基因表达模式

摘要： 查尔酮合酶(CHs)是植物类黄酮途径的关键酶,在植物生长发育及响应生物与非生物胁迫等方面有重要作用。利用生物信息学方法筛选了Xiaomi中CHs基因家族成员,并对其系统进化、理化性质、蛋白结构、启动子顺式作用元件及表达情况进行分析。结果表明,共鉴定到同时含有Chal_sti_synt_C和Chal_sti_synt_N保守域的谷子CHs基因33个,分布于1、2、4、5、7、8、9号染色体,其中在8号染色体上分布最多为11个,编码氨基酸平均数目423个,蛋白分子质量为16.74~57.50 ku;系统发育分析表明,CHs家族基因同源性较高,且该家族成员含有响应水杨酸和生长素等激素的顺式作用元件及调控类黄酮生物合成相关基因,不同基因在种子、根、茎、叶和穗之间存在组织特异性表达,其中SiCHs2、SiCHs27和SiCHs32基因在茎部表达量高,SiCHs18基因在根部表达量高;转录表达分析表明,受禾生指梗霉菌胁迫,22个SiCHs基因表达显著上调,类黄酮、花青素等物质合成及水杨酸、生长素等激素合成途径显著富集。综上可见,SiCHs2、SiCHs27和SiCHs32基因可能参与茎部生长调控,SiCHs18基因可能参与根部生长调控,CHs家族基因可通过合成抗病类次生代谢产物及调控激素来响应病原菌侵染。

摘要： 脱落酸(ABA)是一类重要的植物内源激素,在调控植物生长发育和胁迫响应等方面发挥着关键作用。基因作为ABA的受体,在ABA信号转导过程中发挥着重要作用。为深入发掘野生二粒小麦PYL基因,本研究利用生物信息学对野生二粒小麦的PYL家族进行全基因组鉴定与分析。结果在野生二粒小麦基因组中共鉴定到24个PYL基因(TdPYLs),分布在1A、1B、2A、2B、3A、3B、4A、4B、7A和7B染色体上,且所有成员均含有PYR-PYL-RCAR-like功能域;系统进化分析发现,24个TdPYL基因可分为3个亚家族,同一亚家族成员间具有相似的基因结构和保守结构域;对这些PYL基因的启动子顺式元件进行预测,发现它们含有大量与逆境胁迫、光调节和ABA响应相关的元件;基于RNA-seq数据的表达特性分析发现,它们在不同组织中以及逆境胁迫下表达差异明显,并鉴定到多个与组织特异性以及胁迫响应相关的PYL基因;进一步对PYL基因的单倍型组成进行分析,发现在野生二粒小麦、栽培二粒小麦和硬粒小麦中PYL基因的遗传变异和单倍型组成具有明显的差异,发生了显著的遗传分化。本研究为深入揭示野生二粒小麦PYL基因的调控功能及其进化机制研究提供了有益信息。

摘要： 利用生物信息学以及分子生物学方法对毛竹(Phyllostachys edulis(Carriere)J.Houzeau)谷胱甘肽过氧化物酶基因(GPX)的分子特征以及表达模式进行分析。结果显示,在毛竹中共鉴定出9个GPX家族成员基因(PeGPX1-PeGPX9),均具有6个外显子以及5个内含子,PeGPXs编码蛋白的长度为168~235 aa,相对分子量在18.41~25.54 kD,等电点范围为5.88~9.48。亚细胞定位预测结果发现,除PeGPX5定位在线粒体上,其他PeGPXs都定位在叶绿体上。在PeGPXs启动子中含有多种与胁迫和激素相关的顺式作用元件。qRT-PCR分析结果表明,强光、低温、GA_(3)、NAA和MeJA处理均可引起毛竹叶片中PeGPXs表达量发生明显变化。

摘要： 植物蔗糖转运体家族蛋白(sucrose transporter, SUC)是介导蔗糖跨膜运输的重要载体。本文基于苦荞幼苗发育过程中转录组测序获得的数据库,筛选鉴定到10个FtSUCs基因,序列长度在1 436~7 109 bp,编码氨基酸148~605个,其中8个FtSUCs可能定位于内质网,其序列一致性为34.30%,保守位点达到20个。苦荞FtSUCs与拟南芥AtSUCs基因被聚为3类,FtSUCs中4个归入类型Ⅰ,2个归入类型Ⅱ,4个归入类型Ⅲ。苦荞FtSUCs蛋白主要由α-螺旋、不规则卷曲、延长链与β-折叠组成,其中9个FtSUCs包含跨膜结构域。幼苗发育过程中,FtSUCs基因间表达模式存在差异,其中,FtPinG0002608200.01、FtPinG0001943900.01、FtPinG0001944100.01在子叶期高表达,FtPinG0000342600.01表达量逐渐提高,FtPinG0001943500.01和FtPinG0009584000.01在各时期稳定表达,推测它们可能在不同发育阶段发挥特定功能。苦荞中多个FtSUCs基因存在显著正相关或负相关关系,暗示FtSUCs基因间可能存在协同效应或功能互补,进而共同调控蔗糖的跨膜运输。

