密码子优化

摘要： 吡喃糖氧化酶(pyranose oxidase,PROD,简称P2O)在木质素降解、碳水化合物的生物转化合成中具有重要作用,还应用于生物燃料电池、生物传感器以及临床诊断分析中。本实验室进行了吡喃糖氧化酶在毕赤酵母中的高效表达及酶学性质研究,为以后吡喃糖氧化酶的工业化高效生产提供理论依据。利用生物技术方法,基于毕赤酵母密码子偏好性优化吡喃糖氧化酶基因密码子。通过基因外源表达技术构建吡喃糖氧化酶重组毕赤酵母GS115菌株以实现吡喃糖氧化酶的高效表达,并对重组吡喃糖氧化酶的酶学性质进行研究。优化高产重组菌株的发酵条件,在10 L发酵罐中进行扩大培养。结果显示,吡喃糖氧化酶密码子优化后,其在毕赤酵母中实现了高效表达。在10 L发酵罐经过132 h诱导表达后,酶活达220 U/mL。酶学性质研究发现:重组吡喃糖氧化酶最适作用温度为55°C,在不超过60°C条件下热稳定性良好。该酶作用的最适pH为6.5,在pH 5-9条件下,其相对酶活高于50%。P2O在较广的pH范围内均表现出较高的稳定性,尤其是对碱性条件有较强的耐性。金属离子Cu^(2+)对酶活的抑制作用较大。底物特异性检测结果显示,该重组酶的最适底物为D-葡萄糖。该研究成功构建了密码子优化的吡喃糖氧化酶的重组表达质粒pPIC9K-P2O,并在毕赤酵母中实现了高效表达。

摘要： 基于大肠杆菌的密码子偏好性,对茶树单宁酶基因CsTanA碱基进行优化,基因优化后GC含量为51.9%,密码子适应指数为0.8,优化前后基因序列的一致性为77.8%,以pET-30a为表达载体对优化基因进行重组表达及酶学性质分析。A_(600nm)约0.6的重组菌株以1 mmol/L的异丙基-β-D-硫代半乳糖苷在30°C诱导12 h,破碎上清液重组单宁酶rCsTanA比活力为0.35 U/mg,镍柱纯化后的rCsTanA比活力为1.53 U/mg,纯化倍数约为4.4。纯化重组单宁酶rCsTanA分子质量为39 kDa,其最适温度和最适pH值分别为40°C和7.0。不同金属离子浓度对酶活力的影响存在差异,在低浓度(1 mmol/L)条件下,K^(+)增强了rCsTanA 37.28%的酶活力,而Ag^(+)、Cu^(2+)和Fe^(3+)使该酶活力均丧失80%以上;而在高浓度(5 mmol/L)条件下,Cu^(2+)表现出完全抑制rCsTanA活性的特性。表面活性剂(十二烷基硫酸钠、吐温80和十六烷基三甲基溴化铵)和极性溶剂(甲醇、乙醇、丙三醇、异丙醇及丙酮)对rCsTanA活性具有较强抑制作用。本研究不仅实现了茶树单宁酶的表达和酶学性表征,同时也丰富了单宁酶资源,为植物单宁酶的进一步应用研究提供了必要的理论支撑。

摘要： 本研究旨在对免疫原性目的蛋白基因A11R优化表达的基础上建立羊痘血清学检测方法,为羊痘防控提供技术支撑。绵羊痘病毒A11R基因经密码子优化后合成目的基因,连入pET-28a(+)载体,并转化至BL21(DE3)大肠杆菌,pET28a-A11R经鉴定后进行诱导表达。结果显示,经密码子优化后的A11R蛋白的表达量显著增加,更易从转化的大肠杆菌裂解上清液和经过复性的包涵体中大量纯化获得。将该蛋白作为包被抗原,通过优化反应条件,建立检测羊痘抗体的间接ELISA方法,并进行特异性和敏感性试验,用该方法与商业化试剂盒对临床样品进行检测。结果显示,A11R蛋白的最佳包被剂量为0.5μg/孔,待检血清最适稀释度为1∶100,家兔抗羊Ig G最适稀释度为1∶20 000。用建立的间接ELISA方法检测小反刍兽疫、羊口疮、口蹄疫的阳性血清,结果均为阴性,无交叉反应,具有良好的特异性。当羊痘阳性血清稀释到1∶1 600时抗体检测仍为阳性,具有较高的敏感性。用该ELISA方法与商业化试剂盒检测临床样品,符合率为98.71%,具有良好的一致性。上述结果表明,本研究建立了基于A11R蛋白的羊痘血清学免疫诊断方法,同时表明了密码子偏好性的优化可显著提高蛋白表达量。

