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序列特征

序列特征的相关文献在1989年到2022年内共计291篇,主要集中在地球物理学、分子生物学、畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 等领域,其中期刊论文191篇、会议论文23篇、专利文献84112篇;相关期刊129种,包括地震学报、地震地磁观测与研究、内陆地震等; 相关会议22种,包括第二届全国稳定同位素新技术开发与应用交流研讨会、第十二次中药鉴定学术会议暨中药资源保护与产业化发展国际学术交流会、中国园艺学会2011年学术年会等;序列特征的相关文献由1015位作者贡献,包括聂晓红、常有宏、李慧等。

序列特征—发文量

期刊论文>

论文:191 占比:0.23%

会议论文>

论文:23 占比:0.03%

专利文献>

论文:84112 占比:99.75%

总计:84326篇

序列特征—发文趋势图

序列特征

-研究学者

  • 聂晓红
  • 常有宏
  • 李慧
  • 王磊
  • 蔺经
  • 解孟雨
  • 高荣
  • 丛郁
  • 于晨
  • 刘建明
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 薛振宇; 线岩团; 余正涛; 高盛祥; 普浏清
    • 摘要: 针对越南语事件标注语料稀缺且标注语料中未登陆词过多导致实体识别精度降低的问题,提出一种融合词典与对抗迁移的实体识别模型。将越南语作为目标语言,英语和汉语作为源语言,通过源语言的实体标注信息和双语词典提升目标语言的实体识别效果。采用词级别对抗迁移实现源语言与目标语言的语义空间共享,融合双语词典进行多粒度特征嵌入以丰富目标语言词的语义表征,再使用句子级别对抗迁移提取与语言无关的序列特征,最终通过条件随机场推理模块标注实体识别结果。在越南语新闻数据集上的实验结果表明,在源语言为英语和汉语的情况下,该模型相比主流的单语实体识别模型和迁移学习模型的实体识别性能有明显提升,并且在加入目标语义标注数据后,相比单语实体识别模型的F1值分别增加了19.61和18.73个百分点。
    • 王苗苗; 袁晓波; 李静; 王晓腾; 张莉; 李永春
    • 摘要: 植物逆境胁迫响应过程中microRNA(miRNA)发挥着重要调控功能,为探讨小麦Ta-miR154的特征及其对渗透胁迫的响应,以矮抗58和中国春为材料,克隆了Ta-MIRNA基因并对其序列特征及时空表达模式进行分析。结果显示,小麦Ta-MIR154的3个部分同源基因位于第7同源群染色体组上,分别命名为Ta-MIR154-7A、Ta-MIR154-7B和Ta-MIR154-7D;3个部分同源基因间序列差异较大,但在miRNA前体区域高度保守,其中由于一个核苷酸的变异导致不能生成7VM/兄/54组织表达分析显示,7V在成熟籽粒中的表达量最高,其次为节间和根系;籽粒形成过程中,Ta-MIR154从授粉后20 d开始快速上调表达,授粉后30 d表达量最高。干旱胁迫条件下,两品种的叶片中Ta-MIR154在受胁迫诱导后均上调表达,且矮抗58的表达水平高于中国春;而根中Ta-MIR154的响应模式不同,在中国春中呈先上调后下调的表达趋势,而在矮抗58中呈先下调后上调的表达趋势。盐胁迫条件下,两品种的叶片中Ta-MIR154在受胁迫诱导后呈先上调后下调的表达趋势,且中国春的上调幅度大且持续时间长,而在根系中矮抗58的上调表达幅度要大于中国春。推测Ta-MIR154在小麦渗透胁迫响应过程中发挥一定的调控功能。
    • 陈华; 林晨韬; 陈曦; 葛均青
    • 摘要: 【目的】实现斑马鱼g型溶菌酶在大肠杆菌中表达,以获得高纯度且具溶菌活性的融合蛋白,为探究g型溶菌酶在斑马鱼抗菌过程中的作用机制及其开发利用打下基础。【方法】通过ClustalW、ExPASy、SignalP-5.0 Server及PSIPRED等在线软件对斑马鱼g型溶菌酶进行生物信息分析,经密码子优化后合成斑马鱼g型溶菌酶基因,亚克隆至pET-28a(+)表达载体并转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,以IPTG进行诱导表达,并通过非干扰型蛋白浓度测定试剂盒和溶菌酶测定试剂盒(比浊法)测定其浓度及溶菌活性。【结果】从GenBank检索获得的斑马鱼溶菌酶基因g1(NM_001002706.1)和g2(XM_002664371.5)分别命名为Zeb-Lys-g1和Zeb-Lys-g2。