隆猪肺脏发育的影响.结果表明:体细胞核移植操作对克隆猪肺脏的发育有较大影响.与对照猪相比,克隆猪肺脏蛋白共有26个差异蛋白,其中半胱天冬酶凋亡前衔接蛋白、增殖细胞核抗原和核糖-5-磷酸异构酶等22个为上调蛋白,纤维蛋白原γ链、纤维蛋白原β链和血红蛋白α亚基等4个为下调蛋白,主要涉及抗氧化活性、翻译调节和催化活性等重要功能.

摘要： [目的 ]研究产量刺激剂——乙烯对橡胶树筛管的物质(尤其是蔗糖)传输效率影响的可能机制.[方法 ]将橡胶树幼苗的树皮用乙烯利溶液或水(作为对照)处理,分别收集胶乳和树皮的筛管组织,对前者进行蔗糖含量测定,对后者进行比较蛋白质组学分析.[结果 ]乙烯处理后,橡胶树幼苗胶乳的蔗糖含量显著下降.双向电泳结果表明66个蛋白质点的丰度发生显著变化,通过MALDI-TOF/TOF质谱分析和数据库检索鉴定了54个差异表达蛋白质.乙烯处理引起的差异表达蛋白主要与筛管中碳水化合物的运输及代谢过程相关.[结论 ]施用乙烯提高了筛管的传输效率,并促进了筛管的能量和蔗糖消耗.%[Objective] To elucidate the role of ethylene (ET), a latex yield stimulant of the rubber tree, on the sieve tube (ST) transport efficiency of materials (especially sucrose) needed for natural rubber biosynthesis. [Method] Rubber tree seedlings were treated with ET solution or water which was used as a control on the bark, and latex samples and ST tissue samples were collected for proteomic analyses and latex sucrose content determination respectively. [Results] After ET treatment, the sucrose content of the latex was found significantly decreased. A total of 66 ethylene-responsive proteins (ERPs) were distinguished by two-dimensional gel electrophoresis (2-DE), and 54 were successfully identified by MALDI-TOF/TOF and database searching. The majority of these ERPs were involved in carbohydrate transport and metabolic processes in the ST. [Conclusion] Our findings suggest that the application of ET may increase the transport efficiency of the ST and that the application of ET promotes the consumption of energy and sucrose in the ST.

摘要： 目的 应用定量蛋白质组学方法比较我国利什曼原虫伽师株有毒力和无毒力前鞭毛体蛋白表达的差异.方法 将分离于我国新疆伽师县黑热病患者婴儿利什曼原虫JS5有毒力株前鞭毛体和无毒力株前鞭毛体经酶解后进行液相色谱串联质谱(Liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)的非标记(Label-free)定量分析,利用MaxQuant软件查库,进行Label-free非标定量(LFQ)分析;每个样品重复3次质谱分析,只有1次有LFQ值的蛋白舍弃.结果 本研究共鉴定蛋白3 994个,有毒力和无毒力株间差异蛋白为298个(差异倍数＞1.2或差异倍数＜0.83,P＜0.05),其中利什曼原虫有毒力株前鞭毛体特有表达蛋白15个,无毒力株前鞭毛体特有表达蛋白23个,二者间表达丰度有显著差异蛋白260个,其中有毒力前鞭毛体表达上调蛋白(高表达)78个,表达下调蛋白(低表达)182个.这些差异表达蛋白中已鉴定功能的蛋白分别涉及糖与脂质代谢、核酸代谢、压力反应、细胞骨架形成、细胞周期与增殖等生物功能.结论 利什曼原虫伽师株有毒力株和无毒力株前鞭毛体蛋白质组的表达存在差异,为筛选和鉴定与利什曼原虫感染相关关键分子奠定了基础.