摘要： 人溶菌酶(humanlysozyme,hLYZ)是一种天然活性蛋白质,具有抗菌性,目前主要应用于食品添加剂、动物饲料、药物治疗领域。根据毕赤酵母表达偏爱密码子特点,通过优化hlyz基因密码子,人工合成目的基因,构建了分泌表达载体pPIC9K-hlyz。通过电击转化法将pPIC9K-hly质粒重组至毕赤酵母GS115染色体中,经筛选得到重组毕赤酵母GS115-pPIC9K-hlyz。在28°C、pH 6.0、转速240 r·min^(-1)、1%甲醇诱导下表达120 h,发酵液上清酶活达到最高,为(2414.9±108.1)U·mL^(-1),蛋白浓度为166.7μg·mL^(-1)。发酵液上清经过SephadexG50纯化,获得较纯的hLYZ,经SDS-PAGE分析,在近14.7 kDa处显示单一条带。抗菌实验结果表明,重组hLYZ对革兰氏阳性菌的抗菌效果大于革兰氏阴性菌;重组hLYZ的抗菌效果是hLYZ标准品的10~20倍。

摘要： 按大肠杆菌偏好优化密码子并合成高活性突变型srtA基因,构建Trx蛋白共表达载体pTIG-srtA,转入大肠杆菌BL21(DE3)后低温诱导表达,通过Ni2+柱亲和层析纯化SrtA蛋白,连接LHN-LPETG和G-HC蛋白检测SrtA蛋白活性.菌液PCR鉴定和测定序列比对结果显示,构建pTIG-srtA载体成功;SDS-PAGE及Western Blot分析结果显示,在大肠杆菌中实现了SrtA蛋白的可溶性高表达,Ni2+柱亲和层析后得到纯度大于95％的SrtA蛋白,LHN-LPETG和G-HC蛋白成功连接表明,原核系统表达纯化的SrtA蛋白具有良好的转肽酶活性.

摘要： [目的]对bPAG16基因进行优化和合成,构建proEM-bPAG16重组表达载体,将重组质粒转染至HEK293细胞中,获得bPAG16重组蛋白,为家畜早期妊娠诊断技术的研发提供技术支撑.[方法]通过生物学技术对bPAG16基因密码子进行优化和人工合成,经T4?DNA连接酶将bPAG16基因插入到proEM载体中,构建重组载体proEM-bPAG16,将其转染至HEK293细胞中进行瞬时表达,重组蛋白经Ni-IDA亲和柱纯化后,采用SDS-PAGE、Western?Blot检测其表达效果.[结果]优化后的bPAG16基因密码子适用指数(CAI)由原来的0.77提高到0.96,GC含量由48％提高到58％.重组载体proEM-bPAG16双酶切后分别获得1179?bp和4369?bp的2条片段,与预期值一致;重组质粒测序结果显示,其核苷酸序列与优化后基因完全一致,氨基酸未发生突变;SDS-PAGE和Western?Blot鉴定结果显示,获得重组蛋白bPAG16(rbPAG16)相对分子质量约48?kDa,经Ni-IDA亲和层析纯化后,其纯度达到90％以上.[结论]通过密码子优化策略及重组蛋白技术高效表达了rbPAG16,为奶牛早孕快速检测技术的研发奠定了基础.

