SSR引物

摘要： 【目的】研究玉米杂种优势类群划分高多态SSR引物筛选。【方法】遴选均匀分布在玉米10个连锁群上160对SSR引物,在104份玉米自交系DNA中扩增,根据引物的染色体分布和PIC值,分别取40、30、20和10对高多态引物建立4套新引物体系,检测104份自交系的分类效果。【结果】(1)160对引物中的63对引物带型稳定,多态性高,最高PIC值0.7623,高于过去常用核心SSR引物,63对引物中过去常用核心SSR引物仅保留40%左右;(2)4套引物体系中,40和30对引物体系的分类结果与已知自交系类群高度吻合,20对体系与40对体系比较具90.5%一致性,10对体系与40对体系比较的一致性81.0%;(3)40对体系分类104份材料为5大类群,分别是瑞德、改良瑞德、兰卡斯特、黄改和和旅大红骨,与目前国内利用的优势群划分结果一致,也能鉴别出每个群中亲缘关系最远的亚群是相近群间二环系来源的混合基因型;(4)各群的代表自交系是单一遗传结构成分,亚群是多遗传结构成分。【结论】部分SSR引物的多态性在新自交系中会出现下降,建立的新的40对引物体系有精确的分类功能,可应用于类群划分,20对体系的分类精确性稍低,但检测工作量减半,在批量材料分类中有利用价值。

摘要： [目的]密叶红豆杉是西喜马拉雅地区特有种,为我国I级保护植物,也是全国120个极小种群野生植物拯救保护物种之一.了解种群遗传多样性是开展种群遗传资源保育的重要内容,开展密叶红豆杉SSR位点分布特征及分子标记开发可为研究其种群遗传多样性提供可靠的手段.[方法]基于高通量测序技术,采用de novo组装方法获取转录组序列数据.利用MISA 1.0软件在数据库中搜索SSR位点,再用Primer 5.0软件批量设计SSR引物.选用6个样本对设计的引物进行PCR扩增初步筛选,再用24个样本对有目的条带的引物进行多样性筛选,其扩增产物的毛细管电泳结果用GeneMarker软件判定产物的片段长度.最后分别用GenALEx 6.5软件、Genepop V4.7软件和CERVUS 3.0软件对筛选出来的引物扩增产物数据进行遗传参数分析.[结果]共获得39261条Unigene,搜索到2965个SSR位点,发生频率为6.7％,位点分布频率为1/12.43 kb.在剔除单核苷酸SSR位点不同重复类型中以三核苷酸重复数量最多,占总数65.1％;二核苷酸重复次之,占总数的34.0％.在三核苷酸重复基序中以AAG/CTT重复基序最多;二核苷酸重复基序中以AG/CT重复基序最多.选用的160对SSR引物中有92对引物扩增出目的条带,扩增率为57.5％;其中有24对引物的扩增产物具有多态性,多态位点百分比为26.1％.在这24对多态性SSR位点中,等位基因数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、近交系数(Fis)以及多态信息含量(PIC)平均分别为4.958、0.497、0.671、0.246和0.619.主成分分析结果表明24个SSR位点散布性较好.[结论]在密叶红豆杉中占优势的SSR位点重复类型和重复基序与其它物种基本相同,但具有多态性的三核苷酸重复类型与其所占比例不一致.筛选出的24个SSR位点高度多态,可为后续密叶红豆杉种群遗传多样性研究提供丰富的标记引物.

摘要： 为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘.结果表明:通过M ISA软件从60563条unigenes检测出14928个SSR位点,分布于11932条unigenes中,出现频率为24.65％,平均分布距离为3.43 kb.优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44％、21.54％和14.06％.14928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31％、18.13％ 和6.93％.利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9535对,成功率为63.87％.非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据.

摘要： 以梨网蝽为材料,从其转录组中筛选功能微卫星序列(EST-SSR),并进行SSR位点的信息分析,开发梨网蝽SSR引物,旨在为深入探究梨网蝽的分子结构奠定理论基础.对梨网蝽转录组中16 449条基因数据库的数据进行搜索,共找到6 641个SSR位点,分布在4 420条基因数据库中,发生频率(含有SSR位点的基因数据库与基因数据库总数之比)为26.87％.在对其各组分数量分析中,发现梨网蝽转录组中SSR的主要重复类型是单核苷酸重复,占SSR总数的40.41％;其次是三核苷酸重复,占SSR总数的22.76％.本试验共设计80对梨网蝽EST-SSR引物,其中9对引物可以扩增得到预期的条带.