摘要： 本研究以大黄鱼(Larimichthys crocea)肝脏为研究对象,采用比较蛋白质组学技术分析大黄鱼免疫保护后蛋白表达水平的变化.结果发现,对照组和免疫保护组中共有20个表达水平差异显著的蛋白点,经MALDI-TOF-MS分析,获得18个差异蛋白点肽质量指纹图谱(peptide mass fingerprint,PMF),通过数据库查询,与免疫型受体、新型抗原受体等蛋白具有高度同源性.在此基础之上,进一步选取4个蛋白差异点(1、10、14和18号)进行Westen blot验证.结果表明,该4个蛋白差异点可以与所制备的抗体发生特异性的结合,且变化趋势与蛋白质组学分析结果一致.由此推测,免疫型受体等18个蛋白应该与大黄鱼免疫保护密切相关,所获研究结果为揭示大黄鱼免疫保护机理奠定了良好的基础.

摘要： 基于比较蛋白质组学的方法,筛选和鉴定了嗜酸热古菌A.manzaensis中与硫氧化相关的膜蛋白.首先利用温度诱导Triton X-114两相分离萃取技术分别对以单质硫(S0)和亚铁(Fe2+)为能源底物生长的A.manzaensis菌的膜蛋白进行选择性分离,再用聚丙烯酰胺凝胶电泳和双向电泳对所提取的膜蛋白作进一步分析,最后利用基质辅助激光解吸附电离飞行时间串联质谱对以S0为能源底物下的差异表达膜蛋白斑点进行鉴定,并通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术进行初步验证.实验结果表明:A.manzaensis菌在2种不同能源底物下生长时所提取的膜蛋白存在明显的差异,并发现8个与S0氧化相关的膜蛋白,其中,一个未知功能的膜蛋白富含巯基(—SH)及—CXXC—功能域,该膜蛋白可能通过巯基对S0进行键和并生成Pr—SSnH(n≥2)化合物,以协助S0跨膜转运;实验还筛选得到了硫醌氧化还原酶、电子传递蛋白、转录激活蛋白和与细胞生长相关的蛋白,这些膜蛋白在嗜热古菌A.manzaensis氧化S0的过程中起重要作用.

摘要： 目的 了解嘉兴一院2016～2017年结核分枝杆菌耐药状况,并利用比较蛋白质组学研究其可能存在的耐药机制,为耐药结核病的防控策略提供科学依据.方法 对2016年1月～2017年6月嘉兴一院746株结核分枝杆菌进行培养及药敏试验分析,采用双向电泳技术比较临床不同耐药菌株与敏感菌株的全菌蛋白表达图谱,利用基质辅助激光解吸及电离飞行时间质谱仪进行质谱分析,通过蛋白质数据库对差异表达蛋白质相应的基因进行序列分析.结果 746株结核分枝杆菌中总耐药率为18.50％(138/746),单耐药率为9.92％(74/746),耐多药率为4.42％(33/746),多耐药率为4.16％(31/746).4种药物的耐药率由高到底依次为异烟肼(INH,11.53％,86/746)、链霉素(Sm,10.86％,81/746)、利福平(RFP,5.36％,40/746)、乙胺丁醇(EMB,4.29％,32/746).初治耐药率及复治耐药率分别为17.22％(115/668)、29.49％(23/78),复治耐药率高于初治(x2=6.976,P<0.01);从蛋白质组学功能分析结核分枝杆菌可能存在的耐药机制,发现了21个耐药结核杆菌的差异表达蛋白,其中5个蛋白的检出率在耐药菌株中相对较高,质谱分析获得明确的肽质量指纹图谱,分别为Rv0444c、Rv1446c、Rv3146、Rv3002c、Rv2159c.结论 嘉兴一院近2年结核分枝杆菌耐药率保持在较低水平,且发现Rv0444c、Rv1446c、Rv3146、Rv3002c、Rv2159c与其耐药机制密切相关.