摘要： 目的 研究苦豆子SaLDC密码子偏好性、优化及原核表达.方法 运用EMBOSS在线程序中的CHIPS、CUSP和CodonW软件分析SaLDC密码子的偏好性,根据大肠杆菌密码子的偏好性对SaLDC密码子进行优化,并将优化后的基因命名为optSaLDC;构建重组表达载体pET-28a (+) -optSaLDC,转化大肠杆菌BL21 (DE3);IPTG诱导SaLDC蛋白表达,并对表达蛋白进行质谱分析.结果 SaLDC有28个密码子的RSCU值＞1.00,偏好使用以A/T结尾的密码子;SaLDC的密码子使用偏好性与拟南芥最接近,与大肠杆菌差别最大.优化后的optSaLDC在大肠杆菌中最佳表达条件为IPTG浓度1.0 mmol/L,诱导温度15°C,诱导时间16 h.LC-MS/MS鉴定诱导得到的SaLDC蛋白分子质量为48 990.51 Da.结论 诱导获得的optSaLDC纯化蛋白可用于后续体外SaLDC酶活性分析,为深入研究该基因的功能提供依据.

摘要： 目的 本研究旨在获得稳定、高表达的重组鼠干扰素α4.方法 通过密码子优化对天然的鼠干扰素α4进行优化,采用全基因合成方法合成了rmIFNα4,构建了pPIC9k-rmIFNα4质粒,DNA测序无误后转至毕赤酵母GS115中,经蛋白表达筛选获得了稳定、高表达的基因工程菌.经离子交换柱层析及疏水凝胶层析纯化可获得rmIFNα4试制品.结果 质谱和N端氨基酸测序结果显示试制品为糖基化的mIFNα4,其生物学活性为4.59×108,略高于标准品.结论 建立了重组鼠干扰素α4基因工程菌,纯化后的试制品表达量高、活性好,为规模化制备和进一步研究应用提供了坚实的基础.

摘要： 新型冠状病毒主蛋白酶(Main protease,Mpro)在调控新冠病毒RNA复制中具有重要的生物学功能,且Mpro在冠状病毒中的进化高度保守并不易突变,已成为新型广谱抗冠状病毒药物开发的理想靶标之一.为了制备高纯度、高活性的Mpro,根据密码子偏爱性原则,将优化的Mpro基因分别连接到pET-21a与pET-28a表达载体中构建重组质粒.将重组质粒转化到大肠杆菌Escherichia coli Rosetta(DE3)感受态细胞中,分别进行原核表达条件优化,所表达的重组蛋白质命名为Mpro与Mpro-28.Mpro与Mpro-28经HisTrapTM亲和层析法分离纯化后,以荧光共振能量转移(Fluorescence resonance energy transfer,FRET)实验进行生物学活性鉴定.FRET实验结果表明,纯化的Mpro具有良好的水解活性,Km值为11.68 μmol/L,Kcat值为0.037/s,比活力不低于25000 U/mg,约为Mpro-28的25倍,说明天然的氨基端对Mpro的生物学功能是必需的,羧基端残留的多聚组氨酸标签对其水解活性影响较小.文中基于密码子优化策略,成功地进行了新冠病毒Mpro在大肠杆菌中的表达条件优化与活性鉴定,为靶向Mpro广谱抗冠状病毒药物高通量筛选模型的建立奠定了实验基础.

摘要： 目的 获取具有生物活性的狂犬病病毒核蛋白在大肠埃希菌表达系统中高效表达.方法 实验使用密码子优化技术重新编码狂犬病病毒CTN-1株核蛋白基因,人工合成全长基因并克隆至pET-43.1a表达载体,在大肠埃希菌BL21(DE3)株中诱导表达,并使用Western blot检测其反应原性.结果 诱导后SDS-PAGE分析显示在相对分子质量50×103处出现明显的表达条带,与预期蛋白质条带大小一致.其中在大肠埃希菌A600为0.5左右,37°C诱导5 h时表达产量最高(约为32.3％).大量表达时核蛋白的表达形式主要为包涵体,后经Ni2+螯合层析纯化,获得纯度为95％以上的目的蛋白.纯化产物经Western blot鉴定,与疫苗免疫小鼠血清呈阳性反应,表明大肠埃希菌表达CTN-1株核蛋白具有生物活性.结论 本实验成功建立了 CTN-1株核蛋白在大肠埃希菌表达系统的高效表达方法,并获得了高纯度目的蛋白,为进一步的临床诊断和新型疫苗制备提供基础资料.