摘要： 以梨网蝽为材料,从其转录组中筛选功能微卫星序列(EST-SSR),并进行SSR位点的信息分析,开发梨网蝽SSR引物,旨在为深入探究梨网蝽的分子结构奠定理论基础。对梨网蝽转录组中 16 449 条基因数据库的数据进行搜索,共找到6 641个SSR位点,分布在4 420条基因数据库中,发生频率(含有SSR位点的基因数据库与基因数据库总数之比)为26.87%。在对其各组分数量分析中,发现梨网蝽转录组中SSR的主要重复类型是单核苷酸重复,占SSR总数的40.41%;其次是三核苷酸重复,占SSR总数的22.76%。本试验共设计80对梨网蝽EST-SSR引物,其中9对引物可以扩增得到预期的条带。

摘要： [目的]分析悬钩子属植物的遗传多样性,研究现存悬钩子SSR引物的通用性.[方法]通过简单重复序列标记(SSR)用12份悬钩子属野生和栽培种类资源对40对引物进行筛选.[结果]共筛选出8对引物对全部12个样品扩增良好,多态性比率为100％,可用于遗传多样性的分析.[结论]该试验筛选的8对引物可为下一步研究提供依据.%[Objective] To analyze the genetic diversity of Rubus L.and study the universality of the existing SSR primers of Rubus L..[Method] Forty pairs of primers were screened from 12 wild and cultivated species of Rubus L.by simple repeated sequence marker (SSR).[Result]8 pairs of primers were screened and amplified all 12 samples with a polymorphism ratio of 100％,which could be used for genetic diversity analysis.[Conclusion] The 8 pairs of primers in this experiment can provide the basis for further study.

摘要： 红麻与棉花属于锦葵科不同属的天然纤维作物,利用棉花SSR引物的通用性可以丰富红麻SSR标记.本研究从陆地棉每条染色体上随机均匀挑选10对SSR引物,共260对,对24份不同来源的红麻种质进行多态性分析.结果显示,139对(53.5％)引物扩增出了清晰的条带,128对(49.2％)引物表现出多态性,共扩增出292条带,平均每对引物扩增出2.1条带,平均多态信息量为0.5419.表明这些引物在红麻中的通用性和多态性好.位于陆地棉染色体A1、A5和D8上的SSR引物在红麻中扩增多态性较高.聚类分析表明,24份红麻种质可分为2个类群,进一步划分为4个亚群,与地理来源和系谱关系较一致.这些结果既证实了棉花SSR引物应用于红麻是可行的,又有助于红麻与棉花比较基因组学和遗传育种研究.

摘要： 小麦作为世界上重要的粮食作物,其丰富的遗传变异对小麦的遗传改良工作至关重要.本研究利用均匀分布在小麦A、B、D基因组上的84对SSR引物对119份黄淮麦区推广小麦品种进行了DNA指纹数据库的构建,并进行遗传多样性分析.结果表明,84对SSR引物共检测到170个等位变异,每对引物检测出1～5个等位变异,其中有13对引物可以将某一小麦与其他品种区分开.根据SSR基因型聚类结果可将119份小麦品种(系)分为5大类群,基本能够分辨各个推广品种间的亲缘关系,为小麦亲本选择及杂交组配提供了一定的理论依据.

摘要： 为了确定一套适于辣椒杂交种纯度鉴定的核心SSR引物,利用17对SSR引物对100份已知辣椒(Capsicum)杂交种进行DNA指纹分析.根据多态性和杂合率两个指标,确定Hpms1-214、Es395和Hpms1-5为辣椒杂交种纯度鉴定的首选核心引物,利用这三个引物进行筛选,97个品种(占97％)能够找到具有杂合带型的鉴定引物,确定5个引物Es330、Es363、Epms-923、Es120和Es64为辣椒杂交种纯度鉴定的备选核心引物.筛选出14个品种的特异性引物,可进一步筛选每个辣椒杂交种的双亲互补型引物.

摘要： 为了确定一套适于辣椒杂交种纯度鉴定的核心SSR引物,利用17对SSR引物对100份已知辣椒(Capsicum)杂交种进行DNA指纹分析.根据多态性和杂合率两个指标,确定Hpms1-214、Es395和Hpms1-5为辣椒杂交种纯度鉴定的首选核心引物,利用这三个引物进行筛选,97个品种(占97％)能够找到具有杂合带型的鉴定引物,确定5个引物Es330、Es363、Epms-923、Es120和Es64为辣椒杂交种纯度鉴定的备选核心引物.筛选出14个品种的特异性引物,可进一步筛选每个辣椒杂交种的双亲互补型引物.

