核酸序列

摘要： 病毒(virus)是一类较原始、有生命特征、能自我复制、严格细胞内寄生的非细胞形态的微生物。人类第一种有据可查的病毒类疾病是天花(约17世纪);第一个记载的植物病毒是郁金香碎色花病毒(1619年荷兰画家绘);第一个分离研究的病毒是烟草花叶病毒(1933年),由贝杰林克于1899年发现并命名。

摘要： 近年来多种新型检测技术在食品微生物检测中应用不断提高,并有部分技术实现了工业化应用。本文针对食品领域的微生物检测技术进行综述分析,探讨目前微生物检测中相关技术的使用情况。

摘要： 目的:比较评价靶基因16S rRNA、tufA、femA、rpoB和gap序列对葡萄球菌种水平的鉴定能力.方法:选择60株菌种鉴定明确的葡萄球菌(涵盖18个种),比较评价16S rRNA基因序列及VITEK 2全自动微生物生化鉴定系统对常见葡萄球菌鉴定的准确性;采用PCR方法特异扩增60株菌tufA、femA、rpoB和gap的基因序列,并对阳性扩增产物进行核酸测序,利用Mega 7.0和DNASP 5.0软件分析靶基因序列多样性,通过序列聚类关系分析,进一步评价不同靶基因序列对葡萄球菌种水平的分子鉴定能力.结果:16S rRNA基因序列比对不能有效区分山羊葡萄球菌和头状葡萄球菌,而VITEK方法则将巴氏葡萄球菌错误鉴定为沃氏葡萄球菌.序列多样性分析表明,尽管靶基因tufA、femA、rpoB和gap序列比16S rRNA基因序列多样性更强,但基于tufA、femA、rpoB和gap序列的聚类分析在种水平仍会错误鉴定部分葡萄球菌,如表皮葡萄球菌、头状葡萄球菌、腐生葡萄球菌和科氏葡萄球菌等.进一步评价16S rRNA基因序列分别与靶基因tufA、femA、rpoB和gap的串联序列对葡萄球菌种水平的鉴定能力,结果表明只有靶基因emA与16S rRNA基因的串联组合能够实现对18种葡萄球菌的准确鉴定,而其他靶基因与16S rRNA基因的串联组合对于葡萄球菌种水平的鉴定能力没有明显改善.结论:基于单个靶基因的序列分析会造成部分葡萄球菌种水平的错误鉴定,而基于16S rRNA与femA基因的串联序列分析则能够显著提高对葡萄球菌种水平鉴定的准确性.

摘要： 我们都知道,基因是指能够表达和产生一定功能产物的核酸序列（DNA或RNA）,我们每个人的遗传密码都编写在自己的基因组里。一旦基因发生突变,即DNA分子中的碱基序列会因为外界环境或其他因素影响,发生异常改变（变异）,导致相应密码子决定的蛋白质发生改变,遗传性状改变,影响了蛋白质的正常功能,这时临床上就有可能出现遗传性疾病。

摘要： 核酸是生命体的基本遗传物质,基因组蕴藏了遗传的奥秘.DNA测序可以快速、准确地获取生物体的遗传信息,对于生命科学研究具有重要意义.迄今,测序技术经历了Sanger测序法、边合成边测序法、单分子测序和纳米孔测序共4代变革.本文对这4代DNA测序技术的基本原理和特点分别进行了概述.

摘要： 亚历山大藻可代谢产生麻痹性贝毒素,对人类健康和食品安全造成严重威胁.以核糖体DNA为研究对象,利用生物信息学及计算机分析软件对食源亚历山大藻核糖体DNA的分子特征进行分析,并且对亚历山大藻的产毒特性进行遗传差异研究.聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增亚历山大藻核糖体18S rDNA-28S rDNA区域,利用DNAdist计算5.8S rDNA-ITS区域序列间距离值序数,同时,利用PCR-限制性片段长度多态性(restricted fragment length polymorphisms,RFLP)技术,对核糖体18S rDNA-28S rDNA进行测序分析,选择限制性内切酶Mbo Ⅱ绘制内切酶图谱.结果表明:亚历山大藻无毒株L35与产毒株在5.8S rDNA-ITS区域序列间核苷酸的差异值可达到0.201～0.488,与同属无毒亚历山大藻的核苷酸差异值＜0.004;通过酶切图谱特征条带可以准确地将不同亚历山大藻种产毒类型分3类,酶切图谱相似的藻种产生的毒素组分相同.因此,食源亚历山大藻产毒与否以及产毒类型体现为核糖体DNA遗传信息中存在显著差异.