Zeb-Lys-g1基因开放阅读框(ORF)长591 bp,共编码196个氨基酸残基,其编码蛋白分子量约21.6 kD;Zeb-Lys-g2的ORF长576 bp,共编码191个氨基酸残基,其编码蛋白分子量约21.1 kD;2种斑马鱼g型溶菌酶序列中均含有2个半胱氨酸残基及3个保守的催化残基位点(Glu、Asp和Asp)。Zeb-Lys-g1的N端含有17个氨基酸的信号肽,而Zeb-Lys-g2不存在典型的信号肽结构,但其三级结构均具有多个α-螺旋结构。在基于溶菌酶序列相似性构建的系统发育进化树中,Zeb-Lys-g1序列与金鱼g型溶菌酶序列的亲缘关系最近,而Zeb-Lys-g2序列与鲈形目和鲽形目鱼类的g型溶菌酶序列亲缘关系较近。将合成的斑马鱼g型溶菌酶基因(Zeb-Lys-g1和Zeb-Lys-g2)亚克隆至pET-28a(+)表达载体并转化BL21(DE3)感受态细胞,20°C下经IPTG(终浓度0.5 mmol/L)诱导16 h,可获得融合蛋白Zeb-Lys-g1和Zeb-Lys-g2,纯化后的浓度分别为1.01和1.66 mg/mL,对应的溶菌活性分别为689.68和44.39 U/mg。【结论】鱼类g型溶菌酶的基因变异较保守,经密码子优化及全基因合成方式合成的斑马鱼g型溶菌酶基因Zeb-Lys-g1和Zeb-Lys-g2可通过原核表达获得高纯度、高溶菌活性的融合蛋白,为探究斑马鱼溶菌酶的抗菌机制提供了技术支持。
    • 谢红波; 赵晴; 穆威杉; 史萌萌; 石林春; 刘金欣; 赵春颖; 李云峰
    • 摘要: 目的基于DNA条形码技术对北苍术种子进行鉴定研究及序列特征分析,探讨北苍术种子DNA条形码技术鉴定的可行性。方法收集北苍术种子12份,利用体视显微镜观察北苍术的外观形态特征;通过DNA提取、聚合酶链式反应(PCR)和双向测序获得其ITS2和psbA-trnH序列;利用CodonCode Aligner V9.0.1对其峰图质量进行评价,使用MEGA-X进行多序列比对和变异位点分析。结果北苍术种子的DNA提取、PCR扩增和测序成功率均为100%,且取得良好的测序结果;分别各获得12条北苍术种子的ITS2序列和psbA-trnH序列,其中获得的ITS2序列仅存在2个插入/缺失位点,psbA-trnH序列包含3个变异位点和4个单倍型,表明不同产地的北苍术种子种内变异相对较小。结论基于ITS2序列和psbA-trnH序列的DNA条形码研究和序列分析,为北苍术种子的物种鉴定和遗传多样性研究提供了参考。
    • 刘迪; 欧阳艳飞; 徐鹏; 甄军波; 刘琳琳; 张利超; 迟吉娜
    • 摘要: 【目的】分析柴胡转录组中SSR的分布及序列特征,为开发多态性良好的、功能基因相关的SSR标记提供理论依据。【方法】以不同温度处理的柴胡种子为材料,经高通量转录组测序后,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并利用MISA对组装得到的Unigenes进行SSR位点搜索,最后统计分析SSR的分布及序列特征。【结果】从转录组数据组装获得244194条Unigenes,其N50值为1036 bp,平均长度791 bp,总长度193138105 bp。从Unigenes序列中共检测到50303个SSR位点,去除20405个复合型SSR位点,以29898个单一型SSR位点为后续分析对象。转录组SSR的出现频率为12.24%,平均分布距离6.46 kb,主要重复基元类型为二核苷酸,共17105个,占SSR总数的57.21%,其次为三核苷酸和单核苷酸,分别占SSR总数的20.75%和20.46%,四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。转录组SSR中,共有97种重复基元,其中二核苷酸和三核苷酸重复基元分别以AT/AT和ATC/GAT为主,分别占SSR总数的33.33%和3.98%;重复次数5~10次的SSR位点数量最多,共27942个,占SSR总数的93.46%。转录组SSR序列长度存在明显差异(12~76 bp),平均长度15.28 bp。【结论】柴胡转录组的SSR位点出现频率较高,类型较丰富,具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力,将其用于柴胡的遗传多样性分析、种质资源评价及分子标记辅助育种等研究。
    • 李樊; 舒嘉傲; 李隐侠; 孟春花; 张晨俭; 张俊; 钱勇; 曹少先