摘要： 为了确定一套适于辣椒杂交种纯度鉴定的核心SSR引物,利用17对SSR引物对100份已知辣椒(Capsicum)杂交种进行DNA指纹分析.根据多态性和杂合率两个指标,确定Hpms1-214、Es395和Hpms1-5为辣椒杂交种纯度鉴定的首选核心引物,利用这三个引物进行筛选,97个品种(占97％)能够找到具有杂合带型的鉴定引物,确定5个引物Es330、Es363、Epms-923、Es120和Es64为辣椒杂交种纯度鉴定的备选核心引物.筛选出14个品种的特异性引物,可进一步筛选每个辣椒杂交种的双亲互补型引物.

摘要： 为了确定一套适于辣椒杂交种纯度鉴定的核心SSR引物,利用17对SSR引物对100份已知辣椒(Capsicum)杂交种进行DNA指纹分析.根据多态性和杂合率两个指标,确定Hpms1-214、Es395和Hpms1-5为辣椒杂交种纯度鉴定的首选核心引物,利用这三个引物进行筛选,97个品种(占97％)能够找到具有杂合带型的鉴定引物,确定5个引物Es330、Es363、Epms-923、Es120和Es64为辣椒杂交种纯度鉴定的备选核心引物.筛选出14个品种的特异性引物,可进一步筛选每个辣椒杂交种的双亲互补型引物.

摘要： 本研究利用源于苹果的49对EST-SSR引物对不同地理来源的47个枇杷品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析.结果显示有33对苹果引物能在枇杷品种中扩增出理想的PCR产物,引物转换率达67.3％,其中有22对引物具有较好的扩增多态性.对29个扩增片段进行回收测序结果也显示80％的PCR产物具有相应的SSR位点.同时,聚类结果表明,47个枇杷品种被明显地区分成了中国和西班牙两大品种群,聚类模式符合供试品种遗传背景信息,进一步证实了苹果EST-SSR标记可较好地应用于枇杷品种的遗传多样性和亲缘关系研究.所获得的多态性标记也为枇杷品种鉴定、枇杷遗传图谱构建等研究提供了可靠的数据信息.

摘要： 本研究利用源于苹果的49对EST-SSR引物对不同地理来源的47个枇杷品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析.结果显示有33对苹果引物能在枇杷品种中扩增出理想的PCR产物,引物转换率达67.3％,其中有22对引物具有较好的扩增多态性.对29个扩增片段进行回收测序结果也显示80％的PCR产物具有相应的SSR位点.同时,聚类结果表明,47个枇杷品种被明显地区分成了中国和西班牙两大品种群,聚类模式符合供试品种遗传背景信息,进一步证实了苹果EST-SSR标记可较好地应用于枇杷品种的遗传多样性和亲缘关系研究.所获得的多态性标记也为枇杷品种鉴定、枇杷遗传图谱构建等研究提供了可靠的数据信息.

摘要： 本研究利用源于苹果的49对EST-SSR引物对不同地理来源的47个枇杷品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析.结果显示有33对苹果引物能在枇杷品种中扩增出理想的PCR产物,引物转换率达67.3％,其中有22对引物具有较好的扩增多态性.对29个扩增片段进行回收测序结果也显示80％的PCR产物具有相应的SSR位点.同时,聚类结果表明,47个枇杷品种被明显地区分成了中国和西班牙两大品种群,聚类模式符合供试品种遗传背景信息,进一步证实了苹果EST-SSR标记可较好地应用于枇杷品种的遗传多样性和亲缘关系研究.所获得的多态性标记也为枇杷品种鉴定、枇杷遗传图谱构建等研究提供了可靠的数据信息.

摘要： 本研究利用源于苹果的49对EST-SSR引物对不同地理来源的47个枇杷品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析.结果显示有33对苹果引物能在枇杷品种中扩增出理想的PCR产物,引物转换率达67.3％,其中有22对引物具有较好的扩增多态性.对29个扩增片段进行回收测序结果也显示80％的PCR产物具有相应的SSR位点.同时,聚类结果表明,47个枇杷品种被明显地区分成了中国和西班牙两大品种群,聚类模式符合供试品种遗传背景信息,进一步证实了苹果EST-SSR标记可较好地应用于枇杷品种的遗传多样性和亲缘关系研究.所获得的多态性标记也为枇杷品种鉴定、枇杷遗传图谱构建等研究提供了可靠的数据信息.