摘要： 本研究改变了黑曲霉木聚糖酶基因密码子的使用频率，优化了一些在猪体内稀有密码子，从而提高了密码子在猪的适应性。重组质粒pcDNA-xynB3转染PK15细胞时，用了包含xynB的重组质粒pcDNA-xynB进行比较，保证了实验的一致性，结果显示进行密码子优化后的xynB3表达量有所提高，细胞酶液粗酶活也随之提高，证明此改造的基因优于原始基因，有望能更好地用于转基因。

摘要： 目的：观察密码子优化能否增强乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白核酸疫苗的免疫原性。方法：根据乙型肝炎病毒(adr亚型)表面抗原中蛋白(MHBs)的氨基酸序列，在不改变其氨基酸序列的基础上，设计并人工合成了密码子优化的基因，并将该基因克隆到核酸疫苗载体pSW3891中，构建了密码子优化的表达MHBs核酸疫苗(命名为：pSW3891/MHBs/adr/opt，简称opt)。用上述核酸疫苗与表达野生型MHBs核酸疫苗(命名为：pSW3891/MHBs，/adr，简称adr)及空载体质粒pSW3891一起瞬时转染293T细胞，应用蛋白质印迹法检测转染细胞中MHBs的表达。采用肌肉注射法，以opt、adr及pSW3891，分别对BALB/c小鼠进行免疫。用ELISA方法检测免疫后小鼠血清中HBs抗体的滴度，ELISPOT法检测免疫小鼠表面抗原特异性分泌IFN-γ的脾细胞。结果：opt和adr均可在体外293T细胞中高效表达，且opt的蛋白表达量要高于野生型。opt免疫组小鼠特异性抗体滴度和免疫小鼠表面抗原特异性分泌IFN—γ脾细胞数量都要显著的高于adr免疫组小鼠。结论：密码子优化可以增强乙型肝炎病毒DNA疫苗在体外的蛋白表达量及免疫小鼠的体液免疫和细胞免疫原性。

摘要： 目的：提高蝎毒镇痛活性肽BmK AngM1基因在毕赤酵母中的真核表达水平。方法：根据BmK AngM1的cDNA序列，结合毕赤酵母的密码子偏爱性，合成Bm KAngM1基因。将BmK AngM1基因克降到表达载体pPIC9K中，转化毕赤酵母，甲醇诱导表达。结果：优化后的BmK AngM1基因在毕赤酵母中的表达水甲是优化前的3.7倍。结论：密码子优化能显著提高BmK AngM1基因在毕赤酵母中的表达水平。

摘要： 为了提高表达含有PRRSV GP5基因DNA疫苗的免疫效应,本研究通过人工合成的方法将GP5基因的密码子改造为猪体嗜好的密码子,并将其作为免疫原基因,连同野生型GP5基因,分别插入带有CMV启动子的表达载体pIRES1neo中,构建重组质粒plR-optiGP5和pIR-GP5。将这两种质粒分别转染293T_细胞,转染后48h,采用间接免疫荧光和Western blot方法检测GP5基因的体外表达情况,结果两种检测方法显示重组质粒pIR-optiGP5的蛋白表达量明显多于pIR-GP5。为了评价DNA免疫质粒pIR-optiGP5的免疫效果,选取30只6～8周龄雌性BALB/c小鼠,随机分为三组,每组10只,将pIRES1neo、pIR-GP5、pIR-optiGP5分别以100,μg/只剂量,进行肌肉多点注射,共免疫三次,每次间隔2周,同时利用间接免疫荧光技术、流式细胞技术、淋巴细胞特异性增殖试验等方法检测其体液免疫和细胞免疫水平。结果显示:DNA免疫质粒pIR-optiGP5在二免后即可检测到荧光抗体,而pIR-GP5在三免后才能检测到;同时发现用pIR-optiGP5质粒免疫小鼠的CD4、CD8T淋巴细胞百分数及特异性刺激指数均高于pIR-GP5免疫小鼠。我们推测经过密码子优化的GP5基因其蛋白在小鼠体内得到了较高水平的表达,并诱导了较强的免疫应答,这为进一步研究和设计有效的PRRSV DNA疫苗提供了新的思路。