    • 摘要: SREBP1是一个重要的核转录因子,参与调控胆固醇和脂肪酸等合成和代谢,本研究旨在基于获得湖羊SREBP1基因序列并分析其组织表达谱和卵巢中的表达定位,了解其在湖羊中可能的生物学功能。本研究利用RT-PCR技术对周岁湖羊卵巢组织中SREBP1基因编码区序列进行克隆和测序,用生物信息学软件对序列进行拼接、同源比对和功能预测分析,荧光定量PCR检测其在湖羊组织中的表达模式,免疫组织化学染色法鉴定其在卵巢组织中的定位。结果显示:SREBP1基因在湖羊卵巢组织中有2种剪接体,对应编码区长度分别为3369 bp和3441 bp,分别编码1122个和1146个氨基酸残基;SREBP1在哺乳动物中相对保守,含有经典的bHLH-Zip结构域,通过识别E-boxes或者固醇调节元件调控靶基因的表达;组织表达谱分析结果显示,SREBP1在湖羊组织中广泛表达,提示SREBP1基因可能参与调控湖羊多种生物学过程。免疫组织化学染色法分析结果显示,SREBP1基因在湖羊卵巢腔前卵泡和有腔卵泡中均有表达,主要定位于颗粒细胞、卵泡膜细胞和黄体细胞中,推测SREBP1可能在湖羊繁殖调控中发挥重要的作用。这些结果为进一步研究湖羊SREBP1基因的功能提供了基础。
    • 裴徐梨; 胡文婷; 荆赞革; 焦鹏; 朱丽瑞; 宋立晓; 严继勇
    • 摘要: 蔗糖转化酶(INV)编码基因广泛参与植物的生长发育,在果实成熟期可影响果实品质。本研究利用生物信息学手段对中国南瓜INV基因家族进行鉴定和分析。结果表明,从中国南瓜中鉴定出18个INV基因家族成员,其功能分为酸性转化酶和中性/碱性转化酶两大类。该家族成员在11条染色体上不均匀分布,且仅有1对串联重复基因。表达模式分析结果显示,CmoCh06G004890.1在根中的相对表达量高于其他INV基因家族成员,CmoCh01G010160.1和CmoCh06G004890.1在果实中的相对表达量较高。葫芦科作物INV系统进化分析结果表明,中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜的大多数INV基因均聚为一簇,具有较近的亲缘关系。本研究结果为进一步分析中国南瓜INV基因的生物学功能以及提高中国南瓜品质提供了一定的理论依据。
    • 唐贤俊; 王顺芳
    • 摘要: 为理解Ⅲ型分泌系统(T3SS)对致病机理的重要性,针对其表现出的高度序列多样性,提出基于序列深度学习的Ⅲ型分泌效应子预测方法。利用两级卷积神经网络实现对蛋白质序列功能域的检测,用双向长短时记忆神经网络识别长期依赖关系,用二进制交叉熵评价神经网络质量。在数据集上将五折交叉验证的结果与其它算法进行比较,验证了该方法能够有效提高预测Ⅲ型分泌效应子的准确率。
    • 严军; 范鹏; 王天; 杨林峰
    • 摘要: 系统日志是记录系统运行情况的重要信息载体,通过分析日志可以检测出系统中发生的异常。传统基于系统日志的自动化异常检测方法往往仅根据系统日志的单一特征进行分析,异常漏检率较高,且大多为批处理方法,无法对运行中系统产生的日志流进行在线检测。针对上述问题,提出了基于日志混合特征的在线异常检测方法,即MFAD(online anomaly detection method based on mixed features of system logs)。该方法使用层次聚类提取日志的统计特征,并通过高斯混合模型提取日志的序列特征,最后关联统计特征和序列特征构建混合特征检测模型以对日志进行异常检测。实验结果表明,MFAD能够通过日志流对系统进行在线异常检测,响应迅速,并且具有较高的准确性。
    • 王权锜; 张会新; 程敏; 刘玉芬
    • 摘要: 为研究鹅TLR4的特征与功能,采用生物信息学方法对朗德鹅TLR4进行分析。结果表明,TLR4蛋白分子式为C_(4364)H_(6867)N_(1135)O_(1239)S_(32),定位于细胞膜,存在信号肽;含有8个LRR、1个LRR_CT、1个跨膜结构域以及胞内区的TIR;具有12个潜在的N-糖基化位点和89个磷酸化位点,可能与TIRAP和S100A9等具有相互作用。高级结构预测显示,该TLR4由α-螺旋、β-转角、延展链以及无规则卷曲组成。进化树分析表明朗德鹅与禽类亲缘关系较近,与其他物种则较远。研究表明朗德鹅TLR4蛋白是一种疏水偏碱性蛋白,符合TLRs家族典型结构,但在不同物种间存在一定差异性。
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