摘要： Objective To detect differentially expressed proteins of two different migratory abilities of Proteus Mirabilis through compara-tive proteomics, to provide an important basis for further study on drug resistance of Proteus Mirabilis. Methods LB medium was used to culture the inner and outer ring Proteus Mirabilis with different migratory ability, and the difference of migration ability between the two strains was determined by the ratio of colony diameter. Comparative proteomic analysis was used to detect the differences in overall protein expression between the two species of bacteria and to focus on the interaction between distinct classes of ribose pro-teins. Results The results showed that diameter of the inner colonies was small and the diameter of outer colonies was large. The colony diameter ratio were 3. 84 ± 0. 56, compared with the inner ring, the outer ring of bacteria protein expression changes significantly, only the outer ring bacteria expressed 29 proteins, the outer ring of bacteria significantly down-regulation of 129 proteins and signifi-cantly up-regulation of 269 proteins. According to the analysis of ribosomal proteins, there were significant increase in expression of 34 kinds of proteins. Conclusion The morphology and protein expression of outer ring bacteria changed significantly, and the significant in-crease of ribosomal protein expression might be the cause of drug resistance.%目的 应用比较蛋白质组学的方法 ,检测2种不同迁徙能力奇异变形杆菌变化显著的差异蛋白,为深入研究奇异变形杆菌的耐药性提供重要依据.方法采用LB培养基培养迁徙能力不同的内环与外环变形杆菌,通过菌落直径比值反映2种菌迁徙能力的差异;采用比较蛋白质组学的方法,检测2种菌总体蛋白表达差异,并着重分析差异明显的核糖蛋白各种类间的相互作用.结果 内环菌菌落直径较小,外环菌菌落直径较大,其菌落直径比值为3.84±0.56;与内环菌相比,外环菌蛋白表达变化显著,仅外环菌表达的蛋白29种,外环菌表达显著下调的蛋白129种,显著上调的蛋白269种;针对核糖蛋白分析发现,表达显著增高的核糖蛋白种类有34种.结论 外环菌从形态到蛋白质表达均有显著变化,其核糖体蛋白表达的显著增加可能是其产生耐药性的原因.

摘要： 目的 运用比较蛋白质组学技术,比较圆锥角膜组织和正常角膜组织的差异表达蛋白,筛选出圆锥角膜特异性分子标记物,探讨其与圆锥角膜发病机制的关系.方法 收集12例圆锥角膜组织和4例正常人角膜组织,提取角膜组织总蛋白,行固相PH梯度双向凝胶电泳,分析凝胶电泳图谱,筛选差异表达蛋白,采用基质辅助激光解吸离子化一串联飞行时间质谱(MOLDI-TOF/TOF-MS)和数据库检索对差异蛋白质进行鉴定.结果 圆锥角膜组织和正常角膜组织的双向电泳代表胶的蛋白点数分别为1035和1 070,匹配点数为869个,匹配率为84％.选取有明显表达差异的7个蛋白质点,其中6个蛋白质点在圆锥角膜组织中表达下调,1个蛋白质点表达上调.这7个蛋白质点分别为转化生长因子B诱导的细胞外基质黏附蛋白(TGFBIp/βig-h3)、Ⅵ型胶原蛋白α1链前体(collagen alpha 1 (Ⅵ)chain precursor)、αA晶体蛋白(alpha crystallin A)、βB晶体蛋白(alpha crystallin B)、βB2晶体蛋白(beta-crystallin B2)、谷氨酰胺合成酶(glutamine synthetase)、碳酸酐酶(carbonic anhydrase),除Ⅵ型胶原蛋白α1链前体在圆锥角膜组织中表达上调外,其余6个蛋白成分在圆锥角膜组织中均表达下调.结论 TGFBIp/βig-h3、alpha-crystallin A、alpha-crystallinB、beta-crystallin B2、glutamine synthetase、collagen alpha-1 (Ⅵ)chain precursor6种在圆锥角膜中差异表达的蛋白质成分可能与圆锥角膜发病相关.