摘要： 使用杂鳞库蚊复组CO I部分序列和ITS序列构建分子发育树,并基于CO I序列计算该复组种内和种间的Kimura-two-Parameter (K2P)距离,探讨环带库蚊的分类地位和杂鳞库蚊复组内各亲缘种的系统发育关系.环带库蚊和杂鳞库蚊的种间K2P距离为0.24％-0.72％,支持“环带库蚊是杂鳞库蚊的同物异名”这一观点;杂鳞库蚊(环带库蚊)和伪杂鳞库蚊、三带喙库蚊的种间K2P距离为4.41％-9.68％,同时分子系统树显示各个种分别聚类,互为姐妹群,再次证明三者互为独立的种;环带库蚊和杂鳞库蚊聚类的分支最接近树的端部,三带喙库蚊分支最接近树的基部,提示三带喙库蚊最早发生分化,而杂鳞库蚊(环带库蚊)最晚发生分化;采集自日本的三带喙库蚊种内K2P距离为0.48％-2.68％,而它们与采集自中国、印度的该种K2P距离为4.17％-6.76％,日本产三带喙库蚊聚集成一支,并与中印产地的聚类分支互为姐妹群,这些结果提示日本的三带喙库蚊有种下,甚至种级分化的趋势.

摘要： Using nucleotide as medium,a new method for data hiding in secondary structure of RNA was proposed to protect the security of secret messages.Firstly the secret message was encoded into a RNA se-quence,which was then embedded in reference RNA sequence.With the free energy as constraint condi-tion,the position information could be got by prediction software RNA structure.After receiving the refer-ence sequence and position information,the intended recipient recovered the secret information through prediction software and constraint restoration.The simulation results showed that the data hiding scheme had high stability and security.It could be used in secret communication.%以核酸（RN A ）序列为载体，提出了一种基于RN A二级结构的信息隐藏方案。该方案把编码为RNA序列的明文嵌入到参考RNA序列，以自由能作为约束条件，通过预测软件RNAstructure获取位置信息，接收方接收到参考序列和位置信息后，通过约定的软件和条件恢复出秘密信息。仿真结果表明该方案具有较好的安全性和稳健性，可用于秘密信息的隐写通信。

摘要： 分子诊断技术即是利用分子生物学方法对人类及病原体的各类遗传物质进行检测，以帮助对疾病进行诊断。自液相杂交技术诞生以来，分子诊断已走过了50年的历程。本文将以技术原理出发对分子诊断技术进行归类与评价，以对目前临床常用技术的沿革进行回顾，并从技术层面对分子诊断的未来进行展望。%Molecular diagnostics techniques uses molecular biology techniques to analyze the nucleotide acid biomarkers of humen or pathogens,and to assist the clinical diagnosis of diseases.Since the innovation of liquid hybridization,molecular diagnostics has witness its rapid development for over half a century.Here we will assort the common molecular diagnostics procedures according to their methodological origins,so as to review the evolution of current clinical techniques,and to get a technical perspective on the development of molecular diagnostics.

摘要： 目的：明确广西蔗区甘蔗杆状病毒病的发生及分布情况,了解不同甘蔗品种(品系)中甘蔗杆状病毒(Sugarcane bacilliform virus,SCBV)的侵染情况,为针对性地开展甘蔗杆状病毒病的防控提供理论依据. 方法：2012～2014年从广西14个地市的主要甘蔗种植区采集表现褪绿斑点、斑驳及无症状甘蔗叶片样品169份,同时从南宁的甘蔗育种和示范基地采集12个甘蔗品种(品系)叶片样品,采用杆状DNA病毒属(Badnavirus)通用检测引物Badna FP/RP对采集的样品进行PCR检测和测序分析. 结果：采自广西各地的169份样品中有105份为SCBV阳性,检出率达62.1％;样品中糖蔗与果蔗的SCBV阳性率相差不明显,分别为63.5％和58.1％;表现斑点或花叶的甘蔗叶片中SCBV的检出率较高,部分没有明显症状的甘蔗样品也检测到SCBV的存在.12个品种(品系)中包括新台糖系列、桂糖32、桂糖40、粤甘24、粤糖60和福农38等在内的7个甘蔗品种(品系)均检测到SCBV的核酸序列. 结论：目前广西蔗区存在SCBV侵染,且已经广泛分布.