摘要： 为了提高表达含有PRRSV GP5基因DNA疫苗的免疫效应，本研究通过人工合成的方法将GP5基因的密码子改造为猪体嗜好的密码子，并将其作为免疫原基因，连同野生型GP5基因，分别插入带有CMV启动子的表达载体pIRES1neo中，构建重组质粒pIR-optiGP5和pIR-GP5。将这两种质粒分别转染293T细胞，转染后48h，采用间接免疫荧光和Western blot方法检测GP5基因的体外表达情况，结果两种检测方法显示重组质粒pIR-optiGP5的蛋白表达量明显多于pIR-GP5。为了评价DNA免疫质粒pIR-optiGP5的免疫效果，选取30只6～8周龄雌性BALB/c小鼠，随机分为三组，每组10只。将pIRES1neo、pIR-GP5、pIR-optiGP5分别以100tμg/只剂量，进行肌肉多点注射，共免疫三次，每次间隔2周，同时利用间接免疫荧光技术、流式细胞技术、淋巴细胞特异性增殖试验等方法检测其体液免疫和细胞免疫水平。结果显示：DNA免疫质粒pIR-optiGP5在二免后即可检测到荧光抗体，而pIR-GP5在三免后才能检测到；同时发现用pIR-optiGP5质粒免疫小鼠的CD4+、CD8+T淋巴细胞百分数及特异性刺激指数均高于pIR-GP5免疫小鼠。推测经过密码子优化的GP5基因其蛋白在小鼠体内得到了较高水平的表达，并诱导了较强的免疫应答，这为进一步研究和设计有效的PRRSV DNA疫苗提供了新的思路。

摘要： 本研究组合了基因密码子优化及分子伴侣共表达策略提高碱性果胶酶(PGL)在毕赤酵母中的胞外产量.基于Pichia pastoris密码子偏好性,优化了来源于Bacillus sp.WSHB04-02PGL高热稳定性突变体K314M基因,并克隆至pPIC9K的EcoR I-Not I得到PGL表达载体pPIC9K-PGL.pPIC9K-PGL转化Pichia pastoris GS115(his-)得到重组菌GS115/PGL14#,胞外PGL酶活达到301.32U/mL,较优化前提高25.1％.在此基础上,分别及同时共表达分子伴侣内质网蛋白折叠氧化还原辅助因子(ERO1)和泛素共轭酶(UBC1).结果显示,同时表达ERO1和UBC1(GS115/PGLl-ERO1-UBC12#)使重组菌胞外PGL较共表达前提高49.3％,达到450.12U/mL.应用指数流加策略对重组菌株GS115/PGLl-ERO1-UBC12#进行3L罐发酵,诱导发酵96h胞外PGL可达1362.31U/mL.研究结果对促进PGL产量的提升及其应用具有重要现实意义.

摘要： 研究太瑞斯梭孢壳角质酶基因密码子优化后在毕赤酵母中的高效表达以及重组角质酶的酶学性质与应用.对太瑞斯梭孢壳角质酶基因进行了密码子优化,并在毕赤酵母中实现了高效表达.重组菌在5L发酵罐中高密度发酵,甲醇诱导168h后,酶活力达10200U/mL,蛋白浓度为5.33mg/mL,是目前报道的最高水平.该酶反应的最适pH和温度分别为6.5和50°C.该酶具有非常好的稳定性,在pH3.0-11.0和85°C下稳定.该重组角质酶能够在有机溶剂中催化合成丁酸丁酯,酯化率最高达99.2％.