摘要： 以金属含量、氨基酸组成、差异表达蛋白以及抗氧化酶活性为指标对江山白菇F21品系菇根的生化组成进行了分析.结果表明:与菇身相比,菇根中粗脂肪、铁、磷以及必需氨基酸中的亮氨酸和赖氨酸含量较低,而灰分、砷、钙和镁元素含量较高;通过菇根与菇身的比较蛋白质组学分析,共鉴定出9种差异表达蛋白,涉及双组分信号转导系统、乙酰辅酶A代谢、蛋白质合成、乙醛酸及二羧酸代谢、氮代谢多个生物学过程,同时菇根中的菇毒素含量显著低于菇身;货架期菇根中的抗氧化酶活性较低.

摘要： 目的:用比较蛋白质组学的方法筛选和鉴定不同淋巴结转移能力胃癌组织差异表达的蛋白，对部分差异蛋白进行表达验证和临床意义分析，明确这些蛋白与胃癌淋巴结转移的关系及其临床应用价值。方法:收集淋巴结转移能力极强(小胃癌伴淋巴结转移)和淋巴结转移能力极弱(大胃癌无淋巴结转移)的新鲜胃癌组织各12例进行比较。应用双向凝胶电泳技术建立伴淋巴结转移胃癌组织和无淋巴结转移胃癌组织总蛋白质的双向凝胶电泳图谱;DPQuest软件对双向电泳图谱进行比较，寻找差异蛋白质点;采用MALDI-TOF-TOF/MS对差异表达的蛋白质进行分析，数据库检索鉴定蛋白质.收集128例胃癌存档石蜡标本，应用免疫组化技术检测14-3-3p和profilin-1表达水平与胃癌淋巴结转移的关系.利用Western blot技术检测14-3-3p和profilin-1与胃癌淋巴结转移的关系。运用logistic回归模型分析14-3-3p和profilin-1与胃癌淋巴结转移的关系，利用生存分杆降口Cox比例风险回归模型分析14-3-3p和profilin-1与胃癌患者预后的关系.结果:有无淋巴结转移的胃癌组织相比，共筛选出31个差异表达的蛋白质点，其中23个蛋白质点在伴淋巴结转移的胃癌组织中高表达，8个蛋白质点在无淋巴结转移的胃癌组织中高表达.在胃癌组织中，14-3-3p和profilin-1主要在细胞浆中表达，仅有少数细胞存在细胞核或细胞膜的表达;14-3-3p的表达量与胃癌淋巴结转移呈正相关，profilin-1表达量与胃癌淋巴结转移呈负相关。在同一浸润深度(T2或T3)，14-3-3p在伴淋巴结转移的胃癌组织中表达高于无淋巴结转移的胃癌组织,profilin-1在无淋巴结转移的胃癌组织中表达高于伴淋巴结转移的胃癌组织.logistic回归分析表明，浆膜浸润，14-3-3(3高表达和Profilin-1低表达是胃癌淋巴结转移的独立危险因素。14-3-3a高表达和低表达胃癌患者的5年生存率分别是30.5%和46.5%，profilin-1高表达和低表达胃癌患者的5年生存率分别是43.8%和32.3%.Cox比例风险回归模型分析显示，浆膜浸润、淋巴结转移以及14-3一3p高表达是胃癌患者预后的独立危险因素.结论:比较蛋白质组学是筛选胃癌淋巴结转移相关蛋白的有效方法。14-3-3p和profilin-1与胃癌淋巴结转移有关.14-3-3p和profilin-1是胃癌淋巴结转移的预测因素。14-3-3p高表达是胃癌患者预后的独立危险因素。

摘要： 猪链球菌属于球菌科、链球菌属，是世界范围内致猪链球菌病最主要的病原。该菌可分为35个血清型，其中猪2型链球菌(SS2)致病性强、流行广，该型亦是临床分离频率最高的血清型。SS2可引起猪脑膜炎以及败血症等疫病，人通过特定的传播途径亦可感染该菌，是一种重要的人畜共患病病原。rn 本研究使用免疫蛋白质组学的相关技术开展从SS2细胞壁相关蛋白中鉴定免疫原性蛋白的研究，并进行了从SS2细胞壁免疫原性蛋白中筛选保护性抗原的研究，力图为新型疫苗和诊断试剂的开发奠定基础。同时应用比较蛋白质组学对SS2感染前后宿主血清蛋白质的变化开展了研究，以期发现SS2感染的标志物和/或研究SS2的致病机理。

