多态性分析

摘要： 【目的】李(Prunus salicina L.)是我国东北地区极具经济开发前景的树种,具有重要的社会、经济价值。通过分子标记技术对李进行遗传连锁图谱构建,为李新品种选育提供理论基础。【方法】以吉林6号和龙园秋李为作图亲本,利用SSR引物对F_(1)子代进行真实性鉴定,经多态性筛选,选出14条ISSR引物和16对SRAP引物用于遗传连锁图谱的构建,应用Join Map 4.0软件,结合“双假测交”理论构建李遗传连锁图谱。【结果】试验获得72个真实性F_(1)子代,ISSR引物和SRAP引物在F_(1)群体产生5种分离类型、120个标记位点,经软件分析获得1张拥有16个连锁群的遗传连锁图谱,该图谱总长度为528.5 cM,包含38个分子标记位点,连锁群平均长度为13.9 cM,最长的连锁群为71.1 cM、最短的连锁群为9.6 cM,多态性标记间最大遗传距离为52.8 cM、最小遗传距离为1.4 cM。【结论】研究获得的李遗传连锁图谱丰富了寒地李的遗传研究基础,有助于李QTL定位、分子标记辅助育种和基因定位研究。

摘要： 为从线粒体角度了解银耳(Tremella fuciformis)主要栽培菌株的遗传多样性,从37个银耳栽培菌株中选取33、34和37号3个典型菌株进行高通量基因组测序,并进行线粒体基因组组装和分析,结果表明:3个菌株的线粒体基因组序列一致,但就线粒体基因组拷贝数而言,33号显著高于34号、37号。选取37号菌株线粒体基因组与已公布的7个野生菌株进行内含子多态性分析,发现它们内含子数量和插入位点各不相同,存在丰富的多态性。针对37号菌株特异内含子及周边序列设计8对引物,通过PCR扩增分析栽培菌株的多样性,结果表明:这8对引物在36个栽培菌株中均扩增出一条长度一致的条带,其长度与37号菌株的预测长度相同,说明36个菌株均含有与37号菌株相同的内含子。

摘要： 为探究鸡IFITM(Interferon-Induced Transmembrane,IFITM)3基因SNPs(Single Nucleotide Polym orphisms,SNPs)位点的多态性,挖掘其潜在的功能性位点,本研究对鸡IFITM3基因编码区进行克隆,结合多种生物信息学方法对蛋白nsSNPs(nonsense-SNPs, nsSNPs)位点及基因的选择压力进行综合分析。结果显示:本研究克隆了IFITM3基因编码区,为414 bp,共编码137个氨基酸;该蛋白质为稳定的、非分泌型、疏水性小分子跨膜蛋白,并具有磷酸化、糖基化、棕榈酰化修饰位点。本研究发现5个SNP,其中SNP1在测序鸡种中已经固定,不具有多态性;其余4个SNP的多态性在测序鸡种的群体中存在差异,且都属于中性位点。分析发现:鸡IFITM3基因存在2个nsSNPs位点,其中V103I突变对蛋白的影响程度低,是非保守性的中性位点。H126P突变可能改变位点的氢键数目降低蛋白的分子间作用力,影响蛋白空间结构的稳定性。IFITM3编码区序列十分保守,在禽类的选择压力分析中,只检测到120V位点。综上所述,H126P位点可作为优良鸡种免疫分子选育的潜在功能性位点。

摘要： 猪的解剖结构与生理特点以及一些主要的生理生化指标都与人类相似[1],是研究人类脂代谢相关疾病优良的模型动物。魏静元[2]成功获得5只高脂血症模型,研究ApoCШ基因对高脂血症发生的影响,结果发现ApoCШ基因能够显著影响血浆中的甘油三酯水平以及血浆中的脂蛋白脂肪酶活性,为人类利用ApoCШ基因治疗高脂血症提供了依据。同时在我国畜牧生产中,猪养殖生产所占地位众所周知,猪脂代谢研究对我国商品猪生产也同样具有重要意义。20世纪70年代以来,农户纷纷弃养我国本地猪种,引进国外肥肉少、瘦肉多的瘦肉型猪的猪种,在追求高瘦肉率目标的同时,直接导致了猪肉脂肪含量的变化.