摘要： 木聚糖广泛存在于植物的细胞壁中,是含量仅次于纤维素的可再生性资源,木聚糖因其复杂的结构,所以降解木聚糖需要多种水解酶的配合,其中木聚糖酶是降解木聚糖最关键的酶.但是由于木聚糖酶花费高、活性低和不耐热等特点,限制了木聚糖酶的应用.本实验室从黑曲霉中克隆出一个新基因——XynB,经过密码子优化和双拷贝,酶活得到很大的提高,摇瓶诱导三天活性可达2,226.9.本实验应用单因素试验结合响应面分析法来优化发酵条件以降低成本.结果表明:单因素在装液量50 mL,甲醇诱导量1％,初始pH值为5.0,接种量为2.5％时,分别活性最高.结合单因素的基础上,选用四因素三水平的进行响应面的BOX-Behnken分析,最适发酵条件为:装液量为55mL在250 mL三角瓶中,甲醇诱导量为0.8％,初始pH值为5.0,接种量为2.5％.在最适条件下,诱导72 h测定活性最高为3,610 IU/mL.与优化前的活性相比,活性提高了62.1％.对于工业应用具有很高的应用价值.

摘要： 采用PCR方法由HEP-Flury株全长质粒中扩增狂犬病病毒基质蛋白序列M，另采用全序列合成方法将其序列中稀有密码子替换为大肠杆菌偏嗜密码子，得到优化后序列MN。rn 将以上两个序列双酶切后定向克隆至原核表达载体pET-32a，构建原核表达质粒pET-M及pET-MN，并转化至表达菌BL21(DE3)后诱导表达。SDS-PAGE电泳分析显示，两者在约39 KD处出现了新的蛋白带，与预期大小一致。Western blotting结果显示，其蛋白均可被鼠抗His单克隆抗体及鼠抗RV多克隆抗体特异识别。经薄层扫描发现各实验条件下pET-MN表达量较pET-M均有明显提高，证实针对大肠杆菌密码子偏嗜性进行全序列优化后，狂犬病病毒基质蛋白在大肠杆菌中表达水平得到了显著提高。

摘要： PCV2-ORF2为702或705bp，编码病毒的衣壳蛋白(Cap)，与PCV2的复制以及抗原性密切相关，是进行PCV2疫苗研究以及免疫活性研究的首选。最初衣壳蛋白在杆状病毒表达系统中成功表达并用于检测PCV2特异性抗体。本文通过基因人工合成的方法，将PCV2-ORF2基因经过密码子优化和基因改造后实现了完整的Cap蛋白以及分别删除了N端27和41个氨基酸的Cap28和Cap42在大肠杆菌中的可溶性表达，为进一步进行该病毒亚单位疫苗、诊断抗原及其免疫学相关功能研究奠定了基础。

摘要： 本发明涉及利用基因密码扩展的非天然氨基酸系统，高效率通读单基因遗传病中致病基因的无义突变位点，恢复突变体蛋白的正常结构和功能。通过改造古甲烷球菌的tRNA(tRNAPyl)，得到全新的高通读效率的UAA和UGA编码的非天然氨基酸系统，扩展了tRNAPyl和吡咯赖氨酰‑tRNA合成酶(PylRS)正交对的使用范围。构建了模拟内源性提前终止密码子的质粒——在由内含子和外显子组成的Smad基因上引入提前终止密码子，可以用于评价通读内源性提前终止密码子的效率。发明中涉及无义突变的系统主要包括单基因遗传病的致病基因和肿瘤细胞内的肿瘤抑制基因。

摘要： 本发明涉及利用基因密码扩展的非天然氨基酸系统，高效率通读单基因遗传病中致病基因的无义突变位点，恢复突变体蛋白的正常结构和功能。通过改造古甲烷球菌的tRNA(tRNAPyl)，得到全新的高通读效率的UAA和UGA编码的非天然氨基酸系统，扩展了tRNAPyl和吡咯赖氨酰‑tRNA合成酶(PylRS)正交对的使用范围。构建了模拟内源性提前终止密码子的质粒——在由内含子和外显子组成的Smad基因上引入提前终止密码子，可以用于评价通读内源性提前终止密码子的效率。发明中涉及无义突变的系统主要包括单基因遗传病的致病基因和肿瘤细胞内的肿瘤抑制基因。

摘要： 本发明提出了一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，本方案采用密码子对使用频度对目的基因进行优化，不光考虑单个密码子使用频度，同时考虑两个密码子联合使用情况，即：相邻密码子的关系，挑选物种中两个tRNA连用时频度较高的密码子对对目标基因进行优化起到关键作用。