摘要： 目的：了解嘉兴一院2016-2017年结核分枝杆菌耐药状况,并利用比较蛋白质组学研究其可能存在的耐药机制,为耐药结核病的防控策略提供科学依据. 方法：对2016年1月至2017年6月嘉兴一院746株结核分枝杆菌进行培养及药敏试验分析,采用双向电泳技术比较临床不同耐药菌株与敏感菌株的全菌蛋白表达图谱,利用基质辅助激光解吸及电离飞行时间质谱仪进行质谱分析,通过蛋白质数据库对差异表达蛋白质相应的基因进行序列分析. 结果：746株结核分枝杆菌中总耐药率为18.50％(138/746),单耐药率9.92％(74/746),耐多药率4.42％(33/746),多耐药率4.16％(31/746).4种药物的耐药率由高到底依次为异烟肼(INH11.53％,86/746)、链霉素(Sm10.86％,81/746)、利福平(RFP5.36％,40/746)、乙胺丁醇(EMB4.29％,32/746).初治耐药率及复治耐药率分别为17.22％(115/668)、29.49％(23/78),复治耐药率高于初治(x2=6.976,P＜0.01);从蛋白质组学功能分析结核分枝杆菌可能存在的耐药机制,发现了21个耐药结核杆菌的差异表达蛋白,其中5个蛋白的检出率在耐药菌株中相对较高,质谱分析获得明确的肽质量指纹图谱,分别为Rv0444c、Rv1446c、Rv3146、Rv3002c、Rv2159c。 结论：嘉兴一院近2年结核分枝杆菌总耐药率(18.5％)及耐多药率(4.42％)保持在较低水平,表明本院自2013年以来开展的耐多药控制策略卓有成效;利用比较蛋白质组学研究耐药菌株与敏感菌株的差异蛋白,发现Rv0444c、Rv1446c、Rv3146、Rv3002c、Rv2159c检出率较高,与耐药机制密切相关.