摘要： WRKY转录因子参与植物生长发育以及胁迫响应等生命活动的调控。尽管棉花GhWRKY的研究已有报道,但有关GhWRKYⅠ亚家族成员的功能还知之甚少。研究聚焦陆地棉(Gossypium hirsutum)GhWRKYⅠ亚家族成员的全基因组鉴定,以期筛选到参与棉花种子萌发调控的GhWRKY成员;基于陆地棉基因组数据库,应用组学工具对陆地棉GhWRKYⅠ亚家族成员进行鉴定,分析基因结构、蛋白保守基序、保守结构域和蛋白理化性质以及进化关系;基于转录组数据分析GhWRKYⅠ成员在不同组织和5种非生物胁迫下的表达谱;定量PCR(qPCR)检测候选GhWRKY在发育种子的表达特性。结果表明,从陆地棉基因组共鉴定到35个GhWRKYⅠ亚家族基因,不均匀分布于A和D亚基因组的19条染色体上;GhWRKYⅠ蛋白由331~769个氨基酸组成,均为亲水性蛋白并定位于细胞核;GhWRKYⅠ亚家族基因具有3~6个外显子和2~5个内含子。GhWRKY3、GhWRKY6、GhWRKY7、GhWRKY11、GhWRKY12和GhWRKY15未检测到5'-UTR,其余29个GhWRKYⅠ亚家族基因则含有5'-UTR和3'-UTR。仅发现GhWRKY11蛋白C端WRKY保守结构域WRKYGQK序列突变为WRNYGQK,GhWRKYⅠ亚家族成员存在着3种不同的进化方向。转录组数据分析表明,GhWRKYⅠ家族成员在不同组织以及应对不同非生物胁迫呈现差异化表达模式。qPCR分析揭示,GhWRKY24在棉籽萌发72 h内持续上调表达,预示着GhWRKY24可能参与调控棉籽萌发过程。

摘要： 水通道蛋白(AQPs)定位于质膜,在调控植物水分平衡中具有重要意义。甘草(Glycyrrhiza uralensis)是常用大宗药材,多生长于干旱环境,水分平衡对其生长影响极大。为了解AQPs在甘草中的作用,本研究以生物信息学方法对甘草水通道蛋白基因(GuAQPs)家族成员进行分析,结合转录组数据和qRT-PCR分析GuAQPs在非生物胁迫下的表达情况。结果表明,甘草基因家族中共有43个GuAQPs基因,主要分为PIPs、TIPs、NIPs和SIPs 4个亚家族,均含有MIP结构域和NAP基序、Ar/R过滤器及Froger位点,二级结构以无规则卷曲为主。GuAQPs基因启动子区含有响应激素、逆境的顺式作用元件。qRT-PCR结果显示GuTIP2;3在干旱处理或ABA处理后叶和根中都显著上调表达(P <0.05);GuSIP1;4和GuNIP6;1在盐胁迫后叶和根中都显著上调表达(P <0.05),而施加盐胁迫后GuTIP4;1在根中显著下调表达(P <0.05);低温处理下GuNIP6;1和GuSIP1;2在根和叶中都显著下调表达(P <0.05)。通过甘草全基因组中的水通道蛋白基因的鉴定和表达分析,初步了解不同逆境胁迫对甘草AQPs的影响,为进一步研究甘草生长发育的分子机理提供理论基础。

摘要： 为了研究和开发丰富的麻疯树资源,本研究以四川省西昌市金沙江干热河谷地区的麻疯树种子为材料,将种子浸水萌发后收集各组织用于实验.qRT-PCR结果显示胚乳中Cur-cin、Curcin C基因表达先增加后减少,在子叶中Curcin C基因的表达也是如此.Western Blot结果显示Curcin蛋白在根、下胚轴、真叶、子叶中不表达,Curcin C蛋白在根和下胚轴中也不表达,而在真叶、子叶中表达.生物信息学软件预测及亚细胞定位结果都显示Curcin:GFP和Curcin C:GFP融合蛋白定位在细胞壁上.本研究初步阐明了两种麻疯树核糖体失活蛋白Curcin、Curcin C的表达模式并对其进行了亚细胞定位.