摘要： 本研究利用源于苹果的49对EST-SSR引物对不同地理来源的47个枇杷品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析.结果显示有33对苹果引物能在枇杷品种中扩增出理想的PCR产物,引物转换率达67.3％,其中有22对引物具有较好的扩增多态性.对29个扩增片段进行回收测序结果也显示80％的PCR产物具有相应的SSR位点.同时,聚类结果表明,47个枇杷品种被明显地区分成了中国和西班牙两大品种群,聚类模式符合供试品种遗传背景信息,进一步证实了苹果EST-SSR标记可较好地应用于枇杷品种的遗传多样性和亲缘关系研究.所获得的多态性标记也为枇杷品种鉴定、枇杷遗传图谱构建等研究提供了可靠的数据信息.

摘要： 本研究利用源于苹果的49对EST-SSR引物对不同地理来源的47个枇杷品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析.结果显示有33对苹果引物能在枇杷品种中扩增出理想的PCR产物,引物转换率达67.3％,其中有22对引物具有较好的扩增多态性.对29个扩增片段进行回收测序结果也显示80％的PCR产物具有相应的SSR位点.同时,聚类结果表明,47个枇杷品种被明显地区分成了中国和西班牙两大品种群,聚类模式符合供试品种遗传背景信息,进一步证实了苹果EST-SSR标记可较好地应用于枇杷品种的遗传多样性和亲缘关系研究.所获得的多态性标记也为枇杷品种鉴定、枇杷遗传图谱构建等研究提供了可靠的数据信息.

摘要： 本发明公开了SSR标记引物设计方法。针对现有SSR标记引物多态性不足的缺陷，本发明提供了一种基于基因组草图序列设计新SSR标记引物的方法。本方法首先选择一位点已知的SSR标记引物作为起始SSR标记引物，其次将起始SSR标记引物与其所在染色体草图序列进行序列比对查找比对结果中的片段重叠群，然后搜寻片段重叠群中的SSR序列作为结果SSR序列，最后根据结果SSR序列设计SSR标记引物。本发明还提供了14对新的与小麦条锈病抗性有关的SSR标记引物，其中5对在供试遗传群体中产生多态性；以及以L693×L661和L661×L693F2单株作为作图群体的小麦遗传图谱构建方法。本发明方法可快速增加已知位点SSR标记引物的数量，增加SSR标记多态性，与基因初定位相结合可以快速加密遗传图谱。

摘要： 本发明涉及分子技术领域，具体涉及三七SSR多态性引物、多态性检测方法及SSR标记在总皂苷含量确定上的应用，三七SSR多态性引物，由序列表中SEQ ID NO.1‑32所示引物组成；利用该引物进行PCR扩增对三七的多态性进行检测。本发明还提供了三七SSR标记在总皂苷含量确定上的用途。三七总皂苷与位点SSR35有关联。三七总皂苷与位点SSR2‑57有关联。本发明提供了三七多态性检测的方法及引物，对三七品种表型的研究和品种鉴定提供了有利的技术支持，对SSR标记与总皂苷的关联性研究，有利于高总皂苷含量三七品种选育的工作开展。

摘要： 本发明提供一种与竹子耐寒性相关的SSR分子标记、SSR引物及其应用，属于分子标记及其检测技术领域。本发明通过转录组测序结果，进一步筛选ICE1‑CBF‑COR通路相关基因，在相关通路里找到了与抗寒标记相关的38条unigene，根据unigene里SSR位点分布特点，合成38对SSR引物，通过引物筛选，最终得到了9对多态性较好的位点，并进一步进行验证，最终证明上述SSR引物扩增获得的SSR分子标记可用于竹子种质资源耐寒鉴定。本发明检测方法在短时间内即可完成耐寒竹子鉴定，具有高效、准确、低成本、操作简便等优势，可应用于竹子种质资源或品种的耐寒鉴定及分子辅助育种，具有良好的实际生产和应用之价值。

摘要： 本发明公开了SSR标记引物设计方法。针对现有SSR标记引物多态性不足的缺陷，本发明提供了一种基于基因组草图序列设计新SSR标记引物的方法。本方法首先选择一位点已知的SSR标记引物作为起始SSR标记引物，其次将起始SSR标记引物与其所在染色体草图序列进行序列比对查找比对结果中的片段重叠群，然后搜寻片段重叠群中的SSR序列作为结果SSR序列，最后根据结果SSR序列设计SSR标记引物。本发明还提供了14对新的与小麦条锈病抗性有关的SSR标记引物，其中5对在供试遗传群体中产生多态性；以及以L693×L661和L661×L693F2单株作为作图群体的小麦遗传图谱构建方法。本发明方法可快速增加已知位点SSR标记引物的数量，增加SSR标记多态性，与基因初定位相结合可以快速加密遗传图谱。