摘要： 目的:通过研究5-羟葵酸阻断缺血后处理大鼠心肌线粒体蛋白质的表达变化,寻找心肌缺血再灌注损伤的标识蛋白和保护蛋白,为科研和临床提供依据.方法:1.建立Langendorff大鼠离体心脏缺血再灌注损伤模型:雄性SD大鼠(N=24)随机分为正常组(Nor)、缺血再灌注损伤组(I/R)、缺血后处理组(IPO)、5-羟葵酸阻断缺血后处理组(5-HD+IPO),每组6只;各组灌注方案:Nor组:持续灌注Kerbs-Henseleit缓冲液(K-H液)120 min.I/R、IPO及5-HD+IPO组于缺血前灌注K-H液平衡20 min,灌注4°CSt.Thomas停跳液缺血40 min,而后分别按以下方案续灌:I/R组:灌注K-H液60 min;IPO组:复灌前给予K-H液复灌10 s、停灌10 s循环6次,继而K-H液58 min;5-HD+IPO组:复灌前依次灌注100 μmol/L 5-羟葵酸3 min、K-H液复灌10s停灌10s循环6次、K-H液55 min.记录各组平衡末和续灌末心率(HR)、左室发展压(LVDP)、左室舒张末压(LVDEP)以及最大dp/dt等心功能的变化,并收集心室肌组织;2.差速离心联合Nycodenz密度梯度离心获取大鼠心肌线粒体,通过透射电镜检测线粒体的纯度、完整性和富集度;3.对IPO与5-HD+IPO组心肌线粒体蛋白行双向凝胶电泳(2-DE),扫描获取数字化图像,采用PD-Quest 8.0软件查找差异表达蛋白点,并将蛋白点挖取进行质谱分析后获得蛋白相关信息;4.利用Western blot回复验证关键差异蛋白的表达趋势,以判断2-DE结果的可靠性.结果:1.透射电镜证实Nycodenz不连续密度梯度离心法使线粒体的纯度进一步提高;2.各组心功能指标在平衡末无明显差异,灌注末Nor组及IPO组的心功能明显好于I/R组和5-HD+IPO组(P＜0.05),5-HD+IPO组与I/R组间心功能差异无统计学意义;3.两组蛋白进行双向电泳、图像扫描、软件分析后得到表达差异在2倍以上的蛋白点5个,质谱分析成功获得差异蛋白信息;4.通过分析,在5-HD+IPO组有2个蛋白表达升高:SSP6804(线粒体内膜蛋白IMMT)、SSP7803(葡萄糖调节蛋白75,Grp75),表达下降的3个蛋白分别为SSP1609(二氢硫辛酸脱氢酶,丙酮酸脱氢酶复合体组成部分,DLDH)、SSP2107(rCG44606)、SSP3002(ATP合酶,ATPsynthase).5.Western blot验证DLDH、Grp75在两组中的表达情况,在5-HD+IPO组中DLDH较IPO组下降,Grp75较IPO组上升,这些表达变化与2-DE的结果一致且差异有统计学意义(P＜0.05).结论:1.缺血后处理能明显改善大鼠心脏功能,而5-羟葵酸可部分阻断其保护作用;2.5-HD阻断缺血后处理后:①DLDH表达下调,推测缺血再灌注损伤激活PDK(丙酮酸脱氢酶激酶)促使DLDH磷酸化而下调;②ATP合酶表达下调,其原因可能是膜电位的改变致使ATP合酶亚基的旋转过程受损;③Grp75表达上调,推测可能是线粒体Ca2+超载、活性氧的生成增加等因素激活了热休克转录因子,促进Grp75的基因转录和蛋白表达;④IMMT表达上调,可能是由于线粒体内H+增加、ATP合成障碍、醛类物质堆积等原因,促使蛋白质发生了代偿性的升高;3.差速离心联合Nycodenz不连续密度梯度离心,可获取较高纯度的心肌线粒体.

摘要： 头孢菌素C(CPC)是工业上生产头孢类抗生素的重要原料,鉴于其巨大的经济及应用价值,对其产生菌顶头孢霉的研究一直备受重视.在传统育种的基础上,CPC工业发酵单位最高可达4万,但这仍然远低于青霉素工业发酵水平,因此对顶头孢霉的菌种选育包括基因工程育种尤为重要.在本研究中，首先通过单菌落分离及分批发酵实验，确定了研究用的高产菌株和低产菌株，并对两株菌进行了生长曲线的测定，根据其生长特点，选取发酵培养第四天作为生长期的节点,第七天作为发酵期的节点.根据文献报道结合自己探索,建立了一种适合顶头抱霉的蛋白质组制备的方法——尿素硫脉结合TCA/丙酮提取法并经多次实验证明了该方法的可行性和可重复性。同时，对双向电泳条件进行多步骤优化，确立了适合顶头孢霉蛋白质组样本分离的条件。在优化后的蛋白质组样本制备方法和双向电泳分离条件的基础上，对顶头孢霉的高产菌株和低产菌株在生长期和发酵期的蛋白质组样本进行了双向电泳分离，获得了分离效果较佳的双向电泳图谱。对差异蛋白的功能及代谢途径进行分析后发现这些蛋白涉及到多个代谢途径。其中丙酮酸氧化酶和硫辛酰胺转移酶涉及到碳水化合物代谢和能量代谢;谷胱甘肽-S-转移酶和DMSO还原酶推测与氨基酸代谢相关;线粒体过氧化物酶PRX1与氧化应激反应及压力应答有关;脱乙酰头孢菌素C合成酶是CPC生物合成途径中的重要酶。这些代谢途径与CPC的生物合成密切相关，为头孢菌素C产生菌顶头孢霉的分子育种学研究奠定了基础。