摘要： 本研究克隆了牛HGF基因的蛋白质编码区全长，并对其CDS(Coding Region Sequence)区序列和编码蛋白的氨基酸序列进行生物信息学分析，为后续在牛上开展HGF基因的功能研究奠定基础。本试验获得了牛HGF基因的CDS区，并成功构建T-HGF质粒。利用生物信息学手段分析发现，预测的牛HGF蛋白结构域与已有报道的其它物种HGF蛋白结构一致，说明HGF蛋白高度保守，在其它物种上研究的HGF的功能可以推广到牛上进行研究。HGF蛋白氨基酸序列与其它9个物种的HGF蛋白氨基酸序列进行比对，并构建系统发育树可知，牛HGF与其它物种都有高度的同源性，说明HGF在进化过程中高度保守。可能与HGF是一类重要的生长因子，发挥重要的生理功能有关。黄牛HGF与牦牛的进化距离和亲缘关系最近，其次是与山羊的进化距离和亲缘关系较近，而与褐家鼠的亲缘关系最远。这也从另一层次上说明牛HGF基因的功能与其它物种HGF功能的相似程度。本研究克隆获得了牛HGF基因的CDS区全长，并分析了HGF核酸序列和蛋白序列的特征，为后续HGF基因功能的研究打下实验基础。

摘要： 从对虾底泥中分离纯化出一株高效去除亚硝态氮的细菌,并进行了菌体的亚显微形态观察和16SrDNA同源序列分析,结果表明:该菌株菌呈球杆状,无鞭毛,不能运动,葡萄糖、乳糖发酵阴性,甲基红和V.P.试验阴性,能够液化明胶,将所测菌株的序列通过Blast检索与Genbank中的核酸序列进行同源性比对,利用MEGA软件,以Neighbor-Joining法绘制16S rDNA系统发育树,经16SrDNA测序及同源性比较,分离菌株与鲁氏不动杆菌的相似性达99％,鉴定该菌株为鲁氏不动杆菌(Acinetobacter lwoffii);分离菌株具有高效的异养硝化功能,在初始亚硝态氮浓度为0.548mg/L的异养硝化培养基中培养12h后,亚硝态氮去除率达到97.17％.

摘要： 利用核酸的序列可设计性,通过组件设计与分步组装的方法,实现了全部由核酸序列通过组装形成的超分子水凝胶的制备.该水凝胶具有固含量低、强度可设计、可实现多种环境及生物响应以及极好的生物相容性,此外还具有非常低的溶涨性以及优异的小分子通透性,是理想的组织工程支架材料.通过试验验证了其在三维组织打印中的应用.

摘要： 在酸性条件下，富含胞嘧啶(C)的碱基序列能通过C和质子化CH+之间配对形成平行双链，然后双链从头到尾以插入的方式结合形成反平行的四链i-motif结构。为了研究富含C的序列中除胞嘧啶之外的其他碱基对i-motif四链分子结构形成的影响，设计了不同的核酸序列(TC4,C4T,A2C4,C4A2,AC4,T2C4)，试图通过电喷雾质谱检测四链分子的分子离子峰强度来确定形成四链分子的难易。利用这些序列，分别研究了不同的碱基分别在C4的5’和3’端，T和A碱基的转换以及T和A碱基的数量对形成四链i-motif结构的影响。结果显示这些序列形成四链结构的丰度遵循下列次序:T2C4＞TC4≈A2C4，而序列C4T、C4A2和AC4不易形成四链结构。因此可以推断:A、T碱基位于5’端更容易形成四链i-motif结构，而且A、T碱基的数目越多，形成的这种结构就更稳定。