摘要： 本发明公开了一种用于木本植物遗传密码子优化的CodonNX系统及其优化方法，该系统包括输入模块、处理模块、输出模块；其中，输入模块用于用户输入基因序列和密码子使用频率排序表，并选定具体处理模式；处理模块用于接收输入的密码子信息内容、密码子使用频率排序表信息内容，并依据用户选择的处理模式，进行有效处理，并通过输出模块，输出对应的结果。本CodonNX系统提供了完备的可发展的全系统基因优化功能，提高工作效率，节省成本，系统的参数可选择，尤其是最优密码子可选择，几乎所有参数都公开、透明、可选择，并且可以由用户自己进行设置。该系统适合植物表达载体平台，针对性较强，经试验验证，在转基因植株中能得到高表达蛋白。

摘要： 本发明提出了一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，本方案采用密码子对使用频度对目的基因进行优化，不光考虑单个密码子使用频度，同时考虑两个密码子联合使用情况，即：相邻密码子的关系，挑选物种中两个tRNA连用时频度较高的密码子对对目标基因进行优化起到关键作用。

摘要： 本发明公开了一种用于木本植物遗传密码子优化的CodonNX系统及其优化方法，该系统包括输入模块、处理模块、输出模块；其中，输入模块用于用户输入基因序列和密码子使用频率排序表，并选定具体处理模式；处理模块用于接收输入的密码子信息内容、密码子使用频率排序表信息内容，并依据用户选择的处理模式，进行有效处理，并通过输出模块，输出对应的结果。本CodonNX系统提供了完备的可发展的全系统基因优化功能，提高工作效率，节省成本，系统的参数可选择，尤其是最优密码子可选择，几乎所有参数都公开、透明、可选择，并且可以由用户自己进行设置。该系统适合植物表达载体平台，针对性较强，经试验验证，在转基因植株中能得到高表达蛋白。

摘要： 本发明公开了一种密码子优化的猪λ3干扰素编码基因及其在制备猪λ3干扰素中的应用。具体地公开了密码子优化的猪λ3干扰素基因PoIFNλ3‑MD及利用该基因制备重组猪λ3干扰素的方法。本发明优化的基因PoIFNλ3‑MD在宿主菌的表达能力远高于未优化的基因PoIFNλ3‑WT。将优化后的PoIFNλ3‑MD插入到载体pET30a(+)的多克隆位点得到了重组质粒，并将重组质粒导入大肠杆菌得到了重组菌。利用该重组菌通过诱导培养就可以制备出大量高活性的重组猪λ3干扰素蛋白。本发明提供的基因、重组质粒和重组菌对于重组猪λ3干扰素的生产极具经济价值，对于生猪养殖业也具有重大应用价值和广泛的应用前景。

摘要： 本发明提供一种密码子优化的透明质酸水解酶基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明按照毕赤酵母密码子偏好性优化了山大齿猛蚁透明质酸酶基因，构建的重组毕赤酵母工程菌株表现出较高的透明质酸水解活力，为工业化生产和医疗应用山大齿猛蚁毒液透明质酸水解酶奠定了坚实的基础。

摘要： 本发明公开了一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系，该密码子优化方法基于所述蛋白质表达体系中细胞提取物的来源物种的核糖体蛋白，对编码所述核糖体蛋白的DNA序列的密码子进行统计，获得核糖体蛋白氨基酸序列中每种氨基酸残基对应的同义密码子中各密码子的相对频率，选择相对频率最高的密码子，并将该密码子用作目标蛋白的氨基酸序列中同种氨基酸残基的密码子。本发明的密码子优化方法能在使用较少计算资源的情况下，快速获得一个不含特定位点，且相较于优化前具有较高蛋白表达效率的DNA序列。

摘要： 本发明公开了一种密码子优化的玉足海参海藻糖酶基因及其应用，属于基因改造与蛋白表达技术领域。本发明通过密码子优化技术对玉足海参的海藻糖酶基因进行改造后，在酵母表达系统中成功表达出具有海藻糖酶活性的蛋白，进而为人工养殖海参提供一种有助于摄食和消化的饲料调节剂，提高海参的摄食和消化吸收效率；同时，将该蛋白应用于大型海藻的精深加工，使海藻的营养得到更充分的释放与利用。