摘要： 由大豆疫霉引起的大豆疫霉根腐病是一种毁灭性的大豆病害,广泛分布于世界各大豆产区。目前该病已经在中国一些大豆主产区发生和为害,并在局部地区造成较大产量损失,对中国的大豆生产造成很大的危害。应用抗、耐病品种是防治该病害最经济、安全、有效的途径。rn 本研究主要利用蛋白质组学技术对大豆和大豆疫霉互作过程中的蛋白质表达谱进行研究，并对鉴定蛋白点的功能进行分析。其目的主要是从蛋白表达水平上挖掘一些与大豆疫霉根腐病抗性有关的蛋白，进一步探讨这些蛋白在大豆—大豆疫霉互作过程中所参与的代谢途径以及大豆抗大豆疫霉根腐病的分子机制。

摘要： 在自然界中，禾本科植物在生长发育过程中会常常遭遇干旱、高盐、高温、低温等不利环境的影响，承受各种逆境的胁迫。盐胁迫是对粮食作物危害程度仅次于干旱胁迫的非生物胁迫因子，因此提高其耐盐性以及合理利用盐碱地，对于我国粮食安全有着非常重要的意义。小麦是人类的主要粮食作物之一，但由于其基因组庞大、复杂程度很高，这使得对小麦的研究远远滞后于水稻。本研究利用比较蛋白质组学的方法研究了在四个盐浓度处理及恢复条件下栽培一粒小麦T. monococcn。叶片蛋白质组动态变化，通过MALD工一TOF-TOF串联质谱鉴定出91个差异表达蛋白，这些蛋白涉及信号转导、转运、胁迫抵抗、光合作用、能量、蛋白折叠/装配/降解、细胞结构等多方面。

摘要： Ⅰ型单纯疱疹病毒(HSV Ⅰ)对宿主细胞mRNA修饰翻译通路的调控是一个系统的、复杂的体系，探索其具体机制将有助于了解病毒复制过程及宿主细胞的生物学改变。本课题借助比较蛋白质组学的技术平台，将HSV Ⅰ病毒感染的人正常肝细胞L02与未感染细胞分别进行双向电泳作蛋白质组图，通过PDQuest软件对蛋白点定性、定量分析，再利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定出一组与细胞蛋白质合成途径密切相关的表达差异蛋白点。其中，作为mRNA翻译所需的RPLP1蛋白和参与mRNA快速降解的KHSRP蛋白呈现上调，而可以正调控mRNA剪切的hnRNP H2蛋白则表现为下调。这些结果提示，HSV Ⅰ能够借助细胞调控蛋白从mRNA剪切、翻译、降解等多个角度共同影响细胞蛋白质合成过程，在病毒关闭细胞蛋白合成的同时又为病毒蛋白合成提供最佳环境。rn 尽管上述细胞蛋白的具体作用机制还有待于进一步研究，但本课题为探讨病毒如何改变宿主蛋白合成途径提供了新的研究线索。

摘要： 目的：从蛋白质水平研究光滑念珠菌的耐药机制,为发现和研究新的耐药相关基因及机制提供理论和实验基础。方法：采用比较蛋白质组研究技术比较光滑念珠菌氟康唑耐药株和敏感株蛋白质组的差异。结果：发现12种差异表达蛋白质,其中8种在耐药株中表达上调,4种在敏感株中表达上调。这些差异蛋白质属于能量代谢相关酶类、应激反应蛋白质及大分子合成相关蛋白质等。结论：能量代谢相关酶类、应激反应蛋白质及大分子合成相关蛋白质等均有可能参与了光滑念珠菌耐药性的形成过程,光滑念珠菌耐药性的形成是多种机制共同作用的结果,上述差异蛋白质的发现为进一步研究新的耐药相关基因和耐药机制提供了理论基础。