摘要： 本发明公开了SSR标记、引物对及其应用和陆地棉早熟分子育种相关SSR标记位点的筛选方法。以中晚熟棉花品种鲁棉研37号为母本，以早熟棉花品种鲁棉研19号为父本，杂交1代，再自交1代获得F2，在F2群体中选择1/8的早熟株系和1/8的晚熟株系，种植F3，自交获得F4利用F2群体进行棉花早熟性状相关SSR标记位点的第一次鉴定，卡方分析初步确定受苗蕾期性状选择有效的陆地棉早熟分子育种相关SSR标记。利用F4群体进行早熟相关SSR标记位点的第二次鉴定，卡方分析最终确定受苗蕾期性状选择有效的陆地棉早熟分子育种相关SSR标记。本发明的有益效果是为陆地棉早熟分子育种分子标记位点。

摘要： 本发明属于生物技术领域，具体是植物遗传育种领域，更具体涉及适用于SSR‑Seq技术的、可有效区分野生萝卜、栽培萝卜的各亚种、变种和品种的38对萝卜全基因组SSR核心引物及其多重PCR反应体系和变异鉴定分型技术，以及它们的集成应用。该38对引物均匀地分布在萝卜9条染色体上，不仅适用于传统的SSR标记检测，具有扩增产物多态性高、重复性好的特点，而且利用本发明提供的38对SSR引物及其多重PCR反应体系，与SSR‑seq技术相结合，可高通量、精准鉴定SSR重复单元序列、重复单元数及其频率，为萝卜种质资源的收集保存、分类鉴定、创新等研究工作，以及为育种材料的遗传背景分析和重要性状的分子标记提供高效的分子检测技术支持。

摘要： 本发明公开一种用于朱顶红杂交后代鉴定的SSR分子标记组合、SSR引物组合及其应用，本发明基于朱顶红转录组数据开发EST‑SSR标记，以朱顶红亲本和杂交后代基因组DNA为模板，使用SSR引物进行PCR扩增，通过毛细管电泳，进行朱顶红亲本和杂交后代的EST‑SSR分析，可用于朱顶红杂交后代的早期鉴定。本发明的检测方法适用于朱顶红EST‑SSR分子标记开发及其杂交后代的早期鉴定，既提高了朱顶红杂交育种效率，又降低了杂交后代株系的管理成本，具有准确性高、操作简便等优点。

摘要： 本发明提供一种与竹子耐寒性相关的SSR分子标记、SSR引物及其应用，属于分子标记及其检测技术领域。本发明通过转录组测序结果，进一步筛选ICE1‑CBF‑COR通路相关基因，在相关通路里找到了与抗寒标记相关的38条unigene，根据unigene里SSR位点分布特点，合成38对SSR引物，通过引物筛选，最终得到了9对多态性较好的位点，并进一步进行验证，最终证明上述SSR引物扩增获得的SSR分子标记可用于竹子种质资源耐寒鉴定。本发明检测方法在短时间内即可完成耐寒竹子鉴定，具有高效、准确、低成本、操作简便等优势，可应用于竹子种质资源或品种的耐寒鉴定及分子辅助育种，具有良好的实际生产和应用之价值。

摘要： 本发明涉及分子技术领域，具体涉及三七SSR多态性引物、多态性检测方法及SSR标记在总皂苷含量确定上的应用，三七SSR多态性引物，由序列表中SEQ ID NO.1‑32所示引物组成；利用该引物进行PCR扩增对三七的多态性进行检测。本发明还提供了三七SSR标记在总皂苷含量确定上的用途。三七总皂苷与位点SSR35有关联。三七总皂苷与位点SSR2‑57有关联。本发明提供了三七多态性检测的方法及引物，对三七品种表型的研究和品种鉴定提供了有利的技术支持，对SSR标记与总皂苷的关联性研究，有利于高总皂苷含量三七品种选育的工作开展。

摘要： 本发明公开了一种林木差异表达基因SSR引物组及SSR标记开发方法。SSR标记开发方法是先提取某树种不同组织或不同发育阶段材料的RNA，进行转录组测序；根据qvalue<0.05的阈值筛选差异表达基因，用MISA对差异表达的unigene进行SSR检测，获取该树种差异表达基因SSR引物组，合成差异表达基因SSR引物，以该树种至少8个不同来源个体DNA为模板，按优化后的条件进行的PCR扩增，经电泳检测，筛选并开发出具有多态性的差异表达基因SSR标记。开发具多态性的杉木差异表达基因SSR引物序列如表2所示。本发明优化的PCR反应条件有效提高了引物扩增的特异性；本发明筛选出具多态性的SSR对林木遗传多样性研究、加快分子辅助育种具有重要意义和参考价值。