摘要： 为明确黄瓜(Cucumis sativus L.)自交系间的亲缘关系,筛选适宜作为杂交亲本的种质资源,利用InDel标记对48份黄瓜自交系进行遗传多样性分析.结果表明,68对InDel标记中39对标记具有强多态性,在48份材料中共检测出79个等位基因,平均每对标记检测到2.025 6个等位基因,遗传距离在0～0.955 1范围之间,相似性系数在0.44～1.00之间,平均相似性系数为0.72,说明48份材料总体亲缘关系较近,遗传多样性不够丰富.NTSYS2.1软件聚类结果表明,在相似性系数为0.44时,48份材料被划分为两大类群,主要为密刺黄瓜和水果黄瓜,用Power Marker 3.25软件进行树状图分析,分析结果与NTYSYS聚类结果一致.研究结果可为了解黄瓜种质资源遗传背景及亲本组合的选配奠定基础.

摘要： 催乳素受体(PRLR)通过与催乳素结合,介导包括动物泌乳和繁殖在内的多种生理功能.本研究以2个肉用鹌鹑群体(法国巨型肉用鹌鹑、莎维麦脱肉用鹌鹑)为研究对象,利用PCR-RFLP技术和测序技术检测PRLR基因在以上2个鹌鹑群体中的多态性.结果表明,法国巨型肉用鹌鹑CC基因型频率为0.165,CT基因型频率为0.032,TT基因型频率为0.803,其等位基因频率C为0.181,T为0.819;莎维麦脱肉用鹌鹑CC基因型频率为0.217,CT基因型频率为0.041,TT基因型频率为0.742,其等位基因频率C为0.238,T为0.762.

摘要： 为了筛选最佳构建蓖麻高密度遗传图谱的亲本组合,以农艺性状差异较大的蓖麻两性系SL1为父本,镶嵌型雌性系HCH3和HCH1分别为母本,基于全基因组重测序(WGS)技术和生物信息学分析方法对2组亲本进行SNP标记多态性分析.结果表明,2组亲本间多态性标记均比较丰富,其中以HCH1为母本的组合2的亲本多态性更佳,SNP多态性标记总数为581158个,可用aa×bb型SNP标记为181791个.最佳亲本组合的确定为构建蓖麻的高密度遗传图谱、多种农艺性状定位和基因挖掘奠定了良好的基础.

摘要： 目的 了解黑龙江省人源沙门菌的血清型及分子分型特征.方法 对2016-2019年从黑龙江省监测腹泻病例分离的沙门菌进行血清学分型及脉冲场凝胶电泳(PFGE)图谱多态性分析.结果 2016-2019年,9 977例腹泻病例中共检出303株人源沙门菌,其中大庆、哈尔滨、齐齐哈尔市检出率较高,第二季度沙门菌检出率显著高于其他季度,16～及56～岁年龄组人群沙门菌检出率高于其他年龄组.黑龙江省人源沙门菌包含46种血清型,肠炎沙门菌占40.59％,为主要血清型.肠炎沙门菌共有67种PFGE谱型,型别多样,分为3个带型簇,54.10％的优势谱图菌株来源于≤5岁婴幼儿.结论 16～及56～岁年龄组人群是人源沙门菌感染的高危人群,而肠炎沙门菌为主要血清型别.黑龙江省人源沙门菌指纹图谱呈多态性分布.