摘要： 植物在发育早期就呈现出明显的杂种优势,苗期是水稻(Oryza sativa)株型形态建成和产量形成的重要时期.为了解苗期杂种优势及基因表达与产量杂种优势的相关性、探索通过水稻苗期表现预测杂交稻产量潜力的可能性,本研究选取杂交水稻有代表性亲本18份,配制45个不完全双列杂交组合,系统考查杂交组合苗期根和苗的杂种优势、基因表达及其与单株产量之间的关系.研究结果表明,同一时期根和苗的性状间、同一组织不同时期性状间都有相关性,苗期性状间有12对性状相关性显著(P<0.05),有2个苗期性状与田间单株产量呈正相关(P<0.05);杂交稻组合在萌发早期(发芽第3天,3 d after sowing,3DAS)杂种优势最高;6个苗期性状的中亲优势(middle parent heterosis,MPH)有13对性状正相关(P<0.01),根长-3DAS,根长-14DAS,株高-3DAS的MPH和单株产量MPH正相关(P<0.05);分析了4个根系发育相关基因在杂交稻组合和亲本间播种后第17天的表达模式,有3个基因与第17天植株的根干重和苗干重相关,4个基因的表达水平均与田间单株产量呈显著相关(P<0.05).杂交水稻组合在种子萌发早期就表现出极强的杂种优势,苗期根和苗各性状间的杂种优势普遍具有相关性.部分性状的杂种优势以及与性状相关的基因表达水平与成熟期单株产量显著相关.本研究为利用水稻早期性状预测产量杂种优势模型的建立和杂交水稻新品种选育提供了理论基础.

摘要： 人类基因组计划一这项20多年前发起的人类伟大工程如今仍在继续推动遗传学的发展。以这项计划为基础,GTEx项目已经发现了组织和细胞特异性的基因表达模式,而这些差异就藏在占比仅0.1%的遗传密码中。

摘要： [目的]杜仲是我国特有的传统药用和胶用木本植物,其生长发育相关基因研究对杜仲育种有重要意义.生长素响应因子(ARF)是生长素信号转导途径中重要的转录因子,了解ARF在杜仲器官发育中的作用具有重要的理论和实际应用价值.[方法]利用杜仲全基因组测序数据鉴定杜仲ARF基因,并对这些基因进行生物信息学分析;根据杜仲EuARFs与拟南芥、水稻和欧美杨ARF蛋白的序列比对,构建系统进化树;根据转录本全长测序数据分析杜仲叶片不同生长时期的ARF基因表达谱,并利用qRT-PCR分析杜仲ARF基因与调控ARF基因的miRNA在不同器官不同发育时期的表达模式.[结果]共鉴定出18个杜仲ARF基因,根据系统进化树可以将EuARFs分为5类;miRNA靶位点分析表明eu-miR160s调控Ⅱ亚族的EuARFs,eu-miR167s调控除了EuARF8.2的V亚族的EuARFs.表达谱结果显示EuARFs在叶片不同生长时期的表达不同,其中V亚族EuARFs与Ⅵ亚族EuARF19.2在3 cm长的生长叶和完全展开的幼叶中表达量较高.qRT-PCR试验结果显示,EuARFs在正常生长条件下不同发育阶段(幼嫩和成熟)的器官(根、茎和叶)中均有表达,在根中表现为在成熟阶段上调表达,叶和茎段中表现为在成熟的器官中下调表达;eu-miR160s主要在幼嫩的根中表达,eu-miR167s则主要在成熟的叶片中表达.[结论]共鉴定出18个杜仲ARF基因,这些EuARFs在正常生长条件下不同发育阶段(幼嫩和成熟)的器官(根、茎和叶)中均有表达,根据表达量可以预测V亚族的EuARFs对幼苗的生长发育具有调控作用,EuARF19.2对杜仲叶片生长具有重要调控作用.

摘要： AtPRGL (At5g14920)基因是拟南芥一个同时含有PRP和GASA两个功能域的未知功能的基因，以生态型Col的拟南芥((Arabidopsis thaliana)野生型及其T DNA插入突变体Salk 054982, Salk 069495, Salk 112197为材料，本论文初步研究了该基因表达模式及功能。

摘要： 本发明属于植物基因工程领域。从水稻基因组中克隆了同一胚乳特异表达基因(登录号为GI：31415924)上游6个不同长度的启动子(EnP3、EnP3-859、EnP3-678、EnP3-471、EnP3-292和EnP3-110)，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1-6所示；其中5个启动子(EnP3、EnP3-859、EnP3-678、EnP3-471和EnP3-292)仅在转化植株的胚乳表达，并且随着胚乳发育阶段的不断进行，表达量呈现下降趋势；在其他组织如叶片、叶鞘、茎杆、根、花、颖壳及胚中均检测不到表达。启动子EnP3-110在叶片、叶鞘、茎杆及颖壳这些绿色组织中可以检测到表达，但是在根、花及种子(包括胚和胚乳)中却检测不到表达，成为一个短的绿色组织特异表达启动子。公开了6个启动子及其相应表达载体的制备方法，以及通过农杆菌介导的转基因方法导入水稻的应用。