摘要： 目的：从蛋白质水平研究光滑念珠菌的耐药机制,为发现和研究新的耐药相关基因及机制提供理论和实验基础。方法：采用比较蛋白质组研究技术比较光滑念珠菌氟康唑耐药株和敏感株蛋白质组的差异。结果：发现12种差异表达蛋白质,其中8种在耐药株中表达上调,4种在敏感株中表达上调。这些差异蛋白质属于能量代谢相关酶类、应激反应蛋白质及大分子合成相关蛋白质等。结论：能量代谢相关酶类、应激反应蛋白质及大分子合成相关蛋白质等均有可能参与了光滑念珠菌耐药性的形成过程,光滑念珠菌耐药性的形成是多种机制共同作用的结果,上述差异蛋白质的发现为进一步研究新的耐药相关基因和耐药机制提供了理论基础。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质。本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明公开了一种尿液中外泌体的提取及其蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析方法。本发明首先提供一种表面螯合金属离子的磁性纳米材料：在氧化石墨烯的表面修饰磁性纳米颗粒，得到产物1；在产物1的表面包覆二氧化硅层，得到产物2；在产物2的二氧化硅层表面修饰带有氨基的硅烷偶联剂，得到产物3；在产物3的表面修饰金属螯合剂，得到产物4；在产物4的表面螯合金属离子即得。本发明磁性纳米材料可用于提取尿液中外泌体，并用于外泌体中蛋白质或磷酸化蛋白质组学分析。通过利用外泌体膜磷脂双分子层表面裸露的磷酸根与金属离子之间通过双配位的化学作用结合，同时结合静电吸附的作用，实现对尿液外泌体的高特异性提取，提取速度快，回收率高。

摘要： 基因组或蛋白质组数据被编码为包括生物信息学字符集(20)的字符的基因组或蛋白质组字符串。基因组或蛋白质组数据的每一个碱基或肽通过生物信息学字符集的单个字符来表示，以及生物信息学字符集的每个字符编码(I)碱基或肽以及(II)与该碱基或肽相关联的至少一个注释的数据值。该基因组或蛋白质组数据通过使用映射到生物信息学字符集的生物信息学字体(40)显示基因组或蛋白质组字符串来被显示。至少一个字符串函数可在基因组或蛋白质组字符串上执行以生成更新的基因组或蛋白质组字符串，其中至少一个碱基或肽由编码了至少一个附加的或修改的注释的数据的单个字符表示，该字符由执行的字符串操作生成。

摘要： 本发明公开了一种蛋白质亚细胞定位的空间蛋白质组学深度学习预测方法，该方法包括：基于蛋白质亚细胞分离组分定量的空间蛋白质组质谱数据，使用差分矩阵捕获每个蛋白质在不同亚细胞分离组分中的变化轨迹来构建特征图谱；利用卷积神经网络的提取蛋白质特征图谱的深度图特征；利用卷积注意力机制模块对深度图特征进行自适应特征优化；进而使用深度神经网络来预测蛋白质亚细胞定位；使用已知亚细胞定位的蛋白质作为训练集进行五折交叉验证，对未知亚细胞定位的蛋白质进行预测；控制蛋白质亚细胞定位的错误发现率，获得高可信度的蛋白质亚细胞定位预测结果。本发明能高效、准确地实现蛋白质亚细胞定位预测，并促进空间蛋白质组学的未来发展和应用。

摘要： 本发明涉及文物检测技术领域，本发明公开了一种蚕丝蛋白质组学的蛋白质提取与富集方法，本发明将丝蛋白溶解，通过羧基盐修饰的顺磁珠与有机溶剂的共同作用，使蚕丝蛋白富集在磁珠上，通过磁性分离，使蛋白质从溶液中提取出来，且由于磁珠属于固相且被磁场固定，对蛋白质的洗涤纯化简单便捷，纯化效果好。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质。本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。