摘要： 为考察猪ALAS1基因内含子9多态性及其对繁殖性能指标的遗传效应,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法,分析ALAS1基因内含子9在杜洛克猪、长白猪、大白猪和梅山猪群体内的多态性,并分析该突变位点与长白猪、大白猪繁殖性状的相关性.结果显示:ALAS1基因内含子9在长白猪群体内的基因型频率为CC(0.01)、CT(0.32)和TT(0.67);在大白猪群体内的基因型频率为CC(0.23)、CT(0.40)和TT(0.38);在梅山猪群体内的基因型频率为CC(0.62)、CT(0.26)和TT(0.11);在杜洛克猪群体内只检测出TT基因型,TT基因型频率为1.00.ALAS1基因在长白猪群体内CT型的总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)比TT型的TNB和NBA分别高0.23头(P>0.05)和0.29头(P>0.05).ALAS1基因在大白猪群体内的TNB和NBA均表现出CC>CT>TT的趋势.在大白猪群体内CC型的TNB、NBA比CT型的TNB、NBA分别多0.28头(P>0.05)和0.24头(P>0.05);CC型和CT的TNB比TT型的TNB分别多1.63头和1.35头(P<0.01);CC型和CT的NBA比TT型的NBA分别多1.58头和1.34头(P<0.01).ALAS1基因在大白猪群体中CC型为影响产仔数的优势基因型,CC型和CT型的TNB、NBA均高于TT型的TNB、NBA,差异达到极显著水平.

摘要： 本研究对人PDCD5基因的结构、启动子、蛋白的理化性质、RNA结构、二级结构、三级结构、磷酸化位点、组织表达情况及蛋白质相互作用网络等进行预测分析.结果表明:人PDCD5蛋白由125个氨基酸组成,为非跨膜蛋白,主要定位于细胞核,其二级结构主要元件为α-螺旋和无规卷曲;人PDCD5蛋白有13个磷酸化位点;人PDCD5蛋白在睾丸、肾上腺、脂肪、结肠等组织中表达量较高;对该基因的Clinical SNP位点rs75015964(G>A)与rs76303011(G>A/G>T)检测结果表明,该位点在湖北人群中不存在多态性.

摘要： 本试验分别于2012年4月在新疆某养殖基地采集了和田青驴血样70个，6月在河北省某养驴专业合作社采集了渤海驴血样70个，ACD抗凝处理，带回扬州大学动物科学与技术学院分子遗传标记实验室后，采用酚-氯仿抽提法提取DNA，冷冻保存。应用PCR-SSCP技术对新疆驴及河北驴的MSTN基因及GHR基因进行单核苷酸多态性检测和分析。在新疆驴及河北驴MSTN基因多态性分析实验中，发现了两处突变位点，分别位于791帅处及2017帅处。MSTN基因表达产物的功能区主要由109个氨基酸组成，编码这一段氨基酸的核苷酸主要集中在外显子3，其中9个半胱氨酸对该因子的发挥正常的功能必不可少，属保守性氨基酸，发生改变后会导致其功能的重大丧失，从而影响生产性能。突变基因型和突变基因频率都非常低。综合以上2个基因的检测结果，说明我国家驴种群较纯正，基因保守性高，是研究遗传进化的良好素材。

摘要： 研究姜花二倍体形成四倍体过程中与mRNA对应的DNA序列上的SSR是否发生变异,为探索四倍体白姜花性状发生变化可能的遗传机制奠定基础.在前期转录组测序基础上,统计SSR位点,设计特异SSR引物,提取二倍体和四倍体白姜花的叶片DNA进行PCR扩增和测序,分析比较SSR位点在两者之间的差异.结果表明:10个SSR位点核心序列为(AG)n,7个SSR位点在四倍体和二倍体上基因型一致,未发生变异;3个杂合位点基因型尚不能判断.同时,在3个SSR位点筛选出A＞C或者A＞G的SNP,而且在四倍体和二倍体姜花植株中相同.

摘要： 为了研究NLRC5基因启动子区的SNP及其对启动子功能元件的影响,采用目标捕获测序和PCR产物直接测序的方法对27个鸡品种和2种细胞的NLRC5基因启动子区进行SNP检测,总共检测到37个SNP位点,其中斗鸡未发现SNP存在,SNP9存在于除斗鸡以外的其它鸡种和细胞.生物信息学软件预测得到NLRC5基因启动子区转录因子结合位点和CpG岛,SNP位点对转录因子结合位点和CpG岛大小均有影响,表明NLRC5启动子区SNP可能通过不同方式影响基因表达调控.