摘要： 本发明属于植物基因工程领域。从水稻基因组中克隆了同一胚乳特异表达基因(GeneBank登录号为

摘要： 提供作为副作用的细胞毒性少且MEX3B基因的表达抑制能力提高的核酸、含有上述核酸的MEX3B基因表达抑制剂、抑制MEX3B基因表达的方法及起因于MEX3B基因表达的疾病的预防或治疗剂。核酸为下述(1)～(3)中的任一者：(1)由序列表的序列号1或2中记载的碱基序列组成的寡核苷酸；(2)由在序列表的序列号1或2中记载的碱基序列中缺失、取代及/或添加1个或2个碱基而得的碱基序列组成、且抑制MEX3B基因的表达的反义寡核苷酸；(3)包含序列表的序列号3中记载的碱基序列、且抑制MEX3B基因的表达的反义寡核苷酸。

摘要： 本发明提供作为副作用的细胞毒性低且能够抑制MEX3B基因的表达的核酸、包含上述核酸的MEX3B基因表达抑制试剂、抑制MEX3B基因表达的方法及由MEX3B基因表达所引起的疾病的预防或治疗剂。抑制MEX3B基因的表达的核酸，所述核酸为：反义寡核苷酸，所述反义寡核苷酸具有与MEX3B基因的外显子中的非翻译区中的包含至少10个连续核苷酸的寡核苷酸互补的序列；或者双链RNA或编码上述双链RNA的DNA，所述双链RNA包含上述非翻译区中的至少20个连续核苷酸。

摘要： 本发明属于植物基因工程领域。从水稻基因组中克隆了同一胚乳特异表达基因(登录号为GI：31415924)上游6个不同长度的启动子(EnP3、EnP3-859、EnP3-678、EnP3-471、EnP3-292和EnP3-110)，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1-6所示；其中5个启动子(EnP3、EnP3-859、EnP3-678、EnP3-471和EnP3-292)仅在转化植株的胚乳表达，并且随着胚乳发育阶段的不断进行，表达量呈现下降趋势；在其他组织如叶片、叶鞘、茎杆、根、花、颖壳及胚中均检测不到表达。启动子EnP3-110在叶片、叶鞘、茎杆及颖壳这些绿色组织中可以检测到表达，但是在根、花及种子(包括胚和胚乳)中却检测不到表达，成为一个短的绿色组织特异表达启动子。公开了6个启动子及其相应表达载体的制备方法，以及通过农杆菌介导的转基因方法导入水稻的应用。

摘要： 本发明属于植物基因工程领域。从水稻基因组中克隆了同一胚乳特异表达基因(GeneBank登录号为

摘要： 本申请涉及描绘肿瘤类型生物标志模式和特征集的基因靶和基因表达的蛋白靶。本文提供了用于鉴定个体用的治疗剂的方法和系统，诸如之前未鉴定用于治疗个体的治疗剂。所述治疗剂可通过分子概况分析来鉴定，诸如确定个体生物样品的生物标志模式或特征集。

摘要： 本文提供了用于鉴定个体用的治疗剂的方法和系统，诸如之前未鉴定用于治疗个体的治疗剂。所述治疗剂可通过分子概况分析来鉴定，诸如确定个体生物样品的生物标志模式或特征集。

摘要： 本发明涉及基因表达解析方法、基因表达解析用设备及基因表达解析装置。本发明的基因表达解析方法对包含组织或多个细胞的样品中的各个细胞中的生物体分子分别进行解析，该方法包括：将所述样品载置在支撑体上的工序；在所述支撑体中，核酸探针在支撑体表面或表面附近2维地分布并被固定，使所述样品的作为靶的被检核酸与该核酸探针杂交的工序，所述核酸探针包含被检核酸捕捉用序列和具有已知序列且根据在支撑体表面或表面附近的位置的不同而不同的细胞识别用标签序列；进行与上述被检核酸互补的DNA链的合成，制作由包含上述标签序列的DNA互补链构成的cDNA文库的工序；以及对上述cDNA文库的全部或一部分进行核酸扩增的工序。

摘要： 本发明的目的是抑制显示对将1－丙烯次磺酸转变为催泪成分作用的催泪成分合成酶基因的表达，提供了以该催泪成分合成酶基因的序列为基础设计的DNA和RNA、将催泪成分合成酶基因的表达抑制用DNA导入植物所必需的载体，以及使用这些抑制催泪成分基因表达的反复和抑制了催泪成分生成基因表达的植物。