摘要： 本研究对已公布的鹌鹁核酸序列和EST序列总计635条序列中1～6核苷酸重复SSR的分布进行了分析。结果表明,其中共发现120条SSR,检出率为18.9%。二核苷酸重复基元的SSR占40.0%,三核苷酸重复基元的SSR占35.8%,五核苷酸重复基元和四核苷酸重复基元的SSR类型,分别占14.2%和10.0%,没有发现六核苷酸重复基元的SSR。组成这些SSR的主要基序有AT/TA,CA/GT,GA/CT,CAG/GTC,AGG/TCC,TAA/AAT,GGC/CGG,GAC/CTG,CGA/GCT,GCA/CGT,GAG/CTC,ACC/CCA,TCTT,TTTG,TCCA,ATGAT/ATCAT,TCCCT,TTCCC。并且SSR的重复次数都在5以上,由此可以推测利用鹌鹑核苷酸序列和EST序列中的SSR序列将有可能开发一批有价值的SSR分子标记供各种研究所用,还有助于鹌鹑高密度遗传图谱的构建、重要功能基因克隆及基因功能等研究。

摘要： 本试验则充分利用Genbank的公共数据库中的数据资源，进行Blast检索，下载牛的CAPN1基因的基因序列、STS序列、EST序列、核酸序列、基因组序列等。利用DNAStar 6.0软件包构建重叠群，进行牛的CAPN1基因的SNPs筛查。然后根据所得的SNPs,利用PCR-RFLP技术或者dCAPS技术，刘筛选的SNPs进行实验室验证。

摘要： Chemerin，一种通过脂肪组织分泌的l8 kDa蛋自，Chemerin被一种低生物活性的前体前Chemerin所分泌，其中蛋白质水解后，去除C端肽，转化为一个强有力的和非常只体的激动刹及其受体。本试验利用RT-PCR技术克隆和测定了猪Chemerin基因的核酸序列，为进一步了解其生物学功能提供了一些基础资料。

摘要： 预测流感病毒抗原性是生产流感疫苗的前提和限速步骤，也是应对流感大流行的关键。预测的新理论和新模型的不断出现使提前预知抗原性变异方向成为了可能。这些新的理论与方法不但可用于流感病毒的研究，同样可以用于其他容易发生变异的病原体的抗原性分析与预测。

摘要： 预测流感病毒抗原性是生产流感疫苗的前提和限速步骤，也是应对流感大流行的关键。预测的新理论和新模型的不断出现使提前预知抗原性变异方向成为了可能。这些新的理论与方法不但可用于流感病毒的研究，同样可以用于其他容易发生变异的病原体的抗原性分析与预测。

摘要： 在没有供给靶标(30)的情况下，当通过保持经由结合部的结合以激发供体荧光分子(11)时，能量转移到接近于供体荧光分子(11)的受体荧光分子(21)，从而受体荧光分子(21)呈现荧光。在供给了靶标(30)的情况下，靶标(30)与检测部结合而使经由结合部的结合被解除，受体荧光分子(21)远离供体荧光分子(11)，从而供体荧光分子(11)呈现荧光。

摘要： 本发明涉及包含单核苷酸序列的多核酸探针，所述单核苷酸序列与用于检测多种核酸的生物标志物结合。通过本发明所述的设计人工核苷酸序列的方法设计的人工核苷酸序列显示出与所有模拟物更好的杂交反应性，并且包含人工核苷酸序列的多核酸探针被设计成使得单个诊断探针能够同时结合多种类型的具有意义的核酸，以检测样品中的整体表达产物。相应地，本申请使用单个诊断探针可实现核酸生物标志物的超多重诊断，由此可以提高诊断能力并且可以显著降低检查成本。

摘要： 本发明提供一种sdaA基因的启动子核酸序列、含有该核酸序列的重组菌株及其应用，该启动子是在sdaA基因的野生型启动子序列中引入点突变获得。本发明的重组菌株用于发酵生产L‑赖氨酸，进一步提高了L‑赖氨酸的产量，而且与现有其他经改造的产L‑赖氨酸菌株的改造位点没有冲突，实现了新的提高L‑赖氨酸的发酵量的方式，便于推广应用。