摘要： 目的：探讨临床分离表皮葡萄球菌附属基因调节因子agr基因多态性,了解表皮葡萄球菌的分子特征.rn 方法：收集84株临床分离并经过全自动微生物鉴定系统准确鉴定的表皮葡萄球菌,通过PCR扩增esp和mecA基因准确鉴定和区分甲氧西林敏感表皮葡萄球菌(MSSE)和耐甲氧西林表皮葡萄球菌(MRSE),采用多重PCR扩增表皮葡萄球菌的agr等位基因,分析agr基因多态性.rn 结果：84株临床分离表皮葡萄球菌中,20株为MSSE,占23.80％,其中agrⅠ型5株,agrⅡ型2株,agrⅢ型2株,agr未分型11株.64株为MRSE,占76.20％,其中agrⅠ型37株,agrⅡ型7株,agrⅢ型11株,agr未分型9株.血液来源的表皮葡萄球菌中,agrⅠ型25株,agrⅡ型5株,agrⅢ型10株,agr未分型16株.非血液来源的表皮葡萄球菌中,agrⅠ型17株,agrⅡ型4株,agrⅢ型3株,agr未分型4株。rn 结论：临床分离表皮葡萄球菌agr基因存在明显多态性,MSSE中未分型agr较常见，MRSE中以agrⅠ型和agrⅢ型为主.

摘要： 目的：建立一种快速、高通量的药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性的检测方法,为个体化治疗提供用药参考.rn 方法：抽取96例人外周血并提取DNA,应用带生物素标记的扩增引物,经PCR扩增以及亲和素包被的磁珠分离,制备包含有CYP2C19*17位点的焦磷酸测序单链模板，于PyroMark Q24MDx焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,以Sanger测序结果作为对照,观察分析焦磷酸测序准确性及重复性.rn 结果：焦磷酸测序结果与Sanger测序法对比准确性为100％,焦磷酸测序法检测CYP2C19*17位点的重复率也达到100％.建立了基于焦磷酸测序技术的CYP2C19*17多态性位点检测平台.rn 结论：焦磷酸测序法可准确、快速、高通量检测药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性,该方法适宜CYP2C19*17这个SNP位点的临床常规检测.焦磷酸检测技术平台在个体化诊断、用药上有较大推广、应用价值.

摘要： 目的：建立一种快速、高通量的药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性的检测方法,为个体化治疗提供用药参考.rn 方法：抽取96例人外周血并提取DNA,应用带生物素标记的扩增引物,经PCR扩增以及亲和素包被的磁珠分离,制备包含有CYP2C19*17位点的焦磷酸测序单链模板，于PyroMark Q24MDx焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,以Sanger测序结果作为对照,观察分析焦磷酸测序准确性及重复性.rn 结果：焦磷酸测序结果与Sanger测序法对比准确性为100％,焦磷酸测序法检测CYP2C19*17位点的重复率也达到100％.建立了基于焦磷酸测序技术的CYP2C19*17多态性位点检测平台.rn 结论：焦磷酸测序法可准确、快速、高通量检测药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性,该方法适宜CYP2C19*17这个SNP位点的临床常规检测.焦磷酸检测技术平台在个体化诊断、用药上有较大推广、应用价值.

摘要： 目的：建立一种快速、高通量的药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性的检测方法,为个体化治疗提供用药参考.rn 方法：抽取96例人外周血并提取DNA,应用带生物素标记的扩增引物,经PCR扩增以及亲和素包被的磁珠分离,制备包含有CYP2C19*17位点的焦磷酸测序单链模板，于PyroMark Q24MDx焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,以Sanger测序结果作为对照,观察分析焦磷酸测序准确性及重复性.rn 结果：焦磷酸测序结果与Sanger测序法对比准确性为100％,焦磷酸测序法检测CYP2C19*17位点的重复率也达到100％.建立了基于焦磷酸测序技术的CYP2C19*17多态性位点检测平台.rn 结论：焦磷酸测序法可准确、快速、高通量检测药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性,该方法适宜CYP2C19*17这个SNP位点的临床常规检测.焦磷酸检测技术平台在个体化诊断、用药上有较大推广、应用价值.

摘要： 目的：建立一种快速、高通量的药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性的检测方法,为个体化治疗提供用药参考.rn 方法：抽取96例人外周血并提取DNA,应用带生物素标记的扩增引物,经PCR扩增以及亲和素包被的磁珠分离,制备包含有CYP2C19*17位点的焦磷酸测序单链模板，于PyroMark Q24MDx焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,以Sanger测序结果作为对照,观察分析焦磷酸测序准确性及重复性.rn 结果：焦磷酸测序结果与Sanger测序法对比准确性为100％,焦磷酸测序法检测CYP2C19*17位点的重复率也达到100％.建立了基于焦磷酸测序技术的CYP2C19*17多态性位点检测平台.rn 结论：焦磷酸测序法可准确、快速、高通量检测药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性,该方法适宜CYP2C19*17这个SNP位点的临床常规检测.焦磷酸检测技术平台在个体化诊断、用药上有较大推广、应用价值.

摘要： 目的：建立一种快速、高通量的药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性的检测方法,为个体化治疗提供用药参考.rn 方法：抽取96例人外周血并提取DNA,应用带生物素标记的扩增引物,经PCR扩增以及亲和素包被的磁珠分离,制备包含有CYP2C19*17位点的焦磷酸测序单链模板，于PyroMark Q24MDx焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,以Sanger测序结果作为对照,观察分析焦磷酸测序准确性及重复性.rn 结果：焦磷酸测序结果与Sanger测序法对比准确性为100％,焦磷酸测序法检测CYP2C19*17位点的重复率也达到100％.建立了基于焦磷酸测序技术的CYP2C19*17多态性位点检测平台.rn 结论：焦磷酸测序法可准确、快速、高通量检测药物代谢酶CYP2C19*17基因多态性,该方法适宜CYP2C19*17这个SNP位点的临床常规检测.焦磷酸检测技术平台在个体化诊断、用药上有较大推广、应用价值.

摘要： 目的：探讨同型半胱氨酸代谢关键酶胱硫醚β-合酶基因C770T基因多态性在广西人群冠心病(CHD)发病中的意义及其与冠心病中医证型的关系.rn 方法：采用等位基因特异性扩增法(PCR-ARMS)检测94例冠心病患者和经门诊体检的40例健康者的CBS C770T基因型,并统计分析各基因型在冠心病中医证型间的分布差异.rn 结果：(1)CBS基因C770T产生有2种基因型：C/T型和C/C型.CHD组C/T型突变频率为54.3％,对照组为37.5％,C/T基因型对CHD组OR值为1.977,95％CI为0.926～4.219;CHD组C等位基因频率为72.8％,T等位基因频率为27.15％,对照组分别为81.3％和18.7％,T基因型对CHD组OR值为1.613,95％CI为0.845～3.081.两组间C/T、C/C型以及T等位基因频率分布无显著差异(P＞0.05).(2)各基因型在冠心病中医证型间分布无显著性差异(P＞0.05),各基因型在冠心病中医证型实证组和虚证组间分布亦无显著性差异(P均＞0.05).rn 结论：1)CBS C770T基因突变与广西CHD无明显相关性.(2)CBS C770T基因多态性与冠心病中医证型无明显关联性.