摘要： 本发明提供核酸序列测定方法及装置、核酸序列测定用元件及其制造方法，所述核酸序列测定方法包括测量来自被提供了样品溶液的核酸序列测定用元件的荧光，所述元件包括：荧光探针，附加有荧光分子；消光探针，附加有消光物质，所述荧光探针和/或所述消光探针具有检测特定的核算序列的检测部，当检测对象核酸和所述检测部的杂交未产生时，来自所述荧光分子的荧光被与所述荧光分子结合了的所述消光物质消光，当所述杂交产生了时，远离了所述消光物质的所述荧光分子呈现荧光。

摘要： 本发明是涉及对核酸序列新的扩增技术，更具体地说，涉及利用交叉引物恒温扩增靶核酸序列的方法。本发明还涉及了在扩增反应中标记扩增靶核酸序列的方法及靶核酸序列的快速检测方法。本发明还涉及了在快速核酸诊断方面的试剂盒及其在细菌和病毒等病原微生物的核酸检测方面的应用，以及在人类遗传性疾病相关的基因诊断应用。

摘要： 本发明公开了利用切口酶恒温扩增靶核酸序列的方法，其包括以下步骤：a)使扩增引物与核酸靶分子杂交；b)用DNA聚合酶合成双链核酸；c)所述切口酶识别特异性核酸序列，在其中一条核酸链上切割形成一个切口；d)DNA聚合酶以切口为起点，以未被切断的另一条核酸链为模板，合成新的双链核酸，并将旧链剥离以作为下一轮核酸合成的模板，同时在新合成的双链核酸上恢复切口酶识别位点；和e)重复进行切割、延伸和剥离的步骤，以扩增出靶核酸序列。本发明还公开了利用海藻糖提高切口酶反应温度使其能够与热稳定DNA聚合酶配合使用的方法。本发明还公开了用于扩增靶核酸序列的试剂盒及试剂盒在检测传染病病原体中的用途。利用本发明可制成操作简单，低成本，便携式的仪器，从而普及核酸诊断试剂。

摘要： 核酸序列测定装置(1)测定样品中包含的具有特定的核酸序列的目标(TG)。核酸序列测定装置(1)具备：检测从因目标(TG)的添加而发出荧光的核酸序列测定用设备(DV)发出的荧光的检测部(12)；以及基于检测部(12)的检测结果，根据以下的第1光量与第2光量的差而测定所述目标的演算部(25)，所述第1光量表示对核酸序列测定用设备(DV)添加样品之前或刚添加之后的第1时间点的、从核酸序列测定用设备(DV)的预先规定的测定区域发出的荧光的光量，所述第2光量表示对核酸序列测定用设备(DV)添加样品起经过预先规定的时间后的第2时间点的、从相同测定区域发出的荧光的光量。

摘要： 本发明提供一种sdaA基因的启动子核酸序列、含有该核酸序列的重组菌株及其应用，该启动子是在sdaA基因的野生型启动子序列中引入点突变获得。本发明的重组菌株用于发酵生产L‑赖氨酸，进一步提高了L‑赖氨酸的产量，而且与现有其他经改造的产L‑赖氨酸菌株的改造位点没有冲突，实现了新的提高L‑赖氨酸的发酵量的方式，便于推广应用。

摘要： 本发明提供核酸序列测定方法及装置、核酸序列测定用元件及其制造方法，所述核酸序列测定方法包括测量来自被提供了样品溶液的核酸序列测定用元件的荧光，所述元件包括：荧光探针，附加有荧光分子；消光探针，附加有消光物质，所述荧光探针和/或所述消光探针具有检测特定的核算序列的检测部，当检测对象核酸和所述检测部的杂交未产生时，来自所述荧光分子的荧光被与所述荧光分子结合了的所述消光物质消光，当所述杂交产生了时，远离了所述消光物质的所述荧光分子呈现荧光。

摘要： 本发明是涉及对核酸序列新的扩增技术，更具体地说，涉及利用交叉引物恒温扩增靶核酸序列的方法。本发明还涉及了在扩增反应中标记扩增靶核酸序列的方法及靶核酸序列的快速检测方法。本发明还涉及了在快速核酸诊断方面的试剂盒及其在细菌和病毒等病原微生物的核酸检测方面的应用，以及在人类遗传性疾病相关的基因诊断应用。