摘要： 本发明提供多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法、疾病预测方法以及多态性检测用试剂盒。ABCG2基因的多态性检测用探针通过包含下述的寡核苷酸等而构成：其为与含有序列编号1所示的碱基序列中的第301位～第311位碱基的碱基长为11～50的碱基序列互补且具有至少80％以上的同一性，并且与第311位碱基对应的碱基用荧光染料标记。

摘要： 本发明提供能够高灵敏度且简便地检测ABCC2基因的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。用于检测ABCC2基因的多态性检测用探针是：(P1)荧光标记寡核苷酸，其为含有序列编号1所示的序列中第207位～第217位的碱基的碱基长11～60的序列，除了与序列编号1中的第217位的碱基对应的碱基为C之外相对于具有与序列编号1相同碱基的碱基序列具有至少80％以上的同一性，并且与序列编号1所示的序列的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记；或者(P1’)荧光标记寡核苷酸，其与具有与序列编号1相同碱基的碱基序列的互补链在严谨条件下杂交，并且与序列编号1所示的序列中的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记。

摘要： 本发明提供了CYP3A基因的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法以及多态性检测用试剂盒。本发明的多态性检测用探针能高灵敏度且简便地检测CYP3A基因多态性。

摘要： 本发明涉及用于迅速并且简便的单核苷酸多态性的检测方法的单核苷酸多态性检测用的试样核酸、单核苷酸多态性检测试样制备用的PCR引物以及用于离子交换色谱分析的单核苷酸多态性检测用试样的制备方法。本发明为一种单核苷酸多态性检测用的试样核酸，其具有下述(a)～(c)的特性，(a)总链长为200bp以下；(b)在5’末端、3’末端中的任意一个末端具有与模板DNA不完全互补的序列(标识序列)；(c)与用于比较单核苷酸多态性的有无的试样核酸的链长差为10bp以下。

摘要： 本发明涉及多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。具体地，本发明提供能够以高灵敏度、简便地检测PIK3CA基因的多态性的多态性检测用探针。所述多态性检测用探针为作为选自P1～P11’的至少一种荧光标记寡核苷酸的、用于检测PIK3CA基因的多态性的多态性检测用探针。

摘要： 本发明提供了多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。所述多态性检测用探针能够以高灵敏度、简便地检测出MDR1基因的外显子12中的C1236T突变型。解决手段是：用于检测MDR1基因的多态性的多态性检测用探针，其是选自由P1和P1’组成的组的一种荧光标记寡核苷酸。

摘要： 本发明涉及多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法及多态性检测用试剂盒。具体地，本发明提供了MRD1基因的多态性检测用探针，所述探针包含选自包括下述P1寡核苷酸及P2寡核苷酸的组中的至少一种荧光标记寡核苷酸，(P1)寡核苷酸，其具有与序列号2所示的碱基序列中包含第288～300位的碱基的碱基长为13～68的第一碱基序列互补的序列或与该互补序列同源的序列，所述寡核苷酸中与第288位的碱基互补的碱基用第一荧光染料标记，(P2)寡核苷酸，其具有与序列号2所示的碱基序列中包含第300～305位的碱基的碱基长为6～93的第二碱基序列互补的序列或与该互补序列同源的序列，所述寡核苷酸中与第305位的碱基互补的碱基用第二荧光染料标记。

摘要： 本发明提供能够高灵敏度且简便地检测ABCC2基因的多态性的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。用于检测ABCC2基因的多态性的多态性检测用探针是：(P1)荧光标记寡核苷酸，其为含有序列编号1所示的序列中第207位～第217位的碱基的碱基长11～60的序列，除了与序列编号1中的第217位的碱基对应的碱基为C之外相对于具有与序列编号1相同碱基的碱基序列具有至少80％以上的同一性，并且与序列编号1所示的序列的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记；或者(P1’)荧光标记寡核苷酸，其与具有与序列编号1相同碱基的碱基序列的互补链在严谨条件下杂交，并且与序列编号1所示的序列中的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记。

摘要： 本发明提供多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法、疾病预测方法以及多态性检测用试剂盒。ABCG2基因的多态性检测用探针通过包含下述的寡核苷酸等而构成：其为与含有序列编号1所示的碱基序列中的第301位～第311位碱基的碱基长为11～50的碱基序列互补且具有至少80％以上的同一性，并且与第311位碱基对应的碱基用荧光染料标记。

摘要： 本发明提供了CYP3A基因的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法以及多态性检测用试剂盒。本发明的多态性检测用探针能高灵敏度且简便地检测CYP3A基因多态性。